A mixed model to multiple harvest-location trials applied to genomic prediction in Coffea canephora.

Genomic selection (GS) has been studied in several crops to increase the rates of genetic gain and reduce the length of breeding cycles. Despite its relevance, there are only a modest number of reports applied to the genus Coffea. Effective implementation depends on the ability to consider genomic models, which correctly represent breeding scenario in which the species are inserted. Coffee experimentation, in general, is represented by evaluations in multiple locations and harvests to understand the interaction and predict the performance of untested genotypes. Therefore, the main objective of this study was to investigate GS models suitable for use in Coffea canephora. An expansion of traditional GBLUP was considered and genomic analysis was performed using a genotyping-by-sequencing (GBS) approach, showed good potential to be used in coffee breeding programs. Interactions were modeled using the multiplicative mixed model theory, which is commonly used in multi-environment trials (MET) analysis in perennial crops. The effectiveness of the method used was compared with other genetic models in terms of goodness-of-fit statistics and prediction accuracy. Different scenarios that mimic coffee breeding were used in the cross-validation process. The method used had the lowest AIC and BIC values and, consequently, the best fit. In terms of predictive ability, the incorporation of the MET modeling showed higher accuracy (on average 10–17% higher) and lower prediction errors than traditional GBLUP. The results may be used as basis for additional studies into the genus Coffea and can be expanded for similar perennial crops

Mixed model to multiple havest-location trial applied to genomic prediction in Coffea canephora.

Genomic Selection (GS) has been studied in several crops with potential to increase the rates of genetic gain and reduce the length of breeding cycle. Despite the relevance, there is a modest number of reports applied to the genus Coffea. Nevertheless, the effective implementation depends on the ability to consider genomic models that represent with adequate reliability the breeding scenario in which the specie are inserted. Coffee experimentation, in general, is represented for evaluations in multiples sites and harvests (MET), in order to understand the interaction magnitude and predicting the performance of untested genotypes. Therefore, the main objective of this study was investigate GS models that accommodate MET modeling. A expansion of the traditional GBLUP was proposed in order to accommodate the interactions in the GS model. Different scenarios that mimic the coffee breeding and models commonly used in the analysis were compared. In terms of goodness of fit this approach showed the lowest AIC and BIC values and, consequently, the best goodness of fit. The predictive capacity was measured by cross-validation and, in contrast with the GBLUP, the incorporation of the MET modeling showed higher predictive accuracy (on average 10-17% higher) and lower prediction errors. All the genomic analysis were performed using the Genotyping-by-sequencing (GBS) approach, which showed a good potential to be used in coffee breeding programs. Thus, as conclusion, the results achieved may be used as basis for additional studies into the Genus Coffea and expanded for other perennial crops, that have a similar experimentation design

EMCAPA 8151 - robusta tropical: variedade melhorada de café conilon de propagação por sementes para o Estado do Espírito Santo.

No Espírito Santo, a espécie Coffea canephora, ?variedade? conilon, encontra-se amplamente distribuída, sendo cultivada, principalmente, por pequenos e médios produtores de base familiar. A espécie é alógama e possui ampla variabilidade genética. Devido essa variabilidade, a facilidade de clonagem e a grande produção de sementes, é possível e recomendável conduzir, de forma paralela, trabalhos de melhoramento genético visando tanto a obtenção de variedades clonais como de variedades sintéticas, estas últimas a serem multiplicadas via sexuada (sementes). Objetivando atender, prioritariamente, as regiões com deficiências de ofertas de mudas das variedades clonais recomendadas, comprovadamente superiores, e os pequenos e médios produtores que utilizam seus próprios materiais genéticos como matrizes, a Empresa Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural ? EMCAPER desenvolveu a primeira variedade melhorada de conilon a ser propagada por sementes, para o Estado do Espírito Santo: EMCAPER 8151 ? Robusta Tropical

Avaliação de clones elites de café conilon em condição de estresse hídrico no Estado do Espírito Santo.

No Espírito Santo o principal problema que provoca a baixa produtividade média e a má qualidade do café conilon é a seca. A EMCAPER possui uma linha de pesquisa em melhoramento genético visando o desenvolvimento de variedades tolerantes à seca. O objetivo do trabalho foi avaliar 54 clones elites em condições de déficit hídrico. Os clones 120, 74, 75, 01, 02, 31, 67, 100, 16, 104B, 48, 149, 11 e 79 mostraram-se tolerantes à seca. As produtividades desses clones variaram de 70 a 108 sc.benef./ha, enquanto a da melhor testemunha foi de 56,60

Avaliação de clones de café conilon de maturação intermediária no sul do Estado do Espírito Santo.

A cafeicultura de conilon do Espírito Santo é uma das atividades mais importante na geração de renda e emprego no Estado. O objetivo do trabalho foi estudar a produtividade de 95 clones elites de café conilon de maturação intermediária, selecionados no norte do Estado, nas condições edafoclimáticas do sul do Espírito Santo. O trabalho foi conduzido na Fazenda Experimental de Bananal do Norte/Incaper, Cachoeiro de Itapemirim, ES. O delineamento experimental foi blocos casualizados com quatro repetições. A parcela experimental foi de cinco plantas. O espaçamento foi de 3,0 x 1,2 metros. O trabalho foi implantado em maio de 2004 e os resultados apresentados são de três colheitas. Os clones mais promissores com em três colheitas foram os 710/97, 24/93, 124/89, 26/86, 656/97, 15/6/89, 88/87/1, 32/89, 73/87/1e 172/89 com produtividades maiores que 61,00 sc.benef./ha, valores esses superiores a média do ensaio (53,13 sc. benef./ha) e das testemunhas. A grande variabilidade para produtividade, associada ao bom potencial de produção de vários clones e a outras características avaliadas darão subsídios para seleção de clones de maturação intermediária, que após o teste de incompatibilidade genética, poderão ser agrupados para formação e lançamento de variedade, mais específica para condições agroclimáticas do Sul do Estado do Espírito Santo. Há necessidade dos dados da quarta colheita para maior acurácia na seleção dos clones superiores. Os resultados poderão ser utilizados para a ampliação da base do conhecimento e para definição de estratégias de futuros trabalhos de melhoramento genético com o café conilon

Banco ativo de germoplasma de Coffea canephora, variedade conilon, no Estado do Espírito Santo.

No programa de pesquisa em melhoramento genético de café conilon, desenvolvido inicialmente pela EMCAPA, hoje EMCAPER, estão sendo avaliados 500 clones. Desses, 194 mostraram-se superiores e, ou, com algumas características importantes para o melhoramento. O objetivo deste trabalho é organizar, estabelecer e manter um Banco Ativo de Germoplasma (BAG) da espécie Coffea canephora, cultivar conilon, no Estado do Espírito Santo, visando manter a variabilidade genética da espécie e a sua exploração em programas de melhoramento genético e, ou, áreas afins. Em julho de 1998, na Fazenda Experimental de Marilândia(EMCAPER), Marilândia-ES, foi implantado e está sendo mantido um BAG com 194 materiais genéticos de café conilon

Desempenho de clones de café conilon no Estado do Espírito Santo.

O objetivo do trabalho foi avaliar 66 clones superiores do programa de melhoramento genético de café conilon, da EMCAPER, em dois ambientes representativos da região norte do Espírito Santo. Os resultados médios da primeira colheita, aos 24 meses, mostraram variabilidade genética entre os clones e suas especificidades para distintos ambientes. Os materiais genéticos obtiveram altas produtividades. O clone 19, em Sooretama, atingiu 96 sc.benef./ha. Destacaram-se os clones 19, 531, 636, 377, 442, 734, 512, 775, 735 com produtividades superiores a 70 sc.benef./ha, mostrando-se promissores para formação de novas variedades

Comportamento de cultivares de café conilon no Estado do Espírito Santo.

A recomendação de cultivares envolve a avaliação de materiais genéticos de naturezas diversas, em várias condições ambientais. Este trabalho objetivou avaliar o comportamento de oito materiais genéticos superiores de café conilon, em ambientes representativos da espécie no estado do Espírito Santo. A média geral das duas primeiras colheitas foi alta (54,26 sc.benef./ha), o que mostra o potencial produtivo dos materiais para o Estado. Estão sobressaindo: ?Clones Elites? e as variedades experimentais EMCAPER EXP. 8112 (P), EMCAPER EXP. 8132 (T) e EMCAPER EXP. 8122 (I)