Comparison of the biotypes of Yersinia enterocolitica isolated from pigs, cattle and sheep at slaughter and from humans with yersiniosis in Great Britain during 1999-2000

Aims: To investigate the relationship between livestock carriage of Yersinia enterocolitica and human disease. The biotypes/serotypes of strains recovered from the faeces of pigs, cattle and sheep at slaughter during a national survey in Great Britain in 1999-2000, were compared with those of strains isolated from human cases of yersiniosis during the same period. Methods and Results: The faecal carriage of Y. enterocolitica by cattle, sheep and pigs at slaughter was 6.3, 10.7 and 26.1%, respectively. Yersinia enterocolitica biotype (BT) 1a was the most frequently isolated biotype from livestock (58%) and was the predominant biotype (53%) isolated from human cases over the same period. The main recognized pathogenic Y. enterocolitica biotype isolated from livestock was BT3 (O:5,27) (35% of sheep, 22% of pigs and 4% of cattle) but this biotype was not detected in any of the human isolates investigated. The major pathogenic biotypes of strains isolated from humans were BT3 (O:9) (24%) and BT4 (O:3) (19%) whereas of the veterinary isolates investigated, only pigs (11%) carried BT3 (O:9) strains. Conclusions: Because of significant overlaps in phenotypes of the veterinary and human strains it is not possible to comment on the correlation between host and pathogenicity, especially of biotype 1a. Significance and Impact of the Study: The data suggest that further investigations using methods with greater discriminatory power are required. However the data also suggests that pigs may be the primary reservoir for human pathogenic Y. enterocolitica infection

Genetic variability and natural selection at the ligand domain of the Duffy binding protein in Brazilian Plasmodium vivax populations.

Background. Plasmodium vivax malaria is a major public health challenge in Latin America, Asia and Oceania, with 130-435 million clinical cases per year worldwide. Invasion of host blood cells by P. vivax mainly depends on a type I membrane protein called Duffy binding protein (PvDBP). The erythrocyte-binding motif of PvDBP is a 170 amino-acid stretch located in its cysteine-rich region II (PvDBPII), which is the most variable segment of the protein. Methods. To test whether diversifying natural selection has shaped the nucleotide diversity of PvDBPII in Brazilian populations, this region was sequenced in 122 isolates from six different geographic areas. A Bayesian method was applied to test for the action of natural selection under a population genetic model that incorporates recombination. The analysis was integrated with a structural model of PvDBPII, and T- and B-cell epitopes were localized on the 3-D structure. Results. The results suggest that: (i) recombination plays an important role in determining the haplotype structure of PvDBPII, and (ii) PvDBPII appears to contain neutrally evolving codons as well as codons evolving under natural selection. Diversifying selection preferentially acts on sites identified as epitopes, particularly on amino acid residues 417, 419, and 424, which show strong linkage disequilibrium. Conclusions. This study shows that some polymorphisms of PvDBPII are present near the erythrocyte-binding domain and might serve to elude antibodies that inhibit cell invasion. Therefore, these polymorphisms should be taken into account when designing vaccines aimed at eliciting antibodies to inhibit erythrocyte invasion

Three-dimensional reconstruction of coronary arteries and plaque morphology using CT angiography - comparison and registration with IVUS

BACKGROUND: The aim of this study is to present a new methodology for three-dimensional (3D) reconstruction of coronary arteries and plaque morphology using Computed Tomography Angiography (CTA). METHODS: The methodology is summarized in six stages: 1) pre-processing of the initial raw images, 2) rough estimation of the lumen and outer vessel wall borders and approximation of the vessel’s centerline, 3) manual adaptation of plaque parameters, 4) accurate extraction of the luminal centerline, 5) detection of the lumen - outer vessel wall borders and calcium plaque region, and 6) finally 3D surface construction. RESULTS: The methodology was compared to the estimations of a recently presented Intravascular Ultrasound (IVUS) plaque characterization method. The correlation coefficients for calcium volume, surface area, length and angle vessel were 0.79, 0.86, 0.95 and 0.88, respectively. Additionally, when comparing the inner and outer vessel wall volumes of the reconstructed arteries produced by IVUS and CTA the observed correlation was 0.87 and 0.83, respectively. CONCLUSIONS: The results indicated that the proposed methodology is fast and accurate and thus it is likely in the future to have applications in research and clinical arena

Hubble Space Telescope Observations of [O~III] Emission in Nearby QSO2s: Physical Properties of the Ionised Outflows

We use Hubble Space Telescope (HST)/ Space Telescope Imaging Spectrograph (STIS) long-slit G430M and G750M spectra to analyse the extended [O~III] 5007A emission in a sample of twelve nearby (z 1.6 x 10^45 erg s^-1) QSO2s. The purpose of the study is to determine the properties of the mass outflows of ionised gas and their role in AGN feedback. We measure fluxes and velocities as functions of radial distances. Using Cloudy models and ionising luminosities derived from [O~III] 5007A, we are able to estimate the densities for the emission-line gas. From these results, we derive masses of [O~III]-emitting gas, mass outflow rates, kinetic energies, kinetic luminosities, momenta and momentum flow rates as a function of radial distance for each of the targets. For the sample, masses are several times 10^3 - 10^7 solar masses and peak outflow rates are 9.3 x 10^-3 Msun/yr to 10.3 Msun/yr. The peak kinetic luminosities are 3.4 x 10^-8 to 4.9 x 10^-4 of the bolometric luminosity, which does not approach the 5.0 x 10^-3 - 5.0 x 10^-2 range required by some models for efficient feedback. For Mrk 34, which has the largest kinetic luminosity of our sample, in order to produce efficient feedback there would have to be 10 times more [O~III]-emitting gas than we detected at its position of maximum kinetic luminosity. Three targets show extended [O~III] emission, but compact outflow regions. This may be due to different mass profiles or different evolutionary histories.Comment: 14 pages, 11 Figures, accepted for publication in the MNRA

Termos técnicos úteis na catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa: uma compilação de definições.

Este trabalho de compilação de termos é fruto de esforços conjuntos realizados no escopo da Ação Gerencial Local (AGL), intitulada "Implantar a gestão de dados de pesquisa na Embrapa Informática Agropecuária", alinhada ao Programa de Governança de Dados de Pesquisa. Desses esforços participaram ativamente membros da equipe do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB) e do Grupo de Pesquisa em Computação Científica, Engenharia da Informação e Automação (GCIA), da Embrapa Agricultura Digital. Trata-se de um documento de natureza terminológica indispensável à ampliação e à popularização do vocabulário técnico associado à Biblioteconomia aplicada a dados, em especial, na catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape). Neste documento estão reunidos os principais termos catalográficos utilizados na linguagem corrente e empregados por catalogadores. A publicação tem o propósito de apoiar os catalogadores - autores de datasets e bibliotecários, entre outros atores -, na compreensão e apropriação dos principais conceitos e definições, sobretudo no processo de representação descritiva. Além de contribuir para o mapeamento da linguagem corrente praticada pelos catalogadores e demais interessados na catalogação de datasets ômicos, a obra beneficiará diretamente a implementação de boas práticas de catalogação. Ademais, esta compilação de termos é uma contribuição efetiva para a implementação do processo de gestão de dados biológicos na Embrapa, pois além do seu valor intrínseco, é também um documento complementar às orientações para catalogação de datasets no Redape, publicadas na série Documentos, pela Embrapa Agricultura Digital. Destaca-se, ainda, a contribuição desta compilação de termos técnicos para o processo de gestão de dados de pesquisa na Embrapa, visto que oferece um recurso adicional no apoio a ações de capacitação e divulgação, previstas na Política de Governança de Dados, Informação e Conhecimento da Embrapa (PGDIC)

Termos de Biologia e áreas afins úteis na catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa: uma compilação de definições.

Este trabalho de compilação de termos é fruto de esforços conjuntos realizados no escopo da Ação Gerencial Local (AGL), intitulada "Implantar a gestão de dados de pesquisa na Embrapa Agricultura Digital", alinhada ao Programa de Governança de Dados de Pesquisa. Desses esforços participaram os membros da equipe do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB) e do Grupo de Pesquisa em Computação Científica, Engenharia da Informação e Automação (GCIA), da Embrapa Agricultura Digital. Trata-se de um documento de natureza terminológica indispensável à ampliação e à popularização do vocabulário técnico associado à Biologia, Bioquímica, Biologia Molecular e Bioinformática, especialmente voltado para catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape). Neste documento estão reunidos os principais termos biológicos utilizados na linguagem corrente e empregados por catalogadores de datasets ômicos. A publicação tem o propósito de apoiar os catalogadores - autores de datasets e bibliotecários, entre outros atores -, na compreensão e apropriação das principais definições, em apoio ao processo de representação descritiva. Além de contribuir para o mapeamento da linguagem corrente praticada pelos catalogadores e demais interessados na catalogação de datasets ômicos, a obra beneficiará diretamente a implementação de boas práticas de catalogação. Ademais, esta compilação de termos é uma contribuição efetiva para a imple-mentação do processo de gestão de dados biológicos na Embrapa, pois além do seu valor intrínseco, é também uma fonte de informação complementar às orientações para catalogação de datasets no Redape, publicadas na série Documentos, pela Embrapa Agricultura Digital. Destaca-se, ainda, o mérito desta obra que arrola 378 verbetes, acompanhados de definições extraídas da literatura científica, as quais se encontravam dispersas em diferentes fontes bibliográficas e que, a partir de agora, estão reunidas em uma única publicação. O documento traz também uma contribuição para o processo de gestão de dados de pesquisa, visto que oferece à comunidade científica um recurso adicional no apoio a ações de capacitação e divulgação, previstas na Política de Governança de Dados, Informação e Conhecimento da Embrapa (PGDIC)

STING Millennium: a web-based suite of programs for comprehensive and simultaneous analysis of protein structure and sequence.

Sting Millennium suite intrinsics. SMS organization. Sting Millennium Modes. Sting Millennium Modules. Millennium Features. Example of Sting Millennium Application.Na publicação: Paula R. Kuser

Planos de gestão de dados acionáveis por máquina alinhados aos princípios FAIR para o Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa.

Esta publicação traz uma contribuição efetiva para comunidade de dados ômicos da Embrapa ao apresentar modelos de planos de gestão de dados acionáveis por máquina, alinhados aos princípios FAIR, desenvolvidos pelo Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa

The evolution of galaxies and clusters at high spatial resolution with AXIS

Stellar and black hole feedback heat and disperse surrounding cold gas clouds, launching gas flows off circumnuclear and galactic disks and producing a dynamic interstellar medium. On large scales bordering the cosmic web, feedback drives enriched gas out of galaxies and groups, seeding the intergalactic medium with heavy elements. In this way, feedback shapes galaxy evolution by shutting down star formation and ultimately curtailing the growth of structure after the peak at redshift 2-3. To understand the complex interplay between gravity and feedback, we must resolve both the key physics within galaxies and map the impact of these processes over large scales, out into the cosmic web. The Advanced X-ray Imaging Satellite (AXIS) is a proposed X-ray probe mission for the 2030s with arcsecond spatial resolution, large effective area, and low background. AXIS will untangle the interactions of winds, radiation, jets, and supernovae with the surrounding ISM across the wide range of mass scales and large volumes driving galaxy evolution and trace the establishment of feedback back to the main event at cosmic noon.Comment: 29 pages, 18 figures; this white paper is part of a series commissioned for the AXIS Probe mission concep