The status of cryptococcosis in Latin America

Cryptococcosis is a life-threatening fungal infection caused by the encapsulated yeasts Cryptococcus neoformans and C. gattii, acquired from the environment. In Latin America, as occurring worldwide, C. neoformans causes more than 90% of the cases of cryptococcosis, affecting predominantly patients with HIV, while C. gattii generally affects otherwise healthy individuals. In this region, cryptococcal meningitis is the most common presentation, with amphotericin B and fluconazole being the antifungal drugs of choice. Avian droppings are the predominant environmental reservoir of C. neoformans, while C. gattii is associated with several arboreal species. Importantly, C. gattii has a high prevalence in Latin America and has been proposed to be the likely origin of some C. gattii populations in North America. Thus, in the recent years, significant progress has been made with the study of the basic biology and laboratory identification of cryptococcal strains, in understanding their ecology, population genetics, host-pathogen interactions, and the clinical epidemiology of this important mycosis in Latin America.Fil: Firacative, Carolina. University of Sydney; AustraliaFil: Lizarazo, Jairo. Universidad de Pamplona; EspañaFil: Illnait Zaragozí, María Teresa. Tropical Medicine Institute Pedro Kourí; CubaFil: Castañeda, Maria Elizabeth. Instituto Nacional de Salud; Colombia. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Arechavala, Alicia. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Infecciosas "Dr. Francisco Javier Muñiz"; Argentina. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Córdoba, Susana Beatríz. Latin American Cryptococcal Study Group; Brasil. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Mazza, Mariana. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; Argentina. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Taverna, Constanza Giselle. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; Argentina. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Isla, Guillermina. Latin American Cryptococcal Study Group; Brasil. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Chiapello, Laura Silvina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Córdoba. Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología; Argentina. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Vergara, Mario León Silva. Universidade Federal do Triangulo Mineiro; Brasil. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Melhem, Marcia S. C.. Governo do Estado de São Paulo. Secretaria da Saúde. Instituto Adolfo Lutz; Brasil. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Szeszs, Maria Walderez. Governo do Estado de São Paulo. Secretaria da Saúde. Instituto Adolfo Lutz; Brasil. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Martins, Marilena dos Anjos. Latin American Cryptococcal Study Group; Brasil. Governo do Estado de São Paulo. Secretaria da Saúde. Instituto Adolfo Lutz; BrasilFil: Bonfietti, Lucas Xavier. Latin American Cryptococcal Study Group; Brasil. Governo do Estado de São Paulo. Secretaria da Saúde. Instituto Adolfo Lutz; BrasilFil: Oliveira, Rogério Antonio de. Governo do Estado de São Paulo. Secretaria da Saúde. Instituto Adolfo Lutz; Brasil. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Oliveira, Lidiane de. Governo do Estado de São Paulo. Secretaria da Saúde. Instituto Adolfo Lutz; Brasil. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Santos, Dayane Christine Silva. Latin American Cryptococcal Study Group; Brasil. Governo do Estado de São Paulo. Secretaria da Saúde. Instituto Adolfo Lutz; BrasilFil: Lazera, Marcia S.. Latin American Cryptococcal Study Group; Brasil. Fundación Oswaldo Cruz; BrasilFil: Wanke, Bodo. Fundación Oswaldo Cruz; Brasil. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Díaz, María Cristina. Latin American Cryptococcal Study Group; Brasil. Universidad de Chile; ChileFil: Escandón, Patricia. Instituto Nacional de Salud; Colombia. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Noguera, María Clara. Latin American Cryptococcal Study Group; Brasil. Universidad Metropolitana; ColombiaFil: Andreu, Carlos Manuel Fernández. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Castril­Lón, Laura. Universidad Nacional Autónoma de México; México. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Bustamante, Beatriz. Hospital Cayetano Heredia. Instituto de Medicina Tropical Alexander von Humboldt; Perú. Hospital Cayetano Heredia; Perú. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Dolande, Maribel. Universidad Central de Venezuela; Venezuela. Latin American Cryptococcal Study Group; BrasilFil: Ferrara, Giussepe. Universidad Central de Venezuela; Venezuela. Latin American Cryptococcal Study Group; Brasi

Variations in some properties of soils with sugarcane (Saccharum spp) treated with massive dosages of vinasse

O estudo em questão objetiva avaliar a influência do uso de vinhaça por longo período de tempo (mais de 10 anos) aplicada na forma de fertirrigação e áreas de inundação nas propriedades morfológicas, físicas, químicas e mineralógicas de Latossóis Roxos e Terra Roxa Estruturada. Para tanto foram escolhidas 3 áreas no Estado de São Paulo: Usina Santa Elisa - Sertãozinho, Usina da Barra - Barra Bonita e Usina Tamoio - Araraquara. Em cada usina procedeu-se ao estudo morfológico dos perfis de solos e coleta de amostras em área que tem recebido vinhaça e em área-testemunha, que nunca recebeu o resíduo, normalmente localizada ao lado da primeira. Através dos estudos morfológicos verificou-se, no Latossol Roxo da Usina Santa Elisa, submetido à inundação, e Terra Roxa Estruturada que recebeu o resíduo através de sulcos de infiltração, alterações na cor e resistência à ruptura dos agregados, basicamente em função das alterações das formas de ferro predominantes e elevação nos teores de matéria orgânica, cálcio e magnésio. Somente no Latossol Roxo da Usina Santa Elisa ocorreu elevação do armazenamento de água, intervalo de água disponível e deslocamento deste para níveis superiores de umidade. A condutividade elétrica elevou-se proporcionalmente à quantidade de vinhaça aplicada. Os valores de pH, hidrogênio e alumínio trocável foram modificados em decorrência das alterações da saturação de bases, complexação orgânica do alumínio e modificação do potencial redox. Constatou-se para os perfis que receberam vinhaça da Usina da Barra e Tamoio grande incremento da saturação com potássio, em detrimento dos teores de cálcio e magnésio. Ocorreu diminuição do ponto isoelétrico num dos perfis de Latossol Roxo que recebeu aplicação maciça, em função do aumento de matéria orgânica e diminuição deste na Terra Roxa Estruturada como resultado das modificações mineralógicas sucedidas. Nas áreas submetidas à aplicação maciça de vinhaça e irrigação por sulcos de infiltração na TE houve transformação parcial da hematita a formas amorfas de ferro, com consequente redução das formas cristalinas, resultando em incrementos de ferro ativo. Não houve alteração nos argilo minerais.This study aims at evaluating the influence on soil of long term vinasse application (above 10 years) by different methods: furrow irrigation and security area. Three types of soil were considered: Eutrorthox and Haplorthox and Tropudalf. The effect on soil morphological, physical, chemical and mineralogical properties was determined. Field trials were carried out in three sugar cane mills of São Paulo State: Santa Elisa Mill - Sertãozinho, da Barra Mill - Barra Bonita and Tamoio Mill - Araraquara. On each soil profile the morphological properties were examined and soil samples taken. The soil profiles were either located on sugarcane areas under vinasse application or on check areas, which were placed side by side. Morphological studies indicated that in Eutrorthox in Santa Elisa Mill, where a great amount of vinasse was applied as a security area, and in Tropudalf, where the waste material was applied by furrow irrigation, soil color and structure degree were affected. These variations were attributed mainly to changes in iron components and organic matter, calcium and magnesium contents. Only on Eutrorthox in Santa Elisa Mill it was detected increasing of water retention, of available water interval and the displacement of it to higher moisture levels. Electric conductivity increased in proportion to the amount of vinasse applied on soil. Values of soil pH, total titrable acidity and exchangeable aluminium were affected as a consequence of changes in basis saturation, aluminium complexation by organic matter and variations in redox potential. Potassium saturation rose while calcium and magnesium contents decreased in soil profiles where vinasse was applied in Barra Mill and Tamoio Mill. As organic matter content raised in Eutrorthox the isoelectric point decreased. The same was observed in Tropudalf, but in this case the reason was attributed to changes in soil mineralogy. Where a great amount of vinasse was applied and on the furrow irrigation areas in Barra Mill there was a transformation of some hematite into amorphous iron. As a consequence of this process the content of crystalline iron forms was lowered while the content of active iron was enhanced. There was not any variation on clay minerals

Effect of lime and phosphogypsum, applied before sugar cane planting or on ratoon, on soil chemical attributes and on crop productivity

Objetivando-se avaliar os efeitos do calcário e do gesso e suas interações nas propriedades químicas de alguns solos e na produtividade agrícola da cana-de-açúcar, foram instalados quatro experimentos em unidades sucro-alcooleiras do Estado de São Paulo, sendo dois com aplicação destes insumos em pré-plantio e dois em soqueiras da cultura. Um dos experimentos em condição de pré-plantio foi instalado em março/abril de 1988 no município de Guariba, Usina Bonfim, Fazenda Santo Antonio da Estiva em um Latossolo Vermelho Escuro distrófico textura argilosa (LEd). O outro foi instalado em maio de 1989 no município de Olímpia, Usina Cruz Alta, Fazenda Momplazier em um Podzólico Vermelho Amarelo distrófico textura média/argilosa (PVm/arg). Os dois experimentos de soqueiras foram instalados em 1989, no município de Lençóis Paulista, Usina Barra Grande, sendo um em Latossolo Vermelho Amarelo Podzólico álico (LVp) e outro em Latossolo Roxo álico (LRa). Foram adotadas doses e combinações de calcário e gesso, em pré-plantio e soqueiras, cujos níveis variaram desde quantidades abaixo das recomendadas usualmente, para a cana-de-açúcar, até quantidades consideradas muito elevadas. Os resultados obtidos indicaram, para os solos estudados, efeito altamente benéfico, tanto do calcário como do gesso, nos atributos químicos e parâmetros de fertilidade analisados. O gesso mostrou-se bastante eficiente em promover, num menor período de tempo, melhor distribuição de cálcio e magnésio nos perfis de solos, enquanto que os maiores efeitos do calcário restringiram-se às camadas da superfície. A combinação de ambos proporcionou os melhores resultados de distribuição dos nutrientes nos perfis. A maior rapidez na modificação dos atributos químicos dos solos, verificada para o gesso, proporcionou, a curto e médio prazos (12-30 meses), incrementos na produtividade agrícola da cana-de-açúcar, tanto para aplicação em pré-plantio como para aplicação em soqueiras, respectivamente para o LEd e para o LRa. Paralelamente, o calcário, quando aplicado em pré-plantio ou em soqueiras, apresentou efeitos altamente benéficos na produtividade agrícola a médio e longo prazos (24-36 meses), para os dois latossolos argilosos citados, complementando, desta forma, os efeitos do gesso. Apesar das modificações benéficas proporcionadas pelo gesso nos atributos químicos do PVm/arg, o mesmo apresentou efeitos depreciativos na produtividade agrícola da cana-de-açúcar cultivada no sol o em questão. Verificou-se, neste caso, apenas influência benéfica do calcário. A utilização de gesso em doses bastante elevadas não provocou modificações drásticas nos atributos químicos dos solos, nem refletiu em decréscimos da produtividade agrícola da cana-de-açúcar, indicando que existe limite de solubilidade imposto pelo próprio gesso e influenciado pela forma de aplicação e incorporação, além de condições edafoclimáticas.Four experirnents where conducted in sugar cane mills in São Paulo State (Brazil) with the purpose of evaluating the effect of lime and phosphogypsum and its interaction on chemical properties of some soils on crop productivity of sugar cane. Two experiments were with pre-planting application and two with ratoon application. One of the pre-planting experiments began in March/April 1988 in Guariba, São Paulo State, at the Bonfim sugar cane mill, on a clayey Latossolo Vermelho Escuro Distrófico, LEd, (Typic Haplorthox), and the other one in May 1989 in Olímpia, São Paulo State, at the Cruz Alta sugar cane mill, on a medium/clayey textured Podzólico Vermelho Amarelo Distrófico, PVm/arg, (Typic Paleudult). The two ratoon application experiments began in 1989 in Lençóis Paulista at the Usina Barra Grande, one on a Latossolo Vermelho Amarelo Podzólico Alico (Quartzipsammentic Haplorthox) and the other on a Latossolo Roxo Alico (Typic Haplorthox). The rates of lime and phosphogypsum application and its combinations in pre-planting and ratoon application varied from very low, beneath usually recommended quantities, to very high rates. The results indicated a very beneficial effect of lime and phosphogypsum on soil chemical attributes and on the fertility parameters analyzed. Phosphogypsum showed to be very efficient in promoting in a short time a better distribution of Ca and Mg in soil profile, and on the other hand, lime effects were restricted to the surface layer. The combination of both yielded the best result s in nutriente distribution in the soil profile. The more rapid effects of phosphogypsum on soil chemical attributes, provided a fast increase in sugar cane crop productivity on pre-planting and ratoon application, i.e. 12 months for the LEd and 30 months for the LRd. On the other hand, lime, when applied in pre-planting or on ratoon, showed benefits on crop productivity on the longer term, i.e. 24 and 36 months for the two previous soils, completing, in this way the effect of phosphogypsum. Despite the beneficial effect of phosphogypsum on soil chemical propert ies of the PVm/arg there was no effect on crop productivity. In this case only lime increased productivity. The use of phosphogypsum in very high rates did not provoke drastic changes on soil chemical attributes, neither decreased crop productivity, indicating that there is a solubility limit from the own product, influenced by the way of application and incorporation and by soil and climate conditions

Comparison between detailed digital and conventional soil maps of an area with complex geology

Since different pedologists will draw different soil maps of a same area, it is important to compare the differences between mapping by specialists and mapping techniques, as for example currently intensively discussed Digital Soil Mapping. Four detailed soil maps (scale 1:10.000) of a 182-ha sugarcane farm in the county of Rafard, São Paulo State, Brazil, were compared. The area has a large variation of soil formation factors. The maps were drawn independently by four soil scientists and compared with a fifth map obtained by a digital soil mapping technique. All pedologists were given the same set of information. As many field expeditions and soil pits as required by each surveyor were provided to define the mapping units (MUs). For the Digital Soil Map (DSM), spectral data were extracted from Landsat 5 Thematic Mapper (TM) imagery as well as six terrain attributes from the topographic map of the area. These data were summarized by principal component analysis to generate the map designs of groups through Fuzzy K-means clustering. Field observations were made to identify the soils in the MUs and classify them according to the Brazilian Soil Classification System (BSCS). To compare the conventional and digital (DSM) soil maps, they were crossed pairwise to generate confusion matrices that were mapped. The categorical analysis at each classification level of the BSCS showed that the agreement between the maps decreased towards the lower levels of classification and the great influence of the surveyor on both the mapping and definition of MUs in the soil map. The average correspondence between the conventional and DSM maps was similar. Therefore, the method used to obtain the DSM yielded similar results to those obtained by the conventional technique, while providing additional information about the landscape of each soil, useful for applications in future surveys of similar areas

Potencialidade do uso da terra na microbacia hidrográfica do córrego do ceveiro na região de Piracicaba Land use potential in the ceveiro stream watershed of Piracicaba

O objetivo do presente trabalho foi avaliar a ocupação agrícola da Microbacia Hidrográfica do Ceveiro para o ano de 1995 e estabelecer a sua potencialidade. Para tanto, foi utilizado o Sistema de Análise Ambiental para Planejamento Agrícola. A microbacia localiza-se na região de Piracicaba, SP, com aproximadamente 1990 ha. Predominam os Podzólicos e os solos Litólicos de textura média e argilosa. O uso da terra foi determinado por fotointerpretação, cujos os limites foram digitalizados e cruzados com os dados de declividade e solos, gerando mapas de intensidade de uso e aptidão agrícola. Os dados indicaram que apenas 27% da área da bacia estava sendo utilizada adequadamente, 48% estava sendo sub-utilizada e 23% excessivamente utilizada, com sérios riscos de degradação dos solos. As principais distorções observadas quanto ao uso da terra foram em relação a cultura da cana-de-açúcar, que ocupa áreas destinadas a cultura anual e pastagens.<br>The objective of this work was to evaluate the agricultural potential of the Ceveiro watershed Piracicaba, SP, Brazil, which contains 1990 ha considering available environmental conditions. Medium and clayey textured Ultisols and Entisols predominate. Land use was determined by remote sensing, the limits of the were digitalized and crossed with soils and shape data, using the Environmental Analysis System for Agricultural Planning. These results were then compared with the current land usage patterns that occurred in 1995, to determine if differences existed between current and prescribed land use. In 1995, 48% of the area was being used below its potential use, 27% used appropriately, and 23% used with excessive intensity. The main difference in land use between the appropriately used and excessively used areas was due to sugarcane production

Produtividade agrícola de cultivares de cana-de-açúcar em diferentes solos e épocas de colheita<A NAME="TOP1"></A> Productivity of sugarcane cultivars in different soils and harvesting periods

A cultura da cana-de-açúcar é destaque no cenário agrícola do Brasil, sendo cultivada em vários tipos de ambiente (associação de clima e solo). O estudo das respostas dos diferentes cultivares em cada ambiente de produção auxilia a maximizar a exploração econômica da cultura. Neste contexto, três experimentos em blocos completos casualizados com quatro repetições foram delineados para determinar as produtividades de colmos e a pol % cana de nove cultivares de cana-de-açúcar em dois solos: Planossolo mesotrófico textura arenosa/média (PL) e Podzólico Vermelho Amarelo mesotrófico textura arenosa/média (PV). Os cultivares foram colhidas em três épocas: maio, agosto e outubro de 1997. As produtividades de colmos foram superiores (P<0,01) no PV. Os cultivares de cana-de-açúcar estudadas neste trabalho apresentaram comportamentos de produtividade agrícola e maturação variados nos dois ambientes de desenvolvimento estudados, em consequência das diferentes condições hídricas entre os solos, o que enfatiza o papel do ambiente na produtividade de colmos e maturação de cultivares da cana-de-açúcar.<br>Sugarcane is of prime importance in Brazilian agriculture, being cultivated over a range of environments (climate and soil). Studying cultivars responses in different environments helps to improve and maximize the crop economic output. In this context, three experiments were performed in a 9x2 randomized block design with four replicates to assess differences in stalk and the percentage of sucrose of nine sugarcane cultivars growing in two soils, Tipic Kandiaqult (PL) and Arenic Kandiudult (PV). The cultivars were harvested during three months (May, August and October/1997). Overall the PV soil permitted higher stalk productivities (P<0.01). The sugarcane cultivars studied in this work showed different stalk produtivities and ripening degrees in the studied environments, which related to the water holding capacities in the two soils, emphasizing the role of environment on stalk and potential sugar productivities

DUNE Offline Computing Conceptual Design Report

This document describes Offline Software and Computing for the Deep Underground Neutrino Experiment (DUNE) experiment, in particular, the conceptual design of the offline computing needed to accomplish its physics goals. Our emphasis in this document is the development of the computing infrastructure needed to acquire, catalog, reconstruct, simulate and analyze the data from the DUNE experiment and its prototypes. In this effort, we concentrate on developing the tools and systems thatfacilitate the development and deployment of advanced algorithms. Rather than prescribing particular algorithms, our goal is to provide resources that are flexible and accessible enough to support creative software solutions as HEP computing evolves and to provide computing that achieves the physics goals of the DUNE experiment

Reconstruction of interactions in the ProtoDUNE-SP detector with Pandora

International audienceThe Pandora Software Development Kit and algorithm libraries provide pattern-recognition logic essential to the reconstruction of particle interactions in liquid argon time projection chamber detectors. Pandora is the primary event reconstruction software used at ProtoDUNE-SP, a prototype for the Deep Underground Neutrino Experiment far detector. ProtoDUNE-SP, located at CERN, is exposed to a charged-particle test beam. This paper gives an overview of the Pandora reconstruction algorithms and how they have been tailored for use at ProtoDUNE-SP. In complex events with numerous cosmic-ray and beam background particles, the simulated reconstruction and identification efficiency for triggered test-beam particles is above 80% for the majority of particle type and beam momentum combinations. Specifically, simulated 1 GeV/$c$ charged pions and protons are correctly reconstructed and identified with efficiencies of 86.1$\pm0.6$% and 84.1$\pm0.6$%, respectively. The efficiencies measured for test-beam data are shown to be within 5% of those predicted by the simulation