Tackling Rapid Radiations With Targeted Sequencing

In phylogenetic studies across angiosperms, at various taxonomic levels, polytomies have persisted despite efforts to resolve them by increasing sampling of taxa and loci. The large amount of genomic data now available and statistical tools to analyze them provide unprecedented power for phylogenetic inference. Targeted sequencing has emerged as a strong tool for estimating species trees in the face of rapid radiations, lineage sorting, and introgression. Evolutionary relationships in Cyperaceae have been studied mostly using Sanger sequencing until recently. Despite ample taxon sampling, relationships in many genera remain poorly understood, hampered by diversification rates that outpace mutation rates in the loci used. The C4 Cyperus clade of the genus Cyperus has been particularly difficult to resolve. Previous studies based on a limited set of markers resolved relationships among Cyperus species using the C3 photosynthetic pathway, but not among C4 Cyperus clade taxa. We test the ability of two targeted sequencing kits to resolve relationships in the C4 Cyperus clade, the universal Angiosperms-353 kit and a Cyperaceae-specific kit. Sequences of the targeted loci were recovered from data generated with both kits and used to investigate overlap in data between kits and relative efficiency of the general and custom approaches. The power to resolve shallow-level relationships was tested using a summary species tree method and a concatenated maximum likelihood approach. High resolution and support are obtained using both approaches, but high levels of missing data disproportionately impact the latter. Targeted sequencing provides new insights into the evolution of morphology in the C4 Cyperus clade, demonstrating for example that the former segregate genus Alinula is polyphyletic despite its seeming morphological integrity. An unexpected result is that the Cyperus margaritaceus-Cyperus niveus complex comprises a clade separate from and sister to the core C4 Cyperus clade. Our results demonstrate that data generated with a family-specific kit do not necessarily have more power than those obtained with a universal kit, but that data generated with different targeted sequencing kits can often be merged for downstream analyses. Moreover, our study contributes to the growing consensus that targeted sequencing data are a powerful tool in resolving rapid radiationsEspaña Ministry of Economy and Competitiveness (project CGL2016- 77401-P

The personal essay as autobiography: a gender and genre approach

El ensayo personal como autobiografía es el paisaje genérico que recorreré en estas líneas. En concreto, me propongo hacer un análisis comparativo de cuatro libros que pueden leerse como las autobiografías de sus autores, aunque están escritos como ensayo, incorporando en mi análisis aspectos doblemente genéricos (tanto de género literario como de género sexual). El “ensayo personal” es un género autobiográfico descrito como “un ponerse a prueba a uno mismo”; como “un testado de nuestras respuestas intelectuales, emocionales y psicológicas ante ciertos temas. Exploro, entonces, volúmenes recientemente publicados por la escritora española Rosa Montero (La loca de la casa), la canadiense Margaret Atwood (Negotiating with the Dead: A Writer on Writing), el mexicano-americano Richard Rodriguez (Brown: The Last Discovery of America) y el judío George Steiner (Errata: An Examined Life). El incorporar a mi recorrido transnacional las obras de dos hombres y de dos mujeres me permite hacer un fundamentado estudio comparativo de algunos temas relacionados tanto con los géneros literarios como con el género sexual.The personal essay as autobiography is the generic landscape I will traverse along these lines. Within that field, I do a gender-oriented comparative analysis of four books that can be read as autobiography, although they really are written as personal essays, a genre of life writing described as “a self-trying-out; a testing of one’s own intellectual, emotional, and psychological responses to a given topic.” I explore recent hybrid autobiographical volumes written by Spanish Rosa Montero (La loca de la casa), Canadian Margaret Atwood (Negotiating with the Dead: A Writer on Writing), Mexican-American Richard Rodriguez (Brown: The Last Discovery of America) and European-born, Jewish-American George Steiner (Errata: An Examined Life). Bringing into my trans-national analysis the works of two men and two women allows me to do a reliable comparative reading of a number of genre/ gender oriented issues

Contenidos web y percepciones sociales: la imagen proyectada del paisaje cultural de Constantina (Sevilla, España)

Este trabajo tiene como finalidad principal la presentación de una propuesta metodológica de aproximación a la percepción paisajística a través del análisis de la imagen proyectada por los agentes sociales en los contenidos que publican en páginas web. Esta propuesta podría aplicarse tanto para obtener una información previa al despliegue de técnicas etnográficas tradicionales (entrevistas, encuestas, grupos focales, etc.) como para sustituir dicho despliegue cuando no sea posible realizarlo por falta de los recursos necesarios o por la existencia de un contexto que lo imposibilite como la escala de la investigación, el confinamiento social o la inestabilidad socio-política. La aplicación de técnicas cuantitativas y cualitativas para el análisis de contenidos web permitirá evaluar el alcance de esta propuesta y su capacidad para complementar, validar o contradecir el conocimiento científico-técnico generado sin el concurso de los agentes sociales

Una aproximación al paisaje cultural mediante etnografía virtual complementa el conocimiento experto de la percepción social

El proyecto PAYSOC tiene como finalidad principal generar una metodología innovadora de análisis de los paisajes culturales andaluces mediante la aplicación de la etnografía virtual para incorporar el punto de vista de los agentes locales, de forma que se pueda sancionar, modificar y/o complementar la valoración experta, en línea con los principios de la construcción colaborativa del conocimiento, el paradigma participativo del patrimonio cultural y el uso de los contenidos proyectados en el mundo digital por parte de las personas interesadas. Este proyecto surge en el marco de la línea de investigación desarrollada por el Laboratorio del Paisaje Cultural del IAPH vinculada a la implementación del Convenio Europeo del Paisaje que tiene en la identificación de agentes y la incorporación de sus puntos de vista uno de sus principales objetivos