Kvantitatiivse polümeraasi ahelreaktsiooni modifikatsioonide mõju märklaudgeeni kvantifitseerimisele keskkonnaproovidest bioremediatsiooni hindamisel

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone.Keskkonna reostumine erinevate saasteainetega (nt. naftasaadused, kloororgaanilised ühendid) on muutunud kriitiliseks probleemiks üle maailma kahjustades inimtervist, kahandades puhta joogivee varusid ning mõjutades terveid ökosüsteeme. Et klassikalised „pumpa-ja-töötle“ saastuse eemaldamise meetodid on töömahukad ja kallid, on viimastel kümnenditel hakatud aina enam otse reostuspaigas rakendama erinevaid bioloogilise tervenduse ehk bioremediatsiooni tehnoloogiaid, mis tuginevad suuresti saasteainete mikroobsele lagundamisele. Toimuvate protsesside käiku ja jätkusuutlikkust vastusena muutuvatele keskkonnatingimustele hinnatakse seejuures enamasti keemiliste ja mikrobioloogiliste parameetrite pikaajalise seire abil. Kvantitatiivne polümeraasi ahelreaktsioon (qPCR) on aina sagedamini kasutust leidev metoodika saasteaineid lagundava mikroobikoosluse esinemise ja arvukuse hindamiseks bioremediatsiooni seirel. QPCR on kiire ja tundlik meetod, mis võimaldab nii taksonoomiliste kui funktsionaalsete märklaudgeenide arvukuse määramist hõimkonna tasemest liigi tasandini. Määratud arvukusi muude seireparameetritega (nt. saasteaine kontsentratsioon) kõrvutades on võimalik hinnata bioremediatsiooniprotsesside efektiivsust ja kulgemist uuritavas kohas. Et märklaudgeenide arvukuse määramise edukus keskkonnaproovidest sõltub mitmetest faktoritest, näiteks mikroobikoosluse DNA eraldamise meetodist ja kvaliteedist, inhibiitorite esinemisest eraldatud DNA-s, qPCR reaktsioonikeemia tüübist, märklaudjärjestuse amplifikatsiooni efektiivsusest ja tulemuste analüüsi kvaliteedist, hindasimegi erinevate qPCR reaktsiooni- ja analüüsiprotsessi modifikatsioonide mõju keskkonnaproovidest märklaudgeeni absoluutse ja suhtelise arvukuse määramisele. Leidsime, et varieeruvused qPCRi töövoos ja analüüsiprotsessis mõjutavad oluliselt märklaudgeeni absoluutse ja suhtelise arvukuse määramist keskkonnaproovidest ning seeläbi ka bioremediatsiooniga rakendamisega seotud otsuseid.The increasingly industrialized global economy that has emerged over the last century has led to dramatically elevated releases of anthropogenic chemicals into the environment impacting whole ecosystems (i.e. the Gulf of Mexico oil spill), drinking water supplies or directly human health. Concurrently with increasing pollution levels, avid interest in developing strategies for remediation of environmental contaminants has emerged. As classic “suck and truck” strategies followed by off-site treatments are expensive, the in situ bioremediation processes like monitored natural attenuation (MNA), biostimulation, bioaugmentation and rhizoremediation have become an attractive way to rehabilitate contaminated sites. These bioremediation techniques rely extensively on the presence of an active microbial degrader population able to transform the bioavailable contaminants into harmless or less dangerous compounds. Bioremediation processes need to be continuously monitored to ensure their efficiency and sustainability. One of the increasingly used methods in bioremediation monitoring is quantitative polymerase chain reaction (qPCR) which enables quantification of the abundance of gene markers within the environment. The quantitative data generated can be used to relate variation in gene abundances with variation in abiotic and biotic factors and process rates. However, target gene quantification results from environmental samples depend on a number of factors such as the method and quality of DNA extraction, the subsequent presence of inhibitory substances in the extracted microbial community DNA, the qPCR chemistry used, the amplification efficiency achieved and the overall quality of the resultant datasets. We evaluated the scope of these aspects affecting gene enumerations by qPCR and found that modifications in qPCR workflow and analysis procedure steps can significantly influence the target gene quantification and normalization results from environmental samples and consequently also bioremediation related decision-making. For environmental monitoring purposes the most suitable method workflow relating to the characteristics of individual experiment conducted should be chosen to ensure the quality and truthfulness of obtained results

Lab Package: Debugging

Käesoleva bakalaureusetöö eesmärgiks oli luua praktikumimaterjalid silumise kohta Tartu Ülikooli kursuse “Tarkvara testimine” (MTAT.03.159) jaoks. Töös kirjeldatakse peamisi põhjuseid silumise praktikumi loomiseks ning töö käigus loodud praktikumimaterjale ja ülesandeid. Loodud materjale rakendati 2018.a. kevadsemestril. Töös antakse ülevaade ja analüüs saadud tagasisidest ning selgitatakse tehtud täiendusi.The goal of this thesis is to create lab materials about debugging for the course “Software Testing” (MTAT.03.159) at the University of Tartu. The thesis gives an overview of the motivation for this lab, and the created lab materials and tasks. The lab materials were ap-plied in the 2018 spring semester. Received feedback is reported and analysed and an overview of implemented improvements is given

Erinevate hindamismeetodite kasutamisel saadud tulemuste kooskõla 3-aastaste lasteaialaste üldarengu hindamisel

http://tartu.ester.ee/record=b2694816~S1*es

Usu roll töös sõltlastega Anonüümsete Alkohoolikute liikumise ja Tartu Vanglas läbiviidava sotsiaalprogrammi Igapäevane valik näitel

Töötades kolmandat aastat Tartu Vangla Kriminaalhooldusosakonna kriminaalhooldusametnikuna, puutun ma igapäevaselt kokku hooldusalustega, kellel on probleeme alkoholi liigtarvitamisega ning sellest tulenevalt ka kuritegeliku käitumiseg

Vankomütsiini individuaalse doosi ennustamine mittelineaarse ja lineaarse segamudeli abil

Ravimite manustamine sõltub ravimi farmakokineetikast (kirjeldab ravimi kontsentratsiooni muutumist inimese kehas pärast ravimi manustamist), mis indiviiditi erineb. Seetõttu tuleb erinevatele inimestele sama kontsentratsiooni saavutamiseks manustada erinevaid ravimi doose, mistõttu on vajalik individuaalseid doose osata ennustada. Patsientide grupp, kelle jaoks individuaalse doosi arvutamine võiks anda suurt kasu, on vankomütsiini - kitsa terapeutlise aknaga ravimit - saavad enneaegsed vastsündinud, kelle farmakokineetika on väga varieeruv. Käesoleva töö eesmärk on farmakokineetikas kasutatavat mittelineaarset segamudelit, kus uuritavaks tunnuseks on kontsentratsioon, ja lineaarset segamudelit, kus uuritavaks tunnuseks on doos, kasutades ennustada mingit kindlat vankomütsiini kontsentratsiooni saavutavat doosi vastsündinutel ja imikutel. Töö esimese osas antakse ülevaade farmakokineetikast, mittelineaarsest ja lineaarsest segamudelist ning individuaalse doosi ennustamise meetoditest. Töö teises osas koostatakse mittelineaarne ning lineaarne segamudel vankomütsiinravil olnud vastsündinutelt ja imikutelt mõõdetud vankomütsiini kontsentratsioone kasutades ning võrreldakse koostatud mudelite doosi ennustamisvõimet. Tööst selgus, et lineaarse segamudeli doosi ennustamisvõime on märgatavalt parem kui mittelineaarse segamudeli korral. Ootuspäraselt on doosi ennustamine täpsem tinglike ennustuste korral, st kui on kasutatud vastsündinult või imikult eelnevalt mõõdetud kontsentratsioonide põhjal hinnatud individuaalseid juhuslikke mõjusid, võrreldes marginaalsete ennustustega

Hüppeliigese vigastused meeskorvpalluritel

http://tartu.ester.ee/record=b2655518~S1*es

Varajane osaline ja täielik keeleimmersioon eesti muukeelse hariduse mudelitena

http://www.ester.ee/record=b1776284~S1*es

Sagedasemate haiguste ning metaboliitide vahelised seosed Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu andmete põhjal

Metabolism koondab kõiki organismis toimuvaid biokeemilisi protsesse, mille vahesaadustena ning tulemusel tekkivad metaboliidid. Metaboliitide abil on võimalik tuvastada metaboolseid muutuseid, mis on olulised erinevate haiguste tekkemehhanismide juures. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk on Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu andmete põhjal leida seoseid metaboliitide ning sagedasemate krooniliste haiguste tekke vahel. Olulised seosed leitakse logistiliste regressioonmudelite abil, võttes arvesse ka sugu, vanust, kehamassiindeksit, haridustaset ning suitsetamist. Leitud seostest tehakse ülevaade varasema kirjanduse põhjal. Lisaks koostatakse kaks haiguste võrgustikku: leitud metaboolsete biomarkerite ning haiguste komorbiidsuse skooride põhjal. Tehtud võrgustikke võrreldakse neis leitud haigustevaheliste seoste alusel

Nööppatareist tingitud trahheoösofageaalne fistul: haigusjuhu kirjeldus ja kirjanduse ülevaade

Alla 5aastased lapsed võivad sagedasti alla neelata mitmesuguseid esemeid. Allaneelatud nööppatarei võib peetuda söögitorus ning lisaks limaskesta mehaanilisele vigastusele põhjustab see ka limaskesta keemilist kahjustust ja limaskesta nekroosi. Kujuneda võivad söögitoru perforatsioon või ka trahheoösofageaalne fistul. Röntgeniülesvõttel tuleb peetunud nööppatarei asukoht nähtavale. Enamikul juhtudest on võõrkeha võimalik endoskoopiliselt kiiresti eemaldada. Artiklis on kirjeldatud nööppatarei alla neelanud 11 kuu vanuse tütarlapse edukalt ravitud tüsistunud juhtu