Ubicación de la secuencia repetitiva PFCOL692 en fragmentos genómicos de Plasmodíum falciparum

In this paper we established the subtelomeric localization of the repetitive sequence PFCOL692 of Plasmodium falciparum by the characterization of four clones from a hEMBL41 PFCOL692 genomic library, which contains 15-23Kbp long inserts of parasite genomic DNA. Characterization was made by restriction analysis and the PFCOL692 localization in the genome was explored using specific probes for telomeric (pTB4.1) and subtelomeric regions (pRep20) of P falciparum chromosomes. We proposed a possible organization for the parasite chromosomes ends, where the copies of PFCOL692 are clusters in the subtelomeric region and their localization is conserved with respect to the pRep20 sequence. In addition, we established that PFCOL692 is not located next to the telomere.Las secuencias repetitivas son componentes estructurales de los genomas eucariotes. Se desconoce la función de la mayoría de ellas, pero, al parecer, no son simplemente ADN egoísta sino que intervienen en procesos de recombinación y regulación génica. En este estudio se estableció la localización subtelomérica dela secuencia repetitiva PFCOL692 en los cromosomas de Plasmodium falciparum, a través de la caracterización de cuatro clones de la genoteca ?EMBL4/PFCOL692, que contenían insertos entre 15 y 23Kb de ADN genómico del parásito; esta caracterización se hizo mediante análisis de restricción y la posible ubicación de PFCOL692 en el genoma se exploró utilizando sondas específicas para las regiones telomérica (pTB4.1) y subtelomérica (pRep20) de los cromosomas de P. falciparum. El análisis de los mapas de restricción obtenidos permitió plantear una posible ubicación de PFCOL692 en el extremo de los cromosomas del parásito, donde las copias de esta secuencia se encuentran agrupadas en un segmento del subtelómero y con una posición conservada con respecto a la secuencia pRep20 Se sugiere, además, que PFCOL692 no se encuentra en el limite entre el subtelómero y el telómero

Evaluación de dos métodos para la separación de RNA mensajero de Plasmodium falciparum

The study of gene expression regulation often requires the isolation of mRNA from the total RNA present in the cell. To guarantee the presence of sequences which are not expressed in abundance, it is necessary to obtain mRNA preparations which fully represent the messenger population of the organisms under study. In this work, Plasmodium falciparum mRNA purification efficiency, obtained by two methods, is evaluated: affinity chromatography using oligo dT cellulose columns and mRNA capture by solution hybridisation with an oligo dT primer. Similar mRNA amounts were obtained by the two methods and purification efficiency was between 0.7 and 1.1 % of the total RNA used initially. The size of the cDNA synthesised by the affinity chromatography method (0.4-4 Kb) and by the capture method (0.4-8 Kb), shows that the second method produced longer mRNAs than the first one. The finding of one copy gene clones such as tubulin, actin II, myosin, calmodulin, glucose phosphate isomerase and glucose phosphate dehydrogenase, in cDNA gene libraries, allows us to infer a good expressed sequence representativity in mRNA preparation.En muchos casos, el estudio de la regulación de la expresión de genes específicos, requiere el aislamiento de su RNA mensajero (mRNA) a partir del RNA total presente en la célula. Con el fin de garantizar la presencia de secuencias que se expresan en baja abundancia, es indispensable obtener preparaciones de mRNA que sean representativas de la población de mensajeros del organismo en estudio. En este trabajo se evaluó el rendimiento del mRNA de Plasmodium falciparum obtenido por dos métodos: cromatografía de afinidad en columnas de oligo dT celulosa y captura del mRNA por hibridización en solución con un primeroligo dT. Con los dos métodos, se obtuvieron rendimientos similares en un rango entre 0,7 y 1,1% con respecto al RNA total de partida. El tamaño del cDNA sintetizado a partir de mensajeros separados por cromatografía fue de 0,4 a 4 Kb, mientras que los provenientes del método de captura, permitieron un rango entre 0,4 y 8 Kb. Este hecho sugiere las mejores posibilidades que ofrece el método de captura para obtener poblaciones de mensajeros con mayores tamaños, si se compara con el método tradicional. La presencia de clones con genes de copia única como son los de tubulina, actina II, miosina, calmodulina, glucosa fosfato-isomerasa y glucosa-fosfato-deshidrogenasa, en genotecas de cDNA, permiten inferir una buena representatividad de las secuencias expresadas en la preparación de mRNA