39 research outputs found
CaractĂ©risation molĂ©culaire et morphologique des punaises d'intĂ©rĂȘt agronomique (genres Eurydema et Lygus)
Du fait de la montĂ©e en puissance de lâagriculture biologique, et de la politique agricole prĂ©conisant de rĂ©duire lâusage dâinsecticides et autres pesticides, les dĂ©gĂąts occasionnĂ©s par les punaises phytophages sont en augmentation depuis une dizaine dâannĂ©es et peuvent conduire Ă des pertes importantes de production en cultures lĂ©gumiĂšres sous abri. Dans le mĂȘme temps, il est apparu que la connaissance sur la caractĂ©risation, la biologie et le comportement en culture de plusieurs espĂšces de punaises phytophages Ă©taient encore Ă amĂ©liorer pour permettre de mettre au point des stratĂ©gies globales de protection. Mon travail sâinscrit dans ce cadre et sâintĂšgre dans une approche de gestion de lâagriculture durable et concerne plus particuliĂšrement la caractĂ©risation des espĂšces de deux genres de punaises ravageuses de cultures lĂ©gumiĂšres composant les deux parties du mĂ©moire; le genre Eurydema qui est uniquement ravageur de crucifĂšres et connu sous le nom de «punaises des choux», et le genre Lygus, polyphage. Plusieurs approches vont ĂȘtre abordĂ©es dans une dĂ©marche de taxinomie intĂ©grative pour rĂ©pondre aux questions dâidentification. Pour le genre Eurydema, lâidentification morphologique semble satisfaisante mais lâutilisation du «barcoding» code-barres standard avec le fragment du gĂšne COI (658pb) a rĂ©vĂ©lĂ© des complexes dâespĂšces insoupçonnĂ©s notamment Eurydema dominulus (Scopoli, 1763) / Eurydema cyanea (Fieber, 1864), mais aussi de nouveaux clades gĂ©ographiques chez Eurydema ornata (Linnaeus, 1758), trois espĂšces sur lesquelles mon travail sera focalisĂ©. Lâemploi de plusieurs autres marqueurs molĂ©culaires Cytb, 28S et ITS permet de confirmer les rĂ©sultats trouvĂ©s sur le COI. Lâutilisation de lâapproche morphomĂ©trique gĂ©omĂ©trique par la mĂ©thode Procruste au niveau de ces trois espĂšces est une technique Ă approfondir car peu de spĂ©cimens ont Ă©tĂ© testĂ©s. La caractĂ©risation morphologique des espĂšces du genre Lygus est complexe et le «barcoding» se montre insuffisant pour rĂ©soudre lâidentification. Lâajout de gĂšnes supplĂ©mentaires (Cytb, ND5, 28S et ITS) nâapporte pas dâamĂ©lioration significative. Seule lâespĂšce L. rugulipennis se sĂ©pare des autres espĂšces europĂ©ennes et se rĂ©vĂšle plus proche des taxons amĂ©ricains. La morphomĂ©trie gĂ©omĂ©trique de contour met en Ă©vidence la variabilitĂ© saisonniĂšre chez les Lygus souvent Ă©noncĂ©e dans la littĂ©rature mais jamais dĂ©montrĂ©e jusquâĂ ce jour mais ne permet pas, non plus, de distinguer les espĂšces. Lâapport du RADseq renforce lâidĂ©e que plusieurs espĂšces devraient ĂȘtre mises en synonymie. Cette dĂ©marche de taxinomie intĂ©grative avec lâutilisation combinĂ©e de techniques de biologie molĂ©culaire, de caractĂšres morphologiques et de morphomĂ©trie gĂ©omĂ©trique permet de conclure sur deux synonymies dâespĂšces dans le genre Lygus et donner des pistes de recherche dâidentification pour explorer les complexes dâespĂšces prĂ©sents dans le genre Eurydema
CaractĂ©risation molĂ©culaire et morphologique des punaises d'intĂ©rĂȘt agronomique (genres Eurydema et Lygus)
Du fait de la montĂ©e en puissance de lâagriculture biologique, et de la politique agricole prĂ©conisant de rĂ©duire lâusage dâinsecticides et autres pesticides, les dĂ©gĂąts occasionnĂ©s par les punaises phytophages sont en augmentation depuis une dizaine dâannĂ©es et peuvent conduire Ă des pertes importantes de production en cultures lĂ©gumiĂšres sous abri. Dans le mĂȘme temps, il est apparu que la connaissance sur la caractĂ©risation, la biologie et le comportement en culture de plusieurs espĂšces de punaises phytophages Ă©taient encore Ă amĂ©liorer pour permettre de mettre au point des stratĂ©gies globales de protection. Mon travail sâinscrit dans ce cadre et sâintĂšgre dans une approche de gestion de lâagriculture durable et concerne plus particuliĂšrement la caractĂ©risation des espĂšces de deux genres de punaises ravageuses de cultures lĂ©gumiĂšres composant les deux parties du mĂ©moire; le genre Eurydema qui est uniquement ravageur de crucifĂšres et connu sous le nom de «punaises des choux», et le genre Lygus, polyphage. Plusieurs approches vont ĂȘtre abordĂ©es dans une dĂ©marche de taxinomie intĂ©grative pour rĂ©pondre aux questions dâidentification. Pour le genre Eurydema, lâidentification morphologique semble satisfaisante mais lâutilisation du «barcoding» code-barres standard avec le fragment du gĂšne COI (658pb) a rĂ©vĂ©lĂ© des complexes dâespĂšces insoupçonnĂ©s notamment Eurydema dominulus (Scopoli, 1763) / Eurydema cyanea (Fieber, 1864), mais aussi de nouveaux clades gĂ©ographiques chez Eurydema ornata (Linnaeus, 1758), trois espĂšces sur lesquelles mon travail sera focalisĂ©. Lâemploi de plusieurs autres marqueurs molĂ©culaires Cytb, 28S et ITS permet de confirmer les rĂ©sultats trouvĂ©s sur le COI. Lâutilisation de lâapproche morphomĂ©trique gĂ©omĂ©trique par la mĂ©thode Procruste au niveau de ces trois espĂšces est une technique Ă approfondir car peu de spĂ©cimens ont Ă©tĂ© testĂ©s. La caractĂ©risation morphologique des espĂšces du genre Lygus est complexe et le «barcoding» se montre insuffisant pour rĂ©soudre lâidentification. Lâajout de gĂšnes supplĂ©mentaires (Cytb, ND5, 28S et ITS) nâapporte pas dâamĂ©lioration significative. Seule lâespĂšce L. rugulipennis se sĂ©pare des autres espĂšces europĂ©ennes et se rĂ©vĂšle plus proche des taxons amĂ©ricains. La morphomĂ©trie gĂ©omĂ©trique de contour met en Ă©vidence la variabilitĂ© saisonniĂšre chez les Lygus souvent Ă©noncĂ©e dans la littĂ©rature mais jamais dĂ©montrĂ©e jusquâĂ ce jour mais ne permet pas, non plus, de distinguer les espĂšces. Lâapport du RADseq renforce lâidĂ©e que plusieurs espĂšces devraient ĂȘtre mises en synonymie. Cette dĂ©marche de taxinomie intĂ©grative avec lâutilisation combinĂ©e de techniques de biologie molĂ©culaire, de caractĂšres morphologiques et de morphomĂ©trie gĂ©omĂ©trique permet de conclure sur deux synonymies dâespĂšces dans le genre Lygus et donner des pistes de recherche dâidentification pour explorer les complexes dâespĂšces prĂ©sents dans le genre Eurydema
Nouvelle contribution Ă la connaissance des Coccinellidae de lâĂźle de La RĂ©union
National audienceThis paper deals with the results of surveys carried out on the Reunion Island in 2014, including the specimens preserved in the CIRAD collection of the CBGP. The different species are illustrated. Specimens of each species have been barcoded when conserved in alcohol.Cet article prĂ©sente les rĂ©sultats de prospections menĂ©es sur lâĂźle de La RĂ©union en 2014, ainsi que les donnĂ©es prĂ©sentes dans la collection CIRAD du CBGP. Les diffĂ©rentes localitĂ©s sont listĂ©es, et les espĂšces illustrĂ©es. Des individus de chaque espĂšce ont Ă©tĂ© barcodĂ©s lorsquâils Ă©taient conservĂ©s en alcool
Molecular systematics and evolutionary history of the genus Carabus (Col. Carabidae)
International audienc
Isolation and characterization of polymorphic microsatellites in Parnassius Apollo and Euphydryas aurinia (Lepidoptera)
Correspondence: [email protected] audienceMicrosatellite loci were developed from Parnassius Apollo and Euphydryas aurinia , two endangered Palaearctic butterfly species. Respectively, six and five polymorphic loci were characterized from an enriched partial genomic library. Genetic diversity range from three to 25 alleles for the first species and from seven to 21 for the second. Although the presence of null alleles is suspected, these polymorphic loci are likely to provide important information on the fine scale genetic structure among populations of these specie
Isolation of microsatellites from an enriched genomic library of the plant-parasitic nematode Meloidogyne incognita and their detection in other root-knot nematode species
International audienceThe root-knot nematode Meloidogyne incognita is a polyphagous pest distributed from temperate to tropical regions. However, the lack of suitable markers leads to a poor knowledge of its population genetic structure and colonization process. Here we describe the first characterization of 15 microsatellite loci from this nematode, that were developed from an enriched genomic library. Although the variability of these microsatellites was generally low, three of them exhibited a significant level of intrapopulation polymorphism, with three to seven alleles detected. The observed and expected heterozygosities ranged from 0.025 to 0.385 and from 0.024 to 0.779, respectively. Thus, these new microsatellite markers have potential value for the implementation of genotyping experiments in this nematode. Furthermore, successful cross-amplification of the variable microsatellite loci in seven other Meloidogyne species provides the opportunity of using these markers for population genetic studies in these damaging plant-parasitic nematodes
Pushing the limits of whole genome amplification: successful sequencing of RADseq libraries from single micro-hymenoptera (Chalcidoidea, Trichogramma)
A major obstacle to high-throughput genotyping of micro-hymenoptera is their small size. As species are difficult to discriminate and because complexes may exist, the sequencing of a pool of specimens is hazardous. Thus, one should be able to sequence pangenomic markers (e.g. RADtags) from a single specimen. To date, whole genome amplification (WGA) prior to library construction is still a necessity as only ca 10ng of DNA can be obtained from single specimens. However this amount of DNA is not compatible with manufacturerâs requirements for commercialised kits. Here we tested the accuracy of the GenomiPhi kit V2 on Trichogramma wasps by comparing RAD libraries obtained from the WGA of single specimens (generation F0 and F1, ca 1 ng input DNA for the WGA) and a biological amplification of genomic material (the pool of the progeny of the F1 generation). Globally, we found that ca 99% of the examined loci (up to 48,189; 109 bp each) were compatible with the mode of reproduction of the studied model (haplodiploidy) or a Mendelian inheritance of alleles. The remaining 1% (ca 0.01% of the analysed nucleotides) could represent WGA bias or other experimental / analytical bias. This study shows that the multiple displacement amplification method on which the GenomiPhi kit relies, could also be of great help for the high-throughput genotyping of micro-hymenoptera used for biological control or other organisms from which only a very low amount of DNA can be extracted such as human disease vectors (e.g. sand flies, fleas, ticks etc.)
Ten years of Heteroptera barcoding at CBGP: outputs and prospects.
International audienc
Are there several biotypes of Cacopsylla pruni ?
Equipe 6Publication Inra prise en compte dans l'analyse bibliomĂ©trique des publications scientifiques mondiales sur les Fruits, les LĂ©gumes et la Pomme de terre. PĂ©riode 2000-2012. http://prodinra.inra.fr/record/256699The population structure of Cacopsylla pruni, the insect vector of âCandidatus Phytoplasma prunorumâ, was studied from a sampling in 12 localities in western and southern France and in northern Spain. All specimens were collected on Prunus spinosa. More than 300 individuals were genotyped at nine microsatellite loci. Two complementary approaches (Fst, Bayesian clustering) were used to analyse the data and gave congruent results. They show the existence of two strongly differentiated populations (provisionally called A and B). Both populations occurred sympatrically in most sites studied, but the first one was strongly dominant in the Massif Central, and the second one in western France. Despite both populations overlapped over a large geographic area, hybrids seem to be very rare or absent