Martingale optimal transport duality

We obtain a dual representation of the Kantorovich functional defined for functions on the Skorokhod space using quotient sets. Our representation takes the form of a Choquet capacity generated by martingale measures satisfying additional constraints to ensure compatibility with the quotient sets. These sets contain stochastic integrals defined pathwise and two such definitions starting with simple integrands are given. Another important ingredient of our analysis is a regularized version of Jakubowski's $S$-topology on the Skorokhod space.Comment: 29 page

Ihanneopettajan jäljillä:diskurssianalyyttinen tutkimus yhteisopettajuuden ilmiöstä

Tiivistelmä. Peruskoulu ja opettajuus ovat muutoksessa. Pyrkimys inklusiiviseen kasvatukseen huomioiden oppilaiden yhdenvertainen osallisuus, tasa-arvo ja oikeus opiskella lähikoulussa ovat haastaneet koulutuspolitiikkaa, kouluja ja opettajia muuttumaan sekä löytämään uudenlaisia tapoja työskennellä tarkoituksenmukaista pedagogiikkaa käyttäen. Muutoksista huolimatta opettajan ydintehtävät säilyvät, ja opettajan tehtävänä on tarjota oppilaille yleissivistyksen perusta sekä tukea oppilasta kasvamaan ihmisenä ja yhteiskunnan jäsenenä. Pro gradu -tutkielmani tarjoaa ajankohtaisen puheenvuoron muuttuvasta opettajuudesta yhteisopettajuuden näkökulmasta. Tutkielman tarkoituksena on tunnistaa yhteisopettajuuden ilmiöön liittyviä diskursseja ja tulkita, millaisia seurauksia diskurssien käytöllä on. Tavoitteenani on siten lisätä ymmärrystä yhteisopettajuuden ilmiöstä sekä osallistua yhteisopettajuutta koskevaan keskusteluun yhteisopettajuuden tutkimiseen harvemmin liitetystä diskurssianalyyttisesta lähestymistavasta käsin. Tutkielmani tuo myös uutta yhteisopettajuuden keskusteluun yhdistämällä samaan tutkimukseen sekä luokanopettajien että alakoulun koulun johdon näkökulmat. Tutkielman teoreettinen viitekehys nivoutuu muuttuvaan opettajan työhön, josta hahmottuu samalla se konteksti, aika ja paikka, jossa yhteisopettajuus tapahtuu. Yhteisopettajuus ilmiönä paikantuu jo 1950-luvulle, mutta se on noussut vasta tällä vuosituhannella ajankohtaiseksi aiheeksi inklusiivisen kasvatuksen myötä. Teoreettismetodologisiltaan lähtökohdilta tutkimukseni perustuu sosiaaliseen konstruktionismiin, jossa kielenkäyttö nähdään sosiaalisen todellisuuden rakennusvälineenä. Tutkimuksen aineisto koostuu yhteensä kahdeksasta kirjoitelmasta ja haastattelusta, jotka olen analysoinut diskurssianalyysin keinoin. Tutkimukseni perusteella on tunnistettavissa viisi hegemonista diskurssia, joita ovat Ei yhteisopettajuutta ilman inkluusiota, Yhteisopettajuuden ideaali ja käytäntö, Monimerkityksinen opettajan autonomia, Reunaehtojen yhteisopettajuus sekä Yhteisopettajuudesta etua kaikille. Monimerkityksinen opettajan autonomia -diskurssi sisältää seuraavat diskurssit: Opettajan muuttuva autonomia ja Oven perässään kiinni vetävät opettajat. Reunaehtojen yhteisopettajuus -diskurssi sisältää seuraavat diskurssit: Vapaaehtoisuudesta avattaviin seiniin ja Wilmasta koulun toimintakulttuuriin. Diskurssien käytöllä on potentiaalisia seurauksia, jotka paikantuvat yhteisopettajuuden puolesta puhumisena, yhteisopettajuuden normalisointina, erontekojen tuottamisena, opettajan autonomian vähentymisen ja työn kuormittavuuden vastapuheena sekä ihanneopettajan luonnosteluna. Sosiaalisen konstruktionismin mukaisesti tutkimukseni ei pyri yhteisopettajuuden ilmiön totuudellistamiseen, vaan tulokset tarjoavat syvällisempää ymmärrystä yhteisopettajuudesta tässä ajassa ja paikassa tapahtuvana moniulotteisena ilmiönä

Yhteisopettajuus koulun toimintakulttuurissa

Tiivistelmä. Tämän kandidaatintutkielman aiheena on yhteisopettajuus koulun toimintakulttuurissa. Tavoitteena on selvittää, mitä yhteisopettajuudella tarkoitetaan ja mitkä tekijät koulun toimintakulttuurissa edistävät tai estävät yhteisopettajuuden toteutumista. Tutkimus on toteutettu integroivana kirjallisuuskatsauksena, jonka perusteella olen luonut teoreettisen viitekehyksen yhteisopettajuudesta koulun toimintakulttuurissa. Tutkimuksen keskeisiä käsitteitä ovat yhteisopettajuus, inkluusio ja toimintakulttuuri. Kirjallisuuskatsauksen perusteella yhteisopettajuus voidaan määritellä eri tavoin. Tässä tutkimuksessa yhteisopettajuus tarkoittaa kahden tai useamman opettajan välistä yhteistyötä, jonka puitteissa opetusta suunnitellaan, toteutetaan ja arvioidaan. Yhteisopettajuuden käsitteeseen liittyy tiiviisti inkluusion käsite. Inkluusiolla tarkoitetaan kaikkien oppilaiden tasavertaisia mahdollisuuksia osallistua opetukseen. Inklusiivisen kasvatuksen vaatimuksiin vastaaminen vaatii opetuksen järjestäjiä muuttamaan opetusmenetelmiä, ja tutkimustulosten mukaan yhteisopettajuus tarjoaa keinon järjestää opetus inkluusioperiaatetta tukevaksi. Kirjallisuuskatsauksesta käy ilmi, että inkluusioperiaatteesta huolimatta yhteisopettajuuden toteuttaminen on vähäistä. Inklusiivinen kasvatus ja yhteisopettajuus vaikuttavat koulun toimintakulttuuriin ja sen kehittämiseen. Kirjallisuuskatsauksen perusteella inklusiivinen kasvatus ja yhteisöllisyys ovat yhteisopettajuutta edistävän toimintakulttuurin ydintä. Lisäksi koulun johdolla ja rehtorilla on kirjallisuuskatsauksen perusteella erityinen merkitys yhteisopettajuuden edistämisessä ja sitä tukevan toimintakulttuurin muodostamisessa. Tutkimukset osoittivat, että yhteisopettajuutta edistävä toimintakulttuuri on ennen kaikkea yhteisöllinen toimintakulttuuri, joka perustuu erilaisten oppijoiden hyväksymiselle ja heidän yhdenvertaiselle oikeudelleen saada opetusta. Yhteisopettajuutta edistävä toimintakulttuuri on hyväksynyt inkluusioperiaatteen ja pyrkii järjestämään kouluyhteisön käytänteet inkluusiota tukeviksi. Tässä koulun johdolla ja rehtorilla on keskeinen rooli. Myös toimintakulttuurissa olevat perusoletukset ja arvot tulee tiedostaa, sillä nämä ilmenevät kouluyhteisön käytänteissä

A novel partial de novo duplication of JARID2 gene causing a neurodevelopmental phenotype

Publisher Copyright: © 2022 The Authors. Molecular Genetics & Genomic Medicine published by Wiley Periodicals LLC.Background: Deletions covering the entire or partial JARID2 gene as well as pathogenic single nucleotide variants leading to haploinsufficiency of JARID2 have recently been shown to cause a clinically distinct neurodevelopmental syndrome. Here, we present a previously undescribed partial de novo duplication of the JARID2 gene in a patient displaying features similar to those of patients with JARID2 loss-of-function variants. Case report: The index patient presents with abnormalities in gross motor skills and speech development as well as neuropsychiatric disorders. The patient has markedly dark infraorbital circles and slightly prominent supraorbital ridges.Whole-genome sequencing and array comparative genomic hybridization revealed a novel disease-causing variant type, a partial tandem duplication of JARID2, covering the exons 1–7. Furthermore, RNA sequencing validated the increased expression of these exons. Expression alterations were also detected in target genes of the PRC2 complex, in which JARID2 acts as an essential member. Conclusion: Our data add to the variety of different pathogenic variants associated with JARID2 neurodevelopmental syndrome.Peer reviewe

Transverse myocutaneous gracilis flap reconstruction is feasible after pelvic exenteration : 12-year surgical and oncological results

Introduction: Pelvic exenteration (PE) is the only curative treatment for certain locally advanced intrapelvic malignancies. PE has high morbidity, and optimal reconstruction of the pelvic floor remains undetermined. Materials and methods: A retrospective chart review was performed at a tertiary university center to assess the surgical and oncological outcomes of 39 PE procedures over a 12-year period. The majority of patients (n = 25) underwent transverse musculocutaneous gracilis (TMG) flap reconstruction for pelvic floor reconstruction. Results: The 1- and 5-year overall survival (OS) was 72% (95%CI 58%-86%) and 48% (95%CI 31%-65%), respectively. In multivariate analysis, lymph node metastasis (HR 3.070, p = 0.024) and positive surgical margins (HR 3.928, p = 0.009) were risk factors for OS. In this population, 71.8% of the patients had at least one complication. The complication rate was 65.4% and 84.6% for patients with versus without flap reconstruction, respectively (p = 0.191). The length of stay was longer for patients with a major complication 16,0 +/- 5,9 days vs. 29,4 +/- 14,8 days, p = 0.001, but complications did not affect OS. Conclusion: For selected patients, PE is a curative option for locally advanced, residual, or recurrent intrapelvic tumors. Pelvic floor and vulvovaginal defects can reliably be reconstructed using TMG flaps. TMG flaps are favored in our institution over abdominal-based flaps because the donor site morbidity is reasonable and TMG does not interfere with enterostomy. (C) 2019 Elsevier Ltd, BASO similar to The Association for Cancer Surgery, and the European Society of Surgical Oncology. All rights reserved.Peer reviewe

Polygenic risk score is associated with increased disease risk in 52 Finnish breast cancer families

The risk of developing breast cancer is increased in women with family history of breast cancer and particularly in families with multiple cases of breast or ovarian cancer. Nevertheless, many women with a positive family history never develop the disease. Polygenic risk scores (PRSs) based on the risk effects of multiple common genetic variants have been proposed for individual risk assessment on a population level. We investigate the applicability of the PRS for risk prediction within breast cancer families. We studied the association between breast cancer risk and a PRS based on 75 common genetic variants in 52 Finnish breast cancer families including 427 genotyped women and pedigree information on similar to 4000 additional individuals by comparing the affected to healthy family members, as well as in a case-control dataset comprising 1272 healthy population controls and 1681 breast cancer cases with information on family history. Family structure was summarized using the BOADICEA risk prediction model. The PRS was associated with increased disease risk in women with family history of breast cancer as well as in women within the breast cancer families. The odds ratio (OR) for breast cancer within the family dataset was 1.55 [95 % CI 1.26-1.91] per unit increase in the PRS, similar to OR in unselected breast cancer cases of the case-control dataset (1.49 [1.38-1.62]). High PRS-values were informative for risk prediction in breast cancer families, whereas for the low PRS-categories the results were inconclusive. The PRS is informative in women with family history of breast cancer and should be incorporated within pedigree-based clinical risk assessment.Peer reviewe

RAD51B in Familial Breast Cancer.

Common variation on 14q24.1, close to RAD51B, has been associated with breast cancer: rs999737 and rs2588809 with the risk of female breast cancer and rs1314913 with the risk of male breast cancer. The aim of this study was to investigate the role of RAD51B variants in breast cancer predisposition, particularly in the context of familial breast cancer in Finland. We sequenced the coding region of RAD51B in 168 Finnish breast cancer patients from the Helsinki region for identification of possible recurrent founder mutations. In addition, we studied the known rs999737, rs2588809, and rs1314913 SNPs and RAD51B haplotypes in 44,791 breast cancer cases and 43,583 controls from 40 studies participating in the Breast Cancer Association Consortium (BCAC) that were genotyped on a custom chip (iCOGS). We identified one putatively pathogenic missense mutation c.541C>T among the Finnish cancer patients and subsequently genotyped the mutation in additional breast cancer cases (n = 5259) and population controls (n = 3586) from Finland and Belarus. No significant association with breast cancer risk was seen in the meta-analysis of the Finnish datasets or in the large BCAC dataset. The association with previously identified risk variants rs999737, rs2588809, and rs1314913 was replicated among all breast cancer cases and also among familial cases in the BCAC dataset. The most significant association was observed for the haplotype carrying the risk-alleles of all the three SNPs both among all cases (odds ratio (OR): 1.15, 95% confidence interval (CI): 1.11-1.19, P = 8.88 x 10-16) and among familial cases (OR: 1.24, 95% CI: 1.16-1.32, P = 6.19 x 10-11), compared to the haplotype with the respective protective alleles. Our results suggest that loss-of-function mutations in RAD51B are rare, but common variation at the RAD51B region is significantly associated with familial breast cancer risk

The FANCM:p.Arg658* truncating variant is associated with risk of triple-negative breast cancer

Breast cancer is a common disease partially caused by genetic risk factors. Germline pathogenic variants in DNA repair genes BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM, and CHEK2 are associated with breast cancer risk. FANCM, which encodes for a DNA translocase, has been proposed as a breast cancer predisposition gene, with greater effects for the ER-negative and triple-negative breast cancer (TNBC) subtypes. We tested the three recurrent protein-truncating variants FANCM:p.Arg658*, p.Gln1701*, and p.Arg1931* for association with breast cancer risk in 67,112 cases, 53,766 controls, and 26,662 carriers of pathogenic variants of BRCA1 or BRCA2. These three variants were also studied functionally by measuring survival and chromosome fragility in FANCM−/− patient-derived immortalized fibroblasts treated with diepoxybutane or olaparib. We observed that FANCM:p.Arg658* was associated with increased risk of ER-negative disease and TNBC (OR = 2.44, P = 0.034 and OR = 3.79; P = 0.009, respectively). In a country-restricted analysis, we confirmed the associations detected for FANCM:p.Arg658* and found that also FANCM:p.Arg1931* was associated with ER-negative breast cancer risk (OR = 1.96; P = 0.006). The functional results indicated that all three variants were deleterious affecting cell survival and chromosome stability with FANCM:p.Arg658* causing more severe phenotypes. In conclusion, we confirmed that the two rare FANCM deleterious variants p.Arg658* and p.Arg1931* are risk factors for ER-negative and TNBC subtypes. Overall our data suggest that the effect of truncating variants on breast cancer risk may depend on their position in the gene. Cell sensitivity to olaparib exposure, identifies a possible therapeutic option to treat FANCM-associated tumors

The FANCM:p.Arg658* truncating variant is associated with risk of triple-negative breast cancer

© 2019, The Author(s). Breast cancer is a common disease partially caused by genetic risk factors. Germline pathogenic variants in DNA repair genes BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM, and CHEK2 are associated with breast cancer risk. FANCM, which encodes for a DNA translocase, has been proposed as a breast cancer predisposition gene, with greater effects for the ER-negative and triple-negative breast cancer (TNBC) subtypes. We tested the three recurrent protein-truncating variants FANCM:p.Arg658*, p.Gln1701*, and p.Arg1931* for association with breast cancer risk in 67,112 cases, 53,766 controls, and 26,662 carriers of pathogenic variants of BRCA1 or BRCA2. These three variants were also studied functionally by measuring survival and chromosome fragility in FANCM−/− patient-derived immortalized fibroblasts treated with diepoxybutane or olaparib. We observed that FANCM:p.Arg658* was associated with increased risk of ER-negative disease and TNBC (OR = 2.44, P = 0.034 and OR = 3.79; P = 0.009, respectively). In a country-restricted analysis, we confirmed the associations detected for FANCM:p.Arg658* and found that also FANCM:p.Arg1931* was associated with ER-negative breast cancer risk (OR = 1.96; P = 0.006). The functional results indicated that all three variants were deleterious affecting cell survival and chromosome stability with FANCM:p.Arg658* causing more severe phenotypes. In conclusion, we confirmed that the two rare FANCM deleterious variants p.Arg658* and p.Arg1931* are risk factors for ER-negative and TNBC subtypes. Overall our data suggest that the effect of truncating variants on breast cancer risk may depend on their position in the gene. Cell sensitivity to olaparib exposure, identifies a possible therapeutic option to treat FANCM-associated tumors