Analyzing RNA data with scVelo: identifiability issues and a Bayesian implementation

The analysis of RNA data plays a crucial role in understanding cellular differentiation. One widely-used methodology for analyzing RNA data is scVelo. However, in this paper, we show that, among other issues of scVelo, the current model formalization suffers from identifiability problems. We propose a Bayesian version of scVelo with modifications that address these issues

La paradoja del bioquímico en la actuación pericial ambiental

Desde la creación de la figura del bioquímico como hombre de ciencia vinculado a la problemática de la salud humana, su función en las tareas periciales, es decir, aquellas participaciones expertas como auxiliar de la justicia, ha sido requerida y valorada por los fuertes cimientos de sus certezas y la contundencia de sus aportes. A fines de la década de los ochenta y, sobre todo, con mucha fuerza desde mediados de la década de los noventa, el perfeccionamiento de la normativa ambiental ha significado un nuevo flujo de aportes desde distintas ramas de las ciencias exactas, naturales y sociales. Nuevamente aquí el bioquímico ha aportado en forma fundamental. Pero las particularidades de las temáticas ambientales y la forma en que han ido evolucionando las distintas disciplinas que constituyen el marco de estudio del medioambiente y sus alteraciones, dan lugar a la aparición de problemáticas que, si no inéditas, en este contexto presentan una fuerza inusual. Una de las que aparece con cierta sutileza, pero no con menor importancia, es la que intentaremos describir aquí.Facultad de Ciencias Exacta

Estudio conformacional de compuestos organofosforados y sus mecanismos de acción tóxica

Estudios espectroscópicos de pequeños organofosforados (OPs) dan cuenta de la existencia de terceros confórmeros a temperatura ambiente. Estos constituyen los primeros resultados experimentales que evidencian un comportamiento multiconformacional ya predicho mediante resultados teóricos. En el análisis de este fenómeno se asocia el efecto sobre la flexibilidad molecular, que decrece en el sentido del aumento del peso del calcógeno unido por doble enlace al átomo de fósforo. A partir de estos resultados, y por extensión al comportamiento biológico de los OPs, se han encontrado relaciones fundamentales entre las diferencias de libertad conformacional y los mecanismos de acción tóxica asociados a OP pequeños determinados por la inhibición de la acetilcolinesterasa, de manera que el comportamiento conformacional puede ser suficiente para explicar ciertos aspectos de la interacción de estos organofosforados con el sitio activo de esta enzima. Estos resultados se obtienen aplicando metodologías QSAR (Quantitative Structure Activity Relationships) junto con el desarrollo de distintos Descriptores Conformacionales.Spectroscopic studies of small organophosphorus (OPs) are made that give account of the existence of third conformers at room temperature. These constitute the first experimental results that demonstrate a multiconformacional behavior already predicted by means of theoretical results. In the analysis of this phenomenon the effect is associated on the molecular flexibility, that decreases in the sense of the increase of the weight of the calchogen atom bonded to the phosphorus atom. From these results, and by extension to the biological behavior of the OPs, have been fundamental relations between the differences of conformational freedom and the associated mechanisms of toxic effect to small OP determined by the acethylcholinesterase inhibition, so that the conformacional behavior can be sufficient to explain certain aspects of the interaction of these OPs on the active site of this enzyme. These results are obtained along with applying to QSAR (Quantitative Structure Activity Relationships) methodologies and development of Conformational Descriptors.Facultad de Ciencias Exacta

La paradoja del bioquímico en la actuación pericial ambiental

Desde la creación de la figura del bioquímico como hombre de ciencia vinculado a la problemática de la salud humana, su función en las tareas periciales, es decir, aquellas participaciones expertas como auxiliar de la justicia, ha sido requerida y valorada por los fuertes cimientos de sus certezas y la contundencia de sus aportes. A fines de la década de los ochenta y, sobre todo, con mucha fuerza desde mediados de la década de los noventa, el perfeccionamiento de la normativa ambiental ha significado un nuevo flujo de aportes desde distintas ramas de las ciencias exactas, naturales y sociales. Nuevamente aquí el bioquímico ha aportado en forma fundamental. Pero las particularidades de las temáticas ambientales y la forma en que han ido evolucionando las distintas disciplinas que constituyen el marco de estudio del medioambiente y sus alteraciones, dan lugar a la aparición de problemáticas que, si no inéditas, en este contexto presentan una fuerza inusual. Una de las que aparece con cierta sutileza, pero no con menor importancia, es la que intentaremos describir aquí.Facultad de Ciencias Exacta

Development of an ionic liquid-based dispersive liquid–liquid microextraction method for the determination of nifurtimox and benznidazole in human plasma

Dispersive ionic liquid–liquid microextraction combined with liquid chromatography and UV detection was used for the determination of two antichagasic drugs in human plasma: nifurtimox and benznidazole. The effects of experimental parameters on extraction efficiency—the type and volume of ionic liquid and disperser solvent, pH, nature and concentration of salt, and the time for centrifugation and extraction—were investigated and optimized. Matrix effects were detected and thus the standard addition method was used for quantification. This microextraction procedure yielded significant improvements over those previously reported in the literature and has several advantages, including high inter-day reproducibility (relative standard deviation¼1.02% and 3.66% for nifurtimox and benznidazole, respectively), extremely low detection limits (15.7 ng mL1 and 26.5 ng mL1 for nifurtimox and benznidazole, respectively), and minimal amounts of sample and extraction solvent required. Recoveries were high (98.0% and 79.8% for nifurtimox and benznidazole, respectively). The proposed methodology offers the advantage of highly satisfactory performance in addition to being inexpensive, simple, and fast in the extraction and preconcentration of these antichagasic drugs from human-plasma samples, with these characteristics being consistent with the practicability requirements in current clinical research or within the context of therapeutic monitoring.Fil: Padró, Juan Manuel. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Departamento de Química. Grupo Cromatografía; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Marsón, María Elena. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Departamento de Ciencias Biológicas. Área de Toxicología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Mastrantonio Garrido, Guido Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Departamento de Ciencias Biológicas. Área de Toxicología; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Departamento de Química. Laboratorio de Servicios a la Industria y al Sistema Científico; Argentina. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas; ArgentinaFil: Altcheh, Jaime Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Servicio de Parasitología y Chagas; ArgentinaFil: García Bournissen, Facundo. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Servicio de Parasitología y Chagas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Reta, Mario Roberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Departamento de Química. Grupo Cromatografía; Argentin

Interpretation of the mechanism of acetylcholinesterase inhibition ability by organophosphorus compounds through a new conformational descriptor. an experimental and theoretical study

Organophosphorus pesticides are the most common classes involved in poisonings related to pesticides. We used inhibitory ability on enzymatic activity of acetylcholinesterase activity and molecular mechanics or ab initio methods of molecular modelling to perform a theoretical approach of the enzyme interaction mechanism of these compounds. Kinetic values for strong and weak inhibitors were measured in a high amplitude range for affinity (Kₐ) and phosphorylation constants (Kₚ). To quantitatively describe the conformational behaviour of these molecules, conformational descriptors of free molecules were developed. Quantitative structure activity relationships (QSARs) were constructed with inhibition kinetic values and their molecular descriptors. The conformational descriptors show a high degree of correlation with the kinetic behaviour of these molecules. A positive correlation between the conformational freedom of the studied molecules with Kₐ is observed. This study allows us to reinterpret the organophosphorus cholinesterase inhibition mechanism and consequently the ‘thiono’ and ‘thiolo effect’ based on a global ‘chalcogen effect’.Facultad de Ciencias ExactasPlanta Piloto Multipropósito - Laboratorio de Servicios a la Industria y al Sistema CientíficoCentro de Química Inorgánic

ESTUDIO DE LA FARMACOLOGÍA DE PACIENTES POLIMEDICADOS PARA LA ENFERMEDAD DE CHAGAS E INFECCIÓN POR VIH

Actualmente existen dos fármacos con actividad tripanocida: benznidazol (BNZ) y nifurtimox (NFX), aprobados para su uso en seres humanos para el tratamiento de la Enfermedad de Chagas (ECh). Ambos medicamentos son eficaces para curar la enfermedad en la etapa aguda, aunque la eficacia disminuye a medida que la enfermedad evoluciona a etapas de cronicidad. En las reactivaciones, el tratamiento tripanocida debe iniciarse de manera inmediata. En Argentina se estiman en 2.000.000 los infectados por T. cruzi y en 122.000 los infectados por el virus de inmunodeficiencia humana (VIH). Los pacientes coinfectados pueden presentar reactivaciones por T. cruzi, con mortalidad de alrededor del 80%. Este escenario de reactivación es de mal pronóstico en pacientes VIH, lo que hace necesario definir estrategias para su prevención. La estrategia de tratamiento farmacológico propuesta para estos pacientes, es la aplicación de un protocolo de farmacológico tripanocida en pacientes con VIH e infección crónica por T. cruzi, para potencialmente reducir el riesgo de reactivación, independientemente del grado de inmunocompromiso. Esta estrategia se sustenta parcialmente en las guías y recomendaciones nacionales e internacionales sobre la ECh, donde el tratamiento tripanocida es una opción en pacientes adultos con infección crónica. Por otro lado, también se justifica en estudios donde se aportan datos consistentes sobre el efecto tripanocida del BNZ en población adulta con ECh crónica. Para validar adecuadamente esta estrategia, se deben desarrollar metodologías analíticas que permitan un seguimiento farmacocinético de la terapéutica. Esto es así, dado que no existen datos de interacción medicamentosa, ni información acerca de los eventos adversos del BNZ o el NFX bajo las condiciones descriptas. Es en este marco de situación que este trabajo de tesis doctoral plantea: Validar las metodologías de dosaje de BNZ o NFX y antirretrovirales en el contexto de pacientes polimedicados. Identificar interacciones farmacodinámicas y farmacocinéticas entre antirretrovirales y BNZ o NFX mediante su dosaje mediante metodologías bioanalíticas adecuadas. Evaluar si la concentración de antirretrovirales de un mismo individuo se ve modificada durante el tratamiento con BNZ o NFX. Comparar con datos históricos, si el BNZ o el NFX presentan distintas concentraciones en estado estacionario y en el contexto de la coadministración con antirretrovirales. Modelar las farmacocinéticas individuales y las interacciones, para generar herramientas teóricas interpretativas y predictivas para éste y otros contextos. Aportar elementos para evaluar si la estrategia de tratamiento tripanocida durante la fase crónica reduce el riesgo de reactivación de T. cruzi en el seguimiento prolongado en la coinfección con VIH. Evaluar marcadores farmacodinámicos y su relación con las concentraciones plasmáticas de los medicamentos antiparasitarios, es decir, la relación farmacocinética – farmacodinámica por medio de la evaluación de las modificaciones en las cargas parasitarias, previo y durante el tratamiento tripanocida, y finalizado el mismo en el seguimiento, así como a través de la detección en los cambios en las cargas virales de VIH durante y al finalizar el tratamiento con BNZ o NFX

Validation of a Pre- and Post-Evaluation Process: A Tool for Adult Training in Food Handling

Education in food safety is a well-recognized health intervention, which allows the prevention of a wide range of diseases. Among the strategies of control and prevention of foodborne diseases, it is indicated that food safety education has the double advantage of having low costs and high potential effectiveness, as long as it is carried out with the active participation of food handling workers. In many countries, the Food Code has made compulsory the sanitary training of food workers. However, like in many other disciplines, food science educators receive minimal training on instructional techniques before becoming teachers. One of the important questions of the problem here presented is the issue related to the methodologies of pre-evaluation and final evaluation. We describe two indices to validate the training in food safety, which could be used for the quantification of educational intervention. The results show that a better learning process involves the active participation of both the students and the educators. We concluded that the evaluation process is more complex than the single instance of accreditation though a final evaluation.Facultad de Ciencias Veterinaria

Desarrollo de material de aula para la capacitación de trabajadores manipuladores de alimentos

En la capacitación de trabajadores en manipulación de alimentos, se pretende la adquisición por parte de los capacitandos de criterios y prácticas de manejo seguro de alimentos, mediante el uso de metodologías didácticas adecuadas. Se diseñan contenidos teóricos prácticos que puedan aplicarse para planificar y organizar, llevar a cabo, evaluar, y hacer el seguimiento de un taller u instancia de capacitación, que servirá independientemente del contenido y contexto especifico. Contando con un trabajo docente de diez años, se diseñaron y ejecutaron talleres, capacitando más de un millar de trabajadores de diversos orígenes. Esto requirió el perfeccionamiento del material utilizado en las diferentes instancias. Uno de los productos más importantes que deriva de esta tarea, es el material impreso para el trabajo en aula, cuyo contenido y metodologías son descriptas en este trabajo. Se pretende un material impreso que cubra la vacancia por inexistencia de abordajes que traten con igual importancia los contenidos necesarios para la capacitación, las metodologías adecuadas para la capacitación de adultos y la consideración de los distintos contextos (formales e informales) que se suceden en la producción de alimentos para consumo popular.Facultad de Ciencias Exacta

Prólogo

En esta publicación se compilan una serie de trabajos de distinto formato, que son el resultado de las tareas desarrolladas por las, los y les becaries, en estas extraordinarias condiciones, y que fueran presentadas en el EBEC 2020. Tienen un valor en sí mismos y en relación al contexto en que fueron desarrollados. Porque quienes aquí nos relatan crónicas en tiempo presente, mañana serán les últimes que cuenten esto como historia, en primera persona.Secretaría de Ciencia y Técnic