In Vitro and In Vivo Activity of Citral in Combination with Amphotericin B, Anidulafungin and Fluconazole against Candida auris Isolates

Candida auris is an emerging fungal pathogen responsible for hospital outbreaks of invasive candidiasis associated with high mortality. The treatment of these mycoses is a clinical challenge due to the high resistance levels of this species to current antifungal drugs, and alternative therapeutic strategies are needed. In this study, we evaluated the in vitro and in vivo activities of combinations of citral with anidulafungin, amphotericin B or fluconazole against 19 C. auris isolates. The antifungal effect of citral was in most cases similar to the effect of the antifungal drugs in monotherapy. The best combination results were obtained with anidulafungin, with synergistic and additive interactions against 7 and 11 of the 19 isolates, respectively. The combination of 0.06 μg/mL anidulafungin and 64 μg/mL citral showed the best results, with a survival rate of 63.2% in Caenorhabditis elegans infected with C. auris UPV 17-279. The combination of fluconazole with citral reduced the MIC of fluconazole from > 64 to 1–4 μg/mL against 12 isolates, and a combination of 2 μg/mL fluconazole and 64 μg/mL citral was also effective in reducing mortality in C. elegans. Amphotericin B combined with citral, although effective in vitro, did not improve the activity of each compound in vivo.The research group was funded by the Consejería de Educación, Universidades e Investigación (GIC IT-1607-22) of Gobierno Vasco-Eusko Jaurlaritza and by the Spanish Ministry of Science and Innovation (PID2020-117983RB-I00)

Candida duobushaemulonii: An Old But Unreported Pathogen

Candidiasis caused by species of the Candida haemulonii complex (Candida haemulonii and Candida duobushaemulonii) and closely related species, Candida auris and Candida pseudohaemulonii are increasing. These species often show reduced susceptibility to antifungal drugs, such as azoles and amphotericin B or, less frequently, echinocandins. However, conventional phenotypic identification methods are unable to accurately differentiate these species and, therefore, their prevalence may have been underestimated. In this study, 150 isolates that were probably misidentified were reanalyzed using two novel PCR approaches. We found that one isolate previously identified in 1996 as Candida intermedia was C. duobushaemulonii, being one of the oldest isolates of this species described to date. We also found that this isolate had reduced susceptibility to fluconazole, itraconazole, and amphotericin B.This research was funded by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO) [SAF2017-86188-P] and from the Consejería de Educación, Universidades e Investigación of Gobierno Vasco-Eusko Jaurlaritza [GIC15/78 IT-990-16]. C.M.-A. is recipient of a research grant from the program Reina Letizia para la inclusión of the Real Patronato de Discapacidad

In Vitro Antifungal Activity of Ibrexafungerp (SCY-078) Against Contemporary Blood Isolates From Medically Relevant Species of Candida: A European Study

BackgroundIbrexafungerp (SCY-078) is the newest oral and intravenous antifungal drug with broad activity, currently undergoing clinical trials for invasive candidiasis. ObjectiveThe aim of this study was to assess the in vitro activity of ibrexafungerp and comparators against a collection of 434 European blood isolates of Candida. MethodsIbrexafungerp, caspofungin, fluconazole, and micafungin minimum inhibitory concentrations (MICs) were collected from 12 European laboratories for 434 blood isolates, including 163 Candida albicans, 108 Candida parapsilosis, 60 Candida glabrata, 40 Candida tropicalis, 29 Candida krusei, 20 Candida orthopsilosis, 6 Candida guilliermondii, 2 Candida famata, 2 Candida lusitaniae, and 1 isolate each of Candida bracarensis, Candida catenulata, Candida dubliniensis, and Candida kefyr. MICs were determined by the EUCAST broth microdilution method, and isolates were classified according to recommended clinical breakpoints and epidemiological cutoffs. Additionally, 22 Candida auris from different clinical specimens were evaluated. ResultsIbrexafungerp MICs ranged from 0.016 to >= 8 mg/L. The lowest ibrexafungerp MICs were observed for C. albicans (geometric MIC 0.062 mg/L, MIC range 0.016-0.5 mg/L) and the highest ibrexafungerp MICs were observed for C. tropicalis (geometric MIC 0.517 mg/L, MIC range 0.06->= 8 mg/L). Modal MICs/MIC(50)s (mg/L) against Candida spp. were 0.125/0.06 for C. albicans, 0.5/0.5 for C. parapsilosis, 0.25/0.25 for C. glabrata, 0.5/0.5 for C. tropicalis, 1/1 for C. krusei, 4/2 for C. orthopsilosis, and 0.5/0.5 for C. auris. Ibrexafungerp showed activity against fluconazole- and echinocandin-resistant isolates. If adopting wild-type upper limits, a non-wild-type phenotype for ibrexafungerp was only observed for 16/434 (3.7%) isolates: 11 (4.6%) C. parapsilosis, 4 (5%) C. glabrata, and 1 (2.5%) C. tropicalis. ConclusionIbrexafungerp showed a potent in vitro activity against Candida.This study received funding from SCYNEXIS. The funder was not involved in the study design, collection, analysis, interpretation of data, the writing of the article, or the decision to submit it for publication. CM-A is a recipient of a grant from Fundació n ONCE (Oportunidad al Talento). EE, AG, NJ, CM-A, and GQ have received grant support from Consejerı́a de Educación, Universidades e Investigación del Gobierno Vasco (GIC15 IT-990-16), Fondo de Investigación Sanitaria del Gobierno de España (FIS PI11/00203), and UPV/EHU (UFI 11/25). All authors declare no other competing interests

Campylobacter jejuniren genomotipifikazioa DNA microarrayen bidez. Markatzaileen eta dibertsitate genetikoaren analisia

354 p. (Bibliogr. 271-303) - Correo electrónico de la autora: [email protected][ES] Campylobacter jejuni es una de las principales causas de diarrea bacteriana a nivel mundial y el antecedente más común en neuropatías periféricas como el síndrome Guillain Barré y Miller Fisher. Determinar las diferentes fuentes de infección de Campylobacter ha sido un objetivo largamente perseguido por Gobiernos, Instituciones y científicos en los últimos años. A pesar de todos los esfuerzos, las contribuciones realizadas no permiten determinar con exactitud las diferentes fuentes de infección, lo cual ha dificultado el establecimiento de estrategias eficaces de control para reducir la presencia de C. jejuni en la cadena alimentaria. Más recientemente, el interés se ha volcado en la utilización del genoma completo ya que la secuenciación del mismo ha permitido el desarrollo de microarrays que permiten estudiar multitud de genes, simultáneamente. Debido a todo esto, la finalidad del trabajo fue determinar el grado de variabilidad (diversidad y/o posible plasticidad) genómica entre cepas de Campylobacter jejuni procedentes de diversas áreas geográficas y diferentes fuentes de aislamiento, al objeto de detectar posibles genes que pueda emplearse como marcadores genéticos. Para ello, nuestros objetivos específicos fueron los siguientes: 1. Determinar las condiciones experimentales más adecuadas para la hibridación en el microarray de ADN, asegurando la reproducibilidad entre ensayos, minimizando la presencia de hibridaciones cruzadas y asegurando la discriminación entre las señales de fluorescencia para los genes presentes y los ausentes o divergentes. 2. Confeccionar una colección multigeográfica de cepas de C. jejuni que incluya aislamientos no clonales, según alelos de la región SVR (Short Variable Region) del gen flaA, aislados en muestras humanas y de pollo. 3. Analizar la colección de cepas seleccionadas mediante CGH (Comparative Genomic Hybridization) utilizando microarrays de ADN (genoma universal), con el fin de encontrar posibles marcadores predictivos.4. Determinar el grado de variabilidad y estructura genética que presentan las cepas seleccionadas mediante métodos bayesianos de inferencia filogenética.[EU] Campylobacter jejuni gaur egungo beherako bakteriarraren zio nagusienetarikoa da mundu mailan eta era berean Guillain Barré eta Miller Fisher bezalako gaitz neurologiko periferikoen aitzindari ohikoena. Campylobacteren infekzio iturri desberdinen bilatzea, azken urteotan Gobernu, Instituzio eta zientzialariek asko jarraitu eta desiratutako helburu bat izan da. Egindako esfortzu guzti hauek ere, eskainitako kontribuzioek ez dute ahalbidetzen infekzio iturria zehaztea, honek elika-katean C. jejuniren presentzia murrizteko kontrol estrategia eraginkorren bilatzea asko zaildu du. Oraintsu, genoma osoaren azterketarengan jarri da interesa, honen sekuentziazioak microarrayen garatzea suposatu baitu gene ugariren azterketarako, aldi berean. Hau guzti hau dela eta, eta markatzaile genetiko gisa erabiltzeko geneak identifikatzeko asmoarekin, jatorri geografiko eta bakartze iturri desberdinetatiko Campylobacter jejuni anduien artean aldakortasun genomikoa (dibertsitatea edota plastikotasun posiblea) determinatzea izan zen helburu lan honetan. Honetarako, gure helburu espezifikoak honakoak izan ziren: 1. DNA microarrayan gertatutako hibridazioentzako baldintza esperimental egokienak determinatu, entseguen arteko erreproduzigarritasuna bermatzeko, gurutzatutako hibridazioak murrizteko eta fluoreszentzia seinaleen artean geneen presentziak eta absentziak edo dibergentzia bereizteko. 2. flaA genearen SVR (Short Variable Region) eremuaren aleloetan oinarrituta, giza eta oilasko laginetatik bakandutako eta bakartze ez klonalak dituen C. jejuni anduien bilduma multigeografiko bat eraiki. 3. Markatzaile igarle posibleak topatzeko asmoarekin, anduia bilduma CGH (Comparative Genomic Hybridization) bidez, DNA microarrayak (genoma unibertsala) erabiliz, analizatzea. 4. Aukeratutako anduiek aurkezten duten aldakortasun maila eta estruktura genetikoa determinatu inferentzia filogenetikoan oinarritutako metodo bayesiarrak erabiliz.Tesis realizada a partir de la financiación recibida de los siguientes Proyectos de Investigación: 1. Búsqueda de posibles marcadores genéticos de atribución de fuente en Campylobacter jejuni utilizando arrays de ADN. MEC: AGL 2008-03626/ALI. (2009-2011) ; 2. Epidemiología molecular de Campylobacter y Arcobacter. Grupos de Investigación Consolidados del Sistema Universitario Vasco financiado por el Gobierno Vasco (DEUI): IT- 528-10 (2010-2016) y por la Ayuda para la Formación de Personal Investigador en la UPV/EHU (2007-2011)

Campylobacter jejuniren genomotipifikazioa DNA microarrayen bidez. Markatzaileen eta dibertsitate genetikoaren analisia

354 p. (Bibliogr. 271-303) - Correo electrónico de la autora: [email protected][ES] Campylobacter jejuni es una de las principales causas de diarrea bacteriana a nivel mundial y el antecedente más común en neuropatías periféricas como el síndrome Guillain Barré y Miller Fisher. Determinar las diferentes fuentes de infección de Campylobacter ha sido un objetivo largamente perseguido por Gobiernos, Instituciones y científicos en los últimos años. A pesar de todos los esfuerzos, las contribuciones realizadas no permiten determinar con exactitud las diferentes fuentes de infección, lo cual ha dificultado el establecimiento de estrategias eficaces de control para reducir la presencia de C. jejuni en la cadena alimentaria. Más recientemente, el interés se ha volcado en la utilización del genoma completo ya que la secuenciación del mismo ha permitido el desarrollo de microarrays que permiten estudiar multitud de genes, simultáneamente. Debido a todo esto, la finalidad del trabajo fue determinar el grado de variabilidad (diversidad y/o posible plasticidad) genómica entre cepas de Campylobacter jejuni procedentes de diversas áreas geográficas y diferentes fuentes de aislamiento, al objeto de detectar posibles genes que pueda emplearse como marcadores genéticos. Para ello, nuestros objetivos específicos fueron los siguientes: 1. Determinar las condiciones experimentales más adecuadas para la hibridación en el microarray de ADN, asegurando la reproducibilidad entre ensayos, minimizando la presencia de hibridaciones cruzadas y asegurando la discriminación entre las señales de fluorescencia para los genes presentes y los ausentes o divergentes. 2. Confeccionar una colección multigeográfica de cepas de C. jejuni que incluya aislamientos no clonales, según alelos de la región SVR (Short Variable Region) del gen flaA, aislados en muestras humanas y de pollo. 3. Analizar la colección de cepas seleccionadas mediante CGH (Comparative Genomic Hybridization) utilizando microarrays de ADN (genoma universal), con el fin de encontrar posibles marcadores predictivos.4. Determinar el grado de variabilidad y estructura genética que presentan las cepas seleccionadas mediante métodos bayesianos de inferencia filogenética.[EU] Campylobacter jejuni gaur egungo beherako bakteriarraren zio nagusienetarikoa da mundu mailan eta era berean Guillain Barré eta Miller Fisher bezalako gaitz neurologiko periferikoen aitzindari ohikoena. Campylobacteren infekzio iturri desberdinen bilatzea, azken urteotan Gobernu, Instituzio eta zientzialariek asko jarraitu eta desiratutako helburu bat izan da. Egindako esfortzu guzti hauek ere, eskainitako kontribuzioek ez dute ahalbidetzen infekzio iturria zehaztea, honek elika-katean C. jejuniren presentzia murrizteko kontrol estrategia eraginkorren bilatzea asko zaildu du. Oraintsu, genoma osoaren azterketarengan jarri da interesa, honen sekuentziazioak microarrayen garatzea suposatu baitu gene ugariren azterketarako, aldi berean. Hau guzti hau dela eta, eta markatzaile genetiko gisa erabiltzeko geneak identifikatzeko asmoarekin, jatorri geografiko eta bakartze iturri desberdinetatiko Campylobacter jejuni anduien artean aldakortasun genomikoa (dibertsitatea edota plastikotasun posiblea) determinatzea izan zen helburu lan honetan. Honetarako, gure helburu espezifikoak honakoak izan ziren: 1. DNA microarrayan gertatutako hibridazioentzako baldintza esperimental egokienak determinatu, entseguen arteko erreproduzigarritasuna bermatzeko, gurutzatutako hibridazioak murrizteko eta fluoreszentzia seinaleen artean geneen presentziak eta absentziak edo dibergentzia bereizteko. 2. flaA genearen SVR (Short Variable Region) eremuaren aleloetan oinarrituta, giza eta oilasko laginetatik bakandutako eta bakartze ez klonalak dituen C. jejuni anduien bilduma multigeografiko bat eraiki. 3. Markatzaile igarle posibleak topatzeko asmoarekin, anduia bilduma CGH (Comparative Genomic Hybridization) bidez, DNA microarrayak (genoma unibertsala) erabiliz, analizatzea. 4. Aukeratutako anduiek aurkezten duten aldakortasun maila eta estruktura genetikoa determinatu inferentzia filogenetikoan oinarritutako metodo bayesiarrak erabiliz.Tesis realizada a partir de la financiación recibida de los siguientes Proyectos de Investigación: 1. Búsqueda de posibles marcadores genéticos de atribución de fuente en Campylobacter jejuni utilizando arrays de ADN. MEC: AGL 2008-03626/ALI. (2009-2011) ; 2. Epidemiología molecular de Campylobacter y Arcobacter. Grupos de Investigación Consolidados del Sistema Universitario Vasco financiado por el Gobierno Vasco (DEUI): IT- 528-10 (2010-2016) y por la Ayuda para la Formación de Personal Investigador en la UPV/EHU (2007-2011)