A Solve-RD ClinVar-based reanalysis of 1522 index cases from ERN-ITHACA reveals common pitfalls and misinterpretations in exome sequencing

Purpose Within the Solve-RD project (https://solve-rd.eu/), the European Reference Network for Intellectual disability, TeleHealth, Autism and Congenital Anomalies aimed to investigate whether a reanalysis of exomes from unsolved cases based on ClinVar annotations could establish additional diagnoses. We present the results of the “ClinVar low-hanging fruit” reanalysis, reasons for the failure of previous analyses, and lessons learned. Methods Data from the first 3576 exomes (1522 probands and 2054 relatives) collected from European Reference Network for Intellectual disability, TeleHealth, Autism and Congenital Anomalies was reanalyzed by the Solve-RD consortium by evaluating for the presence of single-nucleotide variant, and small insertions and deletions already reported as (likely) pathogenic in ClinVar. Variants were filtered according to frequency, genotype, and mode of inheritance and reinterpreted. Results We identified causal variants in 59 cases (3.9%), 50 of them also raised by other approaches and 9 leading to new diagnoses, highlighting interpretation challenges: variants in genes not known to be involved in human disease at the time of the first analysis, misleading genotypes, or variants undetected by local pipelines (variants in off-target regions, low quality filters, low allelic balance, or high frequency). Conclusion The “ClinVar low-hanging fruit” analysis represents an effective, fast, and easy approach to recover causal variants from exome sequencing data, herewith contributing to the reduction of the diagnostic deadlock

Evaluation et validation d'un questionnaire de qualité de vie des patients déficients visuels (le bilan 13-30)

MONTPELLIER-BU Médecine UPM (341722108) / SudocMONTPELLIER-BU Médecine (341722104) / SudocSudocFranceF

[Validation of the 13–30 ARAMAV assessment, a new quality of life and autonomy questionnaire adapted to visually impaired patients]

International audiencePurpose: To evaluate the ARAMAV 13-30 questionnaire, a new autonomy and quality of life questionnaire developed for visually impaired patients.Methods: We carried out a single-center prospective study at the ARAMAV institute in collaboration with the University Hospital of Nîmes. The patients included were admitted for low vision rehabilitation. Each patient received an occupational therapy assessment, the Short Forms 36 (SF36) quality of life questionnaire and the ARAMAV 13-30 questionnaire at the start and at the end of rehabilitation. We verified the reproducibility, the sensitivity to change, and internal and external consistency of the questionnaire.Results: We included 231 patients over a period of 4 years. All the patients were blind or visually impaired. We observed excellent intra- and interuser reproducibility of the questionnaire, with a Lin coefficient>0.9 (0.99 and 0.91, respectively). By comparing the variations of the different scores between before and after low vision rehabilitation, we observed excellent sensitivity to change for both the autonomy and quality of life portions of the questionnaire. Finally, we observed excellent internal and external consistency.Conclusion: We therefore propose the ARAMAV 13-30 questionnaire as a new tool in evaluating autonomy and quality of life specifically in visually impaired patients, which may also be used to assess the effect of low vision rehabilitation.Objectif : Évaluer le bilan 13–30 ARAMAV, un nouveau questionnaire d’autonomie et de qualité de vie développé pour les patients en situation de handicap visuel.Méthodes :Nous avons réalisé une étude prospective monocentrique à l’institut ARAMAV en collaboration avec le CHU de Nîmes. Les patients inclus étaient hospitalisés pour une rééducation basse vision. Chaque patient a bénéficié d’un bilan d’ergothérapie, du questionnaire de qualité de vie Short Forms 36 (SF36) et du bilan 13–30 ARAMAV au début et en fin de rééducation. Nous avons vérifié la reproductibilité, la sensibilité au changement ainsi que la cohérence interne et externe du questionnaire.Résultats : Nous avons inclus 231 patients sur une durée de 4 ans. Les patients présentaient tous un état de cécité ou de malvoyance. Nous avons retrouvé une excellente reproductibilité intra- et interutilisateur du questionnaire avec un coefficient de Lin > 0,9 (respectivement 0,99 et 0,91). En comparant les variations des différents scores entre avant et après rééducation, nous avons retrouvé une excellente sensibilité au changement pour la partie autonomie et pour la partie qualité de vie du questionnaire. Enfin, nous avons retrouvé une très bonne cohérence interne et externe.Conclusion :Nous proposons donc le bilan 13–30 ARAMAV comme un nouvel outil d’évaluation de l’autonomie et de la qualité de vie spécifiquement destiné au sujet déficient visuel et pouvant être utilisé pour évaluer l’impact d’une rééducation basse vision

Infrared laser stimulation of retinal and vestibular neurons

International audienceThe study of laser-neuron interaction has gained interest over the last few years not only for understanding of fundamental mechanisms but also for medical applications such as prosthesis because of the non-invasive characteristic of the laser stimulation. Several authors have shown that near infrared lasers are able to stimulate neurons. It is suggested that a thermal gradient induced by the absorption of the laser radiation on cells is the primary effect but the exact mechanism remains unclear. We show in this work that infrared laser radiations provide a possible way for stimulating retinal and vestibular ganglion cells. We describe relevant physical characteristics allowing safe and reproducible neuron stimulations by single infrared pulses. Calcium fluorescence imaging and electrophysiological recordings have been used to measure ionic exchanges at the neuron membrane. The stimulation system is based on a pulsed laser diode beam of a few mW. Effects of three different wavelengths (from 1470 to 1875 nm) and stimulation durations have been investigated. Variations of the stimulation energy thresholds suggest that the main physical parameter is the water optical absorption. Measurements of the temperature at the cell membrane show that a constant temperature rise is required to stimulate neurons, suggesting a photothermal process

Laser driven optical prosthesis (LASDOP) -Pluridisciplinary project for the development of a retina stimulation

International audienceThis paper presents a pluridisciplinary project, aiming to develop a retinal stimulation, which results of the meeting of researchers from various backgrounds (ophthalmologists, biologists, physicists, re-educators …). The keynote of the project is the conception of a model known as artificial vision, which we prefer to refer as retina nerve stimulator to give patients a new vision capability. We decided to develop a epi-retinal stimulation, since this choice could benefit to patients suffering from photoreceptor diseases such as Age Related Macular Degeneration (ARMD) or retinitis pigmentosa (RP). In France, it is estimated that 60000 blind people are concerned. The recovery of a deficient visual function would consist at first glance to restore preferentially the central visual acuity. In fact, clinical blindness studies show that the first need of such patients is the recovery of the peripheral visual field in order to recover some mobility autonomy.The effort of all the pluridisciplinary research teams involved in the project would allow to fully validate the stimulation technique and would allow to start a second step dealing with the encoding of pertinent information from image sequences and the study of related phosphene mechanisms

Cohorte française de 41 patients porteurs d’une délétion 2q37

International audienceLe locus 2q37 est l’une des régions subtélomériques les plus fréquemment délétées, pouvant être à l’origine du syndrome microdélétionnel 2q37, aussi appelé syndrome d’Ostéodystrophie Héréditaire d’Albright-like (AHO-like) ou syndrome retard mental-brachydactylie (BDMR) (MIM 60043), d’expression clinique variable. Suite à un appel à collaboration nationale, 41 patients porteurs d’une délétion 2q37 isolée ont été recensés. Tous les diagnostics ont été posés par l’analyse chromosomique sur puces à ADN, et confirmés par FISH avec une sonde locus-spécifique 2q37. Les délétions sont de taille variable, de 14kb intragénique DIS3L2 à 9.6 Mb. La majorité des cas est non héritée, de probable survenue de novo. Cette cohorte, pédiatrique et adulte, permet de confirmer la variabilité phénotypique et d’affiner le phénotype post-natal (1 seul cas prénatal). Les deux signes principaux mais inconstants sont les difficultés légères à modérées des apprentissages associées à des troubles comportementaux notamment des difficultés attentionnelles, et la brachydactylie. La morphologie faciale typique précédemment rapportée est fréquente également dans notre cohorte. L’obésité (6/26), le surpoids (3/26), la petite taille (2/29) sont absents dans plus de 70% des cas. L’épilepsie est décrite dans 15% des cas. Les malformations sont le plus souvent cardiaques et rénales, de bon pronostic. D’autres particularités cliniques ont été soulignées (notamment malformations cérébrales non spécifiques, troubles du transit, trouble du sommeil, troubles squelettiques et hyperlaxité). Il s’agit de la plus grosse cohorte de patients non publiés (28/41) décrite à ce jour

L’Imaginaire du temps dans le fantastique et la science-fiction

Le Temps semble a priori irréversible et l’homme n’accepte que difficilement l’effondrement des possibilités de l’avenir dans la fixité du passé. La science s’est emparée de cette problématique puissante dès les années trente à partir de la théorie de la relativité généralisée d’Albert Einstein. Mais bien avant l’apparition de la physique quantique et d’hypothétiques déplacements dans le temps ou dans des mondes parallèles, les littératures de l’imaginaire que sont la science-fiction et le fantastique ont parcouru le temps. Cet imaginaire, exploré de façon complémentaire par le cinéma, est une machine à voyager virtuellement dans des histoires de temps. La science-fiction expérimente le temps en tant que concept : elle le manipule en tout sens pour briser son irréversibilité et tenter d’agir sur des destinées collectives ou individuelles. La temporalité fantastique est marquée par une obsession anxiogène et toxique du temps passé. Le mythe puise ses racines dans un temps immémorial, cyclique. Symbole de la créativité des littératures et du cinéma de l’imaginaire, le temps est au coeur de l’individu, de sa subjectivité, de sa mémoire et de son rapport au monde physique

Le site de référence du Partenariat européen d’innovation pour un vieillissement actif et en bonne santé MACVIA-LR (contre les maladies chroniques pour un vieillissement en bonne santé en Languedoc-Roussillon)

International audienceLe site de référence du Partenariat européen d'innovation pour un vieillissement actif et en bonne santé MACVIA-LR (contre les maladies chroniques pour un vieillissement en bonne santé en Languedoc-Roussillon