Uso de la técnica SSCP para detectar mutaciones puntuales del ADN mitocondrial humano

We evaluate the use of SSCP (single strand conformational polymorphism), a relatively easy and inexpensive technique for the detection of point mutations with a sensibility around 80% under ideal conditions. To test the technique, we used samples of volunteers whose DNA had been previously characterized for the presence or absence of 5 mitochondrial RFLPs. Optimization of the tests included variations in TBE (1X and 0,5X) and of glycerol concentration (10%, 5% and no glycerol) in polyacrylamide gels. Four out of five RFLPs were detected under the conditions used and could be applied routinely without using restriction enzymes. In addition, the SSCP technique allowed detection of unknown mutations in a 394 bp nucleotide segment of the hypervariable (HVI) region of mtDNA. Differences corresponding to different haplotypes were detected, helping to distinguish groups within the same subtype. Sequencing of two samples of subtype B1 with differential migration on SSCP gels, proved the existence in seven different nucleotides.En el presente trabajo se evalúa la técnica de SSCP (polimorfismo de conformación de cadena individual de ADN) para detectar mutaciones puntuales, tanto por su sensibilidad en la detección (alrededor 80% en condiciones ideales), como por su implementación fácil y económica. Se utilizaron como controles positivos y negativos, ADN de voluntarios caracterizados previamente para las mutaciones puntuales de 5 RFLPs mitocondriales. Para la optimización de la prueba fueron ensayadas concentraciones variables del tampón TBE (1X y 0,5X) y del glicerol (10%, 5% y 0) en geles de poliacrilamida. Cuatro de los 5 RFLPs fueron detectados en las condiciones utilizadas y pueden ser usados en estudios de rutina sin usar enzimas de restricción. Además, la técnica SSCP permitió determinar mutaciones desconocidas en un segmento de 394 nucleótidos de la región hipervariable (HVI) del ADNmt. Diferencias en correspondencia a los distintos haplotipos fueron detectados e incluso permitió discernir grupos dentro del mismo subtipo. La secuenciación de dos muestras del subtipo B1 con migración diferencial en SSCP, corroboró la existencia de siete nucleótidos distinto

Lack of association between angiotensin-converting enzyme (ACE) genotype and essential hypertension in Peruvian older people

Background: Epidemiological studies have shown an association between the ACE gene I/D polymorphism with arterial hypertension, specifically the DD genotype, in different populations. The objective of this study is to evaluate the association between ACE polymorphisms (Insertion, Deletion or I/D) and essential hypertension in a population of Lima, Peru. Material and methods: This is a study of cases (essential arterial hypertension) and controls, with determination of the ACE I/D genotype. Results: Cases (65) and controls (39) had a mean age (standard deviation) of 74.3 (7.9) and 72.6 (6.5) (p = 0.24). In cases, the genotype frequencies DD, ID, and II were 6 (9.2%), 28 (43.1%) and 31 (47.7%), respectively. In controls, the genotype frequencies DD, ID, and II were 6 (15.4%), 14 (35.9%) and 19 (48.7%). The Hardy-Weinberg equilibrium analysis in cases and controls was p = 0.93 and p = 0.23, respectively. No significant associations between genotype DD vs. ID + II (OR = 0.56, 95% CI: 0.17–1.87, p = 0.34) or II vs. DD + ID (OR = 0.95, 95% CI: 0.43–2.12, p = 0.92) and essential hypertension were found. Conclusions: The ACE I/D polymorphism was not associated with hypertension in our sample

Estudio genotóxico de una bebida experimental de quinua, kiwicha y kañiwa

Genotoxic evaluation is an important step for a product that is aimed for human consumption. A beverage composed of pseudocereals with highly nutritious elements like quinua (Chenopodium quinoa Willd.), kiwicha (Amaranthus caudatus L.) and kañiwa (Chenopodium pallidicaule Aellen) was prepared to reduce lipid contents in a group of volunteers. The objective of the present study is to evaluate the genotoxic potential of an experimental beverage using two in vitro tests that have been validated by international agencies. For the Ames test, two strains of Salmonella typhimurium (TA98 and TA100) with and without microsomal fraction (S9) were used. Four doses of the beverage were tested and also a possible protective effect (same four doses of beverage added to plates with mutagens). Cultures of binucleated lymphocytes and five doses of the beverage were used for the micronucleus test. Both Ames and the micronucleus tests showed the beverage has not genotoxic effect in all tested doses. However, in evaluating the possible protective effect of the beverage, it would be evident that on the contrary, the mutagenic effect of mutagens used for each strain is enhanced. These results suggest that additional tests should be performed to check the genotoxic potential of this beverage before consumption.La evaluación genotóxica de un producto es un paso importante para determinar su viabilidad para consumo humano. Se ha elaborado una bebida experimental a base de pseudocereales de alto valor nutricional como son quinua (Chenopodium quinoa Willd.), kiwicha (Amaranthus caudatus L.) y kañiwa (Chenopodium pallidicaule Aellen), preparada para inducir un posible efecto hipolipemiante en un grupo de personas. El objetivo de este estudio fue evaluar el potencial genotóxico de esta bebida experimental mediante dos pruebas in vitro validadas por agencias internacionales. En la prueba de Ames se utilizaron las cepas TA98 y TA100 de Salmonella typhimurium, con y sin fracción microsomal (S9). Se evaluaron 4 dosis de bebida y además un posible efecto antimutagénico (mismas 4 dosis más mutágeno). Para la prueba de micronúcleos se usó cultivos de linfocitos con células binucleadas, en presencia de cinco dosis de la bebida. Ambas pruebas indican que la bebida estudiada en sus distintas dosis, no presenta efecto genotóxico. Sin embargo, en la evaluación del posible efecto protector de la bebida, se evidenciaría que por el contrario, se potencia el efecto mutagénico de los mutágenos empleados para cada cepa. Por lo tanto, es importante que esta bebida experimental sea sometida a pruebas adicionales in vitro e in vivo para evaluar el potencial genotóxico antes de su consumo

Ultralight vector dark matter search using data from the KAGRA O3GK run

Among the various candidates for dark matter (DM), ultralight vector DM can be probed by laser interferometric gravitational wave detectors through the measurement of oscillating length changes in the arm cavities. In this context, KAGRA has a unique feature due to differing compositions of its mirrors, enhancing the signal of vector DM in the length change in the auxiliary channels. Here we present the result of a search for U(1)B−L gauge boson DM using the KAGRA data from auxiliary length channels during the first joint observation run together with GEO600. By applying our search pipeline, which takes into account the stochastic nature of ultralight DM, upper bounds on the coupling strength between the U(1)B−L gauge boson and ordinary matter are obtained for a range of DM masses. While our constraints are less stringent than those derived from previous experiments, this study demonstrates the applicability of our method to the lower-mass vector DM search, which is made difficult in this measurement by the short observation time compared to the auto-correlation time scale of DM

Uso de la técnica SSCP para detectar mutaciones puntuales del ADN mitocondrial humano

En el presente trabajo se evalúa la técnica de SSCP (polimorfismo de conformación de cadena individual de ADN) para detectar mutaciones puntuales, tanto por su sensibilidad en la detección (alrededor 80% en condiciones ideales), como por su implementación fácil y económica. Se utilizaron como controles positivos y negativos, ADN de voluntarios caracterizados previamente para las mutaciones puntuales de 5 RFLPs mitocondriales. Para la optimización de la prueba fueron ensayadas concentraciones variables del tampón TBE (1X y 0,5X) y del glicerol (10%, 5% y 0) en geles de poliacrilamida. Cuatro de los 5 RFLPs fueron detectados en las condiciones utilizadas y pueden ser usados en estudios de rutina sin usar enzimas de restricción. Además, la técnica SSCP permitió determinar mutaciones desconocidas en un segmento de 394 nucleótidos de la región hipervariable (HVI) del ADNmt. Diferencias en correspondencia a los distintos haplotipos fueron detectados e incluso permitió discernir grupos dentro del mismo subtipo. La secuenciación de dos muestras del subtipo B1 con migración diferencial en SSCP, corroboró la existencia de siete nucleótidos distintos