Advances and challenges in barcoding pathogenic and environmental Leptospira

Leptospirosis is a zoonotic bacterial disease of global importance. A large spectrum of asymptomatic animal hosts can carry the infection and contribute to the burden of human disease. Environmental sources of human contamination also point to the importance of a hydrotelluric reservoir. Leptospirosis can be caused by as many as 15 different pathogenic or intermediate Leptospira species. However, classification of these bacteria remains complicated through the use of both serological and genetic classification systems that show poor correlation. With the advent of molecular techniques, DNA-based barcoding offers a conceptual framework that can be used for leptospirosis surveillance as well as source tracking. In this review, we summarize some of the current techniques, highlight significant successes and weaknesses and point to the future opportunities and challenges to successfully establish a widely applicable barcoding scheme for Leptospira

Observer en formant : la formation aux écrits professionnels d'adultes peu qualifiés: Enquêter auprès de personnes socialement démunies et engagées dans un processus de formation : quelles pratiques de recherche ?

International audienceDans les recherches en didactique de la langue (FLE, FLI, apprentissage de l'écrit, littératie) concernant les adultes dits en difficulté avec la langue et / ou avec le français et ayant un faible niveau de qualification scolaire et / ou professionnelle, nous sommes souvent confrontés à la difficulté de ne pouvoir accéder à la formation elle­même, soit pour assister aux séances de formation, soit pour rencontrer les personnes en formation. Les organismes de formation et les formateurs prennent souvent prétexte des difficultés langagières et / ou d'apprentissage des personnes, de leur insécurité scripturale (Dabène, 1987), ou même de leur fragilité psychologique pour limiter, voire empêcher, le contact direct entre les chercheurs et les personnes en formation. Or pour mieux comprendre comment ces personnes apprennent en situation didactique, l'accès aux séances de formation est indispensable. Pour pallier ces difficultés et contourner ces réticences, nous tentons au sein du groupe GRAFFIC d'élaborer des protocoles de recueil de données et des méthodes de recherche qui écartent les réticences des formateurs tout en étant scientifiquement valides. L'objet de GRAFFIC est d'analyser les situations de formations linguistiques proposées aux personnes faiblement qualifiées dans le cadre de parcours d'insertion ou réinsertion sociale et professionnelle. Ce projet de recherche s'inscrit dans une démarche de recherche action formation et associe étroitement chercheurs et formateurs. L'équipe Graffic a été sollicitée par un organisme proposant des formations sur « les écrits professionnels ». les objectifs assignés sont : 1) de réfléchir à l'articulation entre oral et écrit ; 2) de concevoir des formations à l'écrit prenant appui sur les compétences orales des adultes apprenants ; 3) d'envisager un transfert aux formateurs. Nous avons saisi cette occasion pour proposer et tester un protocole de recueil de données qui puisse s'intégrer dans un dispositif de formation. Cet article a pour objet de présenter la méthode que nous avons mise au point et que nous testons pour recueillir des données au sein même d'un organisme de formation auprès d'un groupe d'une douzaine de personnes employées dans le secteur de la propreté et bénéficiant d'une formation aux écrits professionnels. La recherche dans laquelle s'insère ce protocole articule les objectifs didactiques et méthodologiques suivants : 1. analyser les interactions et le passage des compétences orales aux compétences de lecture et d'écritur

Le film de classe : de l'élaboration d'un outil pour observer et analyser les situations didactiques au questionnement des concepts didactiques

International audienceC'est un jeu complexe qui se tisse entre la construction de nouveaux outils intellectuels et technologiques et le développement de certains paradigmes scientifiques. Cet aspect de la recherche scientifique est aujourd'hui commun aux sciences de la matière et du vivant et aux sciences humaines et sociales, réduisant petit à petit, au moins du point de vue méthodologique, la distinction fondatrice opérée par Dilthey à la fin du XIX° siècle entre les sciences expérimentales et les sciences de l'esprit ou historiques. Ainsi, la didactique, au même titre que par exemple les sciences du langage ou l'ethnométhodologie, en utilisant de plus en plus fréquemment les technologies de la captation du son et de l'image constitue un bon exemple d'une science humaine dont une partie du développement théorique /conceptuel est en lien avec l'usage de ces technologies d'enregistrement. On sait en effet que l'analyse du discours oral a significativement progressé à partir du moment où la parole humaine a pu être enregistrée et archivée par ce moyen (Blanche-Benvéniste & Jeanjean, 1987). L'analyse des interactions verbales en contexte didactique a profité des méthodes et des outils d'analyse de cette nouvelle manière de recueillir des corpus langagiers (Rabatel, 2004). Plus récemment, c'est l'enregistrement vidéo qui ouvre de nouvelles perspectives pour analyser non plus seulement le rôle du langage dans la construction des savoirs mais l'activité (au sens que Léontiev,1978, ou Engeström, 1987 & 1999, donnent à ce terme) d'enseignement apprentissage dans sa complexité interactionnelle et multimodale. Ainsi ce nouvel outil de captation du réel a élargi la manière d'appréhender le paradigme didactique en le faisant passer du logos à la praxis. Pour autant toute méthodologie a son revers par les prismes technologiques et conceptuels qu'elle introduit. L'enregistrement vidéo et le film de classe produit à des fins de recherche n'échappent pas à cette règle. 1. Intérêts du film de classe pour la recherche en didactique 1.1. Une remise en cause de la conception logocentrée de l'apprentissage Dans la lignée des travaux de Vygotsky et des psychologues russes, il est aujourd'hui admis que les savoirs se construisent dans les interactions sociales, et donc par le médium du langage et des interactions verbales. En recourant à des enregistrements audio, les interactionnistes (Roulet, 1999 Bouchard, 1999, 2005) et les ethnométhodologues (Mondada, 2006) ont pu explorer le fonctionnement de ces interactions verbales au sein des classes et les didacticiens en ont décrypté les fonctions épistémiques et didactiques (Colletta, Simon & Lachnitt, 2005, Guernier & Sautot,2004) mais aussi les modalités sociales et culturelles (Bernié, 2002). Cependant la conception langagière de l'apprentissage ne peut suffire à rendre compte de cette activité complexe

A systematic review of human and animal leptospirosis in the Pacific Islands reveals pathogen and reservoir diversity

Background The Pacific Islands have environmental conditions highly favourable for transmission of leptospirosis, a neglected zoonosis with highest incidence in the tropics, and Oceania in particular. Recent reports confirm the emergence and outbreaks of leptospirosis in the Pacific Islands, but the epidemiology and drivers of transmission of human and animal leptospirosis are poorly documented, especially in the more isolated and less developed islands. Methodology/Principal findings We conducted a systematic review of human and animal leptospirosis within 25 Pacific Islands (Pls) in Polynesia, Melanesia, Micronesia, as well as Easter Island and Hawaii. We performed a literature search using four international databases for articles published between January 1947 and June 2017. We further included grey literature available on the internet. We identified 148 studies describing leptospirosis epidemiology, but the number of studies varied significantly between Pls. No data were available from four Pls. Human leptospirosis has been reported from 13 Pls, with 63% of all studies conducted in Hawaii, French Polynesia and New Caledonia. Animal leptospirosis has been investigated in 19 Pls and from 14 host species, mainly pigs (18% of studies), cattle (16%) and dogs (11%). Only 13 studies provided information on both human and animal leptospirosis from the same location. Serology results were highly diverse in the region, both in humans and animals. Conclusions/Significance Our study suggests that, as in other tropical regions, leptospirosis is widespread in the Pls while showing some epidemiological heterogeneity. Data are scarce or absent from many Pls. Rodents, cattle, pigs and dogs are all likely to be important carriers, but the relative importance of each animal species in human infection needs to be clarified. Epidemiological surveys with appropriate sampling design, pathogen typing and data analysis are needed to improve our understanding of transmission patterns and to develop effective intervention strategies

Variations autour de ce qu’il doit rester d’une lecture

L’analyse de fiches de lecture élaborées par les élèves d’une classe de Seconde Professionnelle, fournit des données sur les manières diverses d’apprécier un livre et une lecture en contexte scolaire. Deux manières de concevoir la présentation d’un livre s’enchevêtrent : la première, plutôt analytique et conforme aux attentes scolaires, s’intéresse au livre dans ces différentes facettes : auteur, données éditoriales, facture diégétique et stylistique, réception, effets sur le lecteur ; la deuxième fait la part belle au lecteur qui devient à son tour fabulateur puisqu’il privilégie l’histoire et son racontage

Use of cluster-graphs from spoligotyping data to study genotype similarities and a comparison of three indices to quantify recent tuberculosis transmission among culture positive cases in French Guiana during a eight year period

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>French Guiana has the highest tuberculosis (TB) burden among all French departments, with a strong increase in the TB incidence over the last few years. It is now uncertain how best to explain this incidence. The objective of this study was to compare three different methods evaluating the extent of recent TB transmission in French Guiana.</p> <p>Methods</p> <p>We conducted a population-based molecular epidemiology study of tuberculosis in French Guiana based on culture-positive TB strains (1996 to 2003, n = 344) to define molecular relatedness between isolates, <it>i.e. </it>potential transmission events. Phylogenetic relationships were inferred by comparing two methods: a "cluster-graph" method based on spoligotyping results, and a minimum spanning tree method based on both spoligotyping and variable number of tandem DNA repeats (VNTR). Furthermore, three indices attempting to reflect the extent of recent TB transmission (RTI<it>n</it>, RTI<it>n-1 </it>and TMI) were compared.</p> <p>Results</p> <p>Molecular analyses showed a total amount of 120 different spoligotyping patterns and 273 clinical isolates (79.4%) that were grouped in 49 clusters. The comparison of spoligotypes from French Guiana with an international spoligotype database (SpolDB4) showed that the majority of isolates belonged to major clades of <it>M. tuberculosis </it>(Haarlem, 22.6%; Latin American-Mediterranean, 23.3%; and T, 32.6%). Indices designed to quantify transmission of tuberculosis gave the following values: RTI<it>n </it>= 0.794, RTI<it>n-1 </it>= 0.651, and TMI = 0.146.</p> <p>Conclusion</p> <p>Our data showed a high number of <it>Mycobacterium tuberculosis </it>clusters, suggesting a high level of recent TB transmission, nonetheless an estimation of transmission rate taking into account cluster size and mutation rate of genetic markers showed a low ongoing transmission rate (14.6%). Our results indicate an endemic mode of TB transmission in French Guiana, with both resurgence of old spatially restricted genotypes, and a significant importation of new TB genotypes by migration of TB infected persons from neighgouring high-incidence countries.</p

Présentation

L’acculturation à l’écrit et son apprentissage se poursuivent tout au long de la vie, par le moyen d’une articulation forte entre les expériences personnelles en lien avec les activités sociales, culturelles et professionnelles et les apprentissages formels réalisés le plus souvent au sein de l’école ou de structures de formation et d’éducation. Cependant ce processus, le plus souvent bénéfique au plus grand nombre, ne débouche pas toujours sur une maitrise de la lecture et de l’écriture suff..