Learning from medical data streams: an introduction

Clinical practice and research are facing a new challenge created by the rapid growth of health information science and technology, and the complexity and volume of biomedical data. Machine learning from medical data streams is a recent area of research that aims to provide better knowledge extraction and evidence-based clinical decision support in scenarios where data are produced as a continuous flow. This year's edition of AIME, the Conference on Artificial Intelligence in Medicine, enabled the sound discussion of this area of research, mainly by the inclusion of a dedicated workshop. This paper is an introduction to LEMEDS, the Learning from Medical Data Streams workshop, which highlights the contributed papers, the invited talk and expert panel discussion, as well as related papers accepted to the main conference

Duplo Piloro: Estudo de caso e revisão da literatura

Duplo piloro é condição rara em que se forma dupla comunicação entre o antro gástrico e o bulbo duodenal. Pode ser congênito ou adquirido como complicação de doença cloridropéptica. Apresentamos caso de duplo piloro adquirido em paciente masculino com epigastralgia e história prévia de úlcera péptica. A pesquisa do Helicobacter pylori foi positiva em amostras de tecido gástrico. Foi realizada revisão da literatura e discutido o papel de doenças associadas e do Helicobacter pylori na etiopatogenia desta afecção.Double pylorus is an unusual condition in which a double communication between the gastric antrum and the duodenal bulb occurs. It may be congenital, or it may be acquired complication of peptic ulcer disease. We present a case of double pylorus in a gentleman with epigastric pain and previous history of peptic ulcer disease. The relationship between Helicobacter pylori and this disease was assessed. A review of the literature, the role of associated diseases and the role of H. pylori are discussed

Síndrome do blue rubber bleb nevus: relato de caso

The case of a patient with blue rubber bleb nevus syndrome who is infected by acquired immunodeficiency syndrome virus due to multiple blood transfusions is presented. This case shows that although it is a rare systemic disorder, blue rubber bleb nevus syndrome has to be considered in the differential diagnosis of chronic anemia or gastrointestinal bleeding. Patients should be investigated by endoscopy, which is the most reliable method for detecting these lesions. The patient underwent gastroscopy and enteroscopy via enterotomy with identification of all lesions. Minimal resection of the larger lesions and string-purse suture of the smaller ones involving all the layers of the intestine were performed. The string-purse suture of the lesions detected by enteroscopy proved to be an effective technique for handling these lesions, avoiding extensive intestinal resection and stopping the bleeding. Effective management of these patients demands aggressive treatment and should be initiated as soon as possible to avoid risks involved in blood transfusions, as occurred in this case.É descrito um caso da síndrome do blue rubber bleb nevus associada a infecção pelo vírus da imunodeficiência adquirida em conseqüência de múltiplas transfusões de sangue. Este caso demonstra que, embora rara, esta síndrome deva ser considerada no diagnóstico diferencial da anemia crônica ou sangramento gastrointestinal. O melhor método diagnóstico é a endoscopia. A doente foi operada e submetida a esofagogastroduodenoscopia e endoscopia através de enterotomia com identificação de todas as lesões que foram tratadas, as maiores, por ressecção mínima e as demais por sutura em bolsa ao redor do nevo interessando toda a parede intestinal. A sutura em bolsa das lesões detectadas por enteroscopia demonstrou ser uma técnica efetiva no tratamento destas lesões, evitando assim ressecções intestinais extensas e parando o sangramento. O manuseio destes doentes demanda tratamento agressivo e deve ser iniciado precocemente para evitar riscos associados a transfusões sangüíneas como ocorreu neste caso

P53 and Rb tumor suppressor gene alterations in gastric cancer

Inactivation of tumor suppressor genes has been frequently observed in gastric carcinogenesis. Our purpose was to study the involvement of p53, APC, DCC, and Rb genes in gastric carcinoma. METHOD: Loss of heterozygosity of the p53, APC, DCC and Rb genes was studied in 22 gastric cancer tissues using polymerase chain reaction; single-strand conformation polymorphism of the p53 gene exons 5-6 and exons 7-8 was studied using 35S-dATP, and p53 expression was detected using a histological immunoperoxidase method with an anti-p53 clone. RESULTS AND DISCUSSION: No loss of heterozygosity was observed in any of these tumor suppressor genes; homozygous deletion was detected in the Rb gene in 23% (3/13) of the cases of intestinal-type gastric carcinoma. Eighteen (81.8%) cases showed band mobility shifts in exons 5-6 and/or 7-8 of the p53 gene. The presence of the p53 protein was positive in gastric cancer cells in 14 cases (63.6%). Normal gastric mucosa showed negative staining for p53; thus, the immunoreactivity was likely to represent mutant forms. The correlation of band mobility shift and the immunoreactivity to anti-p53 was not significant (P = .90). There was no correlation of gene alterations with the disease severity. CONCLUSIONS: The inactivation of Rb and p53 genes is involved in gastric carcinogenesis in our environment. Loss of the Rb gene observed only in the intestinal-type gastric cancer should be further evaluated in association with Helicobacter pylori infection. The p53 gene was affected in both intestinal and diffuse histological types of gastric cancer.A inativação de genes supressores tumorais tem sido freqüentemente observada na carcinogênese gástrica. O nosso objetivo foi estudar o envolvimento dos genes p53, APC, DCC e Rb no câncer gástrico. MÉTODO: Vinte e dois casos de câncer gástrico foram estudados por PCR-LOH (reação de polimerase em cadeia- perda de alelo heterozigoto) dos genes p53, APC, DCC e Rb; e por PCR-SSCP (reação de polimerase em cadeia- polimorfismo de conformação de cadeia única) dos exons 5-6 e exons 7-8 do gene p53, empregando 35S-dATP e expressão de p53 por imunoperoxidase com monoclonal anti-p53. RESULTADOS E DISCUSSÃO: Perda de alelo heterozigoto não foi detectada nos genes estudados; deleção homozigótica foi observada no gene Rb em 23% (3/13) dos casos de câncer gástrico do tipo intestinal. Desvio de motilidade de banda nos exons 5-6 e/ou exons 7-8, indicando mutação do gene p53 foi encontrada em 18 casos (81.8%). A expressão de p53 foi positiva nas células de câncer gástrico em 14 casos (63.6%). A mucosa gástrica normal não corou com anti-p53, portanto, a reatividade imune deve representar formas mutantes. A correlação de desvio de motilidade de banda e expressão imune de p53 não foi significante (p=0.90). Não houve correlação entre as alterações genéticas e a extensão da doença. CONCLUSÃO: A inativação dos genes p53 e Rb tem papel na carcinogênese gástrica no nosso meio. A perda do gene Rb observada apenas no câncer gástrico do tipo intestinal deve ser avaliada posteriormente em associação com infecção pelo Helicobacter pylori. O gene p53 estava afetado em ambos os tipos histopatológicos

Fracionamento físico da matéria orgânica nas classes de agregado do solo sob sistemas agroflorestais de cacau no Sul da Bahia.

O presente estudo teve o objetivo de avaliar a distribuição do carbono e nitrogênio das frações da matéria orgânica nas classes de agregados de solos sob sistemas agroflorestais de cacau. Este estudo foi realizado em agrossistemas de cacau: cacauca-bruca; cacau com sombreamento definitivo de eritrina e floresta natural

Alterações nos compartimentos hídricos e energéticos do organismo durante a greve de fome

Prolonged total food deprivation in non-obese adults is rare, and few studies have documented body composition changes in this setting. In a group of eight hunger strikers who refused alimentation for 43 days, water and energy compartments were estimated, aiming to assess the impact of progressive starvation. Measurements included body mass index (BMI), triceps skinfold (TSF), arm muscle circumference (AMC), and bioimpedance (BIA) determinations of water, fat, lean body mass (LBM), and total resistance. Indirect calorimetry was also performed in one occasion. The age of the group was 43.3±6.2 years (seven males, one female). Only water, intermittent vitamins and electrolytes were ingested, and average weight loss reached 17.9%. On the last two days of the fast (43rd-44th day) rapid intravenous fluid, electrolyte, and vitamin replenishment were provided before proceeding with realimentation. Body fat decreased approximately 60% (BIA and TSF), whereas BMI reduced only 18%. Initial fat was estimated by BIA as 52.2±5.4% of body weight, and even on the 43rd day it was still measured as 19.7±3.8% of weight. TSF findings were much lower and commensurate with other anthropometric results. Water was comparatively low with high total resistance, and these findings rapidly reversed upon the intravenous rapid hydration. At the end of the starvation period, BMI (21.5±2.6 kg/m²) and most anthropometric determinations were still acceptable, suggesting efficient energy and muscle conservation. Conclusions: 1) All compartments diminished during fasting, but body fat was by far the most affected; 2) Total water was low and total body resistance comparatively elevated, but these findings rapidly reversed upon rehydration; 3) Exaggerated fat percentage estimates from BIA tests and simultaneous increase in lean body mass estimates suggested that this method was inappropriate for assessing energy compartments in the studied population; 4) Patients were not morphologically malnourished after 43 days of fasting; however, the prognostic impact of other impairments was not considered in this analysis.A privação total e prolongada de alimentos em adultos não-obesos é raramente vista, e poucos estudos documentaram as modificações da composição corpórea neste contexto.Num grupo de oito casos de greve de fome durante 43 dias, procedeu-se à estimativa dos compartimentos hídricos e energéticos, visando averiguar a influência sobre os mesmos da desnutrição progressiva.Os métodos incluiram índice de massa corporal (IMC), prega cutânea do tríceps (PCT), circunferência muscular do braço, e determinação através da bioimpedância (BIA) da água, massa gorda, massa magra e resistência corpórea total..A calorimetria indireta foi realizada em uma ocasião apenas.A idade do grupo era de 43,3± 6,2 anos (sete homens, uma mulher), somente água e ocasionais eletrólitos e vitaminas foram ingeridos no jejum, e a perda de peso média foi de 17,9%. Por volta do 43º dia da greve iniciou-se a reposição venosa rápida de fluidos, vitaminas e eletrólitos,antes de se prosseguir com a realimentação.A gordura corporal diminuiu em aproximadamente 60% (BIA e PCT), ao passo que o IMC caiu apenas 18%.A estimativa da gordura total inicial por BIA foi de 52,2± 5,4% do peso corporal, e mesmo no 43º dia do evento o valor calculado era de 19,7± 3,8% do peso.Os valores correspondentes deduzidos da PCT mostraram-se substancialmente inferiores, e mais compatíveis com os demais índices antropométricos. A água corporal revelou-se inicialmente contraída, com resistência elevada,sendo que estes achados se reverteram rapidamente por ocasião da hidratação venosa rápida.Quando do término da greve de fome o IMC (21,5± 2,6 kg/m²) e outras variáveis antropométricas revelavam-se numericamente aceitáveis, sugerindo eficiente conservação de musculatura e energia na fase de dieta zero.Conclui-se que: 1) Todos os compartimentos orgânicos se contrairam na greve de fome, porém o tecido adiposo foi de longe o mais afetado; 2) A água corporal mostrou-se reduzida com elevada resistência total, mas estes achados inverteram-se prontamente mediante hidratação parenteral; 3) O encontro de gordura total excessiva e de aumento da massa magra com o avançar do jejum sugerem que as leituras de BIA são inapropriadas para esta população e fornecem resultados incoerentes; 4) Com base nos parâmetros expostos os doentes não estavam morfologicamente desnutridos ao cabo de 43 dias, todavia não foram aqui avaliados outros transtornos de considerável importância prognóstica