Whole Genome microRNA Expression Data in Childhood Acute Lymphoblastic Leukemia and Evaluation of microRNA Pathways Using Fuzzy C-means

Objective: Hard clustering approaches may cause some of the relationships to be overlooked due to their nature of algorithms especially in genetic datasets. But hidden relationships can be revealed by fuzzy approaches. Purpose of this study was evaluating effect of microRNAs (miRNA) on children with acute lymphoblastic leukaemia (ALL) by using miRNA expression data obtained from bone marrow samples with sets containing different numbers of elements of fuzzy Cmeans (FCM). Material and Methods: miRNA expression levels of 43 newly diagnosed ALL patients and 14 healthy subjects were analysed via FCM. Clusters containing different numbers of miRNAs were evaluated, common properties in messenger RNA (mRNA) pathways were investigated and new pathways associated with ALL and cancer were described via miRNA target prediction tools. Results: Significant miRNA profile was compared to control cases. Only 46 out of 108 miRNAs were found to be significantly upregulated or downregulated. Of forty six miRNAs: 8 miRNAs were labelled as tumour suppressor (17.4%), 17 miRNAs were labelled as onco-miR (37.0%) and 21 miRNAs could not be labelled (45.6%) for hematological malignancy. Fourteen (%30.4) miRNAs were found to be apoptosis-related, 27 miRNAs were in leukemia-related (58.7%) and 15 labelled miRNAs were related with cancer pathways (32.6%). hsa-miR-181b, hsa-miR- 146a, hsa-miR-155, hsa-miR-181c-5p, hsa-miR-7-1-3p, hsa-miR-708- 5p onco-miRs constituted a set. These miRNAs targeted 801 common mRNAs (p0.05). When this sub-cluster was searched in the literature and miRNA target prediction tools system, it was found to be involved in cancer-related pathways except ALL. Conclusion: Hidden relationships can be defined by fuzzy approaches and those pathways may provide guidance to open up new horizons in the field of miRNA studies

Adipose Tissue Mesenchymal Stem Cells Exposed To Oxytocin and Sunitinib are Synergistically Dystrophic

Objective: Mesenchymal stem cells (MSCs) are also promising in immunosuppressed patients after organ and tissue transplantation, in addition to their current wide range of uses and research areas. Sunitinib is a receptor tyrosine kinase with immunosuppressive properties and its cytotoxic activity in different types of cells is known. Our study aimed to elucidate the effect of oxytocin on sunitinib-treated MSCs. Methods: For this purpose, commercially available rat adipose tissue-derived MSC (ADMSCs) was used. The individual or combinational effect of the active substances on viability was evaluated with WST-1, the effect on apoptosis Annexin V, the effect on oxidative stress markers MDA, CAT, GPX, and SOD ELISA tests. Results: The IC50 value of sunitinib was determined as 44.57 ?M at the 48th hour, and it was determined that oxytocin had no cytotoxic effect in doses up to 100 ?M. Treatment of the two agents in combination increased the cytotoxic effect of sunitinib. Oxytocin attenuated the effect of sunitinib on apoptosis and lipid peroxidation. Conclusion: It is important to investigate the efficacy of these two substances individually and in combination with ADMSCs with further experiments to evaluate the potential use of oxytocin in organ and tissue transplantations

INVESTIGATION OF URSODEOXYCHOLIC ACID EFFECTS ON SIROLIMUS TREATED ADIPOSE TISSUE-DERIVED MESENCHYMAL STEM CELLS

Objective The usage of mesenchymal stem cells (MSC) with immunosuppressive drugs after organ transplantation is becoming remarkable in clinical applications. However, the drugs negatively affect MSCs. Ursodeoxycholic acid (UDCA), which is an antioxidant molecule, may reverse these effects. The study aims that to determine the effects of sirolimus and UDCA on human adipose tissue-derived MSCs (ADMSCs) individually and in combination. Material and Method The cytotoxicity of the agents was evaluated by WST-1 test in time and dose-dependent manner. The combinational effects were determined using isobologram analysis. Muse cell analyzer was used for the evaluation of apoptosis and cell cycle. Oxidative stress markers were measured by biochemical methods. Results IC50 dose of sirolimus was determined as 18.58?M in the 48th hour. Because no cytotoxic effect was observed at the studied doses of UDCA, the apoptosis, cell cycle, and oxidative stress indicator analyses were continued with a safe dose of 100 ?M. Sirolimus promoted apoptosis and inhibited cell proliferation. It was determined that UDCA reduced the apoptotic and anti-proliferative effects of sirolimus on ADMSCs with its anti-oxidant property. Conclusion The UDCA treatment in combination with immunosuppressive therapy after organ and tissue transplantation may have positive effects on ADMSCs

Designing of the Primers and Probes for Real Time Polymerase Chain Reaction of Cytochrome B Gene Region in Leishmaniasis: A Pilot Study

Amaç: Bu çalışmada, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile parazitin sitokrom b gen bölgesi kullanılarak leishmaniasis etkeninin (Leishmania donovani, Leishmania major, Leishmania tropica ve Leishmania infantum) tür tayininin belirlenmesi için primer ve probların dizayn edilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazit Bankası’nda kriyoprezervasyonu yapılarak sıvı azot tankında saklanmış olan Leishmania suşları uygun koşullarda canlandırılarak besiyerlerine aktarılmış ve ticari kit ile DNA izolasyonları yapılmıştır. Elde edilen DNA’lara Leishmania’nın yeni tasarladığımız sitokrom b gen bölgesi primer ve prob adayları ve kontrol için daha önce kullandığımız internal transcribed spacer-1 gen bölgesine özgü tasarlanan primer ve problar kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu erime analizleri uygulanmıştır. Bulgular: Yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları ile Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica ve Leishmania infantum/donovani hibrit türlerinin genotiplendiği saptanmıştır. Sonuç: Yeni Dünya leishmaniasis etkenleri olan Leishmania brazilensis ve Leishmania amazonensis dışında, Eski Dünya leishmaniasis etkeni olan Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica ve Leishmania infantum/ donovani hibritinin yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları kullanılarak başarı- lı bir şekilde genotiplendirildiği görülmüştürObjective: in this study, it was aimed to design primers and probes to identify Leishmania species (Leishmania donovani, Leishmania major, Leishmania tropica and Leishmania infantum) through Real Time Polymerase Chain Reaction using the cytochrome b gene region. Method: the Leishmania strains, which have been cryopreserved and stored in liquid nitrogen in the Parasite Bank of Manisa Celal Bayar University, were transferred to culture media after being revived under the appropriate conditions and their DNA isolations were conducted using a commercial kit. Real Time Polymerase Chain Reaction melting analyses were conducted for the extracted DNA by utilizing both the candidate primers and probes of cytochrome b gene region, newly designed for Leishmania, and the primers and probes, designed for internal transcribed spacer-1 gene region we had previously used for control. Results: Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica and Leishmania infantum/donovani hybrid species were managed to be genotyped succesfully using the primers and probes of the newly designed cytochrome b gene region. Conclusion: It has been observed that Old World Leishmania species (Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica and Leishmania infantum/donovani hybrid), rather than New World Leishmania species (Leishmania brazilensis and Leishmania amazonensis), were successfully genotyped by the primers and probes of the newly designed cytochrome b gene region

Nadir paranazal sinüs kanserlerinde yeni tanımlanan reseptör tirozin kinaz mutasyonları ve potansiyel fonksiyonel etkileri

Amaç: Paranazal sinüs kanserleri oldukça nadir görülen heterojen bir hastalık grubudur. Maksiler sinüs skuamoz hücreli karsinomu, paranazal sinüs kanserlerinin anatomik ve histolojik olarak en yaygın alt tipidir. Bu kanserin genetik profiline dair bilginin sınırlı olması, hastaların hedefli tedavi seçeneklerinden yararlanamamasına neden olmaktadır. Çalışmamızda bu nadir kanserdeki reseptör tirozin kinaz mutasyonlarının tanımlanması ve mutasyonların olası fonksiyonel etkilerinin tahmin edilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu amaçla 30 olgunun tümörüne ait FFPE dokulardan DNA izolasyonu gerçekleştirildi, olguların mutasyon profili yeni nesil sekanslama yöntemi ve biyoinformatik değerlendirme ile belirlendi. Belirlenen patojenik/ olası patojenik varyantların fonksiyonel etkileri farklı in silico araçlar yardımıyla tahminlendi. Bulgular: Olgularının tamamında en az bir adet patojenik/olası patojenik KIT, PDFGRA ve RET mutasyonu belirlendi. KIT geninin katalitik bölgesindeki mutasyonların kinaz aktivitesini arttıracağı tahmin edildi. PDFGRA genindeki p.P567P ve p.D1074D mutasyonları, 30 olgunun tamamında ve SRA veritabanından elde edilen normal dokulara ait okumaların tümünde belirlendi. Sonuç: Reseptör tirozin kinaz mutasyonlarının paranazal sinüs kanserlerinde de önemli rol oynayabileceğinin belirlenmiş olması özellikle artmış kinaz aktivitesini hedefleyen tedavi yaklaşımlarını bu olguların erişimine sunma potansiyeli taşıması bakımından oldukça önemlidir

Prostat kanseri hücrelerinde MAP kinaz gen ekspresyonlarını yukarı doğru regüle eden disodyum pentaborat dekahidrat

Ege Üniversitesi, Tıp FakültesiAvrasya Üniversitesi, Fen - Edebiyat FakültesiPamukkale <üniversitesi, Tıp FakültesiCelal Bayar Üniversitesi, Tıp FakültesiObjectives: This study aims to investigate the expressions of MAP2K3, MAP3K7, and MAPK8 genes after disodium pentaborate decahydrate (DPD) treatment in DU-145 cells. Materials and methods: Effect of DPD treatment on expressions of MAP2K3, MAP3K7, and MAPK8 genes were determined by qRT-PCR. Results: We determined that disodium pentaborate decahydrate treatment increased the expressions of MAP2K3, MAP3K7, and MAPK8 genes in terms of mRNA levels. Conclusion: The reason of increased apoptosis might be associated with high expression levels of MAP2K3, MAP3K7, and MAPK8 genes after DPD treatment. Our novel findings suggest that DPD may be an important agent in the treatment of prostate cancer by inducing apoptosis against mitogenic and environmental stress.Amaç: Bu çalışmada DU-145 hücrelerinde disodyum pentaborat dekahidrat (DPD) uygulamasının ardından MAP2K3, MAP3K7 ve MAPK8 genlerinin ekspresyonları araştırıldı. Gereç ve yöntemler: Disodyum pentaborat dekahidrat uygulamasının MAP2K3, MAP3K7 ve MAPK8 genlerinin ekspresyonlarına olan etkisi qRT-PCR ile belirlendi. Bulgular: Disodyum pentaborat dekahidrat uygulamasının MAP2K3, MAP3K7 ve MAPK8 genlerinin mRNA seviyelerini artırdığı belirlendi. Sonuç: Apoptoz artışının, MAP2K3, MAP3K7 ve MAPK8 genlerinin DPD uygulaması sonrasında yükselen ekspresyon seviyelerine bağlı olarak gerçekleştiği düşünülmektedir. Güncel bulgularımız DPD’nin prostat kanseri tedavisinde mitojenik ve çevresel strese karşı apoptoza neden olan önemli bir etken olabileceğini öngörmektedir

Ponatinib ve Türkiye’de yetişen bazı endemik bitki ekstrelerinin kombinasyonlarının meme kanseri hücreleri üzerindeki etkileri

Amaç: Meme kanseri, dünya genelinde kadınlarda en yaygın gözlenen malignansidir. Bu nedenle mevcut tedavilerin eksiklerini giderebilecek yeni stratejilerin tanımlanmasına ihtiyaç vardır. Çalışmamızda meme kanseri hücrelerinin hedeflenmesinde kullanılabilecek yeni bitkisel kombinasyon terapileri tanımlamayı hedefledik. Bu amaçla, Centaurea calolepis (CCİ), Origanum sipyleum (OSM) ve Phlomis lycia (PLİ) bitki ekstrelerinin ponatinib ile kombinasyonlarının MCF-7 hücreleri üzerindeki sitotoksik, apoptotik, anti-proliferatif ve hücre döngüsü üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: MCF-7 hücrelerinde OSM, CCİ, PLİ ve ponatinibin sitotoksik etkileri xCELLigence ile gerçek-zamanlı olarak ölçüldü. Ponatinib ile CCİ (p-CCİ), OSM (p-OSM), PLİ (p-PLİ) kombinasyonlarının analizleri için medyan-etki denklemini kullanıldı. Apoptoz, proliferasyon, hücre döngüsü düzenlenmesi akım sitometride değerlendirildi. Bulgular: MCF-7 hücrelerinde CCİ, OSM ve PLİ ekstrelerinin IC50 dozları sırasıyla 48. saatte 59,5, 57, 44,2 ?g/ml ve 72. saatte 51,6, 54,21, 42,52 ?g/ml olarak hesaplandı. Kombinasyon analizi sonuçlarına göre 48. saatte p-CCİ additif, p-OSM ve p-PLİ ılımlı sinerjistik etki sergilemekteydi. Ponatinib ile indüklenen apoptozun, CCİ ve PLİ kombinasyonlarıyla anlamlı düzeyde arttığı belirlendi. CCİ ve PLİ uygulamaları MCF-7 hücreleri üzerinde ılımlı düzeyde anti-proliferatif etki sergilerken, proliferasyonu en belirgin düzeyde OSM ekstresinin baskıladığı saptandı. Proliferasyon sonuçları ile uyumlu olarak, en yüksek G0/G1 tutulumu OSM uygulaması ile gözlendi. Kombine p-CCİ ve p-PLİ uygulamalarının ponatinibin anti-proliferatif etkisini anlamlı düzeyde arttırdıkları ve daha yüksek düzeyde G0/G1 birikimine neden oldukları ortaya koyuldu. Sonuç: Ponatinib ile CCİ, OSM, PLİ bitki ekstrelerinin kombinasyonları apoptozu indükleyerek, proliferasyonu baskılayarak ve hücre döngüsünün durdurarak meme kanserinde anti-kanser aktivitesi sergiledi. Belirlenen yüksek anti-kanser etkilerinin ışığında, Türkiye’de yetişen bu endemik bitki ekstreleri meme kanseri tedavisinde potansiyel strateji temsil edebilir

Role of Autophagy in Breast Cancer Development and Progression: Opposite Sides of the Same Coin

The term "autophagy", which means "self (auto) - eating (phagy)", describes a catabolic process that is evolutionarially conserved among all eukaryotes. Although autophagy is mainly accepted as a cell survival mechanism, it also modulates the process known as "type II cell death". AKT/mTOR pathway is an upstream activator of autophagy and it is tightly regulated by the ATG (autophagy-related genes) signaling cascade. In addition, wide ranging cell signaling pathways and non-coding RNAs played essential roles in the control of autophagy. Autophagy is closely related to pathological processes such as neurodegenerative diseases and cancer as well as physiological conditions. After the Nobel Prize in Physiology or Medicine 2016 was awarded to Yoshinori Ohsumi "for his discoveries of mechanisms for autophagy", there was an explosion in the field of autophagy and molecular biologists started to pay considerable attention to the mechanistic insights related to autophagy in different diseases. Since autophagy behaved dualistically, both as a cell death and a cell survival mechanism, it opened new horizons for a deeper -analysis of cell type and context dependent behavior of autophagy in different types of cancers. There are numerous studies showing that the induction of autophagy mechanism will promote survival of cancer cells. Since autophagy is mainly a mechanism to keep the cells alive, it may protect breast cancer cells against stress conditions such as starvation and hypoxia. For these reasons, autophagy was noted to be instrumental in metastasis and drug resistance. In this chapter we have emphasized on role of role of autophagy in breast cancer. Additionally we have partitioned this chapter into exciting role of microRNAs in modulation of autophagy in breast cancer. We have also comprehensively summarized how TRAIL-mediated signaling and autophagy operated in breast cancer cells

Ponatinib targets breast cancer cells by regulating miRNA expressions

Bu çalışma, 30 Ağustos - 4 Eylül 2014 tarihleri arasında Paris[Fransa]'de düzenlenen 39th Congress of the Federation of European Biochemical Societies (FEBS) EMBO 2014 Conference'de ve 28-31 Ekim 2021 tarihlerinde düzenlenen XVII. Tıbbi Biyoloji ve Genetik Kongresi’nde bildiri olarak sunulmuştur.Meme kanseri kadınlarda en yaygın gözlenen kanser türüdür. Mevcut tedavilerin düşük seçicilik ya da zamanla oluşan ilaç direnci gibi eksiklerini giderebilecek yeni stratejilerin belirlenmesine ihtiyaç vardır. Çalışmamızda, çoklu hedefli bir tirozin kinaz inhibitörü olan ponatinibin meme kanseri hücreleri üzerindeki anti-kanser etkisini değerlendirmeyi ve ponatinib yanıtında yer alan miRNA'ların biyoinformatik yaklaşım ile sinyal yolaklarındaki potansiyel işlevini tanımlamayı hedefledik. Bu amaçla, MCF-7 hücrelerinde ponatinibin sitotoksik etkileri xCELLigence ile gerçek-zamanlı olarak belirlendi. Ponatinib uygulaması sonrasında apoptoz, proliferasyon hızı, hücre döngüsündeki değişimler akım sitometriyle, miRNA'ların ifadelerindeki düzenlenmeler qRT-PCR ile değerlendirildi. İfadelerinde anlamlı değişim belirlenen miRNA’ların ilişkili olduğu olası mRNA’lar ve sinyal yolakları KEGG yolak analizi ile tanımlandı. Ponatinibin MCF-7 hücreleri üzerinde sitotoksik etkiye sahip olduğu (IC50: 4,59 μM) belirlendi. Ponatinib uygulaması ile MCF-7 hücrelerinde anlamlı olarak apoptozun indüklen- diği, proliferasyonun baskılandığı ve hücre döngüsünün G0 /G1, S evrelerinde durakladığı belirlendi. Ayrıca, let-7a-5p, miR-29a-3p, miR-7-5p, miR-125b-5p, miR-212-3p ifadelerinde artış (p<0,05), miR-210-3p, miR-19b-3p, miR-140-5p, miR-181b-5p, miR-155-5p, miR-223-3p, miR-141-3p, miR-21-5p ifadelerinde azalma olduğu (p<0,05), miR-19a-3p ifadesinin ise tamamen baskılandığı belirlendi. Biyoinformatik analizler ile, ifadesi değişen miRNA’ların kanserde proteoglikanlar, Hippo, p53, TGF-beta, kanser-ilişkili, PI3K-Akt, prolaktin, hücre döngüsü, östrojen, mTOR sinyal yolakları ile ilişkili olduğu ortaya koyuldu. Ponatinib uygulaması meme kanseri hücrelerinde apoptozu indükleyerek, proliferasyonu baskılayarak ve hücre döngüsünü durdurarak güçlü anti-kanser aktivite sergilemiştir. Ponatinibin belirlenen anti-kanser etkilerinde miRNA’ların rolleri olabileceği gösterilmiştir. Olası miRNA-mRNA etkileşimleri ile meme kanserindeki hedef sinyal yolaklarının tanımlanması ışığında, ponatinibin tek başına veya diğer tedavilerle kombinasyon halinde meme kanseri tedavisi için potansiyel bir strateji olabileceği görüşündeyiz.Breast cancer is the most common cancer in women. There is a need to identify novel strategies that can overcome the failure of existing treatments, such as low selectivity or drug-resistance. In our study, we aimed to evaluate the anti-cancer effect of ponatinib, a multi-targeted tyrosine kinase inhibitor, on breast cancer cells and to define the potential function of miRNAs involved in the ponatinib response in signa ling pathways with bioinformatics analysis. For this purpose, the cytotoxic effects of ponatinib on MCF-7 cells were measured in real-time by xCELLigence. After ponatinib treatment, changes in apoptosis, proliferation, cell-cycle regulation were evaluated by flow cytometry, and the regulations of miRNAs were evaluated by qRT-PCR. mRNAs and signaling pathways interacted with miRNAs that significantly changed were predicted by KEGG pathway analysis. It was determined that ponatinib had a cytotoxic effect (IC50: 4.59 μM) on MCF -7 cells. After ponatinib treatment, it was determined that apoptosis was induced, proliferation was suppressed and the cell -cycle was arrested at the G0/G1 and S phases significantly in MCF-7 cells. Ponatinib up-regulated let-7a-5p, miR-29a-3p, miR-7-5p, miR-125b-5p, miR-212-3p expressions (p<0,05). Following the ponatinib exposure, miR-210-3p, miR-19b-3p, miR-140-5p, miR-181b-5p, miR-155-5p, miR-223-3p, miR-141-3p, miR-21-5p were down-regulated (p<0,05) while the expression of miR-19a-3p was completely suppressed. Bioinformatics analyzes revealed that ponatinib-regulated miRNAs are associated with proteoglycans in cancers, Hippo, p53, TGF-beta, cancer-related, PI3K-Akt, prolactin, cell-cycle, estrogen, mTOR signaling pathways. Ponatinib treatment exhibited potent anti-cancer activity by inducing apoptosis, suppressing proliferation and blocking the cell-cycle progression in breast cancer cells. It has been shown that miRNAs play roles in the anti -cancer efficiency of ponatinib. In light of the identification of target signaling pathways based on the predicted miRNA-mRNA interactions, we believe that ponatinib alone or in combination with other treatments may be a potential strategy for the treatment of breast cancer