A comparative analysis of transcriptomics of newly diagnosed multiple myeloma: exploring drug repurposing

Multiple myeloma (MM) is an incurable malignant plasma cell disorder characterized by the infiltration of clonal plasma cells in the bone marrow compartment. Gene Expression Profiling (GEP) has emerged as a powerful investigation tool in modern myeloma research enabling the dissection of the molecular background of MM and allowing the identification of gene products that could potentially serve as targets for therapeutic intervention. In this study we investigated shared transcriptomic abnormalities across newly diagnosed multiple myeloma (NDMM) patient cohorts. In total, publicly available transcriptomic data of 7 studies from CD138+ cells from 281 NDMM patients and 44 healthy individuals were integrated and analyzed. Overall, we identified 28 genes that were consistently differentially expressed (DE) between NDMM patients and healthy donors (HD) across various studies. Of those, 9 genes were over/under-expressed in more than 75% of NDMM patients. In addition, we identified 4 genes (MT1F, PURPL, LINC01239 and LINC01480) that were not previously considered to participate in MM pathogenesis. Meanwhile, by mining three drug databases (ChEMBL, IUPHAR/BPS and DrugBank) we identified 31 FDA-approved and 144 experimental drugs that target 8 of these 28 over/under-expressed MM genes. Taken together, our study offers new insights in MM pathogenesis and importantly, it reveals potential new treatment options that need to be further investigated in future studies

Assessment of SPIN in abstracts of endodontic meta-analyses published in the last decade

Σκοπός: Ο όρος spin αναφέρεται στην εκούσια προτίμηση της επιλεκτικής αναφοράς συνήθως μόνο των στατιστικά σημαντικών ευρημάτων καθώς και της προσπάθειας υπερ-ερμηνείας (over-intrepretation) αλλά και μη πρέπουσας αναγωγής των αποτελεσμάτων μιας μελέτης στην κλινική πράξη. Ο σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν η διερεύνηση και η πιθανή αναγνώριση της ύπαρξης spin στις περιλήψεις (abstracts) των συστηματικών ανασκοπήσεων (ΣΑ) με μετα-ανάλυση σε σχέση με τα αναφερόμενα στο κυρίως κείμενο (main text) της εργασίας στο γνωστικό αντικείμενο της Ενδοδοντίας. Μεθοδολογία: Η στρατηγική αναζήτησης έλαβε χώρα στη βιβλιογραφική βάση του PubMed με λέξεις-κλειδιά για τον εντοπισμό ΣΑ με μετα-ανάλυση στο γνωστικό αντικείμενο της Ενδοδοντίας, η οποία συμπληρώθηκε από αντίστοιχη ηλεκτρονική αναζήτηση σε 3 μεγάλα εξειδικευμένα ενδοδοντικά περιοδικά και συγκεκριμένα στο International Endodontic Journal, στο Journal of Endodontics και στο Australian Endodontic Journal, καλύπτοντας την περίοδο από την 1η Ιανουαρίου 2010 έως τις 16 Απριλίου 2022. Διερευνήθηκε και καταγράφηκε η ύπαρξη και η έκταση του spin με βάση τους διάφορους τύπους κάτω από τους οποίους ανιχνεύθηκε και συγκεκριμένα εάν σχετίζονταν με επιλεκτική αναφορά, υπερ-ερμηνεία και ακατάλληλη αναγωγή των αποτελεσμάτων των υπό διερεύνηση μετα-αναλύσεων. Τέλος, διερευνήθηκε η ύπαρξη συσχέτισης του spin με διάφορα χαρακτηριστικά των υπό διερεύνηση μελετών όπως το έτος δημοσίευσης, ο τύπος περιοδικού (ενδοδοντικό ή μη), ο αριθμός των συγγραφέων, η περιοχή ή χώρα προέλευσης του πρώτου συγγραφέα, η πιθανή ύπαρξη χρηματοδότησης, ο τύπος των μελετών που συμπεριέλαβε στην ανάλυσή της κάθε συστηματική ανασκόπηση (π.χ. τυχαιοποιημένες κλινικές μελέτες, κοορτικές μελέτες) και τέλος η πιθανότητα στατιστικής ή μη, σημαντικότητας των αποτελέσματος των. Αποτελέσματα: Συνολικά εκατόν ογδόντα έξι (186) συστηματικές ανασκοπήσεις με μετα-ανάλυση βρέθηκαν κατά το χρονικό διάστημα της αναζήτησης. Spin εντοπίστηκε σε 125 περιλήψεις εξ΄ αυτών (67,2%). Στην πλειοψηφία των περιλήψεων εντοπίστηκαν περισσότεροι από έναν τύπους spin (91/125, 72,8%). Στις περιλήψεις των μετα-αναλύσεων με μη στατιστικά σημαντικά αποτελέσματα ανιχνευθηκαν 60% χαμηλότερες πιθανότητες για ύπαρξη spin (λόγος πιθανοτήτων, OR: 0,40; 95%CI: 0,19, 0,83; p= 0,04), μετά από προσαρμογή για το έτος, το είδος του περιοδικού και τον αριθμό των συγγραφέων. Συμπεράσματα: Η επιλεκτική αναφορά συνήθως μόνο των στατιστικά σημαντικών αποτελεσμάτων, η υπερ-ερμηνεία και η μη πρέπουσα αναγωγή των ευρημάτων στην κλινική πράξη σε περιλήψεις μετα-αναλύσεων είναι εμφανείς στην ενδοδοντική βιβλιογραφία. Θα πρέπει να υπάρξει προσπάθεια ευαισθητοποίησης της επιστημονικής και ακαδημαϊκής κοινότητας προς περισσότερο διαφανή παρουσίαση και κατάλληλη ερμηνεία των αποτελεσμάτων των συστηματικών μελετών που βρίσκονται στο ανώτερο επίπεδο της τεκμηρίωσης.Aim: Spin refers to reporting, interpretation and extrapolation related distortion or manipulation of the findings of a study. The aim of this report was to identify the prevalence and extent of spin in the abstracts of systematic reviews (SRs) including meta-analyses in the scientific field of Endodontics. Methodology: A sensitive and inclusive search strategy in PubMed was developed to identify eligible SRs with meta-analyses in Endodontics, supplemented by an electronic search within 3 major specialty journals, from January 1, 2010 to April 16, 2022. Inclusion and extent of spin was recorded, per domain and following issues related to misleading reporting, interpretation and inappropriate extrapolation of meta-analyses’ findings. Association of spin with publication characteristics such as year, journal type, number of authors, continent of authorship, funding, primary study design and significance of the outcome was explored. Results: A hundred and eighty-six SRs with meta-analyses were retrieved, and inclusion of spin was detected in 125 abstracts (67.2%), for one or more domains. The majority of abstracts were affected by more than one types of spin (91/125; 72.8%). There was evidence that abstracts of meta-analyses of non-significant findings had 60% lower odds for inclusion of spin (Odds ratio, OR: 0.40; 95%CI: 0.19, 0.83; p= 0.04), after adjusting for year, journal type and number of authors. Conclusions: Misleading reporting and misinterpretation of findings in abstracts of meta-analyses is evident in endodontic research. Efforts should be reinforced to increase awareness within the scientific and academic community to improve adherence to transparent reporting and interpretation

O μετασχηματισμός της εμπορικής στοάς σε εμπορική νησίδα: η περίπτωση του mall στο σταθμό "Άγιος Δημήτριος" της Αθήνας

82 σ.Αντικείμενο της παρούσας εργασίας αποτελεί ο μετασχηματισμός της εμπορικής στοάς σε εμπορική νησίδα εξετάζοντας ειδικότερα τη περίπτωση του mall στο σταθμό μετρό Άγιος Δημήτριος της Αθήνας.Η εργασία αποτελείται απο τέσσερα κύρια μέρη και διαρθρώνεται ετσι ώστε ιστορικά αλλα και γεωγραφικά,απο το διεθνή χώρο που έχει μεγαλύτερη εμπειρία να περάσουμε στον εγχώριο και να καταλήξουμε στο υπο μελέτη αντικείμενο: Στο πρώτο μέρος παρακολουθούμε την ιστορική διαδρομή της αγοράς και των χώρων εμπορίου απο το μεσαίωνα μεχρι και σήμερα και ειδικότερα την εξέλιξη της εμπορικής στοάς στο σημερινό mall , εξετάζοντας και αναλύοντας ταυτόχρονα τους κοινωνικούς ,οικονομικούς και πολιτικούς λόγους της αντίστοιχης εποχής που οδήγησαν στις αντίστοιχες μορφές της αγοράς. Στο δεύτερο μέρος ,με τη βοήθεια άρθρων και μελετών περι των επιπτώσεων των mall στη σύγχρονη ζωή,αποπειράται μια ανάλυση – κριτική για την επίδραση αυτού του είδους χώρων εμπορίου στις σύγχρονες κοινωνίες ενώ παράλληλα εξετάζεται και η αρχιτεκτονική τους τυπολογία και πως αυτή συνδράμει στην εξυπηρέτηση των σκοπών της αγοράς. Στο τρίτο μέρος παρουσιάζεται η αντίστοιχη εξέλιξη της αγοράς στον ελλαδικό χώρο καθώς και τα στοιχεία απο τη μέχρι τώρα πορεία των εμπορικών κέντρων σε εγχώριο επίπεδο. Στο τέταρτο και τελευταίο μέρος εξετάζεται η περίπτωση του mall στο σταθμό μετρό Άγιος Δημήτριος της Αθήνας.Μελετάται το θεσμικό καθώς και κοινωνικό πλαίσιο του δήμου που χωροθετείται το συγκεκριμένο εμπορικό κέντρο όσο και του ευρύτερου περιβάλλοντος, η αρχιτεκτονική του και οι συνέπειες της λειτουργίας του.Object of present work constitutes the transformation of commercial gallery in commercial island examining more specifically the case mall in the station underground Saint Dimitrios of Athinas.The work is constituted by four main parts and it is structured so historical but also geographically, from the international space that has bigger experience we pass in domestic and we lead in under study object: In the first part we watch the historical way of market and spaces of trade from mesaiona up to and today and more specifically the development of commercial gallery in current mall, examining and analyzing simultaneous social, economic and political reasons of corresponding season where they led to the corresponding forms of market. In the second part, with the help of articles and studies about the repercussions mall in the modern life,we make an analysis - criticism for the effect of this good of spaces of trade in the modern societies while at the same time is examined also their architectural typology and that this contributes in the service of aims of market. In the third part are presented the corresponding development of market in the hellenic space as well as the elements from up to now course of commercial centres in domestic level. In the fourth and last part is examined the case mall in the station underground Saint Dimitrios of AthinaWe study his institutional as well as social frame municipality that is being placed at the particular commercial centre as the wider environment, his architecture and the consequences of his operation.Ελευθέριος Α. Γιαννακούλα

Coping and emotional state in the acute phase of myocardial infarction

Σκοπός: Η ψυχολογική προσαρμογή στην οξεία φάση ενός Εμφράγματος του Μυοκαρδίου (ΕΜ) αποτελεί αντισταθμιστικό μηχανισμό των ασθενών στην προσαρμογή στη νέα πραγματικότητα μιας ανάλογης απειλητικής συνθήκης. Υπάρχουν ελάχιστα δεδομένα που καταδεικνύουν τη σχέση ανάμεσα στις στρατηγικές διαχείρισης από ενδονοσοκομειακούς ασθενείς και στη συναισθηματική τους κατάσταση. Η μελέτη ερευνά τη συγκεκριμένη σχέση σε ασθενείς που έχουν υποστεί ένα ΕΜ.Μέθοδος: Εκατό άνδρες ασθενείς που έχουν υποστεί ΕΜ, ηλικίας 60.5 (Διάστημα Εμπιστοσύνης (Δ.Ε): 57.5-62.7) ετών, έδωσαν συνέντευξη μετά την οξεία φάση ΕΜ κατά την τελευταία μέρα παραμονής τους στη Στεφανιαία Μονάδα. Ιατρικές πληροφορίες δόθηκαν από τους ιατρικούς φακέλους των ασθενών. Τα ερωτηματολόγια Προσανατολισμός Διαχείρισης Προβλημάτων (COPE) και Προφίλ Ψυχολογικής Διάθεσης (POMS) χρησιμοποιήθηκαν στην αξιολόγηση του τρόπου διαχείρισης και της συναισθηματικής κατάστασης αντίστοιχα.Αποτελέσματα: Η ενεργή διαχείριση σχετίστηκε θετικά με το άγχος και το θυμό. Η συναισθηματική υποστήριξη βρέθηκε να σχετίζεται αρνητικά με τις συγκεκριμένες μεταβλητές. Η πνευματική αναζήτηση και η συμπεριφορική αποδέσμευση σχετίστηκαν θετικά με την κατάθλιψη. Σημαντική διαφορά βρέθηκε στις στρατηγικές διαχείρισης και τη συναισθηματική διάθεση συγκρινόμενες με την υποκειμενική αντίληψη της σοβαρότητας.Συμπέρασμα:Oι ασθενείς μετά απο ένα ΕΜ, αναπτύσσουν στρατηγικές διαχείρισης που σχετίζονται με την συναισθηματική διάθεση. Η σημασία αυτών των συσχετίσεων μένει να εξακριβωθεί και σε μελλοντικές μελέτες.Objective: Emotional and coping adaptation after the acute phase of a myocardial infarction (MI) is a compensatory mechanism developed for patients’ adjustment to the new reality following this life threatening situation. There are however scarce data on the relationship between hospitalized MI patients’ coping behavior and their emotional state. The study investigates the associations between coping strategies and the affective status in patients surviving a MI.Methods: One-hundred male patients surviving a MI, aged 60.5 (Confidence Intervals (CI): 57.5-62.7) years, were interviewed after the acute phase of MI, at the last day of their coronary unit stay. Medical data were obtained by their medical records. Coping Orientation to Problems Experienced (COPE) and Profile of Mood States (POMS) questionnaires were used to examine coping styles and patients’ mood state respectively.Results: Active coping was positively related to anxiety and anger. Emotional support was negatively associated with these variables. Religious coping and behavioral disengagement were positively related to depression. Significant difference was found in coping styles and mood states scores between the different perceived severity beliefs.Conclusion: Patients surviving after a MI, develop coping strategies related to their emotional state. The significance of these relations remains to be clarified in future studies

Successful Control of Acute Myelofibrosis with Lenalidomide

Acute panmyelosis with myelofibrosis (APMF) is a rare, fatal hematological neoplasm that is characterized by the acute onset of cytopenias and fibrosis in the bone marrow in the absence of splenomegaly or fibrosis-related morphological changes in the RBCs. We present the case of a 59-year-old female who presented with a two-month history of anemia, leucopenia and a normal platelet count. The marrow was heavily fibrotic, and no aspirate material could be obtained; the biopsy showed extensive infiltration with small to medium size megakaryocytes, dysplastic changes in the erythroid compartment, and left shift in the myeloid cells. The patient was treated for four months with anabolic steroids (Danazol), growth factors and received regular blood transfusions. At 4 months after diagnosis, the patient was started on Lenalidomide, 10 mg/day for a 21-d-course along with growth factor support. At 6 months after treatment, the patient was transfusion-independent, had normalized blood counts, and, at 32 months on continuous lenalidomide treatment, her needs for growth factor support have been minimized. Repeat bone marrow biopsies showed a patchy distribution of fibrosis with areas of normal cellularity and morphology. To our knowledge, this is the first case for a medication that could reverse the fatal outcome of APMF

Social determinants of health in pulmonary embolism management and outcome in hospitals: Insights from the United States nationwide inpatient sample

BACKGROUND The role of social determinants in the treatment and course of acute pulmonary embolism (PE) is understudied. OBJECTIVE To investigate the association between social determinants of health with in-hospital management and early clinical outcomes following acute PE. METHODS We identified hospitalizations of adults with acute PE discharge diagnosis from the nationwide inpatient sample (2016-2018). Multivariable regression was used to investigate the association between race/ethnicity, type of expected primary payer, and income with the use of advanced PE therapies (thrombolysis, catheter-directed treatment, surgical embolectomy, extracorporeal membrane oxygenation), length of stay, hospitalization charges, and in-hospital death. RESULTS A total of 1,124,204 hospitalizations with a PE diagnosis were estimated from the 2016-2018 nationwide inpatient sample, corresponding to a hospitalization rate of 14.9/10,000 adult persons-year. The use of advanced therapies was lower in Black and Asian/Pacific Islander (vs. White patients: adjusted odds ratio [OR$_{adjusted}$], 0.87; 95% confidence interval [CI], 0.81-0.92 and OR$_{adjusted}$ 0.76; 95% CI, 0.59-0.98) and in Medicare- or Medicaid-insured (vs. privately-insured; OR$_{adjusted}$, 0.73; 95% CI, 0.69-0.77 and OR$_{adjusted}$, 0.68; 95% CI, 0.63-0.74), although they had the greatest length of stay and hospitalization charges. In-hospital mortality was higher in the lowest income quartile (vs. highest quartile; OR$_{adjusted}$, 1.09; 95% CI, 1.02-1.17). Among high-risk PE, patients of other than the White race had the highest in-hospital mortality. CONCLUSION We observed inequalities in advanced therapies used for acute PE and higher in-hospital mortality in races other than White. Low socioeconomic status was also associated with lesser use of advanced treatment modalities and greater in-hospital mortality. Future studies should further explore and consider the long-term impact of social inequities in PE management

Cross-Lingual Knowledge Transfer for Clinical Phenotyping

Clinical phenotyping enables the automatic extraction of clinical conditions from patient records, which can be beneficial to doctors and clinics worldwide. However, current state-of-the-art models are mostly applicable to clinical notes written in English. We therefore investigate cross-lingual knowledge transfer strategies to execute this task for clinics that do not use the English language and have a small amount of in-domain data available. We evaluate these strategies for a Greek and a Spanish clinic leveraging clinical notes from different clinical domains such as cardiology, oncology and the ICU. Our results reveal two strategies that outperform the state-of-the-art: Translation-based methods in combination with domain-specific encoders and cross-lingual encoders plus adapters. We find that these strategies perform especially well for classifying rare phenotypes and we advise on which method to prefer in which situation. Our results show that using multilingual data overall improves clinical phenotyping models and can compensate for data sparseness.Comment: LREC 2022 submmision: January 202