Genome-wide association study indicates novel associations of annexin A13 to secretory and GAS2L2 with mucous otitis media

To evaluate the genetics of chronic nonsuppurative otitis media (OM). We performed a genome-wide association study of 429,599 individuals included in the FinnGen study using three different case definitions: combined chronic nonsuppurative OM (7034 cases) (included serous and mucous chronic OM), mucous chronic OM (5953 cases), and secretory chronic OM (1689 cases). Individuals without otitis media were used as controls (417,745 controls). We used immunohistochemistry (IHC) of the murine middle ear to evaluate the expression of annexin A13. Four loci were significantly associated (p < 1.7 × 10−8) with nonsuppurative OM. Three out of the four association signals included missense variants in genes that may play a role in otitis media pathobiology. According to our subtype-specific analyses, one novel locus, located near ANXA13, was associated with secretory OM. Three loci (near TNFRSF13B, GAS2L2, and TBX1) were associated with mucous OM. Immunohistochemistry of murine middle ear samples revealed annexin A13 expression at the apical pole of the Eustachian tube epithelium as well as variable intensity of the secretory cells of the glandular structure in proximity to the Eustachian tube. We demonstrated that secretory and mucous OM have distinct and shared genetic associations. The association of GAS2L2 with ciliary epithelium function and the pathogenesis of dysfunctional mucosa in mucous OM is suggested. The abundant expression of annexin A13 in the Eustachian tube epithelium, along with its role in apical transport for the binding and transfer of phospholipids, indicates the role of annexin A13 and phospholipids in Eustachian tube dysfunction.Peer reviewe

Enterovirusten detektio haimakudoksesta in situ -hybridisaatiolla ja immunofluoresenssiinperustuvalla kaksoisvärjäysmenetelmällä

Ihmistä infektoivat enterovirukset luokitellaan ihmisen enterovirus A-, B-, C- ja D -lajeihin sekä rinoviruslajeihin. Nämä lajit sisältävät runsaasti alalajeja, joita tunnetaankin yli 200. Enterovirus on pieni, ikosahedraalinen, genomiltaan yksijuosteinen ja positiivissäikeinen RNA-virus, joka on yleinen taudinaiheuttaja kaikissa ikäryhmissä. Enterovirusinfektioiden epäillään olevan monien autoimmuunisairauksien patogeneesin taustalla. Enteroviruksia pidetään todennäköisimpänä tyypin 1 diabetesta (T1D) aiheuttavana virussukuna, sillä enterovirusinfektioita on todettu diabeetikoilta terveitä useammin monissa eri tutkimuksissa. Vaikka enterovirusinfektiot on yhdistetty T1D:n patogeneesiin, ei enterovirusten osuutta sairauden puhkeamisessa ole kyetty täysin todistamaan. Enterovirusten ja T1D:n välisen epidemiologisen yhteyden osoittaminen on haastavaa, sillä tutkimuksia vaikeuttavat T1D:n oireeton, jopa vuosia kestävä esivaihe sekä haimakudosnäytteiden heikko saatavuus. Vaikka enterovirusdetektiossa immunohistokemialliset menetelmät (IHC) ja in situ -hybridisaatio(ISH) ovat osoittautuneet toimiviksi formaliinifiksattuja kudosnäytteitä käytettäessä, tulee näitä menetelmiä edelleen kehittää detektion luotettavuuden varmistamiseksi. Tutkielman tarkoituksena oli vahvistaa enterovirusdetektion luotettavuutta suunnittelemillamme lajispesifisillä koettimilla sekä omassa laboratoriossamme tuotetuilla polyklonaalisilla enterovirusvasta-aineilla ja arvioida näiden soveltuvuutta enterovirusdetektioon haimakudoksesta. Tutkielman tarkoituksena oli myös selventää tietoa enterovirusten isäntäsoluspesifisyydestä ihmisen haimakudoksessa. Tutkimuksessa näytemateriaalina käytettiin formaliinifiksattuja ja parafiiniin valettuja ihmisten haimakudosleikkeitä ja Balb/c-hiirten monikudosleikkeitä. Enterovirusvastaaineina käytettiin polyklonaalisia kanin vasta-aineita, jotka olivat suunniteltu coxsackievirus A16 (CAV16)-, coxsackievirus B3 (CBV3)- ja echovirus 11 -spesifisiksi. Tutkimuksessa käytettiin ISH-menetelmää sekä kahta erilaista IHC-menetelmää: immunoperoksidaasivärjäystä sekä immunofluoresenssiin perustuvaa kaksoisvärjäystä (IFA). Immunoperoksidaasivärjäyksen avulla seulottiin enteroviruksia ihmisen haimakudosleikkeistä (n=12). Viruspositiivisuutta löydettiin kolmesta haimakudoksesta CAV16 spesifisellä vasta-aineella. CBV3- ja Echo11 -vasta-aineilla positiivisuutta ei löydetty. CAV16 saarekesoluspesifisyyden määrittämiseksi IFA toteutettiin käyttäen CAV16 vasta-ainetta sekä kaupallisia vasta-aineita saarekesoluspesifisiä peptidihormoneja insuliinia, glukagonia ja somatostatiinia vastaan. ISH-määritystä varten enteroviruslajispesifiset DNA-koettimet suunniteltiin sitoutumaan enterovirusgenomin konservoituneille 2C- ja 3D -geenialueille. Lisäksi suunniteltiin koetin, joka sitoutuu enteroviruksen negatiiviseen RNA-juosteeseen, jota virus käyttää templaattina replikaatiossaan. ISH-menetelmä optimoitiin CBV3 infektoidun Balb/c -hiiren kudosleikkeillä. IFA:n mukaan CAV16 infektio rajoittuu haimakudoksessa ainoastaan saarekkeiden insuliinia tuottaviin β-soluihin ja tulokset tukevat yleistä käsitystä enterovirusinfektion β-soluspesifisyydestä. Löytö on merkittävä sillä CAV16 saarekesoluspesifisyyttä ei ole aiemmin osoitettu. Ainoastaan enterovirus B-lajispesifiset koettimet sekä enteroviruksen negatiiviseen juosteeseen sitoutuva koetin, tunnistivat CBV3-virusta hiiren haimakudoksesta, mikä viittaa lajispesifiseen hybridisoitumiseen. Koettimien yhtäaikainen käyttö samassa ISH-reaktiossa ei häirinnyt enterovirus B-lajispesifisten koettimien hybridisoitumista. Itsesuunnitellut koettimet sekä itsetuotetut vasta-aineet lisäävät enterovirusdetektion luotettavuutta merkittävästi, varsinkin jos niitä käytetään kaupallisten koettimien ja vasta-aineiden rinnalla

IGF2BP3 associates with proliferative phenotype and prognostic features in B-cell acute lymphoblastic leukemia

The oncofetal protein insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3 (IGF2BP3) belongs to a family of RNA-binding proteins involved in localization, stability, and translational regulation of target RNAs. IGF2BP3 is used as a diagnostic and prognostic marker in several malignancies. Although the prognosis of pediatric B-cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL) has improved, a subgroup of patients exhibits high-risk features and suffer from disease recurrence. We sought to identify additional biomarkers to improve diagnostics, and we assessed expression of IGF2BP3 in a population-based pediatric cohort of B-ALL using a tissue microarray platform. The majority of pediatric B-ALL cases were positive for IGF2BP3 immunohistochemistry and were associated with an increased proliferative phenotype and activated STAT5 signaling pathway. Two large gene expression data sets were probed for the expression of IGF2BP3—the highest levels were seen among the B-cell lymphomas of a germinal center origin and well-established (KMT2A-rearranged and ETV6-RUNX1) and novel subtypes of B-ALL (e.g., NUTM1 and ETV6-RUNX1-like). A high mRNA for IGF2BP3 was associated with a proliferative “metagene” signature and a high expression of CDK6 in B-ALL. A low expression portended inferior survival in a high-risk cohort of pediatric B-ALL. Overall, our results show that IGF2BP3 shows subtype-specificity in expression and provides prognostic utility in high-risk B-ALL.publishedVersionPeer reviewe