Oxo-Imido molybdenum tripyrazolyl borate complexes

Thesis (Master)--İzmir Institute of Technology, Chemistry, İzmir, 2004Includes bibliographical references (leaves: 50)Text in English; Abstract: Turkish and Englishxii, 56 leavesReaction of the oxo-molybdenum(V) compound, [MoTp*(O)Cl2], [Tp* = hydrotris(3,5-dimetylpyrazol-1-yl)borate] with p-functionalized anilines[NH2C6H4R] ( R = OMe, OEt, OPr, NO2) in the presence of Et3N under nitrogen, in toluene solution, afforded the novel oxo bridged oxo(arylimido) molybdenum(V) compounds [MoTp*(O)Cl](m-O)[MoTp*(Cl)(ºNC6H4R)] ( R = OMe, OEt, OPr, NO2). Under same conditions, the reaction with aniline produced oxo bridged oxomolybdenum (V) compound, [MoTp*OCl]2(m-O). The new compounds were characterized by FT-IR, FAB-Mass, and 1H-NMRspectra. The single crystal X-ray crystallographic determination of [MoTp*(O)Cl](mO)[MoTp*(Cl)(ºNC6H4OMe)]was carried out to confirm that there is a Mo-O-Mobridge and a near linear arylimido group in the structure

Synthesis and characterization of two oxo-bridged oxo(arylimido) [tris(3,5-dimethylpyrazolyI)borato]molybdenum(V) complexes and crystal structure of [MoTp*(O)CI](μ-O)[MoTp*(CI)(≡NC6H 4OMe)]

Reaction of the oxo-molybdenum(V) compound, [MoTp*(O)Cl2], [Tp* = hydrotris(3,5-dimethylpyrazol-1-yl)borate] with p-methoxy and p-nitroaniline in the presence of Et3N under N2, afforded the oxo-bridged oxo(arylimido) molybdenum(V) complexes, [MoTp*(O)Cl](μ- O)[MoTp*(Cl)(≡NC6H4R)] (1, R = OMe; 2, R = NO2). The new compounds were characterized by elemental analysis, i.r., mass, and 1H-n.m.r. spectra. The single crystal X-ray crystallographic determination of [MoTp*(O)Cl](μ-O)[MoTp*(Cl) (≡NC6H4OMe)] was carried out to confirm that there is a Mo - O - Mo bridge and a near linear arylimido group in the structure.TÜBİTA

Oxo-Imido molybdenum tripyrazolyl borate complexes

Thesis (Master)--İzmir Institute of Technology, Chemistry, İzmir, 2004Includes bibliographical references (leaves: 50)Text in English; Abstract: Turkish and Englishxii, 56 leavesReaction of the oxo-molybdenum(V) compound, [MoTp*(O)Cl2], [Tp* = hydrotris(3,5-dimetylpyrazol-1-yl)borate] with p-functionalized anilines[NH2C6H4R] ( R = OMe, OEt, OPr, NO2) in the presence of Et3N under nitrogen, in toluene solution, afforded the novel oxo bridged oxo(arylimido) molybdenum(V) compounds [MoTp*(O)Cl](m-O)[MoTp*(Cl)(ºNC6H4R)] ( R = OMe, OEt, OPr, NO2). Under same conditions, the reaction with aniline produced oxo bridged oxomolybdenum (V) compound, [MoTp*OCl]2(m-O). The new compounds were characterized by FT-IR, FAB-Mass, and 1H-NMRspectra. The single crystal X-ray crystallographic determination of [MoTp*(O)Cl](mO)[MoTp*(Cl)(ºNC6H4OMe)]was carried out to confirm that there is a Mo-O-Mobridge and a near linear arylimido group in the structure

Investigation of the presence of endofungal bacteria in Zygomycetes isolated from soil samples

The dynamic interactions between fungi and bacteria that coexist by creating complex communities are important for agriculture and human health. In our study, it was aimed to identify the endofungal bacteria in the hyphae of some Zygomycetes, which are especially common as plant pathogens in the agricultural lands of I. zmir provincial districts. For this aim, 237 Zygomycetes were isolated from soil samples taken from 237 different agricultural areas. The presence of endofungal bacteria in all fungal isolates was investigated by fluorescence microscopy and fluorescence in situ hybridization (FISH) with ribosomal RNA targeted oligonucleotide probes. Twenty Zygomycete isolates, in which we observed bacterial cells in the fungal hyphae with fluorescence microscopy and subsequently performed endofungal bacteria isolation, were identified pheno- and genotypically. Molecular identification of the endofungal bacteria was conducted by analysis of the sequences obtained after the total DNA amplification with primers specific for 16S rRNA gene regions belonging to the fungal metagenome. Alcaligenes faecalis (11), Bacillus circulans (1), Bacillus thuringiensis (3), Bacillus cereus (1), Klebsiella pneumoniae (2), Leucobacter aridicolis (1) and Serratia marcescens (1) were identified as endofungal bacterial species. The first endofungal presence of Alcaligenes faecalis, Bacillus circulans, Bacillus thuringiensis, Bacillus cereus and Leucobacter aridicolis species is reported.The authors are thankful to TUBITAK (116Z588), Ege University, Science Faculty and Ege University Scientific Research Projects Coordinator (BAP) (17-BIL-004) and Izmir Institute of Technology, Biotechnology and Bioengineering Central Research Laboratories. This study provided by BAP Project(17-BIL-004), Ege University and TUBITAK Project (116Z588). This study was supported by TUBITAK (116Z588) and BAP (17-BIL-004).TUBITAK [116Z588]; Ege University; Ege University Scientific Research Projects Coordinator (BAP) [17-BIL-004]; Izmir Institute of Technology, Biotechnology and Bioengineering Central Research Laboratories; BAP Project [17-BIL-004]; TUBITAK Project [116Z588]; BAP [17-BIL-004

Düzkır Mağarasının (Niğde, Aladağlar) İçi ve Dışından Alınan Toprak Örneklerinde Cryptococcus neoformans ve Histoplazma capsulatum Varlığının Araştırılması

Mağaralar, karanlık, düşük sıcaklık ve yüksek neme sahip ortamlar olup, organik madde girdisinin olmaması gibi koşullar nedeni ile çoğunlukla ekstrem ortamlar olarak tanımlanır. Bu ekstrem koşullar nedeni ile mağaraların mikrobiyal çeşitliliğini başlıca enerji kaynağı olarak indirgenmiş inorganik bileşikleri kullanabilen kemolitotrofik mikroorganizmalar oluşturmaktadır. Ancak insanlar aracılığı ile mağaralara yabancı mikroorganizmaların taşınması ve insan kaynaklı organik maddelerin mağaralara girişi sonucunda da mağaraların doğal biyolojik özellikleri bozulmaktadır. Bunun yanında mağaraların başta yarasalar gibi kanatlı memelilerin dışkıları olmak üzere doğal faunayı oluşturan hayvanların artıkları Cryptococcus neoformans ve Histoplazma capsulatum gibi birç ok patojen organizma için uygun kolonizasyon ortamını oluşturmaktadır. Bu maya türünün insanlarda direkt temas veya solunum yolu ile bulaştığında ciddi hastalıklara yol açtığı düşünüldüğünde, bu mağarayı herhangi bir amaçla ziyaret eden bireyler için tehlike arz edeceği açıktır. Bu nedenle çalışmamızda Niğde’de bulunan Düzkır Mağara’sının içinden ve dışından alınan toprak örneklerinde Cryptococcus neoformans ve Histoplasma capsulatum varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Mağara içine ait toprak örneklerinin birinden Cryptococcus genusuna ait bir izolat elde edilmiş, izolatın fenotipik ve genotipik yöntemler kullanılarak tanısı doğrulanmıştır. Ancak Histoplasma capsulatum saptanmamıştır. Ayrıca çalışmamız ülkemizde mağara toprak örneklerinden Cryptococcus neoformans izolasyonu ile ilgili ilk çalışma olması açısından önem arz etmektedir.Caves are defined as extreme environments because of they are dark, in low temperatures and high in humidity and they lack the entries of organic materials. Due to these extreme conditions, the microbial diversity of caves is composed of chemolithotrophic microorganisms that can use reduced inorganic compounds as their energy source. However, the natural biological properties of caves are deteriorating because of the entrance of new microorganisms and human related organic matters due to humans. Besides this, caves are appropriate colonization environments for pathogenic microorganisms such as Cryptococcus neoformans and Histoplazma capsulatum. Since the natural fauna of caves involve winged mammals such as bats and the faeces of these animals. Since this yeast is known to be causing serious health problems by direct contact or inhalation, it is clear that it will possess a risk for people who with any purpose visits these caves. For this reason, this study aims to determine the presence of Cryptococcus neoformans and Histoplasma capsulatum in inside and outside of the soils of Duzkir Cave. As a result of this study, one isolate of Cryptococcus species was acquired from one of the soil samples taken from inside the cave and it is confirmed as C. neoformans by using phenotypical and genotypical methods. However, Histoplasma capsulatum was not detected. The presented study is the first study involving Cryptococcus neoformans isolation from cave soil samples in Turkey

Ziraat, Orman ve Su Ürünleri Alanında Teori ve Araştırmalar

Tarım sektörünün sanayileşmesi nedeni ile uygulanan intansif tarım, çeşitli zararlılara karşı pestisitlerin kullanımı ve gübreleme işlemleri doğal ekosistemler üzerindeki kimyasal yükü artırmıştır. Sonuç olarak üründe kalıntı oluşması ve ürün kalitesinin bozulması gibi problemlerin ortaya çıkmasına neden olmuştur (Nicolopoulou-Stamati ve ark., 2016). Organik üretim; üretimden tüketime kadar hiçbir kimyasal girdi kul- lanılmadan yapılmaktadır. Ülkemizde organik tarımın esasları “Organik Tarımın Esasları ve Uygulanmasına İlişkin Yönetmelik” ile belirlenmiştir. Organik ürünlerin üretim sırasında herhangi bir kimyasal muameleye tabi kalmaması gerekliliğinden dolayı mikrofungusların gelişimi ve mikotok- sin üretimi için uygun ortam oluştururlar. Organik tarımın uygulandığı tar- lalarda mikrofungal yoğunluğun ve çeşitliliğin arttığı bilinmektedir (Kar- lsson ev ark., 2015; Leksono, 2017). Bu nedenle organik hayvan yemleri de dahil olmak üzere üretimde kaliteyi etkileyen en önemli faktörlerden birisini mikrofunguslar ve ürettikleri mikotoksinler oluşturmaktadır. (Sek- kin ve Kum, 2013; Çetinkaya, 2018). Mikrofungusların gelişimi ve mikotoksin oluşumunun özellikle tropik ve subtropik bölgelerde; bitki stresine, yemlerin hidrasyonuna, zayıf depo uygulamalarına, düşük yem kalitesine, hayvanlarda ve bu hayvanların ürünlerini tüketen insanlarda farklı tipte akut ve kronik mikotoksikozlara neden olduğu yapılan çalışmalar ile ortaya konmuştur (Çetinkaya, 2018). Organik hayvan yetiştiriciliğinde kaliteli, zengin içerikli, mikrofun- gus ve mikotoksin içermeyen, maliyeti düşük yem üretimi temin edilerek entegrasyonun sağlanması gerekmektedir. Çalışmamız UTAEM’ in (Ulus- lararası Tarımsal Araştırma ve Eğitim Merkezi Müdürlüğü) Menemen Ovasında yer alan Ortaköy deneme arazisinde organik kurallar çerçevesin- de optimum yem verimini sağlamak amacı ile yapılan büyük bir projenin 2012-2013 yıllarında yem bitkisi ekiminden önce alınan toprak örnekleri ile hasat sonrası hayvan yem hammadesi örneklerinden izole edilen potan- siyel mikotoksijenik mikrofungal türlerin belirlenmesi kısmını içeren bir çalışmadır