Variableselectioninmultivariatecalibrationbasedonclusteringofvariableconcept

Recentlywehaveproposedanewvariableselectionalgorithm,basedonclusteringofvariableconcept(CLoVA)inclassificationproblem.Withthesameidea,thisnewconcepthasbeenappliedtoaregres-sionproblemandthentheobtainedresultshavebeencomparedwithconventionalvariableselectionstrategiesforPLS.Thebasicideabehindtheclusteringofvariableisthat,theinstrumentchannelsareclusteredintodifferentclustersviaclusteringalgorithms.Then,thespectraldataofeachclusteraresubjectedtoPLSregression.Differentrealdatasets(Cargillcorn,Biscuitdough,ACEQSAR,Soy,andTablet)havebeenusedtoevaluatetheinfluenceoftheclusteringofvariablesonthepredictionper-formancesofPLS.Almostintheallcases,thestatisticalparameterespeciallyinpredictionerrorshowsthesuperiorityofCLoVA-PLSrespecttoothervariableselectionstrategies.Finallythesynergyclusteringofvariable(sCLoVA-PLS),whichisusedthecombinationofcluster,hasbeenproposedasanefficientandmodificationofCLoVAalgorithm.Theobtainedstatisticalparameterindicatesthatvariableclusteringcansplitusefulpartfromredundantones,andthenbasedoninformativecluster;stablemodelcanbereache

Leukemia and small round blue-cell tumor cancer detection using microarray gene expression data set: Combining data dimension reduction and variable selection technique

Using gene expression data in cancer classification plays an important role for solving the fundamental problems relating to cancer diagnosis. Because of high throughput of gene expression data for healthy and patient samples, a variable selection method can be applied to reduce complexity of the model and improve the classification performance. Since variable selection procedures pose a risk of over-fitting, when a large number of variables with respect to sample are used,we have proposed a method for coupling data dimension reduction and variable selection in the present study. This approach uses the concept of variable clustering for the original data set. Significant components of local principal component analysis models have just been retained from all clusters. Then, the variable selection algorithm is performed on these locally derived principal component variables. The proposed algorithm has been evaluated on two gene expression data sets; namely, acute Leukemia and small round blue-cell tumor (SRBCT). Our results confirmed that the classification models achieved on the reduced data were better than those obtained on the entire microarray gene expression profile

Molecular Dynamics and Docking Investigations of Several Zoanthamine- Type Marine Alkaloids as Matrix Metaloproteinase-1 Inhibitors

Zoanthamine-type alkaloids display a wide spectrum of biological effects. This study aimed to examine the inhibitory effects of norzoanthamine and its ten homologues of zoanthamine class on human fibroblast collagenase by modeling a three-dimensional structure of the ligands at collagenase using energy minimization, docking, molecular dynamics simulation and MM-PB/GBSA binding free energy calculations. The results showed that zoanthamide, zooxathellamine and enol-iminium form of norzoanthamine, with lower binding free energies than other compounds, are potent inhibitors of collagenase. However, the enol-iminium form of norzoanthamine showed a more inhibitory activity against collagenase than its keto form. This suggests that it can be used for treatment of many diseases such as osteoporosis, autoimmune diseases, and cancer. Zinc-binding residues such as His 118, His 122 and His 128 for hydrogen bonds and Leu 81, Tyr 110, Val 115, Leu 126, Pro 138, Ser 139 for hydrophobic interactions should be considered for designing an inhibitor for collagenase. Our theoretical results and MM/GBSA binding free energy calculations are consistent with experimental studies. Abbreviation MD: Molecular dynamics; RMSD: Root mean square deviation; MM-PB/GBSA: Molecular mechanics Poisson-Boltzmann/General Born surface area, DFT: density functional theory, B3LYP: Becke, three-parameter, Lee-Yang-Parr, RESP: Restrained electrostatic surfacepotentia

Nuove acquisizioni di epigrammi tardoantichi: Il P. CtYBR inv. 4000, Pallada e altri epigrammisti

Il seguente elaborato intende esaminare un recente ritrovamento, ovvero il P. CtYBR inv. 400, un codice papiraceo frammentario edito nel 2012 dalla Beinecke Library of Yale University. Il codice è curato da Kevin W. Wilkinson, in collaborazione con altri studiosi, in ordine Robert G. Babcock, Ruth Duttenhöfer e Akihiko Watanabe, i quali si sono occupati rispettivamente della ricostruzione codicologica, delle questioni paleografiche e della metrica. Il codice è costituito da 24 pagine che contengono porzioni di circa 60 epigrammi. Di alcuni di questi epigrammi si sono conservate soltanto delle lettere sporadiche, ma possiamo dire qualcosa di almeno 37 di questi componimenti, due dei quali sono già noti poiché conservati nell'Anthologia Graeca, AP IX 127, parte dell'epigramma 28 Wilk. (p.12 rr. 28 - 31) e AP IX 379, epigramma 37 Wilk. (p. 21 rr. 4 - 8), entrambi attribuiti a Pallada di Alessandria. Wilkinson, partendo dalla presenza di questi due epigrammi nel papiro e riscontrando dei paralleli con la produzione palladiana, ha attribuito il papiro a Pallada, retrodatando la cronologia del poeta, prima unanimamente collocato tra 319 – 400 ca., per renderlo contemporaneo al papiro, che su basi paleografiche è stato datato tra il 280 e il 340 d. C. L'elaborato consta di quattro capitoli, l’ultimo dei quali costituisce un'appendice col testo del papiro così come è stato pubblicato nell'edizione di Wilkinson, utile per farsi un’idea sull’effettivo stato di conservazione del testo. Il primo capitolo si concentra sull'analisi degli studi precedentemente condotti riguardo alla biografia palladiana e alla sua produzione poetica, a partire dai primi contributi di A. Franke, De Pallada Epigrammatographo, del 1899, di L. A. Stella, Cinque Poeti dell'Antologia Palatina, del 1949, di W. Zerwes, Palladas von Alexandrian, del 1956 e di T. Attisani Bonanno, Pallada del 1958 fino agli studi più recenti di Baldwin, Bowra, Cameron e, ovviamente, Wilkinson. Dopo aver stilato un profilo del poeta, si è cercato di dare un quadro completo sui dati di cui siamo a conoscenza per la ricostruzione della sua cronologia e sulla nuova interpretazione di Wilkinson di alcuni degli epigrammi palliadiani che sono tradizionalmente considerati utili per la datazione del poeta stesso. Il secondo capitolo, dopo una prima parte in cui si fa accenno alla cosiddetta Silloge Palladiana e ai rapporti tra Pallada e Ausonio e i Bobiensia, è incentrato sull'analisi del papiro, del quale si è cercato di ricostruire, in primo luogo, il contesto storico – geografico e letterario. In seguito, sono riportate le caratteristiche formali della raccolta, i criteri di organizzazione riscontrabili in essa e un breve resoconto del contenuto degli epigrammi dei quali ci è giunta una parte di testo. Infine, si danno informazioni riguardo alla metrica dei componimenti conservati. Il terzo capitolo è la sezione più ampia dell'elaborato ed è dedicato all'analisi e alla traduzione di dodici degli epigrammi della raccolta, i quali ritengo che meglio rappresentino la natura eterogenea di una antologia epigrammatica destinata ad un pubblico locale, visti i diversi riferimenti geografici a località dell'Alto Egitto e a nomi di personaggi che, se realmente vissuti, non ci sono noti proprio a causa della loro limitata rilevanza al di fuori della regione in cui la raccolta fu redatta. Il genere di questi epigrammi, scoptico o epidittico, è molto caro a Pallada, poeta che Wilkinson ha ritenuto autore dell'intera raccolta, ma dovremmo supporre necessariamente un soggiorno di non breve durata di Pallada nell'Alto Egitto, dato il forte legame d'appartenenza di questa poesia a determinate realtà locali. Non abbiamo, purtroppo, fonti che supportino quest'ipotesi. Dall'analisi del contenuto degli epigrammi è emerso che alcuni di essi non presentano alcun legame evidente con la produzione di Pallada, che tra l'altro è così vasta e varia da non poter esser considerata un parametro certo di riconoscimento della paternità degli epigrammi del codice

Catalytic Cycle of Multicopper Oxidases Studied by Combined Quantum- and Molecular-Mechanical Free-Energy Perturbation Methods.

We have used combined quantum mechanical and molecular mechanical free-energy perturbation methods in combination with explicit solvent simulations to study the reaction mechanism of the multicopper oxidases, in particular, the regeneration of the reduced state from the native intermediate. For 52 putative states of the trinuclear copper cluster, differing in the oxidation states of the copper ions and the protonation states of water- and O2-derived ligands, we have studied redox potentials, acidity constants, isomerization reactions, as well as water- and O2 binding reactions. Thereby, we can propose a full reaction mechanism of the multicopper oxidases with atomic detail. We also show that the two copper sites in the protein communicate so that redox potentials and acidity constants of one site are affected by up to 0.2 V or 3 pKa units by a change in the oxidation state of the other site