Mitochondrial genomic landscape: A portrait of the mitochondrial genome 40 years after the first complete sequence

open3noNotwithstanding the initial claims of general conservation, mitochondrial genomes are a largely heterogeneous set of organellar chromosomes which displays a bewildering diversity in terms of structure, architecture, gene content, and functionality. The mitochondrial genome is typically described as a single chromosome, yet many examples of multipartite genomes have been found (for example, among sponges and diplonemeans); the mitochondrial genome is typically depicted as circular, yet many linear genomes are known (for example, among jellyfish, alveolates, and apicomplexans); the chromosome is normally said to be “small”, yet there is a huge variation between the smallest and the largest known genomes (found, for example, in ctenophores and vascular plants, respectively); even the gene content is highly unconserved, ranging from the 13 oxidative phosphorylation-related enzymatic subunits encoded by animal mitochondria to the wider set of mitochondrial genes found in jakobids. In the present paper, we compile and describe a large database of 27,873 mitochondrial genomes currently available in GenBank, encompassing the whole eukaryotic domain. We discuss the major features of mitochondrial molecular diversity, with special reference to nucleotide composition and compositional biases; moreover, the database is made publicly available for future analyses on the MoZoo Lab GitHub page.openFormaggioni A.; Luchetti A.; Plazzi F.Formaggioni A.; Luchetti A.; Plazzi F

Milk coagulation properties and methods of detection

ABSTRACT: One of the most crucial steps in cheesemaking is the coagulation process, and knowledge of the parameters involved in the clotting process plays an important technological role in the dairy industry. Milk of different ruminant species vary in terms of their coagulation capacities because they are influenced by the milk composition and mainly by the milk protein genetic variants. The milk coagulation capacity can be measured by means of mechanical and/or optical devices, such as Lactodynamographic Analysis and Near-Infrared and Mid-Infrared Spectroscopy

Relazioni fra dimensione allevamento, produzione, caratteristiche chimico-fisiche e proprietà igienico-sanitarie del latte per la trasformazione in Parmigiano Reggiano

L’obiettivo della ricerca è stato confrontare i principali parametri qualitativi del latte, utilizzati nel sistema pagamento a qualità, nell’ambito di stalle con vacche a differente produttività. La ricerca è stata condotta su 4.996 campioni di latte di singolo allevamento, provenienti da 150 aziende situate in provincia di Reggio Emilia, appartenenti al comprensorio di produzione del Parmigiano Reggiano. I prelievi sono stati effettuati nel corso di sopralluoghi mensili, nell’ambito del sistema pagamento latte a qualità, svolti da gennaio 1999 a dicembre 2008, nel corso di dieci anni. Sui campioni di latte di massa, di singolo allevamento, sono state effettuate le seguenti determinazioni: grasso e proteina, acidità titolabile, conta batterica totale, cellule somatiche, batteri coliformi, conta spore di clostridi. Le medie stimate sono state saggiate con ANOVA univariata, tramite software SPSS 18.0, impiegando un modello fattoriale completo con i seguenti fattori fissi: kg di latte per capo/lattazione (4 livelli; inferiore a 6.000 kg, da 6.000 a 7.999 kg, da 8.000 a 10.000 kg ed oltre i 10.000 kg di latte); consistenza dell’allevamento (5 livelli; inferiore a 30 capi allevati, da 30 a 60, da 61 a 100, da 101 a 200 e superiore a 200 capi); tipo di stabulazione (2 livelli; fissa e libera); stagione (4 livelli; inverno da gennaio a marzo, primavera da aprile a giugno, estate da luglio a settembre, autunno da ottobre a dicembre). La significatività delle differenze è stata saggiata mediante controllo LSD. All’aumentare della dimensione dell’allevamento si osserva un aumento della produzione di latte (r = 0,257; P≤0,001). All’aumentare della produzione di latte per capo/lattazione si osserva una diminuzione del suo contenuto di grasso (r = –0,353; P≤0,001); questo rilievo trova conferma nella correlazione semplice, di segno negativo, che vi è tra il numero delle vacche allevate e contenuto di grasso nel latte (r = –0,209; P≤0,001). Inoltre, sempre all’aumentare della produzione di latte per capo/lattazione si osserva un miglioramento generale dello stato igienico-sanitario del latte; infatti si assiste ad una diminuzione progressiva della conta batterica totale e dell’inquinamento da batteri coliformi, del contenuto di cellule somatiche e dell’inquinamento da spore di clostridi