Desarrollo de aplicación para el análisis in silico de secuencias promotoras del genoma de vitis vinifera

88 p.La vid es el cultivo frutícola más importante económicamente en Chile y cultivado ampliamente en el mundo. De ella se obtiene un fruto que se utiliza no sólo para la producción de vino, sino también para consumo de fruta fresca, jarabes, jugos, pasas y fabricación de sus derivados tales como cosméticos y aceites. Este frutal ha sido recientemente secuenciado, por lo que su conocimiento acerca de su regulación génica es aún escaso. La regulación de la expresión génica está provista por un complejo mecanismo de control por los cuales las plantas responden a estrés biótico y abiótico y modulan procesos del desarrollo. Esta regulación es coordinada principalmente por mecanismos relacionados a factores de transcripción (TFs). Para comprender el mecanismo de regulación génica de Vitis vinifera, es necesario conocer los sitios donde se unen las secuencias reguladoras de la expresión génica. Si bien algunos sitios web son capaces de realizar búsquedas de este tipo, aún Vitis vinifera no está incorporada. En este trabajo se desarrolló una aplicación para la búsqueda y representación visual de los sitios de unión a factores de transcripción (TFBS), ya sea, caracterizados experimentalmente o de sitios de predicción, en secuencias flanqueantes de Vitis vinifera generando imágenes representativas de los sitios de unión encontrados. No se ha realizado con anterioridad una herramienta para el análisis de TFBS en todo el genoma de Vitis vinifera. Por ello, el desarrollo de esta aplicación es el primer paso para el conocimiento y la comprensión de su expresión génica, reconociendo los posibles sitios de unión de los TFs que regulan la expresión de todos los genes del genom

Bacterial community structure in a sympagic habitat expanding with global warming: brackish ice brine at 85–90 °N

© 2018, International Society for Microbial Ecology.Larger volumes of sea ice have been thawing in the Central Arctic Ocean (CAO) during the last decades than during the past 800,000 years. Brackish brine (fed by meltwater inside the ice) is an expanding sympagic habitat in summer all over the CAO. We report for the first time the structure of bacterial communities in this brine. They are composed of psychrophilic extremophiles, many of them related to phylotypes known from Arctic and Antarctic regions. Community structure displayed strong habitat segregation between brackish ice brine (IB; salinity 2.4–9.6) and immediate sub-ice seawater (SW; salinity 33.3–34.9), expressed at all taxonomic levels (class to genus), by dominant phylotypes as well as by the rare biosphere, and with specialists dominating IB and generalists SW. The dominant phylotypes in IB were related to Candidatus Aquiluna and Flavobacterium, those in SW to Balneatrix and ZD0405, and those shared between the habitats