First report of Cassava Bacterial Blight caused by Xanthomonas axonopodis pv. manihotis in Burkina Faso

International audienc

Caracterisation moleculaire et selection de varietes de manioc resistantes contre Xanthomonas axonopodis PV. Manihotis en Cote d’Ivoire

La bactériose du manioc causée par Xanthomonas axonopodis pv. manihotis cause de dommages aux cultures de manioc en Côte d’Ivoire. En vue d’avoir une meilleure connaissance de l’agent pathogène, 800 isolats ont été collectés des fragments de feuilles et de tiges de manioc malades dans six des sept zones agroécologiques (ZAE). Les colonies bactériennes de chaque isolat montrant les caractéristiques morphologiques typiques Xanthomonas axonopodis pv. manihotis ont été soumises à une analyse moléculaire. En se basant sur le dénombrement des feuilles attaquées par la maladie, la sensibilité de huit variétés de manioc a été évaluée dans les conditions d’infestation naturelle à Ferkessédougou. Les résultats ont montré après 48 heures d’incubation, des colonies de caractéristiques morphologiques, blanc-ivoire, lisses, brillantes, convexes, avec des contours réguliers, non puantes et d’aspect visqueux. L’amplification par PCR de l’ADN, a montré un profil à une seule bande d’une taille d’environ 900 pb caractéristique de Xanthomonas axonopodis pv. manihotis. Des huit variétés testées, seules les variétés améliorées « Bocou 2 » et « Yavo » ont été les moins attaquées. Xanthomonas axonopodis pv. manihotis est bien sûr l’agent causal des taches, brûlures et dieback observées sur les variétés de manioc en Côte d’Ivoire. Donc, les variétés « Bocou 2 » et « Yavo » peuvent être recommandées aux producteurs des zones où la bactériose vasculaire du manioc sévit plus.Mots clés : Manioc, Xanthomonas axonopodis pv. manihotis, caractérisation moléculaire, résistance variétal

Etude de la r&#233sistance au fl&#233rien de ligne&#233es inter-et intrasp&#233cifiques de riz de bas-fonds en conditions d'infestation artificielles

Le riz (Oryza sativa) est une nourriture de base importante au Burkina Faso. Cependant, la productivité de riz au Burkina Faso est affectée par l’infestation bactérienne de flanche menant à l’échec total de récolte dans beaucoup des cas. Il y a donc urgence d’évaluer et par la suite introduire des cultivars résistants pour toutes les zones écologiques du Burkina faso. Dans cette étude, cette évaluation de la résistance à la flanche bactérienne a été faite en utilisant soixante- neuf lignées de riz des basses terres, dont huit lignées intra spécifiques et soixante et interspécifiques. Une variante de Xanthomonas oryzae pv. oryzae du Burkina Faso a été utilisé pour tester les lignées candidates. Une variante de référence (NCPPB 1150) a été obtenue au Danemark et de l’eau distillée a été utilisée respectivement comme le contrôle positif et négatif. La variété susceptible à la bactérie flanche, la variété chinoise TCS 10 et la résistante FKR19 ont été aussi utilisées comme contrôle. L’expérience a été conduite en serre à la température de 28-30°C et 12 heures de cycle de lumière. La conception expérimentale était du type split plot avec trois réplications. Apres quinze jours les vieilles plantes de riz ont été vaccinées et les symptômes de maladie ont été observés quatorze jours après l’inoculation. Les résultats ont indiqué que55.07 % des lignées sont résistantes, 23.20 % modérément résistant, 5.80 % modérément susceptible, 7.24 % susceptible et 8.69 % extrêmement susceptible. Il a été aussi observé que 78.68 % de lignées interspécifiques étaient plus résistantes en comparaison avec 75 % d’intra spécifiques. La variante bactérienne de Bagre(Burkina Faso) était plus virulente que le NCPPB de référence 1150. Les lignées inter spécifiques et intra spécifiques doivent être essayé dans les conditions de champ avant la recommandation pour l’adoption dans les zones infestées par Xanthomonas oryzae pv. oryzae

Etude de la Résistance au Flétrissement Bactérien de Lignées Inter-Et Intraspécifiques de Riz de Bas-Fonds en Conditions D'infestation Artificielles

Rice ( Oryza sativa ) is an important staple food in Burkina Faso. However, rice productivity in Burkina Faso is affected by bacterial wilt disease leading to total crop failure in many instances. Therefore, there is need to evaluate and subsequently introduce cultivars that exhibit resistance under ecological zones in Burkina Faso. In this study, evaluation of the resistance to bacterial wilt was done using sixty nine lines of low-land rice, eight of which were intraspecific and sixty one interspecific. A strain of Xanthomonas oryzae pv. oryzae isolated from Burkina Faso was used to challenge the candidate strains. A reference strain (NCPPB 1150) obtained from Denmark and distilled water were used as positive and negative control, respectively. The susceptible variety to bacterial wilt, chinese variety TCS 10 and the resistant one, FKR19 were also used as control. The experiment was conducted in screenhouse at the temperature of 28-30 °C and 12 hours daylight cycle. Experimental design was a split splot with three replications. Fifteen days old plants of rice were inoculated and disease symptoms were observed fourteen days after inoculation. The results indicated that 55,07 % of the lines are resistant, 23,20 % moderately resistant, 5,80 % moderately susceptible, 7,24 % susceptible and 8,69 % highly susceptible. It was also observed that 78,68 % of interspecific lines were more resistant compared to 75 % of the intraspecific. Bacterial strain isolated from Bagre (Burkina Faso) was more virulent than the reference NCPPB 1150. The inter and intraspecific lines need to be tested in the field conditions before recommendation for adoption in zones infested by Xanthomonas oryzae pv. oryzae.Le riz ( Oryza sativa ) est une nourriture de base importante au Burkina Faso. Cependant, la productivité de riz au Burkina Faso est affectée par l'infestation bactérienne de flanche menant à l'échec total de récolte dans beaucoup des cas. Il y a donc urgence d'évaluer et par la suite introduire des cultivars résistants pour toutes les zones écologiques du Burkina faso. Dans cette étude, cette évaluation de la résistance à la flanche bactérienne a été faite en utilisant soixante- neuf lignées de riz des basses terres, dont huit lignées intra spécifiques et soixante et interspécifiques. Une variante de Xanthomonas oryzae pv. oryzae du Burkina Faso a été utilisé pour tester les lignées candidates. Une variante de référence (NCPPB 1150) a été obtenue au Danemark et de l'eau distillée a été utilisée respectivement comme le contrôle positif et négatif. La variété susceptible à la bactérie flanche, la variété chinoise TCS 10 et la résistante FKR19 ont été aussi utilisées comme contrôle. L'expérience a été conduite en serre à la température de 28-30°C et 12 heures de cycle de lumière. La conception expérimentale était du type split plot avec trois réplications. Apres quinze jours les vieilles plantes de riz ont été vaccinées et les symptômes de maladie ont été observés quatorze jours après l'inoculation. Les résultats ont indiqué que 55.07 % des lignées sont résistantes, 23.20 % modérément résistant, 5.80 % modérément susceptible, 7.24 % susceptible et 8.69 % extrêmement susceptible. Il a été aussi observé que 78.68 % de lignées interspécifiques étaient plus résistantes en comparaison avec 75 % d'intra spécifiques. La variante bactérienne de Bagre (Burkina Faso) était plus virulente que le NCPPB de référence 1150. Les lignées inter spécifiques et intra spécifiques doivent être essayé dans les conditions de champ avant la recommandation pour l'adoption dans les zones infestées par Xanthomonas oryzae pv. oryzae

Prévalence du dessèchement du manguier et evaluation de la fréquence des champignons associés à la maladie au Burkina Faso

Objectif: l’objectif de l’étude est de contribuer au diagnostic du dessèchement du manguier au Burkina Faso. Il s’agit d’une part d’évaluer l’incidence et la sévérité de la maladie sur cinq variétés commerciales provenant du  Nahouri, de la Sissili, du Houet, de la Comoé, du Kénédougou et de la Léraba et d’autre part d’inventorier les espèces de champignons associées aux symptômes de la maladie.Méthodologie et résultats: Une échelle de 1 à 5 a été utilisée pour l’évaluation de l’incidence et de la sévérité du desséchement du manguier dans six provinces du Burkina Faso. Sa prévalence a été évaluée sur cinq variétés commerciales du pays. Les taux d’infections des espèces de champignons ont été calculés à partir des échantillons des manguiers malades. Les résultats révèlent une forte incidence du dessèchement de manguier dans le Nahouri (86%) et une forte sévérité (58,2%). Cependant, les plus faibles valeurs ont été constatées dans la Léraba avec 42,8% d’incidence et 29,8% de sévérité. Le Kénédougou, le Houet, la Comoé et la Sissili ont enregistré des incidences moyennes comprises entre (43,6%) à (81,6%) et de sévérités moyennes entre (30,88%) à (50,8%). La plus forte prévalence (77%) a été enregistrée sur la variété Amélie, suivie de Kent, Keitt, et Lippens. Le plus faible taux (34%) a été observé sur Brooks. Sept espèces de champignons ont été inventoriées. Le plus fort taux d’infection a été enregistré pour le champignon Pestalotiopsis microspora (53,5 %), suivi de Botryodiplodia theobromae, Fusarium sp, Curvularia sp, Aspergillus niger, et de Botrytis cinerea. Le plus faible taux (1.25%) a été noté pour Colletotrichum gloesporiodes.Conclusion et Application: Ces résultats renseignent de l’importance du dessèchement des manguiers ainsi que les espèces de champignons associées à la maladie au Burkina Faso. Des études de caractérisation moléculaire couplées au test de pathogénie devraient permettre d’incriminer les espèces fongiques responsables de la maladie pour mieux la contrôler.Mots clés: Dessèchement, Manguier, Incidence, Sévérité, Champignons, Burkina FasoEnglish Title: Prevalence of mango tree decline and evaluation of fungi frequency associated disease in Burkina FasoEnglish AbstractObjective: The objective of the study is to contribute to the diagnosis of the mango tree decline in Burkina Faso. It is to evaluate incidence and severity of this disease in five commercial varieties from Nahouri, Sissili, Houet, Comoé, Kénédougou and Léraba and to inventory the fungal species associated with the symptoms of the disease.Methodology and results: Incidence and severity of mango tree decline symptoms were calculated according to allotted scale from 1 to 5 on diseased trees. Prevalence was also assessed on Kent, Keitt, Amélie Lippens and Brooks commercial varieties from the six previously mentioned producing provinces of Burkina Faso. Samples of infected plant were collected and incubated for the inventory and infection rate of the fungal species. The frequency of fungal species were also carried out from the different organs of the mango tree. Survey resultsshowed highest mango decline incidence (86%) and severity (58.2%) in the visited orchards of Nahouri. However, least incidence of (42.8%) and severity of (29.8%) were observed in Léraba. Intermediate values of incidence and severity of the desease were observed in Kénédougou, Houet and Comoé. Maximum prevalence of disease (77%) was calculated on cultivar Amélie followed by Kent ; Keitt, and Lippens. The minimum disease incidence (34%) was noted on Brooks. Seven species of fungi were inventoried. The highest frequency was recorded in Pestalotiopsis microspora (53.5%) followed by Botryodiplodia theobromae, Fusarium sp, Curvularia sp, Aspergillus sp and Botrytis cinerea. The least rate (1.25%) were noted in Colletotrichum gloesporiodes.Conclusion and application: These results indicate the importance of the mango decline and the species of fungi associated with the disease in Burkina Faso. Pathogenicity and molecular analyzes should allow to incriminate the fungal species responsible for the disease to better control.Keywords: decline, mango, incidence, severity, fungi, Burkina Fas

Genetic Structure and TALome Analysis Highlight a High Level of Diversity in Burkinabe Xanthomonas Oryzae pv. oryzae Populations

Abstract Bacterial Leaf Blight of rice (BLB) caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) is a major threat for food security in many rice growing countries including Burkina Faso, where the disease was first reported in the 1980’s. In line with the intensification of rice cultivation in West-Africa, BLB incidence has been rising for the last 15 years. West-African strains of Xoo differ from their Asian counterparts as they (i) are genetically distant, (ii) belong to new races and, (iii) contain reduced repertoires of Transcription Activator Like (TAL) effector genes. In order to investigate the evolutionary dynamics of Xoo populations in Burkina Faso, 177 strains were collected from 2003 to 2018 in three regions where BLB is occurring. Multilocus VNTR Analysis (MLVA-14) targeting 10 polymorphic loci discriminated 24 haplotypes and showed that Xoo populations were structured according to their geographical localization and year of collection. Considering their major role in Xoo pathogenicity, we assessed the TAL effector repertoires of the 177 strains upon RFLP-based profiling. Surprisingly, an important diversity was revealed with up to eight different RFLP patterns. Finally, comparing neutral vs. tal effector gene diversity allowed to suggest scenarios underlying the evolutionary dynamics of Xoo populations in Burkina Faso, which is key to rationally guide the deployment of durably resistant rice varieties against BLB in the country

Assessment of genetic diversity of rice in registered cultivars and farmers' fields in Burkina Faso

The genetic diversity of cultivated rice in farmers' fields remains understudied in West Africa despite the importance of rice for food security in this region. In this study, we genotyped rice samples from Burkina Faso using the C6AIR SNP (Single Nucleotide Polymorphism) array (IRRI), including 27 registered cultivars and 50 rice samples collected in rice fields from three geographical zones in western Burkina Faso. Most of the registered cultivars clustered with the indica genetic group, except seven assigned to japonica and one admix. All but one of the rice samples from farmers' fields belonged to the indica group. The other field sample, which unexpectedly clustered with the Aus genetic group, originated from a rainfed lowland site known to differ in terms of agronomic practices, and which revealed to be highly differentiated from the five other sites. Apart from this peculiar site, the rice grown in irrigated areas did not differ from rice sampled in rainfed lowlands. Finally, obtained genetic data confirmed the high frequency of one cultivar, in congruence with farmers' interviews. We argue on the importance to document and preserve the high agro-biodiversity observed in rice from Burkina Faso as a prerequisite to face the current challenges of growing rice demand and global change