Analysis of ANRIL gene polymorphism rs4977574 association with kidney cancer development in Ukrainian population.

ANRIL (Antisense Non-coding RNA in the INK4 Locus, also known as CDKN2B-AS1) – 3.8-kb long non-coding RNA transcribed from the antisense strand of INK4b-ARF-INK4a gene cluster. It is known that ANRIL overexpression is associated with development of oncological pathologies of different localization. In addition, there are a number of studies devoted to role of ANRIL genetic polymorphism in emergence and progression of tumors, including tumors of genitourinary system. The aim of the study was to check the possible association between ANRIL gene polymorphism rs4977574 and kidney cancer development in representatives of Ukrainian population. Whole venous blood of 101 patients with clear cell renal cell carcinoma (CCRCC) (42 women and 59 men) and 100 patients without oncology history (34 women and 66 men) was used in the study. DNA from blood white cells was extracted using GeneJET Whole Blood Genomic DNA Purification Mini Kit (Thermo Fisher Scientific, USA). Genotyping of rs4977574 ANRIL gene polymorphic locus was performed using real-time polymerase chain reaction (real-time PCR) method in the presence of TaqMan assay C_31720978_30. The mathematical data were processed using the SPSS software package (version 17.0). P values <0.05 were considered as statistically significant. It was found that difference in rs4977574-genotype distribution between patients with CCRCC and control persons was absent in general group (P=0.216). At the same time, the statistical analysis stratified by gender showed that both in female and male subjects rs4977574-genotypes frequency also did not differ significantly between comparison groups (P=0.526 and P=0.160, respectively). However, after adjusting for age, body mass index, and smoking habits statistically significant association between rs4977574 ANRIL gene polymorphism and risk of kidney cancer development was detected in male subjects under superdominant inheritance model (P=0.049). It was revealed that heterozygotes (AG-genotype) have 2.17-fold  higher risk of CCRCC development (95% CI=1.005-4.695) compared to patients with AA- and GG-genotypes. In summary, this is the first report about ANRIL gene polymorphisms association with kidney cancer. Obtained results revealed that rs4977574 is related to kidney cancer risk only in Ukrainian men. Male individuals with AG-genotype have higher risk of CCRCC development compared to AA- and GG-genotypes carriers

Association study between BGLAP RS1800247-polymorphic variant and type 2 diabetes mellitus development among hypertensive and non-hypertensive Ukrainians

The risk of type 2 diabetes mellitus (T2DM) development depends on a hereditary predisposition. According to the current data, bone tissue enhances insulin gene expression in pancreatic β-cells as well as increases insulin sensitivity of adipocytes, myocytes and hepatocytes through the secretion of undercarboxylated osteocalcin (unOCN). The aim. To analyze the relation between rs1800247 SNP and T2DM occurrence depending on the arterial hypertension (AH) presence, as well as association between rs1800247 and systolic, diastolic, pulse, mean blood pressure among patients with T2DM. Materials and methods. This study included 153 patients with diagnosed T2DM and 311 individuals without any carbohydrate metabolism disorders. Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism analysis (PCR-RFLP) was used for BGLAP rs1800247-genotyping. Logistic regression with interaction term “genotype × AH” was used to estimate the association between BGLAP rs1800247-genotypes and T2DM development in dominant, recessive, over-dominant and additive models of inheritance. Linear regression was performed to examine the influence of minor C-allele on the arterial blood pressure. Lipid profile characteristics of T2DM patients were stratified by rs1800247-genotype using ANOVA with Bonferroni post hoc test. All calculations were performed using Statistical Package for the Social Sciences software (SPSS, version 22.0, Chicago, IL, USA). A value of P ˂ 0.05 was considered as significant. Results. No association was found between rs1800247 single nucleotide polymorphism and T2DM development neither in AH patients, nor in subjects without AH (Paint b > 0.05). There was no impact of rs1800247 genotypes on systolic, diastolic, pulse and mean blood pressure among patients with T2DM (P > 0.05). It was showed that T2DM non-hypertensive CC-carriers had significantly lower levels of total cholesterol (P = 0.012) and LDL cholesterol (P = 0.04), but higher concentration of HDL cholesterol (P = 0.015) compared to the TT-genotype. Conclusions. It was showed that CC-carriers had more favorable parameters of lipid metabolism among T2DM non-hypertensive Ukrainians. However, there was no association between rs1800247 SNP and T2DM development as well as blood pressure parameters

Аналіз зв’язку генетичного поліморфізму довгої некодуючої РНК ANRIL із виживаністю пацієнтів із онкоурологічною патологією

Objective – to study the possible association of kidney cancer and bladder cancer onset with rs4977574-polymorphism of long non-coding RNA ANRIL gene depending on patients age.Material and methods. Whole venous blood of 242 persons with genitourinary cancer (101 patients with clear cell renal cell carcinoma and 141 patients with transitional cell carcinoma of urinary bladder) was used for the study. Genotyping of ANRIL gene rs4977574 polymorphism was performed by real-time polymerase chain reaction (Real-time PCR) in the presence of TaqMan assay C_31720978_30. The data were statistically processed using the SPSS software package (version 17.0).Results. It was found that malignant neoplasms of the urogenital tract in G-allele carriers of ANRIL gene rs4977574 polymorphic site occur approximately 5 years earlier, than in AA-homozygotes (log rank P = 0.022; Breslow P = 0.006). The results of Cox regression analysis under dominant model of inheritance showed that G-allele carriers have higher risk of genitourinary cancer (HR = 1,369; P = 0,030) compared to main A-allele homozygotes. The reliability of results was maintained even after adjustment for sex, body mass index, metastases presence, smoking and alcohol consumption (HR = 1,348; P = 0,040).Conclusion. The risk of genitourinary cancer development in G-allele carriers of ANRIL gene rs4977574-polymorphism is higher, compared to AA-homozygotes.Цель работы – изучение возможной связи возникновения рака почки и рака мочевого пузыря с rs4977574-полиморфизмом гена длинной некодирующей РНК ANRIL зависимо от возраста пациентов.Материал и методы. Для исследования использовано цельную венозную кровь 242 человек с раком мочеполовой системы (101 пациент сo светлоклеточным почечно-клеточным раком и 141 больной с переходноклеточным раком мочевого пузыря). Генотипирование по rs4977574-сайту гена ANRIL осуществляли методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (Real-time PCR) в присутствии TaqMan assay C_31720978_30. Статистически данные обрабатывали с помощью пакета программ SPSS (версия 17.0).Результаты. Установлено, что у носителей G-аллеля по полиморфному сайту rs4977574 гена ANRIL злокачественные новообразования урогенитального тракта возникают примерно на 5 лет раньше, чем у АА-гомозигот (log rank P = 0,022; Breslow P = 0,006). Результаты регрессионного анализа методом Кокса в рамках доминантной модели наследования показали, что носители G-аллеля имеют более высокий риск возникновения рака мочеполовой системы с возрастом (HR = 1,369; Р = 0,030) по сравнению с гомозиготами по основному А-аллелю. Достоверность результатов сохранялась и после поправки на пол, индекс массы тела больных, наличие у них метастазов, привычки курить и употреблять алкоголь (HR = 1,348; Р = 0,040).Выводы. Носители G-аллеля по rs4977574-полиморфизму гена длинной некодирующей РНК ANRIL имеют более высокий риск возникновения рака мочеполовой системы с возрастом, по сравнению с гомозиготами АА.Мета роботи – вивчення можливого зв’язку виникнення раку нирки та раку сечового міхура із rs4977574-поліморфізмом гена довгої некодуючої РНК ANRIL залежно від віку пацієнтів.Матеріал і методи. Для дослідження використано цільну венозну кров 242 осіб із раком сечостатевої системи (101 пацієнт зі світлоклітинним нирково-клітинним раком та 141 хворий на перехідноклітинний рак сечового міхура). Генотипування за rs4977574-сайтом гена ANRIL здійснювали методом полімеразної ланцюгової реакції в режимі реального часу (Realtime PCR) за наявності TaqMan assay C_31720978_30. Статистично дані опрацьовували за допомогою пакета програм SPSS (версія 17.0).Результати. Встановлено, що в носіїв G-алеля за поліморфним сайтом rs4977574 гена ANRIL злоякісні новоутворення урогенітального тракту виникають приблизно на 5 років раніше, ніж у АА-гомозигот (log rank P = 0,022; Breslow P = 0,006). Результати регресійного аналізу методом Кокса у рамках домінантної моделі успадкування показали, що носії G-алеля мають вищий ризик виникнення раку сечостатевої системи із віком (HR = 1,369; Р = 0,030), порівняно з гомозиготами за основним А-алелем. Достовірність результатів зберігалась і після поправки на стать, індекс маси тіла хворих, наявність у них метастазів, звички палити та вживати алкоголь (HR = 1,348; Р = 0,040).Висновки. Носії G-алеля за rs4977574-поліморфізмом гена довгої некодуючої РНК ANRIL мають вищий ризик виникнення раку сечостатевої системи з віком, порівняно із гомозиготами АА

Аналіз асоціації C1173T поліморфізму гена вітамін K-епоксид редуктази з ішемічним атеротромботичним інсультом в осіб з нормальним і підвищеним артеріальним тиском

The results of vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 (VKORC1) gene C1173T polymorphism determining in 170 patients with ischemic atherothrombotic stroke (IAS) and 124 healthy subjects (control group) have been submitted. The ratio of main homozygotes (C/C), heterozygotes (C/T) and minor homozygotes (T/T) in case cohort was 37,1 %, 43,5 % and 19,4 % (in control – 47,6 %, 37,9 %, 14,5 %, P=0,178 by χ2-test). Analysis in subgroup with arterial hypertension revealed, that T-allele frequency in patients with IAS was higher than in matched control (P = 0.041). Obtained data suggested that cytosine to thymine substitution in the first intron of the VKORC1 gene is related to increasing likelihood of ischemic stroke development in patients with arterial hypertension in Ukrainian population.Представлены результаты определения С1173Т (rs9934438) полиморфизма гена витамин К-эпоксид редуктазы (VKORC1) у 170 больных с ишемическим атеротромботическим инсультом (ИАТИ) и 124 практически здоровых индивидуумов (контрольная группа). Установлено, что у больных с инсультом соотношение гомозигот по основному аллелю (С/С), гетерозигот (С/Т) и гомозигот по минорному аллелю (Т/Т) составило 37,1 %, 43,5 % и 19,4 % (в контроле – соответственно 47,6 %, 37,9 %, 14,5 %; P=0,178 по χ2-критерию). Анализ в подгруппе с артериальной гипертензией показал, что Т-аллель у больных с ИАТИ встречался достоверно чаще, чем в контроле (Р=0,041). Полученные данные свидетельствуют о том, что замена цитозина на тимин в первом интроне гена VKORC1 имеет отношение к увеличению вероятности развития ишемического инсульта у лиц с артериальной гипертензией.Наведено результати визначення С1173Т (rs9934438) поліморфізму гена вітамін К-епоксид редуктази (VKORC1) у 170 пацієнтів з ішемічним атеротромботичним інсультом (ІАТІ) та 124 практично здорових індивідуумів (контрольна група). Встановлено, що в осіб з інсультом співвідношення гомозигот за основним алелем (С/С), гетерозигот (С/Т) і гомозигот за мінорним алелем (Т/Т) становило 37,1 %, 43,5 % і 19,4 % (у контролі – відповідно 47,6 %, 37,9 %, 14,5 %;P = 0,178 за χ2-критерієм). Аналіз у підгрупі пацієнтів з артеріальною гіпертензією показав, що Т-алель в осіб з ІАТІ траплявся достовірно частіше, ніж у контролі (Р = 0,041). Одержані дані свідчать, що заміна цитозину на тимін у першому інтроні гена VKORC1 має стосунок до збільшення ймовірності розвитку ішемічного інсульту в осіб з артеріальною гіпертензією

G-1639A but Not C1173T VKORC1 Gene Polymorphism Is Related to Ischemic Stroke and Its Various Risk Factors in Ukrainian Population

Vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 (VKORC1) is integral 163-amino acid long transmembrane protein which mediates recycling of vitamin K 2,3-epoxide to vitamin K hydroquinone and it is necessary for activation of vitamin K-dependent proteins (VKDPs). Herein, the association between G-1639A (rs9923231) and C1173T (rs9934438) single-nucleotide polymorphisms (SNPs) of the VKORC1 gene and ischemic stroke (IS) was tested in Ukrainian population. Genotyping was performed in 170 IS patients and 124 control subjects (total 294 DNA samples) using PCR-RFLP (polymerase chain reaction with following restriction fragment length polymorphism analysis) method. Our data showed that G-1639A but not C1173T polymorphism was related to IS, regardless of adjustment for age, sex, body mass index, smoking status, and arterial hypertension. The risk for IS in -1639A allele carriers (OR = 2.138, = 0.015) was higher than in individuals with G/G genotype. Haplotype analysis demonstrated that -1639G/1173T and -1639A/1173C were related to increased risk for IS (OR = 3.813, = 0.010, and OR = 2.189, = 0.011, resp.), while -1639G/1173C was a protective factor for IS (OR = 0.548, < 0.001). Obtained results suggested that -1639A allele can be a possible genetic risk factor for IS in Ukrainian population

G-1639A but Not C1173T VKORC1 Gene Polymorphism Is Related to Ischemic Stroke and Its Various Risk Factors in Ukrainian Population

Vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 (VKORC1) is integral 163-amino acid long transmembrane protein which mediates recycling of vitamin K 2,3-epoxide to vitamin K hydroquinone and it is necessary for activation of vitamin K-dependent proteins (VKDPs). Herein, the association between G-1639A (rs9923231) and C1173T (rs9934438) single-nucleotide polymorphisms (SNPs) of the VKORC1 gene and ischemic stroke (IS) was tested in Ukrainian population. Genotyping was performed in 170 IS patients and 124 control subjects (total 294 DNA samples) using PCR-RFLP (polymerase chain reaction with following restriction fragment length polymorphism analysis) method. Our data showed that G-1639A but not C1173T polymorphism was related to IS, regardless of adjustment for age, sex, body mass index, smoking status, and arterial hypertension. The risk for IS in -1639A allele carriers (OR = 2.138, P=0.015) was higher than in individuals with G/G genotype. Haplotype analysis demonstrated that -1639G/1173T and -1639A/1173C were related to increased risk for IS (OR = 3.813, P=0.010, and OR = 2.189, P=0.011, resp.), while -1639G/1173C was a protective factor for IS (OR = 0.548, P<0.001). Obtained results suggested that -1639A allele can be a possible genetic risk factor for IS in Ukrainian population

ЗВ'ЯЗОК T134967G ПОЛІМОРФІЗМУ ГЕНА АNКН З РОЗВИТКОМ ГОСТРОГО КОРОНАРНОГО СИНДРОМУ В ОСІБ З НОРМАЛЬНИМИ ТА ПІДВИЩЕНИМИ ПОКАЗНИКАМИ ІНДЕКСУ МАСИ ТІЛА

The results of studying T134967G polymorphism of ANKH gene among 118 patients with acute coronary syndrome (ACS) and 110 healthy individuals (control group) with normal and increased body mass indexes (BMI) is presented. There is credible association between the amount BMI ≥ 25 kg/m2 and the risk of ACS in homozygotes for the major allele T/T (P=0,028). Carriers minor allele (T/G+G/G) with BMI &lt; 25 kg/m2 risk of ACS 3,1 times is higher than in patients with genotype T/T.Приведены результаты изучения T134967G полиморфизма гена АNКН среди 118 больных с острым коронарным синдромом (ОКС) и 110 практически здоровых лиц (контрольная группа) с нормальными и повышенными показателями индекса массы тела (ИМТ). Выявлено, что у гомозигот по основному аллелю Т/Т с ИМТ ≥ 25 кг/м2 существует достоверная связь с риском развития ОКС (Р=0,028). У носителей минорного аллеля (Т/G+G/G) с ИМТ &lt; 25 кг/м2 риск возникновения ОКС в 3,1 раза выше, чем у пациентов с Т/Т генотипом.Наведено результати вивчення T134967G поліморфізму гена АNКН серед 118 хворих із гострим коронарним синдромом (ГКС) і 110 практично здорових осіб (контрольна група) з нормальними та підвищеними показниками індексу маси тіла (ІМТ). Виявлено, що у гомозигот за основним алелем Т/Т з ІМТ ≥ 25 кг/м2 існує достовірний зв'язок із ризиком виникнення ГКС (Р=0,028). У носіїв мінорного алелю (Т/G+G/G) з ІМТ &lt; 25 кг/м2 ризик виникнення ГКС в 3,1 рази вищий, ніж у пацієнтів з генотипом Т/Т

Роль мутацій гена PIK3CA в розвитку раку грудної залози (огляд літератури)

 Today, breast cancer occupies a leading position in the structure of morbidity and mortality among women in Ukraineand and throughout the world. Late diagnosis of the disease adversely affects the prognosis. Since this pathology is characterized by a wide range of gene mutations, the relationship between the molecular genetic characteristics of a tumor and the prognostic and clinical characteristics of breast cancer is an extremely important issue. The PI3K/Akt signaling cascade is one of the key intracellular signaling pathways associated with the control of cell proliferation and regulation of potential oncogene protein kinase B/Akt functions. It can suppress apoptosis in different types of cancer, contributing to tumor cells survival. Also, mutations and amplification of the PI3K/Akt cascade components cause malignant cell transformation of various origin. The PIK3CA gene is one of the oncogenes, somatic mutations in which play an important role in the pathogenesis and progression of breast cancer. It encodes p110-α, the catalytic subunit of phosphatidylinositol-3-kinase-α. The most frequent mutation in PIK3CA gene is H1047R.Conclusions. Numerous studies have shown that PIK3CA gene mutations in breast cancer patients have the potential to become a clinically important biomarker for improving the disease diagnosis and developing individualized targeted therapy. In this literature review we discuss the molecular mechanisms of PI3K signaling cascade activation and the role of PIK3CA mutations in the development of breast cancer.  Сегодня рак молочной железы занимает лидирующие позиции в структуре заболеваемости и смертности среди женщин Украины и всего мира. Позднее выявление заболевания негативно влияет на прогноз. Поскольку для данной патологии характерен широкий спектр генных мутаций, связь молекулярно-генетических особенностей опухоли с прогностическими и клиническими характеристиками рака молочной железы является крайне актуальным вопросом. Сигнальный каскад PI3K/Akt – один из ключевых внутриклеточных сигнальных путей, связанных с контролем пролиферации клеток и регуляцией функций потенциального онкогена протеинкиназы B/Akt. Он может подавлять апоптоз при многих типах рака, способствуя выживанию опухолевых клеток, а мутации и амплификация компонентов каскада PI3K/Akt являются причиной злокачественной трансформации клеток различного происхождения. Ген PIK3CA является одним из онкогенов, соматические мутации в котором играют важную роль в патогенезе и прогрессии рака молочной железы. Он кодирует p110-α, каталитическую субъединицу фосфатидилинозитол-3-киназы-α. Наиболее частая мутация в гене PIK3CA – H1047R.Выводы. Данные многочисленных исследований указывают на то, что мутации гена PIK3CA у больных раком молочной железы имеют потенциал, чтобы стать клинически важным биомаркером для улучшения диагностики заболевания и разработки индивидуализированной таргетной терапии. В данном обзоре литературы рассмотрены молекулярные механизмы активации сигнального каскада PI3K и роль мутаций гена PIK3CA в развитии рака молочной железы.  Нині рак грудної залози посідає провідні позиції у структурі захворюваності та смертності серед жінок України та всього світу. Пізнє виявлення захворювання негативно впливає на прогноз. Оскільки для цієї патології характерний широкий спектр генних мутацій, зв’язок молекулярно-генетичних особливостей пухлини з прогностичними та клінічними характеристиками раку грудної залози є вкрай актуальним питанням. Сигнальний каскад PI3K/Akt – один із ключових внутрішньоклітинних сигнальних шляхів, що пов’язані з контролем проліферації клітин і регуляцією функцій потенціального онкогена протеїнкінази В/Akt. Він може пригнічувати апоптоз при багатьох типах раку, сприяючи виживанню пухлинних клітин, а мутації та ампліфікація компонентів каскаду PI3K/Akt є причиною злоякісної трансформації клітин різного походження. Ген PIK3CA є одним з онкогенів, соматичні мутації в якому відіграють значущу роль у патогенезі та прогресії раку грудної залози. Він кодує p110-α, каталітичну субодиницю фосфатидилінозитола-3-кінази-α. Найчастішою мутацією в гені PIK3CA є H1047R.Висновки. Дані численних досліджень вказують на те, що мутації гена PIK3CA у хворих на рак грудної залози мають потенціал, щоб стати клінічно важливим біомаркером для вдосконалення діагностики захворювання та розроблення індивідуалізованої таргетної терапії. У цьому огляді літератури розглянуто молекулярні механізми активації сигнального каскаду PI3K і роль мутацій гена PIK3CA в розвитку раку грудної залози

Positive Association between EDN1 rs5370 (Lys198Asn) Polymorphism and Large Artery Stroke in a Ukrainian Population

There are a lot of convincing evidences about the involvement of endothelin pathway proteins in the pathogenesis of atherosclerosis and its fatal complications. In this study, the analysis of a possible association between EDN1 rs5370 and EDNRA rs5335 gene polymorphisms and the risk of large artery stroke (LAS) in a Ukrainian population was conducted. 200 LAS patients and 200 unrelated controls were enrolled in a case-control study. The polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism method (PCR-RFLP) was used for SNP genotyping. Our results revealed that EDN1 rs5370 polymorphism was associated with LAS development both before and after adjustment for atherosclerosis risk factors (sex, age, body mass index, arterial hypertension, type 2 diabetes mellitus, and smoking). The risk for a LAS incident in rs5370-T allele carriers was 1.6 times higher (CI = 1.066–2.403; P=0.020) than in subjects with the GG genotype. No link between EDNRA rs5335 and LAS risk in a Ukrainian population was found. The present study indicated that EDN1 rs5370, but not EDNRA rs5335, can be the strong genetic predictor for LAS development in a Ukrainian population

СТАТЕВІ ОСОБЛИВОСТІ C+70G ПОЛІМОРФНИХ ВАРІАНТІВ ГЕНА EDNRA З РОЗВИТКОМ ІШЕМІЧНОГО АТЕРОТРОМБОТИЧНОГО ІНСУЛЬТУ

The results of relationship determination of C+70G (rs5335) polymorphism of the endothelin receptor type A gene (EDNRA) in 170 patients with ischemic atherothrombotic stroke (IAS) and 124 individuals without symptoms of cardiovascular disease (control group) are presented in the article. It has been established that homozygote correlation by basic allele, heterozygote and homozygotes by minor allele while analyzing C+70G polymorphism in IAS patients is 24.1; 57.6 and 18.2 %, and in the control group –29.0; 50.0 and 21.0 % correspondingly (P = 0.426 at χ2-criterion). In case of division of each group into subgroups according to gender statistically significant differences in the control group (P = 0,965) and in patients with ischemic atherothrombotic stroke (P = 0,173) were not detected.Представлены результаты определения связи C+70G (rs5335) полиморфизма гена рецептора эндотелина типа А (EDNRA) в 170 больных с ишемическим атеротромботическим инсультом (ИАТИ) и 124 человек без признаков сердечно-сосудистой патологии (контрольная группа). Установлено, что соотношение гомозигот по основному аллелю, гетерозигот и гомозигот по минорному аллелю при анализе C+70G полиморфизма у больных с ИАТИ составляет 24,1; 57,6 и 18,2 %, а в контрольной ‒ 29,0; 50,0 и 21,0 % соответственно (P = 0,426 по χ2-критерию). При разделении каждой из групп на подгруппы по полу не было выявлено статистически значимых различий как в контрольной группе (P = 0,965), так и в группе больных с ишемическим атеротромботическим инсультом (P = 0,173).Представлено результати визначення зв´язку C+70G (rs5335) поліморфізму гена ендотелінового рецептора типу А (EDNRA) у 170 хворих з ішемічним атеротромботичним інсультом (ІАТІ) і 124 осіб без ознак серцево-судинної патології (контрольна група). Установлено, що співвідношення гомозигот за основним алелем, гетерозигот і гомозигот за мінорним алелем за C+70G поліморфізмом у хворих з ІАТІ становить 24,1; 57,6 і 18,2 %, а в контрольній – 29,0; 50,0 і 21,0 % відповідно (P = 0,426 за χ2-критерієм). При розподілі кожної з груп на підгрупи за статтю не виявлено статистично значимих відмінностей як в контрольній групі (P = 0,965), так і у групі хворих з ішемічним атеротромботичним інсультом (P = 0,173)