Caracterização dos genes codificadores da hemaglutinina e PB2 do vírus Influenza A (H1N1) pandêmico isolado na mesorregião metropolitana de Belém

The recent influenza pandemic of 2009/2010 caused by the Influenzavirus A (H1N1) pandemic showed a severity profile different from seasonal flu due to a significant percentage of severe and fatal cases occurred in young adults without comorbidity. The virulence of Influenzavirus A (H1N1) pandemic is the result of protein interaction complexes and is related essentially some viral genes. The aim of this study was to characterize the genes that encodes for the hemagglutinin (H1) and polymerase basic 2 (PB2) of Influenzavirus A (H1N1) pandemic recovered from patients with flu coming from the metropolitan mesoregion, Belém-PA. The sample size consisted of 87 random samples of both genders, the 0-96 years, with severe acute respiratory syndrome (SARS) without comorbidity reported from May 2009 to August 2010. The samples were isolated in MDCK cell, and analyzed by molecular biology techniques that comprised three main steps: a) viral RNA (vRNA) extraction from supernatant of infected cells; b) amplification of the vRNA by Polymerase Chain Reaction preceded by Reverse Transcription (RT-PCR) technique; c) complete sequencing of genes encoding H1 and PB2. Of 87 strains amplified by RT-PCR in 82 amplicons the acquisition and analysis of sequences for the HA gene was obtained, whereas in 81 amplicons viral sequences were obtained for the PB2 gene. The comparative analysis of the sequences obtained with the sequence of the vaccine strain (A/California/07/2009 (H1N1)) revealed amino acid substitutions in HA (P83S, D97N; S203T, D222G, and I321V Q293H) and PB2 (K340N, and K526R M631L) proteins any changes were, however not associated with hospitalization. At the level of substitution in HA, the D97N alone or associated with the S203T was detected more frequently in the first wave. Furthermore, the level of PB2, a substitution K526R was found in the majority of strains that circulated during the first wave, while the M631L was more evident in the second. The D222G substitution in HA was only found in cases of death. Finally, there was a tendency of changes in HA antigenic sites. Thus, the genetic and antigenic continuous surveillance of Influenzavirus A (H1N1) pdm in circulation, as well as the sharing of information is extremely important for the best possible recommendation for virus which are included in vaccine the composition thus avoiding higher risk of severe epidemics in the future.FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e PesquisasA recente pandemia de gripe de 2009/2010 causada pelo vírus A (H1N1) pandêmico mostrou um perfil de gravidade diferente da gripe sazonal, pois um percentual considerável de casos graves e fatais ocorreu em indivíduos adultos jovens, sem comorbidade. A virulência dos vírus Influenza A (H1N1) pandêmico resulta de interações protéicas complexas e depende essencialmente de alguns genes virais. O objetivo deste estudo foi caracterizar os genes codificadores da hemaglutinina (H1) e polimerase básica 2 (PB2) do vírus Influenza A (H1N1) pandêmico mediante a obtenção de cepas provenientes de pacientes com gripe procedente da mesorregião metropolitana de Belém-PA. O tamanho amostral foi constituído de 87 amostras aleatórias de ambos os sexos de 0 a 96 anos, com síndrome respiratória aguda grave (SRAG) sem nenhuma comorbidade relatada, no período de maio de 2009 a agosto de 2010. As amostras foram isoladas em cultura de célula MDCK e analisadas por técnicas de biologia molecular que compreenderam três etapas principais: a) extração do RNA viral (RNAv) a partir do sobrenadante celular; b) amplificação do RNAv pela técnica de Reação em Cadeia mediada pela Polimerase precedida de Transcrição Reversa (RT-PCR); c) sequenciamento completo dos genes codificadores da H1 e PB2. Das 87 cepas amplificadas pelo RT-PCR, em 82 tornou-se possível a obtenção e análise de sequências para o gene HA, enquanto que de 81 amostras virais obteve-se sequências para o gene PB2. A análise comparativa das sequências obtidas com a sequência da cepa vacinal (A/California/07/2009(H1N1)) revelou substituições aminoacídicas na HA (P83S; D97N; S203T; D222G; Q293H e I321V) e na PB2 (K340N; K526R e M631L), no entanto sem associação a hospitalização. Ao nível de substituição na HA, a D97N isolada ou associada com a S203T, foi detectada com mais frequência na primeira onda. Já ao nível da PB2 a substituição K526R foi mais encontrada em cepas que circularam na primeira onda, enquanto que, a M631L foi mais evidenciada na segunda. A substituição D222G na HA só foi encontrada em casos de óbitos. Por fim, observou-se uma tendência de alterações nos sítios antigênicos da HA. Sendo assim, a contínua vigilância genética e antigênica do vírus Influenza A (H1N1) pdm em circulação, bem como o compartilhamento de informações é de extrema importância para a melhor recomendação possível para os vírus que entram na composição vacinal evitando assim maior risco de epidemias severas no futuro

The His131Arg substitution in the FCGR2A gene (rs1801274) is not associated with the severity of influenza A(H1N1) pdm09 infection

Universidade Federal do Pará. Laboratório de Genética Humana e Médica. Belém, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Núcleo de Pesquisas em Oncologia. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Vírus Respiratórios. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Vírus Respiratórios. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Laboratório de Genética Humana e Médica. Belém, Pará, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Vírus Respiratórios. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Núcleo de Pesquisas em Oncologia. Belém, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará. Laboratório de Genética Humana e Médica. Belém, Pará, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Belém, PA, Brasil.Background: The virulence and pathogenicity of different influenza strains are responsible for a more or less severe disease. Recent studies have attempted to understand how host genetic factors may influence the clinical presentation of the disease. In the present study, the His131Arg (rs1801274) polymorphism was investigated in individuals from a Brazilian admixed population with a diagnosis of influenza A(H1N1)pdm09 infection. Methods: In the present study, the influence of the His131Arg (rs1801274) polymorphism, a variant of the FCGR2A gene, was investigated in 436 patients with a diagnosis of influenza A(H1N1)pdm09, evaluated at health services in the northern and northeastern regions of Brazil between June 2009 and August 2010. Patients were divided into a group of non-hospitalized patients (n = 192) and a group of hospitalized patients (n = 244; 100 of them died). Results: No significant difference in the allele or genotype frequencies of the rs1801274 polymorphism was observed between groups (p = 0.952 and p = 0.388). Multinomial logistic regression showed no effect of the rs1801274 polymorphism on severity or death of patients from the Brazilian admixed population (p = 0.368 and p = 0.469). Conclusions: The rs1801274 polymorphism is not associated with severe disease in patients infected with influenza A(H1N1)pdm09

Detección y caracterización de adenovirus humano proveniente de casos de parálisis fláccida aguda, en la Región Norte de Brasil

Esta pesquisa teve o suporte financeiro do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica do Instituto Evandro Chagas e pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Os adenovírus humanos (HAdV) causam uma variedade de infecções, tais como as respiratórias agudas, gastrointestinais, oculares, do trato urinário e ainda síndromes neurológicas graves. O presente estudo teve como objetivo identificar e caracterizar HAdV em amostras de fezes provenientes de pacientes oriundos da Região Norte do Brasil, no período de 1998 a 2012, com quadro de paralisia flácida aguda, negativas para poliovírus e enterovírus não pólio. No estudo, 19 amostras apresentaram efeito citopático característico de HAdV quando inoculadas nas linhagens HEp2-C e L20B. Essas amostras foram submetidas à reação em cadeia mediada pela polimerase (PCR) em tempo real (qPCR) e sequenciamento nucleotídico parcial do gene que codifica a proteína héxon. Do total de amostras, 13 foram confirmadas por qPCR, PCR e sequenciamento nucleotídico. A análise genética demonstrou a seguinte caracterização viral: uma amostra como HAdV-F41; três como HAdV-A31 e nove da espécie C, sendo três HAdV-C5 e seis HAdV-C6. As amostras positivas foram provenientes dos Estados do Pará (6/19 – 31,6%), Amazonas (6/19 – 31,6%) e Acre (1/19 – 5,2%). Quanto à faixa etária, dos 13 casos positivos, 12 eram de crianças menores de 5 anos de idade, representando 92,3% dos casos. Os resultados encontrados sugerem uma possível participação dos HAdV na etiologia dos casos de paralisia flácida aguda ocorridos na Região Norte do Brasil.The human adenovirus (HAdV) cause a variety of infections such as acute respiratory, gastrointestinal, ocular, urinary tract and also serious neurological syndromes. The present study aimed to identify and characterize HAdV in stool samples of patients from the Northern region of Brazil in the period of 1998 to 2012, with acute flaccid paralysis, negative for poliovirus and enterovirus nonpolio. In this study, 19 samples showed a characteristic cytopathic effect of HAdV when inoculated in HEp2-C and L20B lineages. These samples were subjected by the polymerase chain reaction (PCR) in real-time (qPCR) and partial nucleotide sequencing of the hexon gene. Of the total samples, 13 were confirmed by qPCR, PCR and nucleotide sequencing. Genetic analysis showed the following viral characterization: one sample of HAdV-F41; three samples of HAdV-A31 and nine species C, three of HAdV-C5-C6 and six of HAdV. The positive samples were from the States of Pará (6/19 – 31.6%), Amazonas (6/19 –31.6%) and Acre (1/19 – 5.2%). In relation to the age group, from 13 positive cases, 12 were children under 5 years old, representing 92.3% of cases. The results suggest a possible HAdV participation in the etiology of acute flaccid paralysis occurred in Northern Brazil

Human respiratory syncytial virus circulation in five States of the Brazilian Amazon Region: first description of the ON1 genotype in Pará

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico e do Instituto Evandro ChagasMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará, Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilOBJETIVO: Realizar a detecção e caracterização das cepas de vírus respiratório sincicial humano (VRSH), nos casos de infecção respiratória aguda (IRA), circulantes nos estados brasileiros do Acre, Amapá, Amazonas, Pará e Roraima, no ano de 2015. MATERIAIS E MÉTODOS: Foram coletadas 1.082 amostras de aspirado de nasofaringe e swab combinado narina e garganta de pacientes de diferentes gêneros e faixas etárias com IRA e submetidas à qRT-PCR para VRSH. As amostras positivas foram inoculadas em cultura celular HEP-2 e as que apresentaram efeito citopático foram submetidas a três etapas: extração do RNA viral, amplificação do gene G pela RT-PCR e sequenciamento genético. RESULTADOS: Das 1.082 amostras, 57 (5,3%) foram positivas para VRSH, sendo 38 (66,7%) de pacientes de 0 a 4 anos de idade. A circulação predominou entre março e julho, período de transição climática na Região. Apenas no Acre, Amazonas e Pará foram detectadas amostras positivas, 15 (26,3%), 23 (40,4%) e 19 (33,3%), respectivamente. O efeito citopático foi avaliado em 45 (78,9%) amostras, nas quais foram identificados os subgrupos: 40 (88,9%) do VRSH-B com genótipo BA e cinco (11,1%) do VRSH-A do genótipo ON1. CONCLUSÃO: Este estudo revelou uma taxa de infecção viral relevante em crianças de 0 a 4 anos de idade. A circulação viral ocorreu no Acre, Amazonas e Pará durante o período de mudança climática. Foi notória a ocorrência dos genótipos BA e ON1, sendo a primeira vez que se comprova a circulação do ON1 no Pará

Low prevalence of influenza A strains with resistance markers in Brazil during 2017–2019 seasons

This project was supported by the Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Programa Estratégico de Apoio à Pesquisa em Saúde (PAPES), Fundação Oswaldo Cruz, CNPq, and Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública (CGLAB) from the Brazilian Ministry of Health.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública de Sergipe. Aracaju, SE, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública de Sergipe. Aracaju, SE, Brazil.Laboratório Central do Estado do Paraná. Curitiba, PR, Brazil.Laboratório Central do Estado do Paraná. Curitiba, PR, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado do Espírito Santo. Laboratório de Saúde Pública do Estado do Espírito Santo. Vitória, ES, Brazil / Universidade Federal do Espírito Santo. Núcleo de Doenças Infecciosas. Vitória, ES, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado do Espírito Santo. Laboratório de Saúde Pública do Estado do Espírito Santo. Vitória, ES, Brazil / Universidade Federal do Espírito Santo. Núcleo de Doenças Infecciosas. Vitória, ES, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Secretaria de Saúde do estado do Rio Grande do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Porto Alegre, RS, Brazil.Secretaria de Saúde do estado do Rio Grande do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Porto Alegre, RS, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Laboratório Central da Saúde Pública do estado da Bahia. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central da Saúde Pública do estado da Bahia. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Santa Catarina. Florianópolis, SC, Brazil.Laboratório Central de Santa Catarina. Florianópolis, SC, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Ciência, Tecnologia, Inovação e Insumos Estratégicos. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA. Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Ciência, Tecnologia, Inovação e Insumos Estratégicos. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA. Brasil.Instituto Adolfo Lutz. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de São Paulo. São Paulo, SP, Brazil.Instituto Adolfo Lutz. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de São Paulo. São Paulo, SP, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Departamento de Imunização e Doenças Transmissíveis. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Departamento de Imunização e Doenças Transmissíveis. Brasília, DF, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fiocruz Fundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.The influenza A virus (IAV) is of a major public health concern as it causes annual epidemics and has the potential to cause pandemics. At present, the neuraminidase inhibitors (NAIs) are the most widely used anti-influenza drugs, but, more recently, the drug baloxavir marboxil (BXM), a polymerase inhibitor, has also been licensed in some countries. Mutations in the viral genes that encode the antiviral targets can lead to treatment resistance. Worldwide, a low prevalence of antiviral resistant strains has been reported. Despite that, this situation can change rapidly, and resistant strain surveillance is a priority. Thus, the aim of this was to evaluate Brazilian IAVs antiviral resistance from 2017 to 2019 through the identification of viral mutations associated with reduced inhibition of the drugs and by testing the susceptibility of IAV isolates to oseltamivir (OST), the most widely used NAI drug in the country. Initially, we analyzed 282 influenza A(H1N1)pdm09 and 455 A(H3N2) genetic sequences available on GISAID. The amino acid substitution (AAS) NA:S247N was detected in one A(H1N1)pdm09 strain. We also identified NA:I222V (n = 6) and NA:N329K (n = 1) in A(H3N2) strains. In addition, we performed a molecular screening for NA:H275Y in 437 A(H1N1)pdm09 samples, by pyrosequencing, which revealed a single virus harboring this mutation. Furthermore, the determination of OST IC50 values for 222 A(H1N1)pdm09 and 83 A(H3N2) isolates revealed that all isolates presented a normal susceptibility profile to the drug. Interestingly, we detected one A(H3N2) virus presenting with PA:E119D AAS. Moreover, the majority of the IAV sequences had the M2:S31N adamantanes resistant marker. In conclusion, we show a low prevalence of Brazilian IAV strains with NAI resistance markers, in accordance with what is reported worldwide, indicating that NAIs still remain an option for the treatment of influenza infections in Brazil. However, surveillance of influenza resistance should be strengthened in the country for improving the representativeness of investigated viruses and the robustness of the analysis

Whole-genome sequencing of an unusual human papillomavirus (HPV71) from Latin America (Brazil)

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.We report the complete genome sequencing of human papillomavirus 71 from Latin America (Brazil)

Evolutionary dynamics and dissemination pattern of the SARS-CoV-2 lineage B.1.1.33 during the early pandemic phase in Brazil

We would like to thank the funding support from CGLab/MoH (General Laboratories Coordination of Brazilian Ministry of Health), CVSLR/FIOCRUZ (Coordination of Health Surveillance and Reference Laboratories of Oswaldo Cruz Foundation), CNPq COVID-19 MCTI 402457/2020-0, and INOVA VPPCB-005-FIO20-2Oswaldo Cruz Foundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Brazilian Ministry of Health. Pan-American Health Organization. SARS-CoV-2 National Reference Laboratory. Regional Reference Laboratory in Americas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Espírito Santo - Campus de Alegre. Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saude. Departamento de Biologia. Vitória, ES, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Universidad de la Republica. Centro Universitario Regional del Litoral Norte. Unidad de Genomica y Bioinformatica. Salto, Uruguay.Oswaldo Cruz Foundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Brazilian Ministry of Health. Pan-American Health Organization. SARS-CoV-2 National Reference Laboratory. Regional Reference Laboratory in Americas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Oswaldo Cruz Foundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Brazilian Ministry of Health. Pan-American Health Organization. SARS-CoV-2 National Reference Laboratory. Regional Reference Laboratory in Americas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Oswaldo Cruz Foundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Brazilian Ministry of Health. Pan-American Health Organization. SARS-CoV-2 National Reference Laboratory. Regional Reference Laboratory in Americas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Oswaldo Cruz Foundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Brazilian Ministry of Health. Pan-American Health Organization. SARS-CoV-2 National Reference Laboratory. Regional Reference Laboratory in Americas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Oswaldo Cruz Foundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Brazilian Ministry of Health. Pan-American Health Organization. SARS-CoV-2 National Reference Laboratory. Regional Reference Laboratory in Americas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Oswaldo Cruz Foundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Brazilian Ministry of Health. Pan-American Health Organization. SARS-CoV-2 National Reference Laboratory. Regional Reference Laboratory in Americas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhaes. Recife, PE, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhaes. Recife, PE, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Laboratorio Central de Saude Publica do Estado de Santa Catarina. Florianopolis, SC, Brazil.Laboratorio Central de Saude Publica do Estado Espirito Santo. Vitoria, ES, Brazil.Laboratorio Central de Saude Publica do Distrito Federal. Brasília, DF, Brazil.Laboratorio Central de Saude Publica de Alagoas. Maceio, AL, Brazil.Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia. Salvador, BA, Brazil.Laboratorio Central de Saude Publica de Sergipe. Aracaju, SE, Brazil.Laboratorio Central de Saude Publica de Parana. Curitiba, PR, Brazil.Laboratorio Central de Saude Publica de Parana. Curitiba, PR, Brazil.Fundação Oswaldo Cuz - Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MT, Brazil / Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MT, Brazil.Ministério da Defesa. Hospital das Forças Armadas. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saude. Coordenadoria Geral de Laboratorios. Brasília, DF, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratorio de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Oswaldo Cruz Foundation. Oswaldo Cruz Institute. Laboratory of Respiratory Viruses and Measles. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Brazilian Ministry of Health. Pan-American Health Organization. SARS-CoV-2 National Reference Laboratory. Regional Reference Laboratory in Americas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.A previous study demonstrates that most of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) Brazilian strains fell in three local clades that were introduced from Europe around late February 2020. Here we investigated in more detail the origin of the major and most widely disseminated SARS-CoV-2 Brazilian lineage B.1.1.33. We recovered 190 whole viral genomes collected from 13 Brazilian states from February 29 to April 31, 2020 and combined them with other B.1.1 genomes collected globally. Our genomic survey confirms that lineage B.1.1.33 is responsible for a variable fraction of the community viral transmissions in Brazilian states, ranging from 2% of all SARS-CoV-2 genomes from Pernambuco to 80% of those from Rio de Janeiro. We detected a moderate prevalence (5-18%) of lineage B.1.1.33 in some South American countries and a very low prevalence (<1%) in North America, Europe, and Oceania. Our study reveals that lineage B.1.1.33 evolved from an ancestral clade, here designated B.1.1.33-like, that carries one of the two B.1.1.33 synapomorphic mutations. The B.1.1.33-like lineage may have been introduced from Europe or arose in Brazil in early February 2020 and a few weeks later gave origin to the lineage B.1.1.33. These SARS-CoV-2 lineages probably circulated during February 2020 and reached all Brazilian regions and multiple countries around the world by mid-March, before the implementation of air travel restrictions in Brazil. Our phylodynamic analysis also indicates that public health interventions were partially effective to control the expansion of lineage B.1.1.33 in Rio de Janeiro because its median effective reproductive number (R e ) was drastically reduced by about 66% during March 2020, but failed to bring it to below one. Continuous genomic surveillance of lineage B.1.1.33 might provide valuable information about epidemic dynamics and the effectiveness of public health interventions in some Brazilian states