Initial study on TMPRSS2 p.Val160Met genetic variant in COVID-19 patients

From Springer Nature via Jisc Publications RouterHistory: received 2021-03-02, accepted 2021-05-04, registration 2021-05-05, pub-electronic 2021-05-17, online 2021-05-17, collection 2021-12Publication status: PublishedFunder: Universitas Airlangga; doi: http://dx.doi.org/10.13039/501100008463; Grant(s): Mandate Reserach Grant COVID-19Abstract: Background: Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a global health problem that causes millions of deaths worldwide. The clinical manifestation of COVID-19 widely varies from asymptomatic infection to severe pneumonia and systemic inflammatory disease. It is thought that host genetic variability may affect the host’s response to the virus infection and thus cause severity of the disease. The SARS-CoV-2 virus requires interaction with its receptor complex in the host cells before infection. The transmembrane protease serine 2 (TMPRSS2) has been identified as one of the key molecules involved in SARS-CoV-2 virus receptor binding and cell invasion. Therefore, in this study, we investigated the correlation between a genetic variant within the human TMPRSS2 gene and COVID-19 severity and viral load. Results: We genotyped 95 patients with COVID-19 hospitalised in Dr Soetomo General Hospital and Indrapura Field Hospital (Surabaya, Indonesia) for the TMPRSS2 p.Val160Met polymorphism. Polymorphism was detected using a TaqMan assay. We then analysed the association between the presence of the genetic variant and disease severity and viral load. We did not observe any correlation between the presence of TMPRSS2 genetic variant and the severity of the disease. However, we identified a significant association between the p.Val160Met polymorphism and the SARS-CoV-2 viral load, as estimated by the Ct value of the diagnostic nucleic acid amplification test. Furthermore, we observed a trend of association between the presence of the C allele and the mortality rate in patients with severe COVID-19. Conclusion: Our data indicate a possible association between TMPRSS2 p.Val160Met polymorphism and SARS-CoV-2 infectivity and the outcome of COVID-19

PERBANDINGAN KONDENSASI KROMATIN DAN KADAR SMALL RIBONUCLEIC ACID (RNA) ISOLAT SPERMATOZOA MANUSIA YANG DISIMPAN PADA BERBAGAI SUHU PENYIMPANAN

Latar belakang: Pemeriksaan biomarker infertilitas pria pada spermatozoa dapat melalui analisis semen, chromosomal aneuploidies, integritas DNA, dan profil RNA. Pemeriksaan biomarker di laboratorium, terutama terkait analisis genetikepigenetik, memperhatikan aspek pra-analisis. Kesalahan dalam aspek ini menyebabkan integritas sampel dan hasil analisis akan terganggu. Belum ada studi yang mempelajari suhu penyimpanan isolat spermatozoa sebelum analisis genetikepigenetik yang dapat diwakili oleh kondensasi kromatin dan kadar small RNA. Tujuan: Menganalisis perbedaan kondensasi kromatin dan kadar small RNA isolat spermatozoa manusia yang disimpan pada suhu -80oC, -20oC, dan 4oC. Bahan dan cara: Penelitian ini adalah true experimental laboratory dengan the post test only control group design. Sampel terdiri dari 13 ejakulat pria dengan konsentrasi > 10 juta/ml. Sampel kemudian dilakukan isolasi spermatozoa dan dibagi menjadi empat aliquot dimasukkan ke dalam kelompok kontrol dan perlakuan. Perlakuan berupa penyimpanan dengan suhu -80oC, -20oC, dan 4oC selama 7 hari kemudian dilakukan pemeriksaan kondensasi kromatin dengan pewarnaan aniline blue serta pengukuran kadar small RNA menggunakan spektrofotometer mikrovolume. Hasil: Kondensasi kromatin kelompok kontrol (51,77 + 17.137 %), penyimpanan dengan suhu -80oC (62,46 + 17.553 %), suhu -20oC (64,46 + 21.054 %), dan suhu 4oC (60,38 + 21.077 %) tidak berbeda (nilai p 0,065; α = 5%). Kadar small RNA tiap kelompok tidak berbeda [49,8 (5,33 – 522,46); 76,42 (10,45 – 434,25); 65,95 (7,99 – 301,16); 41,09 (7,03 – 1448,31); nilai p 0,314]. Kesimpulan: Tidak terdapat perbedaan kondensasi kromatin dan kadar small RNA isolat spermatozoa manusia yang disimpan pada suhu -80oC, -20oC, dan 4oC

Graniol Pada Mahkota Mawar (Rosa Hybrida) Untuk Terapi Dislipedemia

Dislipidemia adalah kelainan metabolisme lipid yang ditandai dengan perubahan kaksi lipid dalam plasma (Anwar, 2004) Kelainan ini merupakan faktor resiko dari berbagai sindroma metabolik diantaranya aterosklerosis, penyakit jantung koroner, dan sebagainya. Prevalensi dislipidemia di lndonesia cenderung meningkat setiap tahunnya. Penelitian Monitoring of Cardiovascular (Monica) di Jakarta (1988) menunjukkan bahwa kadar rata-rata kolesterol total pada wanita adalah 206.6 mg/dl dan pia 199,8 mg/dl, tahun 1993 meningkat menjadi 213,0 mg/dl pada wanita dan 204,8 mg/dl pada pria. Di beberapa daerah yaitu Surabaya (1985): 195 mg/dl, Ujung Pandang (1990). 219 mg/dl dan Malang (1994): 206 mg/dl (Anwar 2004). Selama ini terapi yang digunakan untuk dislipidemia antara lain statin, suatu bahan sintetik yang bekerja sebagai inhibitor HMG-KoA reduktase Statin memiliki efek negatif yaitu hepatotoksik yang berbahaya bagi tubuh. Konsep solusi yang ditawarkan dalam gagasan ini adalah menggunakan geraniol sebagai alternatif terapi dislipidemia. Gagasan tedulis ini benujuan untuk mengetahui karakteristik lisik dan kimia dari geraniol, mengetahui aktivitas geraniol sebagai inhibitor enzim HMG-KoA reduktase, sefta mengaji kemungkinan pemanfaatan geraniol pada terapi dislipidemia. Geraniol adalah alkohol monoterpene asiklik yang terdapat pada bebagai spesies bunga (lijima et al,2004) diantaranya dalam minyak mawar (40-42%). Geraniol memiliki rumus molekul C10H18O (Monison el al.2009). Titik tangkap kerja geraniol mirip statin yaitu sebagai penghambat enzin HGM-KoA redul<tase yang menurunkan kolesterol dalam plasma. lmplementasi dari pemanfaatan geraniol ini adalah dengan pembuatan ekstrak geraniol yang dikemas menjadi kapsul lunak. Dibutuhkan berbagai macam uji sebelum obat ini dipasarkan ke masyarakat. Uji tersebut cliantaranya uji praklinik dan uji klinik. Dalam langkah implementasi dibutuhkan peran-peran dari petani bunga mawar, akademisi dan peneliti, ahli farmasi dan industi obat, sefta dokter dan pasien

Could Complete Blood Count Parameters and Non-fasting Cholesterol Profile Describe Inflammation and Oxidative Stress in Chronic Kidney Disease?

BACKGROUND: Establishment of inexpensive clinical laboratory tests to evaluate inflammation and oxidative stress is urgently needed in the limited resources settings. This study aims to investigate the potential of complete blood count (CBC) parameters and non-fasting cholesterol profile parameters to describe inflammation and oxidative stress in chronic kidney disease (CKD) patients. METHODS: Measurement of CBC, non-fasting cholesterol profile, high sensitivity C-reactive protein (hs-CRP) and malondialdehyde (MDA) were performed in 71 CKD patients grouped into hemodialysis (HD) and non-hemodialysis (non-HD). Correlation analysis were performed to assess the potential of CBC and cholesterol profile to describe the level of hs-CRP and MDA. RESULTS: In the HD group, total cholesterol was moderately associated with hs-CRP while total cholesterol/HDL-C ratio, monocyte/HDL-C ratio, monocyte/LDL-C ratio, neutrophil/HDL-C ratio, neutrophil/LDL-C ratio, platelet/HDL-C ratio and platelet/LDL-C ratio were strongly associated with hs-CRP. In the non-HD group, only neutrophil/total cholesterol ratio and platelet/total cholesterol ratio that were associated with hs-CRP. Total cholesterol, monocyte/LDL-C ratio, neutrophil/LDL-C ratio and platelet/LDL-C ratio were moderately associated with MDA while total cholesterol/HDL-C ratio, monocyte/HDL-C ratio, neutrophil/HDL-C ratio and platelet/HDL-C ratio were strongly associated respectively with MDA in HD group. In the non-HD group, total cholesterol/HDL-C ratio, neutrophil/HDL-C ratio and platelet/HDL-C ratio were moderately associated with MDA in non-HD group while monocyte/HDL-C ratio was weakly associated with MDA. CONCLUSION: Some CBC parameters and non-fasting cholesterol profile such as cholesterol/HDL-C, monocyte/HDL-C, neutrophil/HDL-C and platelet/HDL-C ratio showed a potential to describe the inflammation and stress oxidative markers, given some strong associations with the level of hs-CRP and MDA. Further study is needed to assess whether this parameter represent long-term prognostic value among CKD patients. KEYWORDS: inflammation, oxidative stress, CRP, MDA, TAC, 8-OHdG, CBC, cholestero