Filamentöz fungusların Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ve Fourier Dönüşüm Kızılötesi (FTIR) spektroskopisi ile ayırt edilmesi

Thesis (Master)--Izmir Institute of Technology, Food Engineering, Izmir, 2017Includes bibliographical references (leaves: 79-86)Text in English; Abstract: Turkish and EnglishFourier transform infrared (FTIR) spectroscopy is considered to be a rapid, reliable, sensitive, and a cost-effective technique, which could be used as an efficient tool for microorganism identification. Since bio-molecules, such as lipids, carbohydrates, and nucleic acids, have their own unique ‘vibrational’ fingerprints and characteristic functional groups, which correspond to specific infrared light frequencies, FTIR spectrum obtained for any compound gives the information on the unique ‘fingerprint’. The objective of this study was to investigate the ability of FTIR spectroscopy for differentiating different species of filamentous fungi. In this study, Erkence cultivar olives which were collected from different orchards were used for different fungal strain isolation. The fungi isolates were grown on Malt Extract Agar (MEA) and Czapek Yeast Agar (CYA) at room temperature of 25ºC for 10 days. 15 different genera and 53 species were identified by using Polymerase Chain Reaction (PCR) and characterized in terms of DNA sequencing. FTIR spectroscopy was applied to 71 species as a novel technique to identify fungi. 18 pre-defined species that were collected fom previous studies, were also used for FTIR spectroscopy investigation. Statistical analysis of the data was performed by using a principal component analysis (PCA). FTIR spectroscopy provides a potentially powerful approach to differentiate filamentous fungi.Fourier Dönüşüm Kızılötesi (FTIR) Spektroskopisi, hedef mikroorganizmanın kimyasal kompozisyonunun belirlenmesi veya fonksiyonel grupların tanımlanmasında kullanılan hızlı, etkili, hassas ve düşük maliyetli bir yöntemdir. Lipidler, karbonhidratlar ve nükleik asitler gibi biyo-moleküllerin özgül kızılötesi ışık frekanslarına karşılık gelen kendine özgü 'titreşimsel' parmak izleri ve karakteristik işlevsel grupları olduğundan, herhangi bir bileşik için elde edilen FTIR spektrumu, o bileşiğin parmak izini oluşturur. Bu çalışmanın amacı, farklı filamentöz fungus türlerini ayırt etmek için FTIR spektroskopisinin yeterliliğini araştırmaktır. Bu çalışmada, farklı bağlardan toplanan Erkence türü zeytinler, farklı küf türü izolasyonu için kullanıldı. Bunun için, fungus izolatları, oda sıcaklığında 25 ° C'de Malt Extract Agar (MEA) ve Czapek Yeast Agar (CYA) üzerinde 10 gün boyunca inkübe edildi. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılarak 15 farklı cins ve 53 tür belirlendi ve DNA dizilimi açısından karakterize edildi. FTIR spektroskopisi 71 türe yeni bir teknik olarak uygulandı. Önceki çalışmalardan toplanmış 18 tanımlanmış tür de FTIR spektroskopisi için kullanıldı. Sonuçların istatistiksel analizi Temel Bileşen Analizi (PCA) kullanılarak yapıldı. FTIR spektroskopisi filamentöz fungusların ayrılmasında potansiyel olarak güçlü bir yaklaşım sağladığı belirlendi

Filamentöz fungusların Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ve Fourier Dönüşüm Kızılötesi (FTIR) spektroskopisi ile ayırt edilmesi

Thesis (Master)--Izmir Institute of Technology, Food Engineering, Izmir, 2017Includes bibliographical references (leaves: 79-86)Text in English; Abstract: Turkish and EnglishFourier transform infrared (FTIR) spectroscopy is considered to be a rapid, reliable, sensitive, and a cost-effective technique, which could be used as an efficient tool for microorganism identification. Since bio-molecules, such as lipids, carbohydrates, and nucleic acids, have their own unique ‘vibrational’ fingerprints and characteristic functional groups, which correspond to specific infrared light frequencies, FTIR spectrum obtained for any compound gives the information on the unique ‘fingerprint’. The objective of this study was to investigate the ability of FTIR spectroscopy for differentiating different species of filamentous fungi. In this study, Erkence cultivar olives which were collected from different orchards were used for different fungal strain isolation. The fungi isolates were grown on Malt Extract Agar (MEA) and Czapek Yeast Agar (CYA) at room temperature of 25ºC for 10 days. 15 different genera and 53 species were identified by using Polymerase Chain Reaction (PCR) and characterized in terms of DNA sequencing. FTIR spectroscopy was applied to 71 species as a novel technique to identify fungi. 18 pre-defined species that were collected fom previous studies, were also used for FTIR spectroscopy investigation. Statistical analysis of the data was performed by using a principal component analysis (PCA). FTIR spectroscopy provides a potentially powerful approach to differentiate filamentous fungi.Fourier Dönüşüm Kızılötesi (FTIR) Spektroskopisi, hedef mikroorganizmanın kimyasal kompozisyonunun belirlenmesi veya fonksiyonel grupların tanımlanmasında kullanılan hızlı, etkili, hassas ve düşük maliyetli bir yöntemdir. Lipidler, karbonhidratlar ve nükleik asitler gibi biyo-moleküllerin özgül kızılötesi ışık frekanslarına karşılık gelen kendine özgü 'titreşimsel' parmak izleri ve karakteristik işlevsel grupları olduğundan, herhangi bir bileşik için elde edilen FTIR spektrumu, o bileşiğin parmak izini oluşturur. Bu çalışmanın amacı, farklı filamentöz fungus türlerini ayırt etmek için FTIR spektroskopisinin yeterliliğini araştırmaktır. Bu çalışmada, farklı bağlardan toplanan Erkence türü zeytinler, farklı küf türü izolasyonu için kullanıldı. Bunun için, fungus izolatları, oda sıcaklığında 25 ° C'de Malt Extract Agar (MEA) ve Czapek Yeast Agar (CYA) üzerinde 10 gün boyunca inkübe edildi. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılarak 15 farklı cins ve 53 tür belirlendi ve DNA dizilimi açısından karakterize edildi. FTIR spektroskopisi 71 türe yeni bir teknik olarak uygulandı. Önceki çalışmalardan toplanmış 18 tanımlanmış tür de FTIR spektroskopisi için kullanıldı. Sonuçların istatistiksel analizi Temel Bileşen Analizi (PCA) kullanılarak yapıldı. FTIR spektroskopisi filamentöz fungusların ayrılmasında potansiyel olarak güçlü bir yaklaşım sağladığı belirlendi

A Comperative Study of Use Of Artificial Intelligence in Oral Radiology Education

Purpose: The aim of this study is to compare the efficacy of artificial intelligence use in oral radiology learning in the undergraduate dental students. Materials amp;Methods: Fifty third-year students in the University of Lokman Hekim were detected images with the artificial intelligence method (AI) and standard lecture method (SL) for anatomical landmarks in panoramic radiographs. SL consisted of a frontal lecture through a standardized presentation. CranioCatch model (Eskisehir, Turkey) was used as deep learning-based artificial intelligence model. One panoramic image was loaded to the application and anatomic landmarks were detected by teacher, students were asked to mark. AI recorded and scored students answers. A questionnaire study was conducted for the perception of students in terms of validity and reliability regarding assessment and evaluation for each methods. Results: 50 undergraduate students (26 female,24 male) answered 7questions, 5-point Likert type. The conformity to the normal distribution was evaluated with the Shapiro-Wilk test and the graphical approach (Normal Q-Q Plot). The values did not conform to the normal distribution. As a result of the reliability analysis performed for the measurement tool, the Cronbach’s Alpha coefficient was found 0.828. Wilcoxon Test was used to test the significance of the difference between each methods. There is a statistically significant difference between the mean values of evaluation measurements(p=0.014). AI was higher than the mean of evaluation measurement values compared to SL. Conclusion: AI models have performed very well in measurement and evaluation in oral radiology learning

Hiperkarbik Solunum Yetmezliğinde Noninvaziv Mekanik Ventilasyon Başarısızlığı ve Başarısızlığın Uzun Dönem Takip Sonuçları

Amaç: Akut solunum yetmezliğinde noninvaziv mekanik ventilasyon (NIMV) kullanımı önemli bir seçenek haline gelmiştir. Bu çalışmanın amacı hiperkarbik solunum yetmezliği (HSY)’nde NIMV başarısızlık sebepleri ve takip sonuçlarının değerlendirilmesidir.Gereç ve Yöntemler: Geriye dönük gözlemsel kohort çalışma üçüncü basamak göğüs hastalıkları hastanesinin yoğun bakım ünitesinde yapıldı. HSY ile NIMV başarısızlığı olan Ocak-Aralık 2016 arasındaki tüm hastalar çalışmaya alındı. Erken ve geç NIMV başarısızlığı olan gruplarda demografik özellikler, yoğun bakım verileri ve mortalite incelendi. Verilerin analizinde uygun istatistiksel test ve analizler kullanıldı.Bulgular: Çalışmaya alınan 218 hastanın büyük çoğunluğu (n=158, %72,5) kronik obstrüktif akciğer hastalığı idi. Olguların %56’sında erken dönem NIMV başarısızlığı görülmekteydi. En sık görülen başarısızlık nedenleri asidozun devam etmesi veya derinleşmesi ve parsiyel karbondioksit basıncında artış olmasıydı. Mortalite, yoğun bakımda %20, taburculuk sonrası 28 günde ise %9 olarak saptandı. NIMV başarısızlığını asidozun devam etmesinin 4,1 kat (%95 güven aralığı (GA) 1,711-9,882; p=0,002), hava yolunu koruyamamanın 10,4 kat (%95 GA 1,224-89,264; p=0,032), bilinç bulanıklığının ise 2,3 kat (%95 GA 1,023-5,295; p=0,044) artırdığı bulundu.Sonuç: Bu çalışmada olguların yarısında erken NIMV başarısızlığı görülmüş olup en sık başarısızlık sebeplerinin ise asidozun devam etmesi ve parsiyel karbondioksit basıncında artma olduğu bulundu. Yoğun bakım ve 28 günlük mortaliteler değerlendirildiğinde, NIMV başarısızlığı olan hastaların yoğun bakımdan taburcu olduktan sonra da yakın takip edilmesi gerektiği düşünülmektedir