An Overview of Leishmaniasis: Historic to Future Perspectives

Human leishmaniasis is a major public health problem with a wide clinical spectrum. Despite there is an epidemiological diversity of the disease, cases mostly occur in the developing countries around the subtropical region, and the incidence is significantly rising. The disease is usually classified into three groups: cutaneous leishmaniasis, mucosal leishmaniasis, and visceral leishmaniasis. But to ensure their survival in different conditions, Leishmania spp. have developed many adaptation mechanisms and can be seen in different clinical forms as well. Herein, an overview of the characteristics of the disease and the parasite, interactions with the host, clinical aspects, and latest developments in the diagnosis and treatment is presented

Sleeping Disorders and Anxiety in Academicians: A Comparative Analysis

Objective: This study aims to examine the relationship between anxiety and sleep disorders and also to investigate the frequency of sleep disorders those with anxiety disorders among academicians who is a limited study group. Materials and Methods: Two hundred and fifty academicians from different faculties across our campus participated in the study with a gender distribution of 47% males and 53% females. The study was conducted by a combined questionnaire which has four sections about (i) demographic information, (ii) sleep stages and sleep quality screening, (iii) scaling of sleep disorders and (iv) scale of anxiety. Results: Anxiety in female and male participants was found to be 59% and 41% respectively. The total score of anxiety scale was positively correlated (r=0.168, p0.05) with the total score of sleep quality. 51% of study group has insomnia which was found to be the most common sleep disorder whereas nightmare is the most prevalent sleep disorder for people who have anxiety problem. Conclusion: Our findings are evidence that sleep disorders and anxiety in academicians are interrelated and academicians should be in a more stress-free working environment in order to increase efficiency

Identification of CTX-M type Extended Spectrum ?-Lactamase Genes in Escherischia coli and Klebsiella pneumoniae Isolates by PCR, PCR-RFLP, DNA Sequencing methods and determination of clonal relation between these strains by PFGE method.

TEZ9228Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2011.Kaynakça (s. 83-103) var.xiv, 104 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm.CTX-M tipi GSBL üreten E.coli ve K.pneumoniae suşları tüm dünyada giderek artan prevalans oranları ile gerek toplum kökenli gerekse hastane kökenli enfeksiyonlarda tedavi başarısızlıklarının önemli bir sebebi haline gelmiştir. Alternatif tedavi seçeneklerinin başarısızlıkları ile çoklu ilaç dirençli hale gelen CTX-M tipi GSBL üreten suşların kontrolünde, en önemli alternatif klonal düzeyde etkin sürveyanstır. Ülkemizde CTX-M tipi Geniş Spektrumlu ?-laktamaz enzimi üreten E.coli ve K. pneumoniae türlerinin varlığı sınırlı sayıda çalışma ile gösterilmiştir. Ancak bölgemizde GSBL üreten suşların varlığı bilinmekle beraber CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşlar ve görülen subtipler hakkında bilgi mevcut değildir. Bu çalışmada hastanemizin Merkez Laboratuarında, hastane ve toplum kökenli enfeksiyonlara ait klinik materyallerden izole edilen, G.S.B.L. üreten E.coli ve K. pneumoniae suşları arasında, moleküler epidemiyolojik yöntemlerle, CTX-M tipi beta laktamaz üreten suşların prevalansının, enzim tiplerinin ve bu suşlar arasındaki muhtemel klonal ilişkinin belirlenmesi amaçlandı. Çalışma sonunda; PCR yöntemi ile CTX-M tipi enzimleri, G.S.B.L. üreten E. coli izolatları arasında %87,31 (69/79), K. pneumoniae izolatları arasında da %88,88 (24/27) oranında belirlendi. Ayrıca Grup Spesifik PCR, PCR-RFLP ve Dizi Analizi çalışmalarıyla suşlarımızın % 94.6 (88/94)’sının CTX-M-1 grubu/CTX-M-15 alttipi enzim üreten suşlar olduğu, kalan 5 (%5.3) suşun da CTX-M-9 grubu/CTX-M-14 alt tipi enzim üreten suşlar oldukları belirlendi. İzolatlarımız arasındaki muhtemel klonal ilişkinin tespiti amacıyla kullandığımız PFGE yöntemi CTX-M tipi enzim üreten suşlar arasında klonal bir ilişkinin bulunmadığını gösterdi.CTX-M type ESBL producer E.coli and K.pneumoniae strains have become an important cause of treatment failures both in nosocomial and community acquired infections with increasing prevelance ratios all over the world. In control of CTX-M type ESBL producer strains which became multi drug resistant because of failure of alternative treatment options, the most important option is effective surveillance in clonal level. The presence of CTX-M type ESBL producing E.coli and K.pneumoniae species has been shown by limited number of studies in our country. Although the presence of ESBL producing strains is known in our region, there is no data regarding the CTX-M type ESBL producing strains and their subtypes observed. Aim of this study was to investigate the prevelance of CTX-M type ESBL producing strains, types of enzymes and probable clonal relation between these strains isolated from clinical material belonging to both nosocomial and community acquired infections at the central laboratory of our hospital. At the end of the study; CTX-M type enzymes among ESBL producing E.coli isolates have been identified at a ratio of 87,31% (69/79) and 88,88% (24/27) between K.pneumoniae isolates with PCR method. Moreover, group specific PCR, PCR-RFLP and DNA Sequencing assays showed that 94.6% (88/94) of our strains are CTX-M-1 group/CTX-M-15 subtype enzyme producers and the other 5 (5.3%) are CTX-M-9 group/CTX-M-14 subtype enzyme producers. PFGE method which we used to identify clonal relations among our isolates demonstrated that there is no serious clonal dissemination between our strains.Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TF2010YL2

Short-term/long-term Acinetobacter baumannii outbreak in burn unit

Çalışmanın hedefi hastanemiz yanık ünitesinde görülen Acinetobacter baumannii salgınının kaynağının, mekanizmasının ve kontrol stratejisinin başarısının irdelenmesidir. Aynı birimdeki bir önceki salgında bir klinik örnekten izole edilen ve “indeks suş” olarak adlandırılan 3 yıllık suşa ek olarak yanık ünitesinde çevresel örneklerden izole edilen karbapenemlere dirençli 11 A.baumannii suşu çalışmaya alınmıştır. İzolatlar fenotipik olarak tanı konduktan sonra OXA tipi beta-laktamaz genlerinin tanımlanması için tip-spesifik-multipleks-PCR yöntemi ile çalışılmıştır. Suşlar arasındaki klonal ilişkiler PFGE yöntemi ile araştırılmıştır. İndeks suş da dahil bütün izolatlar karbapenem dirençli bulunmuştur. blaOXA-51-like geni bütün izolatlarda tespit edilirken 3 suşta blaOXA-51-like genine ek olarak blaOXA-24-like geni de tespit edilmiştir. PFGE çalışması sonunda izolatlar 2 yakın ilişkili alt-grub içerisinde yer almıştır ve indeks suşun da en kalabalık grubla % 100 ilişkili olduğu görülmüştür. Bu çalışma özellikle karbapenem dirençli A.baumannii suşlarının kolonizasyonu ile sonuçlanan başarısız bir dezenfeksiyon işlemi örneğini göstermiştir. Karbapenem direnci açısından ülkemizdeki antibiyotik kullanım politikalarının tekrardan gözden geçirilmesi gerektiği, dezenfeksiyon açısından ise yeni yöntemlerin geliştirilmesinin yararlı olacağı düşünülmüştür.The aim of the study was to examine the source, mechanism and success of control strategy of an Acinetobacter bau - mannii outbreak seen at burn unit of our hospital. Furthermore mechanism of transmisson of resistance genes among A.bau - mannii strains were examined in addition to phenotypical/genotypical investigation of resistance. Eleven carbapenem resistant A.baumannii strains which were isolated from the environmental samples of the burn unit in addition to the 3 years old stra - in named as “index strain” isolated from a clinical sample from a previous outbreak of the same unit were included in the study. After phenotypical identification of isolates a type-specific-multiplex-PCR method was used to determine the genes of OXA type beta-lactamases (blaOXA). Clonal relations between strains were investigated by PFGE method. All of the isolates including the index strain were found to be carbapenem resistant. While all of the isolates had the blaOXA-51-like gene, 3 of strains there were blaOXA-24-like gene in addition to blaOXA-51-like gene. At the end of PFGE, isolates were placed in 2 closely-related sub-groups and the index strain was seen to be 100 % related with the most membered cluster. This study demonstrates an unsuccesfull model of disinfection process resulting with colonization of carbapenem resistant A.baumannii strains in a burn unit. We tought that reconsideration of antibiotic usage policies in terms of carbapenem resistance and development of new methods in terms of disinfection could be useful

Türkiye’nin güneyinde gıda ve insan örneklerinden toplanan Enterokok izolatlarının vankomisin direnci ve virülans faktörleri arasındaki ilişki

Bu çalışmanın amaçları, Türkiye’nin güneyinde gıda kaynaklı 51 adet Enterococcus spp. ile insan kaynaklı 50 adet Enterococcus faecium izolatlarının potansiyel virülans faktörlerinin, vankomisin direnç özelliklerinin prevalansının belirlenmesi ve vankomisin direnci ile virülans faktörler arasında muhtemel ilişkinin değerlendirilmesidir. İzolatlarının identifikasyonu Vitek-II sistemiyle, antimikrobiyel direnç testleri Vitek-II sistemi ve disk difüzyon metodlarıyla çalışıldı. vanA ve vanB ile sitolizin (cylA), agregasyon faktörü (asa1), jelatinaz (gelE), entrokok yüzey proteini (esp), hiyolüronidaz (hyl), genlerinden oluşan enterokokal virülans genler Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) metoduyla, hemolizin üretimi fenotipik yöntemle çalışıldı. Bir izolat dışında, gıda izolatlarının hiçbiri vankomisine dirençli değildi ve hiçbiri vanA ve vanB geni taşımamaktaydı. Klinik izolatların tümü vankomisine dirençliydi ve bu izolatların %84’ü vanA, %2’si vanB genlerini taşımakta; %14’ü vanA ve vanB genlerini taşımamaktaydı. cylA geni dışındaki test edilen diğer virülans genler ve vankomisin direnci, klinik izolatlarda daha yüksekti ve çoklu virülans genler ile vankomisin direnci arasında pozitif bir korelasyon gözlendi. Tüm izolatlar arasında esp gen pozitifliği ile vankomisin direnci, E. faecium türlerinde ise esp, hyl gen pozitiflikleri ile vankomisin direnci arasında pozitif bir korelasyon olduğu görüldü. Ayrıca, iki gıda ve bir intestinal enterokok suşunda ‘’sessiz cylA geni’’ bulundu. Bulgularımıza göre, virülans faktörler vankomisin direncine paralel olarak artabilir ve gıda kaynaklı enterokoklar gelE, asa1, hyl virülans genlerinin yayılmasında potansiyel kaynak olabilir. Sonuç olarak, gıda kaynaklı enterokoklarda esp ve hyl gen varlığı dikkatle izlenmelidir.The aims of this research were to study the prevalence of potential virulence factors, vancomycin resistance and also to evaluate a possible correlation that can exist between vancomycin resistance and potential virulence factors between 51 Enterococcus spp. isolated from food and 50 Enterococcus faecium strains from human in southern Turkey. Identification of the isolates was determined by Vitek-II system. Antimicrobial susceptibility tests were performed by Vitek-II system and disc diffusion method. The presence of vanA and vanB as well as enterococcal virulence genes of cytolysin (cylA), the aggregation substance (asa1), gelatinase (gelE), enterococal surface protein (esp), hyaluronidase (hyl) were investigated by Polymerase Chain Reaction (PCR) method. Haemolysin production was also studied phenotypic method. Apart from one isolate, none of the food originated enterococci were resistant to vancomycin, and none carried vanA and vanB resistance genes. All clinical isolates were resistant to vancomycin and 84% of them carried vanA; 2%, vanB; and 14%, neither vanA nor vanB genes. Except for the cylA gene, all other virulence genes and vancomycin resistance were higher in human strains, and a positive correlation was observed between multivirulence genes and hemolytic activity. For all strains, a positive correlation existed between the esp gene positivity and vancomycin resistance, while for only E. faecium, esp, hyl gene positivity and vancomycin resistance a positive correlation could be seen. Furthermore, “silent cylA” genes were found in two food and one intestinal strains. Based on our findings, we can suggest that virulence increases in parallel to vancomycin resistance, and food may be a potential source for dissemination of gelE, asa1 and hyl virulence genes. Finally, esp and hyl genes presence should carefully be monitored in food originated enterococci