13 research outputs found
Functional identification of cis-regulatory long noncoding RNAs at controlled false discovery rates.
A key attribute of some long noncoding RNAs (lncRNAs) is their ability to regulate expression of neighbouring genes in cis. However, such 'cis-lncRNAs' are presently defined using ad hoc criteria that, we show, are prone to false-positive predictions. The resulting lack of cis-lncRNA catalogues hinders our understanding of their extent, characteristics and mechanisms. Here, we introduce TransCistor, a framework for defining and identifying cis-lncRNAs based on enrichment of targets amongst proximal genes. TransCistor's simple and conservative statistical models are compatible with functionally defined target gene maps generated by existing and future technologies. Using transcriptome-wide perturbation experiments for 268 human and 134 mouse lncRNAs, we provide the first large-scale survey of cis-lncRNAs. Known cis-lncRNAs are correctly identified, including XIST, LINC00240 and UMLILO, and predictions are consistent across analysis methods, perturbation types and independent experiments. We detect聽cis-activity聽in a minority of lncRNAs, primarily involving activators over repressors. Cis-lncRNAs are detected by both RNA interference and antisense oligonucleotide perturbations. Mechanistically, cis-lncRNA transcripts are observed to physically associate with their target genes and are weakly enriched with enhancer elements. In summary, TransCistor establishes a quantitative foundation for cis-lncRNAs, opening a path to elucidating their molecular mechanisms and biological significance
Lineamientos Para El Proyecto Profesional-AR103-201600
Curso de especialidad en la carrera de Arquitectura de car谩cter te贸rico-pr谩ctico dirigido a los estudiantes de noveno ciclo que busca desarrollar las competencias generales Comunicaci贸n Escrita y Manejo de la Informaci贸n as铆 como la competencia espec铆fica Investigaci贸n.Como estudiante la elecci贸n del tema de proyecto de grado es siempre un problema al final de la carrera este curso te sirve de soporte operativo para que puedas manejar diferentes herramientas en el campo de la investigaci贸n y las apliques espec铆ficamente en la arquitectura definiendo el tema programa y lugar del futuro proyecto as铆 como sus objetivos alcances y planteamientos te贸ricos. Es la primera etapa del proceso de titulaci贸n que continuar谩s en el taller de tesis y luego con la elaboraci贸n de tu proyecto de grado es un entrenamiento riguroso para lo que te espera m谩s tarde en tu vida profesional cuando tengas que justificar s贸lidamente la pertinencia de tus propuestas
Lineamientos Para El Proyecto Profesional-AR103-201700
El curso Lineamientos para el proyecto profesional en la carrera de Arquitectura de car谩cter te贸rico-pr谩ctico dirigido a los estudiantes del noveno ciclo busca desarrollar las competencias generales de 驴manejo de la informaci贸n驴 y 驴comunicaci贸n escrita驴 y la competencia espec铆fica de 驴investigaci贸n驴.Como estudiante la elecci贸n del tema de proyecto de grado es siempre un problema al final de la carrera este curso te sirve de soporte operativo para que puedas manejar diferentes herramientas en el campo de la investigaci贸n y las apliques espec铆ficamente en la arquitectura definiendo el tema programa y lugar del futuro proyecto as铆 como sus objetivos alcances y planteamientos te贸ricos. Es la primera etapa del proceso de titulaci贸n que continuar谩s en el taller de tesis y luego con la elaboraci贸n de tu proyecto de grado es un entrenamiento riguroso para lo que te espera m谩s tarde en tu vida profesional cuando tengas que justificar s贸lidamente la pertinencia de tus propuestas
Enhancing CRISPR deletion via pharmacological delay of DNA-PKcs.
CRISPR-Cas9 deletion (CRISPR-del) is the leading approach for eliminating DNA from mammalian cells and underpins a variety of genome-editing applications. Target DNA, defined by a pair of double-strand breaks (DSBs), is removed during nonhomologous end-joining (NHEJ). However, the low efficiency of CRISPR-del results in laborious experiments and false-negative results. By using an endogenous reporter system, we show that repression of the DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs)-an early step in NHEJ-yields substantial increases in DNA deletion. This is observed across diverse cell lines, gene delivery methods, commercial inhibitors, and guide RNAs, including those that otherwise display negligible activity. We further show that DNA-PKcs inhibition can be used to boost the sensitivity of pooled functional screens and detect true-positive hits that would otherwise be overlooked. Thus, delaying the kinetics of NHEJ relative to DSB formation is a simple and effective means of enhancing CRISPR-deletion
Investigaci贸n Arquitect贸nica-AR246-201901
Descripci贸n: El curso de Investigaci贸n Arquitect贸nica inicia la l铆nea de cursos que contribuyen a preparar el proyecto de grado. Es la primera etapa del proceso de titulaci贸n que continua con el curso de Lineamientos para el proyecto profesional sigue con el taller X y termina con la sustentaci贸n de tu proyecto de grado. Es un entrenamiento riguroso para lo que desarrollar谩s m谩s adelante durante tu vida profesional cuando tengas que justificar s贸lidamente la pertinencia de tus propuestas.Prop贸sito:A trav茅s de la profundizaci贸n del conocimiento de un tema elegido el estudiante ser谩 capaz de manejar las herramientas de investigaci贸n: identificar la informaci贸n necesaria as铆 como de buscarla seleccionarla evaluarla y usarla 茅ticamente para la construcci贸n del tema marco te贸rico y an谩lisis de proyectos referenciales.El curso contribuye directamente al desarrollo de las competencias generales Comunicaci贸n Escrita y Manejo de la Informaci贸n as铆 como la competencia espec铆fica Pensamiento Cr铆tico y Representaci贸n (Graphic Representation) las tres a nivel 3 avanzado. Tiene como requisito el curso TVII - Taller de Integraci贸n
Lineamientos Para El Proyecto Profesional-AR247-201800
Curso de car谩cter te贸rico-pr谩ctico dirigido a los estudiantes del noveno ciclo busca desarrollar las competencias generales de manejo de la informaci贸n y comunicaci贸n escrita as铆 como a la competencia espec铆fica de investigaci贸n.Definir谩s el programa y lugar del futuro proyecto profesional as铆 como sus objetivos alcances y planteamientos te贸ricos. Culminar谩s la primera etapa del proceso de titulaci贸n que continuar谩s en el taller de tesis y luego con la elaboraci贸n de tu proyecto de grado es un entrenamiento riguroso para lo que te espera m谩s tarde en tu vida profesional cuando tengas que justificar s贸lidamente la pertinencia de tus propuestas
Lineamientos Para El Proyecto Profesional-AR247-201900
El curso de Lineamientos para el Proyecto Profesional es el segundo de la l铆nea de cursos que contribuyen a preparar el proyecto de grado. Es la segunda etapa del proceso de titulaci贸n que se inicia en el curso de Investigaci贸n Arquitect贸nica continua con el Taller de Tesis y finalmente con la elaboraci贸n de tu proyecto de grado. Es un entrenamiento riguroso para lo que te espera m谩s tarde en tu vida profesional cuando tengas que justificar s贸lidamente la pertinencia de tus propuestas.A trav茅s de la elaboraci贸n de un programa arquitect贸nico y la selecci贸n de un terreno para su proyecto el estudiante ser谩 capaz de manejar las herramientas b谩sicas en el campo de la investigaci贸n recopilaci贸n y manejo de fuentes as铆 como la construcci贸n de un expediente urbano
Investigaci贸n Arquitect贸nica-AR246-201801
Curso de car谩cter te贸rico-pr谩ctico dirigido a los estudiantes del octavo ciclo busca desarrollar las competencias generales de comunicaci贸n escrita y manejo de la informaci贸n yas铆 como la competencia espec铆fica de investigaci贸n.Se dirige a la elecci贸n del tema de proyecto profesional a la profundizaci贸n del conocimiento del tema elegido y a manejar las herramientas b谩sicas en el campo de la investigaci贸n recopilaci贸n y manejo de fuentes as铆 como la construcci贸n del marco te贸rico necesario
Studies in Theoretical Biology: A Collectionof Undergraduate Research
120 pages, 7 articles*Studies in Theoretical Biology: A Collectionof Undergraduate Research* (Castillo-Chavez, Carlos) 120 pages*A Model Describing the Response of the Immune System to Mycobacterium tuberculosis* (Herrera, Christian; Lima, Sharon; Munoz, Roberto; Ramos, Gloria; Rodriguez, Ariel; Salzberg, Claudia) 19 pages*Mathematical Models to Study the Outbreaks of Ebola* (Astacio, Jaime; Briere, DelMar; Guillen, Milton; Martinez, Josue; Rodriguez, Francisco; Valenzuela-Campos, Noe) 18 pages*Stochastic Simulations of a Spatial SIR Model* (Camacho, Judit; Carreon, Fernando; Castillo-Guajardo, Derik; Jimenez-Perez, Hugo; Montoya-Gallardo, Leticia; Saenz, Ricardo A.) 14 pages*HIV-1 Replication Rate* (Arias, Michelle J.; Inguez, Delmy; Camacho, Erika T.; Castillo, Rafael B.; Melon, Eliel; Parra, Luz E.) 20 pages*The Effects of Vaccination in a Core Group* (Bobadilla, Marina; Lozano, Sharon Ann; Maia, Jessica Mendes; Villarreal, Julio Casar; Wilson, Novaline Dawn; Winston, Roberta) 19 pages*A Mathematical Model of the Dynamics of Rickettsia rickettsii in Tick-Host Interaction* (Alderete, Mary E.; Castillo-Garsow, Carlos W.; Salivia, Guarionex Jordan; Lara-Moreno, Carlos F.; Ramirez, Gina F.; Yichoy, Monica F.) 18 page