Sex Determination:Why So Many Ways of Doing It?

Sexual reproduction is an ancient feature of life on earth, and the familiar X and Y chromosomes in humans and other model species have led to the impression that sex determination mechanisms are old and conserved. In fact, males and females are determined by diverse mechanisms that evolve rapidly in many taxa. Yet this diversity in primary sex-determining signals is coupled with conserved molecular pathways that trigger male or female development. Conflicting selection on different parts of the genome and on the two sexes may drive many of these transitions, but few systems with rapid turnover of sex determination mechanisms have been rigorously studied. Here we survey our current understanding of how and why sex determination evolves in animals and plants and identify important gaps in our knowledge that present exciting research opportunities to characterize the evolutionary forces and molecular pathways underlying the evolution of sex determination

Stroke genetics informs drug discovery and risk prediction across ancestries

Previous genome-wide association studies (GWASs) of stroke — the second leading cause of death worldwide — were conducted predominantly in populations of European ancestry1,2. Here, in cross-ancestry GWAS meta-analyses of 110,182 patients who have had a stroke (five ancestries, 33% non-European) and 1,503,898 control individuals, we identify association signals for stroke and its subtypes at 89 (61 new) independent loci: 60 in primary inverse-variance-weighted analyses and 29 in secondary meta-regression and multitrait analyses. On the basis of internal cross-ancestry validation and an independent follow-up in 89,084 additional cases of stroke (30% non-European) and 1,013,843 control individuals, 87% of the primary stroke risk loci and 60% of the secondary stroke risk loci were replicated (P < 0.05). Effect sizes were highly correlated across ancestries. Cross-ancestry fine-mapping, in silico mutagenesis analysis3, and transcriptome-wide and proteome-wide association analyses revealed putative causal genes (such as SH3PXD2A and FURIN) and variants (such as at GRK5 and NOS3). Using a three-pronged approach4, we provide genetic evidence for putative drug effects, highlighting F11, KLKB1, PROC, GP1BA, LAMC2 and VCAM1 as possible targets, with drugs already under investigation for stroke for F11 and PROC. A polygenic score integrating cross-ancestry and ancestry-specific stroke GWASs with vascular-risk factor GWASs (integrative polygenic scores) strongly predicted ischaemic stroke in populations of European, East Asian and African ancestry5. Stroke genetic risk scores were predictive of ischaemic stroke independent of clinical risk factors in 52,600 clinical-trial participants with cardiometabolic disease. Our results provide insights to inform biology, reveal potential drug targets and derive genetic risk prediction tools across ancestries

Purification of an epoxide hydrolase from Rhodotorula glutinis

The epoxide hydrolase from Rhodotorula glutinis was isolated and initially characterized. The enzyme was membrane associated and could be solubilized by Triton X-100. Purification yielded an enzyme with sp. act. of 66 mu mol 1,2-epoxyhexane hydrolyzed min(-1) mg(-1) protein. The enzyme was not completely purified to homogeneity but, nevertheless, a major protein was isolated by SDS-PAGE for subsequential amino acid determination of peptide fragments. From sequence alignments to related enzymes, a high homology towards the active site sequences of other microsomal epoxide hydrolases was found. Molecular mass determinations indicated that the native enzyme exists as a homodimer, with a subunit molecular mass of about 45 kDa. Based upon these, this epoxide hydrolase is structurally related to other microsomal epoxide hydrolases

De MAP COMPARISON KIT: methoden, software en toepassingen

Kaarten, en in het bijzonder landgebruikskaarten, worden gepresenteerd in een reeks van uitgaves van het Milieu- en Natuurplanbureau (MNP/RIVM). Voorbeelden zijn de Milieu- en Natuurverkenning die eens per vier jaar uitkomen, als ook de Milieubalans en Natuurbalans die jaarlijks worden gepubliceerd. Kaarten en kaartbeeldvergelijkingen spelen een belangrijke rol bij het tot stand komen van deze producten. Hierbij kunnen kaarten voor allerlei doeleinden vergeleken worden: (i) kaarten kunnen gebaseerd zijn op verschillende economische/demografische scenario's, (ii) detectie van veranderingen in landgebruik in de tijd, (iii) calibratie en validatie van landgebruiksmodellen, (iv) detectie van hot-spots in kaarten, (v) onzekerheidsanalyse en (vi) analyse van kaarten die afkomstig zijn van verschillende onderzoeksgroepen of modellen. Dit rapport is gericht op het kwantificeren van verschillen en overeenkomsten in kaarten. Hierbij ligt de nadruk op nominale en ordinale kaarten. Voor dit type kaarten is het uitvoeren van vergelijkingen het lastigst. Immers, hoe zou je verschillen tusen de nominale landgebruikscategorieen 'grasland', 'bebouwing' of 'recreatie' numeriek moeten uitdrukken? We beschrijven een vijftal methodes om kaartbeelden te vergelijken. Deze methodes verschillen in wiskundige benadering (geen wiskunde, 'cel bij cel', twee soorten 'fuzzy' en kengetallen voor enkelvoudige kaarten) als ook in het type kaarten waarvoor ze bedoeld zijn (nominale schaal, ordinale schaal, ratio-schaal en interval-schaal ). Speciale aandacht wordt besteed aan kaartbeeldvergelijking gebaseerd op rekenregels uit de fuzzy-set theorie. De kaartbeeldvergelijkingsmethodes worden geillustreerd aan de hand van een aantal case-studies. De voorbeelden varieren van de analyse van historisch agrarisch grondgebruik over de periode 1700 tot 1990, tot het analyseren voor landgebruikstoekomstbeelden voor het jaar 2020. Speciale toepassingen zijn het calibreren en valideren van landgebruiksmodellen, en het zoeken naar inconsistenties in landgebruikskaarten van het CBS. Alle analyses uit het rapport zijn uitgevoerd met de MAPCOMPARISONKIT-software. Dit software pakket is in opdracht van het RIVM ontwikkeld door het Research Instituut voor KennisSystemen (RIKS). De software is uniek in het integreren van vier kaartbeeld-vergelijkingsmethodes. De software zal begin 2004 algemeen beschikbaar worden gesteld via de RIVM-website (www.rivm.nl). We concluderen dat de nieuw ontwikkelde MAPCOMPARISONKIT-software een krachtig 'state of the art' hulpmiddel is bij het analyseren van kaartbeelden.Comparing maps is an important issue in environmental research. Reasons for comparing maps may be: (i) the different socio-economic scenarios on which they are based, (ii) detection of temporal changes, (iii) calibration/validation of land-use models, (iv) hot-spot detection, (v) their use in uncertainty analysis, and (vi) their origin in different methodologies/models. This report addresses the problem of quantifying subsequent map similarities and dissimilarities.Our main focus is on maps denoted as 'categorical' or 'nominal'. A number of the five map- comparison techniques are described. These techniques differ in mathematical approach (no math, 'cell by cell', two types of 'fuzzy' and 'single-map statistics') and apply to different types of maps (nominal, ordinal, ratio and interval scale). Special attention is given to the comparison of maps through fuzzy-set calculation rules. The rationale is that fuzzy-set map comparison is very close to human judgement, as shown in an Internet experiment.The MAP COMPARISON KIT (MCK) software plays a major role in the report. MCK, a software package for 'state-of-the-art' map comparison, contains all the examples used in this report. The software, developed by order of the Netherlands Environmental Assessment Agency, was fully designed by the Research Institute for Knowledge Systems. The software will be made publicly available on the RIVM website early 2004 (www.rivm.nl).RIV

The MAP COMPARISON KIT: methods, software and applications

Kaarten, en in het bijzonder landgebruikskaarten, worden gepresenteerd in een reeks van uitgaves van het Milieu- en Natuurplanbureau (MNP/RIVM). Voorbeelden zijn de Milieu- en Natuurverkenning die eens per vier jaar uitkomen, als ook de Milieubalans en Natuurbalans die jaarlijks worden gepubliceerd. Kaarten en kaartbeeldvergelijkingen spelen een belangrijke rol bij het tot stand komen van deze producten. Hierbij kunnen kaarten voor allerlei doeleinden vergeleken worden: (i) kaarten kunnen gebaseerd zijn op verschillende economische/demografische scenario's, (ii) detectie van veranderingen in landgebruik in de tijd, (iii) calibratie en validatie van landgebruiksmodellen, (iv) detectie van hot-spots in kaarten, (v) onzekerheidsanalyse en (vi) analyse van kaarten die afkomstig zijn van verschillende onderzoeksgroepen of modellen. Dit rapport is gericht op het kwantificeren van verschillen en overeenkomsten in kaarten. Hierbij ligt de nadruk op nominale en ordinale kaarten. Voor dit type kaarten is het uitvoeren van vergelijkingen het lastigst. Immers, hoe zou je verschillen tusen de nominale landgebruikscategorieen 'grasland', 'bebouwing' of 'recreatie' numeriek moeten uitdrukken? We beschrijven een vijftal methodes om kaartbeelden te vergelijken. Deze methodes verschillen in wiskundige benadering (geen wiskunde, 'cel bij cel', twee soorten 'fuzzy' en kengetallen voor enkelvoudige kaarten) als ook in het type kaarten waarvoor ze bedoeld zijn (nominale schaal, ordinale schaal, ratio-schaal en interval-schaal ). Speciale aandacht wordt besteed aan kaartbeeldvergelijking gebaseerd op rekenregels uit de fuzzy-set theorie. De kaartbeeldvergelijkingsmethodes worden geillustreerd aan de hand van een aantal case-studies. De voorbeelden varieren van de analyse van historisch agrarisch grondgebruik over de periode 1700 tot 1990, tot het analyseren voor landgebruikstoekomstbeelden voor het jaar 2020. Speciale toepassingen zijn het calibreren en valideren van landgebruiksmodellen, en het zoeken naar inconsistenties in landgebruikskaarten van het CBS. Alle analyses uit het rapport zijn uitgevoerd met de MAPCOMPARISONKIT-software. Dit software pakket is in opdracht van het RIVM ontwikkeld door het Research Instituut voor KennisSystemen (RIKS). De software is uniek in het integreren van vier kaartbeeld-vergelijkingsmethodes. De software zal begin 2004 algemeen beschikbaar worden gesteld via de RIVM-website (www.rivm.nl). We concluderen dat de nieuw ontwikkelde MAPCOMPARISONKIT-software een krachtig 'state of the art' hulpmiddel is bij het analyseren van kaartbeelden