MatGAT: An application that generates similarity/identity matrices using protein or DNA sequences

BACKGROUND: The rapid increase in the amount of protein and DNA sequence information available has become almost overwhelming to researchers. So much information is now accessible that high-quality, functional gene analysis and categorization has become a major goal for many laboratories. To aid in this categorization, there is a need for non-commercial software that is able to both align sequences and also calculate pairwise levels of similarity/identity. RESULTS: We have developed MatGAT (Matrix Global Alignment Tool), a simple, easy to use computer application that generates similarity/identity matrices for DNA or protein sequences without needing pre-alignment of the data. CONCLUSIONS: The advantages of this program over other software are that it is open-source freeware, can analyze a large number of sequences simultaneously, can visualize both sequence alignment and similarity/identity values concurrently, employs global alignment in calculations, and has been formatted to run under both the Unix and the Microsoft Windows Operating Systems. We are presently completing the Macintosh-based version of the program

Evaluation gravimétrique des vitesses d'entartrage sur tubes témoins

Les progrès accomplis en matière d'études des phénomènes d'entartrage depuis une vingtaine d'années ont porté sur les mécanismes de formation du tartre et sur les essais accélérés. La mise au point de méthodes électrochimiques pour l'étude de l'entartrage a marqué un tournant décisif dans l'étude des paramètres influençant l'incrustation du carbonate de calcium. Par ailleurs, ces techniques permettaient d'obtenir des résultats très rapides, en quelques dizaines de minutes, voire en quelques minutes si l'on travaillait avec des électrodes brossées, et ce, aussi bien en eau chaude qu'en eau froide. Cependant, ces méthodes présentent quelques inconvénients. Le premier est qu'elles ne s'appliquent qu'à des matériaux conducteurs ou rendus conducteurs. Elles sont donc, en pratique, réservées aux métaux. Le second inconvénient est lié au fait que l'interface métal/eau est portée à un pH extrêmement élevé lors de l'essai. De ce fait, on ne se trouve plus dans des conditions thermodynamiques réalistes d'entartrage. Depuis cette époque d'autres méthodes ont vu le jour, notamment la méthode de Précipitation Contrôlée Rapide, ce qui a permis d'étudier très finement le processus de germination-croissance du carbonate de calcium et, ainsi, de discriminer deux eaux de compositions identiques mais de pouvoirs entartrants différents. Or cette technique ne permet de caractériser que l'eau employée. Il était donc nécessaire de la transposer dans un essai où l'on puisse introduire une surface d'un matériau quelconque, conducteur ou non conducteur. La méthode gravimétrique qui est proposée dans cette étude intègre ces différents impératifs, de manière à être à la fois une méthode accélérée et une technique réaliste vis-à-vis des conditions thermodynamiques que l'on rencontre dans les entartrages réels. Les matériaux utilisés pour ces essais sont des tubes de divers type, dont le diamètre est de l'ordre d'un demi pouce et dont la longueur est de 10 cm. Ces tubes peuvent ainsi être pesés aisément sur une balance de précision. Ce dispositif est conçu de telle façon que les eaux utilisées amorcent légèrement leur précipitation dans un bac tampon. De cette manière on peut simuler un circuit d'eau chaude qui présente des conditions entartrantes. L'entartrage est évalué par pesée à l'aide d'une balance au 1/10e de mg

Influence of clay suspensions on scaling

Scaling problems have been intensively investigated using carbonically pure water (i.e. synthetic water containing only calcium and carbonates ions) or natural water which only contain few particle suspensions. Nervertheless, industrial water can contain a lot of materials in suspension, especially when the water is taken from rivers. Thus, the objective of the present study is to characterise the interactions between clays in suspension and scaling phenomenon. In order to estimate the effect of clays in suspension, we first performed Rapid Controlled Precipitation assays (RCP). This method can evaluate the effect of an addition of clay in suspension on the CaCO3 nucleation-growth kinetics in calcifying water. In this way we found that, whichever clay used, process kinetics always slowed down. Secondly, gravimetric scaling experiments on polyethylene were achieved. Now, results are much more contrasting. It appears that some clay like smectite leads to a high slowdown of scaling. In addition, calcium carbonate weakly deposits while clay deposits a littie. With other clay like kaolinite or granitic clay, the deposit consists of CaCO3 with clay. Finally, some clay does not deposit on polyethylene at all and has almost no inhibition effect on scaling (case of a natural clay) We noticed that the antiscaling effect of clays is maximum if the clay displays the maximum quantity of suspended materials as well as a highly negative potential ζ. We should précise that if the nucleation-growth phenomenon is slowed down by clay suspensions, the deposit quantity obtained is not always minimised. This is due to the fact that some clays can also deposit themselves