A comprehensive analysis of Helicobacter pylori plasticity zones reveals that they are integrating conjugative elements with intermediate integration specificity

Background: The human gastric pathogen Helicobacter pylori is a paradigm for chronic bacterial infections. Its persistence in the stomach mucosa is facilitated by several mechanisms of immune evasion and immune modulation, but also by an unusual genetic variability which might account for the capability to adapt to changing environmental conditions during long-term colonization. This variability is reflected by the fact that almost each infected individual is colonized by a genetically unique strain. Strain-specific genes are dispersed throughout the genome, but clusters of genes organized as genomic islands may also collectively be present or absent. Results: We have comparatively analysed such clusters, which are commonly termed plasticity zones, in a high number of H. pylori strains of varying geographical origin. We show that these regions contain fixed gene sets, rather than being true regions of genome plasticity, but two different types and several subtypes with partly diverging gene content can be distinguished. Their genetic diversity is incongruent with variations in the rest of the genome, suggesting that they are subject to horizontal gene transfer within H. pylori populations. We identified 40 distinct integration sites in 45 genome sequences, with a conserved heptanucleotide motif that seems to be the minimal requirement for integration. Conclusions: The significant number of possible integration sites, together with the requirement for a short conserved integration motif and the high level of gene conservation, indicates that these elements are best described as integrating conjugative elements (ICEs) with an intermediate integration site specificity

Neurogenic Processes Are Induced by Very Short Periods of Voluntary Wheel-Running in Male Mice

Even in the adult mammalian brain progenitor cells proliferate and give rise to young neurons which integrate into the neuronal network. The dentate gyrus possesses such a neurogenic niche reactive to external stimuli like physical activity. In most studies mice or rats have been exposed to wheel running for periods of several weeks to activate neurogenesis while early neurogenic processes induced by very short running periods are less well understood. To address this issue, we allowed male C57Bl/6 mice free access to a running wheel for 2 or 7 days. We injected bromodeoxyuridine (BrdU) before the last running night, respectively, and quantified cell proliferation with immunocytochemistry for BrdU and Ki-67. Furthermore, we performed immunocytochemistry for doublecortin (DCX) and real-time RT-qPCR for NeuroD1 to characterize and quantify changes in neurogenesis on the protein and mRNA level. Real-time RT-qPCR for neurogenic niche factors (BDNF, FGF-2, BMP4, Noggin) was used to detect changes in the molecular composition of the neurogenic niche. Interestingly, we observed that cell proliferation was already affected after 2 days of running showing a transient decrease, which was followed by a rebound with increased proliferation after 7 days. Neurogenesis was stimulated after 2 days of running, reflected by elevated NeuroD1 mRNA levels, and it was significantly increased after 7 days as indicated by DCX immunostaining. On the level of niche factors we observed changes in expression in favor of neuronal differentiation (increased BDNF mRNA expression) and proliferation (decreased BMP4 mRNA expression) already after 2 days, although increased proliferation is reflected on the cellular level only later. In summary, our data show that 2 days of running are sufficient to activate neurogenic processes and we hypothesize that a strong pressure toward differentiation privileges neurogenesis while proliferation lags behind

Pharmacological inhibition of cyclin-dependent kinases triggers anti-fibrotic effects in hepatic stellate cells in vitro

Liver fibrosis is a wound healing process in response to chronic liver injury, which is characterized by the accumulation of extracellular collagen produced by Hepatic Stellate Cells (HSCs). This process involves cell cycle re-entry and proliferation of normally quiescent HSCs controlled by cyclins and associated cyclin-dependent kinases (Cdks). Cdk2 mediates the entry and progression through S-phase in complex with E-and A-type cyclins. We have demonstrated that cyclin E1 is essential for liver fibrogenesis in mice, but it is not known if this is dependent on Cdk2 or related Cdks. Here, we aimed to evaluate the benefit of the pan-Cdk inhibitor CR8 for treatment of liver fibrosis in vitro. CR8-treatment reduced proliferation and survival in immortalized HSC lines and in addition attenuated pro-fibrotic properties in primary murine HSCs. Importantly, primary murine hepatocytes were much more tolerant against the cytotoxic and anti-proliferative effects of CR8. We identified CR8 dosages mediating anti-fibrotic effects in primary HSCs without affecting cell cycle activity and survival in primary hepatocytes. In conclusion, the pharmacological pan-Cdk inhibitor CR8 restricts the pro-fibrotic properties of HSCs, while preserving proliferation and viability of hepatocytes at least in vitro. Therefore, CR8 and related drugs might be beneficial for the treatment of liver fibrosis

COVID-ARE-Konsultationsinzidenz

Zur Einschätzung der Krankheitslast symptomatischer Atemwegsinfektionen im ambulanten Bereich wird die Inzidenz der Arztbesuche wegen einer akuten respiratorischen Erkrankung mit zusätzlicher COVID-19-Diagnose pro 100.000 Einwohner mithilfe von Daten aus dem SEED(ARE)-Modul der Arbeitsgemeinschaft Influenza wöchentlich berechnet (COVID-ARE-Konsultationsinzidenz). Zeitnahe und valide Daten über die Häufigkeit von akuten Atemwegserkrankungen mit COVID-19 sind essenziell für die Einschätzung der epidemiologischen Lage und die Anpassung der Maßnahmen während der COVID-19-Pandemie

Completeness of tuberculosis case notifications in Germany in 2013–2017: first results of an inventory study

Background Evaluating the completeness of tuberculosis (TB) notification data is important for monitoring of TB surveillance systems. We conducted an inventory study to calculate TB underreporting in Germany in 2013–2017. Methods Acquisition of two pseudonymized case-based data sources (national TB notification data and antibiotic resistance surveillance data) was followed by two-source Capture-recapture (CRC) analysis, as case-based data from a third source was unavailable. Aggregated data on consumption of a key anti-TB drug (pyrazinamide [PZA]) was compared to an estimated need for PZA based on TB notification data to obtain an independent underreporting estimation. Additionally, notified TB incidence was compared to TB rate in an aggregated health insurance fund dataset. Results CRC and PZA-based approaches indicated that between 93 and 97% (CRC) and between 91 and 95% (PZA) of estimated cases were captured in the national TB notification data in the years 2013–2017. Insurance fund dataset did not indicate TB underreporting on the national level in 2017. Conclusions Our results suggest that more than 90% of estimated TB cases are captured within the German TB surveillance system, and accordingly the TB notification rate is likely a good proxy of the diagnosed TB incidence rate. An increase in underreporting and discrepancies however should be further investigated.Peer Reviewe

GrippeWeb-Wochenbericht

Die für die Bevölkerung in Deutschland geschätzte Rate von Personen mit einer neu aufgetretenen akuten Atemwegserkrankung (ARE, mit Fieber oder ohne Fieber) ist in der 16. Kalenderwoche (KW) (18.4. – 24.4.2022) im Vergleich zur Vorwoche deutlich gesunken (4,0 %; Vorwoche: 5,3 %). Der Rückgang der ARE-Rate wurde besonders deutlich bei den Kindern, aber auch bei den Erwachsenen beobachtet. Die Rate der grippeähnlichen Erkrankungen (ILI, definiert als ARE mit Fieber) ist im Vergleich zur Vorwoche eben-falls deutlich gesunken (1,1 %; Vorwoche: 1,6 %). Die gegenwärtige Entwicklung entspricht vermutlich einerseits den saisonal sinkenden Erkrankungsraten, ist aber auch überlagert vom Einfluss der Osterferien. Die für die Bevölkerung in Deutschland geschätzten Raten für die 16. KW 2022 beruhen auf den Angaben von 6.473 GrippeWeb-Teilnehmern und -Teilnehmerinnen, von diesen meldeten 256 eine ARE und 63 eine ILI (Datenstand: 26.4.2022). Durch Nachmeldungen, die bis zu vier Wochen lang möglich sind, können sich noch Änderungen ergeben

GrippeWeb-Wochenbericht

Die für die Bevölkerung in Deutschland geschätzte Rate von Personen mit einer neu aufgetretenen akuten Atemwegserkrankung (ARE, mit Fieber oder ohne Fieber) ist in der 19. Kalenderwoche (KW) (9.5. – 15.5.2022) im Vergleich zur Vorwoche leicht gestiegen (4,8 %; Vorwoche: 4,4 %). Während die ARE-Rate bei den Kindern leicht gesunken ist, ist sie bei den Erwachsenen leicht gestiegen. Die Rate der grippeähnlichen Erkrankungen (ILI, definiert als ARE mit Fieber) ist im Vergleich zur Vorwoche ebenfalls leicht gestiegen (1,3 %; Vorwoche: 1,2 %). Die für die Bevölkerung in Deutschland geschätzten Raten für die 19. KW 2022 beruhen auf den Angaben von 6.145 GrippeWeb-Teilnehmern und -Teilnehmerinnen, von diesen meldeten 307 eine ARE und 84 eine ILI (Datenstand: 17.5.2022). Durch Nachmeldungen, die bis zu vier Wochen lang möglich sind, können sich noch Änderungen ergeben

GrippeWeb-Wochenbericht

Die für die Bevölkerung in Deutschland geschätzte Rate von Personen mit einer neu aufgetretenen akuten Atemwegserkrankung (ARE, mit Fieber oder ohne Fieber) ist in der 20. Kalenderwoche (KW) (16.5. – 22.5.2022) im Vergleich zur Vorwoche gestiegen (5,2 %; Vorwoche: 4,5 %). Die ARE-Raten sind sowohl bei den Kindern als auch bei den Erwachsenen gestiegen. Die Rate der grippeähnlichen Erkrankungen (ILI, definiert als ARE mit Fieber) ist im Vergleich zur Vorwoche dagegen leicht gesunken (1,1 %; Vorwoche: 1,3 %). Die für die Bevölkerung in Deutschland geschätzten Raten für die 20. KW 2022 beruhen auf den Angaben von 6.056 GrippeWeb-Teilnehmern und -Teilnehmerinnen, von diesen meldeten 297 eine ARE und 61 eine ILI (Datenstand: 24.5.2022). Durch Nachmeldungen, die bis zu vier Wochen lang möglich sind, können sich noch Änderungen ergeben