Molecular Identification of Diplodia Seriata De Not. Causing Dieback Effect on Grapevines and Evaluation of in Vitro Efficacy of Five Different Synthetic Fungicides Against This Disease

DergiPark: 863506trkjnatThe aim of this study was to realize the molecular identification of Diplodia seriata De Not., a member of the Botryosphaericea family, isolated from 2-10 years old vines in vineyards showing symptoms of dieback disease. The susceptibility of the pathogen against the fungicides with the fosetyl-Al+triadimenol, azoxystorbin+difecanozole, fludioxanil+cyprodinil, metrafenone, fluopyram+tebuconazole combinations were evaluated. The isolates obtained from the root and crown parts of the vine samples were identified as D. seriata according to the morphological and molecular methods. In molecular identification, the ITS (Internal Transcribed Spacer) and TUB2 (?-tubulin) gene regions of the isolates were amplified by Real-Time PCR and the nucleotide sequences were obtained in these gene regions. After using the MEGA 7 software, ITS and TUB2 sequences were aligned and a combined phylogenetic tree was made. It has been molecularly confirmed that the D. seriata isolate has a 100% similarity index with Diplodia species according to the phylogenetic analyses. The mean effective concentration (EC50) values of fungicides used with different concentrations (0, 1, 3, 10, 30, 50, 100 ?L mL-1) were determined by Probit analysis. Cyprodinil + fludioxonil showed the highest efficacy (100%) at a concentration of 1 ?L mL-1. According to EC50 values, cyprodinil + fludioxonil (0.001 ?L mL-1) was recorded as the most effective fungicide followed by fluopyram + tebuconazole (0.520 ?L mL-1) and, azoxystrobin + difenoconazole (2.958 ?L mL-1), respectively.Bu çalışmanın amacı, geriye doğru ölüm hastalığı belirtileri gösteren bağlardaki 2-10 yaşındaki asmalardan izole edilen Botryosphaericea ailesinin bir üyesi olan Diplodia seriata De Not.'nın, moleküler tanılamasını gerçekleştirmektir. Patojenin duyarlılığı, fosetil-Al+triadimenol, azoxystorbin+difecanozole, fludioxanil+cyprodinil, metrafenon, fluopyram+tebuconazole dâhil olmak üzere çeşitli fungisitlere karşı değerlendirilmiştir. Üreticiler tarafından getirilen asma örneklerinin kök ve kök boğazı kısımlarından elde edilen izolatlar, morfolojik ve moleküler yöntemlere göre D. seriata olarak tanımlanmıştır. Moleküler tanımlamada izolatların ITS (Internal Transcribed Spacer) ve TUB2 (?-tubulin) gen bölgeleri Real-Time PCR ile çoğaltılmış ve bu gen bölgelerinden nükleotid dizileri elde edilmiştir. Daha sonra MEGA 7 yazılımı kullanılarak ITS ve TUB2 dizileri hizalanmış ve kombine bir filogenetik ağaç çizilmiştir. Diplodia seriata izolatının filogenetik analizlere göre Diplodia türleri ile % 100 benzerlik indeksine sahip olduğu moleküler olarak doğrulanmıştır. Farklı konsantrasyonlarda (0, 1, 3, 10, 30, 50, 100 ?L mL-1) kullanılan fungisitlerin ortalama etkili konsantrasyon (EC50) değerleri Probit analiziyle belirlenmiştir. Cyprodinil+fludioxonil 1 ?L mL-1 konsantrasyonunda en yüksek etkinliği (%100) göstermiştir. EC50 değerlerine göre cyprodinil+fludioxonil (0.001 ?L mL-1) en etkili fungisit olarak kaydedilmiş, ardından fluopyram+tebuconazole (0.520 ?L mL-1) ve azoxystrobin+difenokonazol (2.958 ?L mL-1) izlemiştir

Fungal trunk pathogens of Sultana Seedless vineyards in Aegean region of Turkey

In recent years, grapevine trunk diseases have become a problem in Sultana Seedless vineyards of Manisa and Izmir provinces (Aegean Region, Turkey). A field survey was conducted in 2013 in these provinces (in 8 cities and 80 vineyards) to determine disease incidence, fungal species associated with grapevine trunk diseases and pathogenicity.  Symptomatic vines were grouped by two different grapevine trunk disease symptoms: (1) typical tiger-striped leaves, (2) dead arm, shoot decline or apoplexy. Over 80% of vineyards in these areas were positive for at least one characteristic trunk disease symptom. Incidence of tiger-stripe symptom ranged from 2.9-15% and incidence of apoplexy ranged from 0–4.2%. Eight fungal species in five fungal families were identified from declining grapevines based on morphological and molecular (ITS, β-tubulin and EF1-α) studies including, Botryosphaeria dothidea, Diplodia seriata, Lasiodiplodia theobromae, Neofusicoccum parvum, Diaporthe ampelina, Phaeomoniella chlamydospora, Togninia minima and Fomitiporia mediterranea. Overall, D. ampelina was the most frequently recovered fungus from symptomatic grapevine tissues followed by botryosphaeriaceous fungi, P. chlamydospora, F. mediterranea and T. minima. Pathogenicity tests confirmed all eight fungi as pathogens of grapevine in these regions with N. parvum being the most virulent among the fungi tested

Effects of Hot Water Treatments on Growth of Botryosphaeriaceae Fungi and Bud Vitality of Grape Scion and Rootstoks in Controlled Conditions

Bu çalışmada, Botryosphaeriaceae familyasından dört fungus türü ( Botryosphaeria dothidea, Diplodia seriata, Lasiodiplodia theobromae ve Neofusicoccum parvum), beş asma anacı (1103P, 110R, 41B, Kober 5BB ve Ramsey) ve 10 asma çeşidinin (Alphonse Lavallée, Cabernet Sauvignon, Cardinal, Çal Karası, Hamburg Misketi, İtalya, Pembe Gemre, Sultani Çekirdeksiz, Trakya İlkeren ve Yalova İncisi) in vitro ve kontrollü koşullarda sıcak su uygulamalarına duyarlılıkları test edilmiştir. Fungusların miselyal agar disklerini içeren santrifüj tüpleri kuru blok ısıtıcıda 47, 48, 49, 50, 51 ve 52 °C’de, 30, 45 ve 60 dakika süreyle tutulmuşlardır. Fungal diskler daha sonra patates dekstroz agar besi yerine transfer edilerek 24°C’de 5 gün süreyle gelişmeye bırakılmıştır. Denemenin ikinci bölümünde 30 cm boyundaki asma çubukları, 30 ve 45 dk süreyle 51, 52 ve 53°C’lik sıcak su uygulamasına maruz bırakılmış ve ardından 15°C’lik soğuk su banyosuna alınmışlardır. Bu uygulamadan sonra anaç ve çeşitlere ait çubuklar, iklim odası koşullarındaki (24°C sıcaklık, 16 saat aydınlık ve 8 saat karanlık, %85 nispi nem) köklendirme ortamına dikilmişler ve 15 gün sonra göz canlılığına göre değerlendirilmişlerdir. Invitro’da sıcak su uygulamalarına en dayanıklı tür L. theobromae olurken, en duyarlı tür D. seriata olmuştur. D. seriata ve L. theobromae için lethal sıcaklık ve zaman kombinasyonu sırasıyla 47°C-30 dk ve 51°C-45 dk olarak bulunmuştur. Anaç ve çeşitlerden ise İtalya ve Kober-5BB bu uygulamalara en tolerant olarak gözlenirken, 53°C’de 45 dakikalık uygulamalar bu çeşitlerin göz canlılığında sırasıyla %37.3 ve %46.7’lik azalmaya yol açmıştır.Sensitivity of four Botryosphaeriaceae fungi species (Botryosphaeria dothidea, Diplodia seriata, Lasiodiplodia theobromae and Neofusicoccum parvum), five grapevine rootstocks (1103P, 110R, 41B, Kober 5BB and Ramsey) and ten grapevine cultivars (Alphonse Lavallée, Cabernet Sauvignon, Cardinal, Cal Karasi, Hamburg Muscat, Italia, Pembe Gemre, Sultana Seedless, Trakya Ilkeren and Yalova Incisi) to hot-water treatments (HWTs) were tested in vitro and under controlled conditions. Centrifuge tubes (containing fresh mycelial agar plugs) were held on heating block for 30, 45 and 60 minutes at 47, 48, 49, 50, 51, 52 °C. Fungal discs were then transferred to potato dextrose agar to allow mycelial growth at 24°C for 5 days. In a second experiment, 30-cm-grapevine canes were HWT treated at 51, 52 and 53°C for two periods: 30 or 45 minutes, then plunged into a cool bath at 15°C for 10 minutes. Rootstocks and cultivars were planted immediately after the treatment in rooting benches for 15 days to evaluate bud vigour under greenhouse conditions (at 24°C and 85% RH for 16/8h day/night). The most sensitive fungal species to HWT in vitro was D. seriata, while the most resistant was L. theobromae. The lethal temperature and time combinations for D. seriata and L. theobromae were 47°C-30 min and 51°C- 45 min respectively. Italia and Kober 5BB were the most tolerant varieties to HWT and treatments of 53°C-45 min reduced the vigour rates to 37.3% and 46.7% for Italia and Kober 5BB, respectively