Analyzing the differences between reads and contigs when performing a taxonomic assignment comparison in metagenomics

Metagenomics is an inherently complex field in which one of the primary goals is to determine the compositional organisms present in an environmental sample. Thereby, diverse tools have been developed that are based on the similarity search results obtained from comparing a set of sequences against a database. However, to achieve this goal there still are affairs to solve such as dealing with genomic variants and detecting repeated sequences that could belong to different species in a mixture of uneven and unknown representation of organisms in a sample. Hence, the question of whether analyzing a sample with reads provides further understanding of the metagenome than with contigs arises. The assembly yields larger genomic fragments but bears the risk of producing chimeric contigs. On the other hand, reads are shorter and therefore their statistical significance is harder to asses, but there is a larger number of them. Consequently, we have developed a workflow to assess and compare the quality of each of these alternatives. Synthetic read datasets beloging to previously identified organisms are generated in order to validate the results. Afterwards, we assemble these into a set of contigs and perform a taxonomic analysis on both datasets. The tools we have developed demonstrate that analyzing with reads provide a more trustworthy representation of the species in a sample than contigs especially in cases that present a high genomic variability.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Workflows and service discovery: a mobile device approach

Bioinformatics has moved from command-line standalone programs to web-service based environments. Such trend has resulted in an enormous amount of online resources which can be hard to find and identify, let alone execute and exploit. Furthermore, these resources are aimed -in general- to solve specific tasks. Usually, this tasks need to be combined in order to achieve the desired results. In this line, finding the appropriate set of tools to build up a workflow to solve a problem with the services available in a repository is itself a complex exercise. Issues such as services discovering, composition and representation appear. On the technological side, mobile devices have experienced an incredible growth in the number of users and technical capabilities. Starting from this reality, in the present paper, we propose a solution for service discovering and workflow generation while distinct approaches of representing workflows in a mobile environment are reviewed and discussed. As a proof of concept, a specific use case has been developed: we have embedded an expanded version of our Magallanes search engine into mORCA, our mobile client for bioinformatics. Such composition delivers a powerful and ubiquitous solution that provides the user with a handy tool for not only generate and represent workflows, but also services, data types, operations and service types discoveryUniversidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Flujo de trabajo para el rastreo de bloques computacionales de sintenia a través de distintas especies

La comparación de secuencias de textos es un área de notable relevancia dentro de las Ciencias de la Computación. Existen varios problemas clásicos representativos del área, como el problema de la Subsecuencia Común de mayor Longitud, consistente en encontrar información compartida por diferentes cadenas de texto. Sus aplicaciones van desde la Lingüística Computacional hasta la Bioinformática, entre otras. Al respecto de esta última, el área de la comparación de secuencias de genomas ha recibido mucha atención durante los últimos años, lo que ha llevado a un crecimiento destacado. Esto, junto a las mejoras técnicas en el rendimiento computacional, está contribuyendo a ampliar el conocimiento sobre quiénes somos. En particular, la evolución de las especies, a pesar de haber sido extensamente estudiada, sigue necesitando ser analizada, debido a su complejidad, tanto analítica como computacional. Nuevas herramientas para el estudio de Eventos Evolutivos pueden proveernos de información relevante sobre rasgos y enfermedades, además de una mayor comprensión de los mecanismos que subyacen a la evolución (que tienen un impacto directo en la salud). El flujo de trabajo presentado “BlockTracer” es una herramienta que permite a los investigadores/as seleccionar una serie de cromosomas de distintas especies y buscar bloques de información directamente relacionados entre ellos. Para conseguir esto, varios programas independientes han sido creados y orquestados..

Mudanças em indicadores de saúde infantil em um município com agentes comunitários: o caso de Itapirapuã Paulista, Vale do Ribeira, São Paulo, Brasil Changes in child health indicators in a municipality with community health workers: the case of Itapirapuã Paulista, Vale do Ribeira, São Paulo State, Brazil

Doze agentes comunitários de saúde (ACS) foram treinados para diagnosticar e iniciar tratamento de diarréia e infeção respiratória no domicílio, monitorar crescimento, incentivar imunização básica e orientar a introdução de alimentos à dieta entre menores de cinco anos no Município de Itapirapuã Paulista, Vale do Ribeira, São Paulo, Brasil. Esses cuidados eram oferecidos através de visitas domiciliares a todas crianças nessa faixa etária, residentes na área de abrangência do ACS. Ao longo de três anos, foram visitadas semanalmente, em média, 409 (396-417) crianças. Nesse período, a taxa de hospitalização entre menores de cinco anos foi drasticamente reduzida, e a utilização de soro reidratante oral e a cobertura vacinal básica sensivelmente aumentadas. A prevalência de déficit altura/idade e incidência de baixo peso ao nascer praticamente não se modificaram. Os indicadores de saúde infantil nesse município, foram sistematicamente melhores que os indicadores de um município tomado como controle. É bastante provável que os ACS tenham contribuído para essas melhorias. No entanto, há que considerar o fato de os indicadores de saúde infantil estarem melhorando no Brasil, e que este é um programa de pequena escala implementado em um área com elevados índices de morbimortalidade infantil e baixa oferta de cuidados em saúde.Twelve community health workers (CHWs) were trained to offer basic health care for children under five years of age through household visits in Itapirapuã Paulista, a municipality in Vale do Ribeira, São Paulo State, Brazil. Their tasks included diagnosis, initial treatment, and management of diarrhea and acute respiratory diseases at the household level, growth monitoring, incentives to complete basic immunization, and counseling on infant food supplementation. An average of 409 (396-417) children were visited weekly by CHWs in their homes over the course of three years. In this period, the hospitalization rate dropped drastically, and the use of oral rehydration therapy during bouts of diarrhea increased greatly. However, prevalence of stunting and incidence of low birth weight did not change. Child health indicators (CHI) in this municipality were better than those in a municipality chosen as a control. CHWs may have contributed to improved local CHI, but the results should be interpreted with caution for two reasons: (1) CHI is improving in Brazil countrywide and (2) it is a small program implemented in an area with high morbidity and mortality rates and low availability of health services

Evolução temporal do tabagismo em estudantes de medicina, 1986, 1991, 1996

OBJETIVO: Avaliar a tendência temporal do tabagismo em estudantes de medicina nos últimos dez anos. MÉTODOS: Realizou-se estudo transversal com estudantes do primeiro ao quinto ano do curso de medicina, em 1996. A amostra foi de 449 alunos que responderam a questionário auto-aplicável. Fumante era aquele que fumava um ou mais cigarros por dia há pelo menos um mês; ex-fumantes foram aqueles que, no período da entrevista, não eram fumantes regulares, mas o haviam sido anteriormente. Pesquisa similar foi realizada em 1986 e 1991. RESULTADOS/CONCLUSÕES: A prevalência de tabagismo foi de 11%, comparada com 14% em 1991 e 21% em 1986. Apesar da redução do tabagismo nas três séries estudadas, a queda percentual entre 1996 e 1991 foi menor do que aquela observada entre 1991 e 1986. Em 1996, a prevalência do vício de fumar aumentou conforme o ano cursado. Não houve diferenças significativas quanto ao sexo. A maioria dos alunos mostrou-se favorável à proibição do fumo em locais de ensino e assistência e afirmaram que o tema era pouco valorizado no currículo da faculdade

Mudanças em indicadores de saúde infantil em um município com agentes comunitários: o caso de Itapirapuã Paulista, Vale do Ribeira, São Paulo, Brasil

Doze agentes comunitários de saúde (ACS) foram treinados para diagnosticar e iniciar tratamento de diarréia e infeção respiratória no domicílio, monitorar crescimento, incentivar imunização básica e orientar a introdução de alimentos à dieta entre menores de cinco anos no Município de Itapirapuã Paulista, Vale do Ribeira, São Paulo, Brasil. Esses cuidados eram oferecidos através de visitas domiciliares a todas crianças nessa faixa etária, residentes na área de abrangência do ACS. Ao longo de três anos, foram visitadas semanalmente, em média, 409 (396-417) crianças. Nesse período, a taxa de hospitalização entre menores de cinco anos foi drasticamente reduzida, e a utilização de soro reidratante oral e a cobertura vacinal básica sensivelmente aumentadas. A prevalência de déficit altura/idade e incidência de baixo peso ao nascer praticamente não se modificaram. Os indicadores de saúde infantil nesse município, foram sistematicamente melhores que os indicadores de um município tomado como controle. É bastante provável que os ACS tenham contribuído para essas melhorias. No entanto, há que considerar o fato de os indicadores de saúde infantil estarem melhorando no Brasil, e que este é um programa de pequena escala implementado em um área com elevados índices de morbimortalidade infantil e baixa oferta de cuidados em saúde

Evolução temporal do tabagismo em estudantes de medicina, 1986, 1991, 1996

OBJETIVO: Avaliar a tendência temporal do tabagismo em estudantes de medicina nos últimos dez anos. MÉTODOS: Realizou-se estudo transversal com estudantes do primeiro ao quinto ano do curso de medicina, em 1996. A amostra foi de 449 alunos que responderam a questionário auto-aplicável. Fumante era aquele que fumava um ou mais cigarros por dia há pelo menos um mês; ex-fumantes foram aqueles que, no período da entrevista, não eram fumantes regulares, mas o haviam sido anteriormente. Pesquisa similar foi realizada em 1986 e 1991. RESULTADOS/CONCLUSÕES: A prevalência de tabagismo foi de 11%, comparada com 14% em 1991 e 21% em 1986. Apesar da redução do tabagismo nas três séries estudadas, a queda percentual entre 1996 e 1991 foi menor do que aquela observada entre 1991 e 1986. Em 1996, a prevalência do vício de fumar aumentou conforme o ano cursado. Não houve diferenças significativas quanto ao sexo. A maioria dos alunos mostrou-se favorável à proibição do fumo em locais de ensino e assistência e afirmaram que o tema era pouco valorizado no currículo da faculdade