Functional identification of cis-regulatory long noncoding RNAs at controlled false discovery rates.

A key attribute of some long noncoding RNAs (lncRNAs) is their ability to regulate expression of neighbouring genes in cis. However, such 'cis-lncRNAs' are presently defined using ad hoc criteria that, we show, are prone to false-positive predictions. The resulting lack of cis-lncRNA catalogues hinders our understanding of their extent, characteristics and mechanisms. Here, we introduce TransCistor, a framework for defining and identifying cis-lncRNAs based on enrichment of targets amongst proximal genes. TransCistor's simple and conservative statistical models are compatible with functionally defined target gene maps generated by existing and future technologies. Using transcriptome-wide perturbation experiments for 268 human and 134 mouse lncRNAs, we provide the first large-scale survey of cis-lncRNAs. Known cis-lncRNAs are correctly identified, including XIST, LINC00240 and UMLILO, and predictions are consistent across analysis methods, perturbation types and independent experiments. We detect cis-activity in a minority of lncRNAs, primarily involving activators over repressors. Cis-lncRNAs are detected by both RNA interference and antisense oligonucleotide perturbations. Mechanistically, cis-lncRNA transcripts are observed to physically associate with their target genes and are weakly enriched with enhancer elements. In summary, TransCistor establishes a quantitative foundation for cis-lncRNAs, opening a path to elucidating their molecular mechanisms and biological significance

Lineamientos Para El Proyecto Profesional-AR103-201600

Curso de especialidad en la carrera de Arquitectura de carácter teórico-práctico dirigido a los estudiantes de noveno ciclo que busca desarrollar las competencias generales Comunicación Escrita y Manejo de la Información así como la competencia específica Investigación.Como estudiante la elección del tema de proyecto de grado es siempre un problema al final de la carrera este curso te sirve de soporte operativo para que puedas manejar diferentes herramientas en el campo de la investigación y las apliques específicamente en la arquitectura definiendo el tema programa y lugar del futuro proyecto así como sus objetivos alcances y planteamientos teóricos. Es la primera etapa del proceso de titulación que continuarás en el taller de tesis y luego con la elaboración de tu proyecto de grado es un entrenamiento riguroso para lo que te espera más tarde en tu vida profesional cuando tengas que justificar sólidamente la pertinencia de tus propuestas

Lineamientos Para El Proyecto Profesional-AR103-201700

El curso Lineamientos para el proyecto profesional en la carrera de Arquitectura de carácter teórico-práctico dirigido a los estudiantes del noveno ciclo busca desarrollar las competencias generales de ¿manejo de la información¿ y ¿comunicación escrita¿ y la competencia específica de ¿investigación¿.Como estudiante la elección del tema de proyecto de grado es siempre un problema al final de la carrera este curso te sirve de soporte operativo para que puedas manejar diferentes herramientas en el campo de la investigación y las apliques específicamente en la arquitectura definiendo el tema programa y lugar del futuro proyecto así como sus objetivos alcances y planteamientos teóricos. Es la primera etapa del proceso de titulación que continuarás en el taller de tesis y luego con la elaboración de tu proyecto de grado es un entrenamiento riguroso para lo que te espera más tarde en tu vida profesional cuando tengas que justificar sólidamente la pertinencia de tus propuestas

Enhancing CRISPR deletion via pharmacological delay of DNA-PKcs.

CRISPR-Cas9 deletion (CRISPR-del) is the leading approach for eliminating DNA from mammalian cells and underpins a variety of genome-editing applications. Target DNA, defined by a pair of double-strand breaks (DSBs), is removed during nonhomologous end-joining (NHEJ). However, the low efficiency of CRISPR-del results in laborious experiments and false-negative results. By using an endogenous reporter system, we show that repression of the DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs)-an early step in NHEJ-yields substantial increases in DNA deletion. This is observed across diverse cell lines, gene delivery methods, commercial inhibitors, and guide RNAs, including those that otherwise display negligible activity. We further show that DNA-PKcs inhibition can be used to boost the sensitivity of pooled functional screens and detect true-positive hits that would otherwise be overlooked. Thus, delaying the kinetics of NHEJ relative to DSB formation is a simple and effective means of enhancing CRISPR-deletion

Investigación Arquitectónica-AR246-201901

Descripción: El curso de Investigación Arquitectónica inicia la línea de cursos que contribuyen a preparar el proyecto de grado. Es la primera etapa del proceso de titulación que continua con el curso de Lineamientos para el proyecto profesional sigue con el taller X y termina con la sustentación de tu proyecto de grado. Es un entrenamiento riguroso para lo que desarrollarás más adelante durante tu vida profesional cuando tengas que justificar sólidamente la pertinencia de tus propuestas.Propósito:A través de la profundización del conocimiento de un tema elegido el estudiante será capaz de manejar las herramientas de investigación: identificar la información necesaria así como de buscarla seleccionarla evaluarla y usarla éticamente para la construcción del tema marco teórico y análisis de proyectos referenciales.El curso contribuye directamente al desarrollo de las competencias generales Comunicación Escrita y Manejo de la Información así como la competencia específica Pensamiento Crítico y Representación (Graphic Representation) las tres a nivel 3 avanzado. Tiene como requisito el curso TVII - Taller de Integración

Lineamientos Para El Proyecto Profesional-AR247-201800

Curso de carácter teórico-práctico dirigido a los estudiantes del noveno ciclo busca desarrollar las competencias generales de manejo de la información y comunicación escrita así como a la competencia específica de investigación.Definirás el programa y lugar del futuro proyecto profesional así como sus objetivos alcances y planteamientos teóricos. Culminarás la primera etapa del proceso de titulación que continuarás en el taller de tesis y luego con la elaboración de tu proyecto de grado es un entrenamiento riguroso para lo que te espera más tarde en tu vida profesional cuando tengas que justificar sólidamente la pertinencia de tus propuestas

Lineamientos Para El Proyecto Profesional-AR247-201900

El curso de Lineamientos para el Proyecto Profesional es el segundo de la línea de cursos que contribuyen a preparar el proyecto de grado. Es la segunda etapa del proceso de titulación que se inicia en el curso de Investigación Arquitectónica continua con el Taller de Tesis y finalmente con la elaboración de tu proyecto de grado. Es un entrenamiento riguroso para lo que te espera más tarde en tu vida profesional cuando tengas que justificar sólidamente la pertinencia de tus propuestas.A través de la elaboración de un programa arquitectónico y la selección de un terreno para su proyecto el estudiante será capaz de manejar las herramientas básicas en el campo de la investigación recopilación y manejo de fuentes así como la construcción de un expediente urbano

Investigación Arquitectónica-AR246-201801

Curso de carácter teórico-práctico dirigido a los estudiantes del octavo ciclo busca desarrollar las competencias generales de comunicación escrita y manejo de la información yasí como la competencia específica de investigación.Se dirige a la elección del tema de proyecto profesional a la profundización del conocimiento del tema elegido y a manejar las herramientas básicas en el campo de la investigación recopilación y manejo de fuentes así como la construcción del marco teórico necesario

Studies in Theoretical Biology: A Collectionof Undergraduate Research

120 pages, 7 articles*Studies in Theoretical Biology: A Collectionof Undergraduate Research* (Castillo-Chavez, Carlos) 120 pages*A Model Describing the Response of the Immune System to Mycobacterium tuberculosis* (Herrera, Christian; Lima, Sharon; Munoz, Roberto; Ramos, Gloria; Rodriguez, Ariel; Salzberg, Claudia) 19 pages*Mathematical Models to Study the Outbreaks of Ebola* (Astacio, Jaime; Briere, DelMar; Guillen, Milton; Martinez, Josue; Rodriguez, Francisco; Valenzuela-Campos, Noe) 18 pages*Stochastic Simulations of a Spatial SIR Model* (Camacho, Judit; Carreon, Fernando; Castillo-Guajardo, Derik; Jimenez-Perez, Hugo; Montoya-Gallardo, Leticia; Saenz, Ricardo A.) 14 pages*HIV-1 Replication Rate* (Arias, Michelle J.; Inguez, Delmy; Camacho, Erika T.; Castillo, Rafael B.; Melon, Eliel; Parra, Luz E.) 20 pages*The Effects of Vaccination in a Core Group* (Bobadilla, Marina; Lozano, Sharon Ann; Maia, Jessica Mendes; Villarreal, Julio Casar; Wilson, Novaline Dawn; Winston, Roberta) 19 pages*A Mathematical Model of the Dynamics of Rickettsia rickettsii in Tick-Host Interaction* (Alderete, Mary E.; Castillo-Garsow, Carlos W.; Salivia, Guarionex Jordan; Lara-Moreno, Carlos F.; Ramirez, Gina F.; Yichoy, Monica F.) 18 page