Population structure and evolutionary history of the greater cane rat (Thryonomys swinderianus) from the Guinean Forests of West Africa

Grasscutter (Thryonomys swinderianus) is a large-body old world rodent found in sub-Saharan Africa. The body size and the unique taste of the meat of this major crop pest have made it a target of intense hunting and a potential consideration as a micro-livestock. However, there is insufficient knowledge on the genetic diversity of its populations across African Guinean forests. Herein, we investigated the genetic diversity, population structures and evolutionary history of seven Nigerian wild grasscutter populations together with individuals from Cameroon, Republic of Benin, and Ghana, using five mitochondrial fragments, including D-loop and cytochrome b (CYTB). D-loop haplotype diversity ranged from 0.571 (± 0.149) in Republic of Benin to 0.921 (± 0.013) in Ghana. Within Nigeria, the haplotype diversity ranged from 0.659 (± 0.059) in Cross River to 0.837 (± 0.075) in Ondo subpopulation. The fixation index (FST), haplotype frequency distribution and analysis of molecular variance revealed varying levels of population structures across populations. No significant signature of population contraction was detected in the grasscutter populations. Evolutionary analyses of CYTB suggests that South African population might have diverged from other populations about 6.1 (2.6–10.18, 95% CI) MYA. Taken together, this study reveals the population status and evolutionary history of grasscutter populations in the region

IRON BIOAVAILABILITY IN CAMEROON WEANING FOODS AND THE INFLUENCE OF THE DIET COMPOSITION

The objective of the study was to assess the "in vitro" bioavailability of iron in the main Cameroon traditional complementary foods identified during interviews of one month with 91 mothers of weaning babies of up to 30 months, in order to identify and select good food sources of iron to fight against iron deficiency and iron deficiency anaemia in pre-school children. The foods were selected for their frequent consumption, cooked in triplicate as described by mothers, freeze dried and kept at - 20 °C or analysed chemically. The dry weight (DW) was obtained by drying the fresh cooked food in the drying oven at 105 °C during 48 hours. Total levels of iron were assessed by Flame Atomic Absorption Spectrometry. Non hem iron levels were determined with Bathophenanthroline colorimetric method. The "in vitro" dialyzable iron values were determined by the extrinsic radio labelled tag method using 59Fe. Total iron levels generally ranged from 4.68 ± 0.5 (in fermented maize gruel) to 51.51 ± 3.73 mg/100 gDW (in maize meal with a vegetable, Corchorus olitorius sauce). Non hem iron values were higher than hem iron values calculated from the difference between total and non hem iron. They ranged from 3.11 ± 0.09 (in sweet potato with pear) to 47.64 ± 4.68 mg/100 g DW (in maize meal with Corchorus olitorius sauce). Dialyzable iron values expressed as a percentage (%) of non hem iron which ranged between 0.89 ± 0.13 (in maize meal with, Corchorus olitorius sauce) and 18. 68 ± 2. 11% (in mashed Irish potato with fish). Dialyzable iron value were enhanced with lime juice and significantly reduced by legumes (beans, soy bean, and groundnut), egg and egg yolk. Irish potatoes based diets were the best sources of dialyzable iron. Iron intakes were sufficient for most balanced diets to cover the recommended daily intakes of iron for children seven months of age. Key Words: Weaning, foods, iron, bioavailability, nutrients La biodisponibilité du fer dans les aliments de sevrage camerounais et l'influence de la composition diététique Resume La présente étude porte sur l'évaluation de la biodisponibilité du fer “in vitro” dans les principaux aliments de complément camerounais identifiés lors des enquêtes menées auprès des femmes ayant des enfants en âge de sevrage (jusqu'à 30 mois). Le but était de sélectionner et vulgariser les aliments riches en fer afin de lutter contre la déficience en fer et l'anémie ferriprive chez les enfants d'âge préscolaire. Les aliments ont été sélectionnés selon la fréquence de leur consommation, préparés en triple échantillonnage suivant la méthode décrite par les mères, séchés à froid et gardés à une température de –20 °C ou soumis à l'analyse chimique. La matière sèche (MS) a été obtenue en séchant les aliments cuits frais au four à 105 °C pendant 48 heures. Les teneurs en fer totales ont été déterminées par spectrométrie d'absorption atomique dans la flamme, les taux de fer non héminiques avec la méthode colorimétrique à la Bathophénanthroline et les taux de fer dialysable « in vitro » avec la méthode d'étiquetage par radio-marquage extrinsèque au 59Fe. D'une manière générale, les teneurs en fer totales vont de 4,68 ± 0,5 (dans la bouillie de maïs fermenté) à 51,51 ± 3,73 mg/100MS (dans la farine de maïs avec légume, sauce au Corchorus olitorius ). Les taux de fer non héminiques sont plus élevés que les taux de fer héminiques calculés à partir de la différence entre le fer total et le fer non héminique. Ils vont de 3,11 ± 0,09 (dans les patates douces avec poire) à 47,64 mg/100 g MS (dans la farine de maïs avec sauce au Corchorus olitorius ). Les taux de fer dialysable exprimés en pourcentage (%) du fer non héminique vont de 0,89 ± 0,13 (dans la farine de maïs avec sauce au Corchorus olitorius ) à 18,68 ± 2,11% (dans la purée des pommes de terre avec poisson). Le taux de fer dialysable a été augmenté avec du jus de citron vert et significativement diminué avec les légumineuses (haricots, soja et arachides), les œufs et les jaunes d'œufs. L'étude montre que les régimes alimentaires à base de pommes de terre sont les meilleures sources de fer dialysable. Les apports en fer sont suffisants dans la plupart des régimes équilibrés et couvrent la ration quotidienne en fer recommandée à partir de l'âge de sept mois. Mots-clés : sevrage, aliments, fer, biodisponibilité, nutriments AJFAND Vol.4(1) 200

La Biodisponibilit� Du Fer Dans Les Aliments De Sevrage Camerounais Et L&Apos;Influence De La Composition Di�T�Tique

The objective of the study was to assess the "in vitro" bioavailability of iron in the main Cameroon traditional complementary foods identified during interviews of one month with 91 mothers of weaning babies of up to 30 months, in order to identify and select good food sources of iron to fight against iron deficiency and iron deficiency anaemia in pre-school children. The foods were selected for their frequent consumption, cooked in triplicate as described by mothers, freeze dried and kept at - 20 °C or analysed chemically. The dry weight (DW) was obtained by drying the fresh cooked food in the drying oven at 105 °C during 48 hours. Total levels of iron were assessed by Flame Atomic Absorption Spectrometry. Non hem iron levels were determined with Bathophenanthroline colorimetric method. The "in vitro" dialyzable iron values were determined by the extrinsic radio labelled tag method using 59Fe. Total iron levels generally ranged from 4.68 ± 0.5 (in fermented maize gruel) to 51.51 ± 3.73 mg/100 gDW (in maize meal with a vegetable, Corchorus olitorius sauce). Non hem iron values were higher than hem iron values calculated from the difference between total and non hem iron. They ranged from 3.11 ± 0.09 (in sweet potato with pear) to 47.64 ± 4.68 mg/100 g DW (in maize meal with Corchorus olitorius sauce). Dialyzable iron values expressed as a percentage (%) of non hem iron which ranged between 0.89 ± 0.13 (in maize meal with, Corchorus olitorius sauce) and 18. 68 ± 2. 11% (in mashed Irish potato with fish). Dialyzable iron value were enhanced with lime juice and significantly reduced by legumes (beans, soy bean, and groundnut), egg and egg yolk. Irish potatoes based diets were the best sources of dialyzable iron. Iron intakes were sufficient for most balanced diets to cover the recommended daily intakes of iron for children seven months of age.La présente étude porte sur l'évaluation de la biodisponibilité du fer "in vitro" dans les principaux aliments de complément camerounais identifiés lors des enquêtes menées auprès des femmes ayant des enfants en âge de sevrage (jusqu'à 30 mois). Le but était de sélectionner et vulgariser les aliments riches en fer afin de lutter contre la déficience en fer et l'anémie ferriprive chez les enfants d'âge préscolaire. Les aliments ont été sélectionnés selon la fréquence de leur consommation, préparés en triple échantillonnage suivant la méthode décrite par les mères, séchés à froid et gardés à une température de -20 °C ou soumis à l'analyse chimique. La matière sèche (MS) a été obtenue en séchant les aliments cuits frais au four à 105 °C pendant 48 heures. Les teneurs en fer totales ont été déterminées par spectrométrie d'absorption atomique dans la flamme, les taux de fer non héminiques avec la méthode colorimétrique à la Bathophénanthroline et les taux de fer dialysable « in vitro » avec la méthode d'étiquetage par radio-marquage extrinsèque au 59Fe. D'une manière générale, les teneurs en fer totales vont de 4,68 ± 0,5 (dans la bouillie de maïs fermenté) à 51,51 ± 3,73 mg/100MS (dans la farine de maïs avec légume, sauce au Corchorus olitorius ). Les taux de fer non héminiques sont plus élevés que les taux de fer héminiques calculés à partir de la différence entre le fer total et le fer non héminique. Ils vont de 3,11 ± 0,09 (dans les patates douces avec poire) à 47,64 mg/100 g MS (dans la farine de maïs avec sauce au Corchorus olitorius ). Les taux de fer dialysable exprimés en pourcentage (%) du fer non héminique vont de 0,89 ± 0,13 (dans la farine de maïs avec sauce au Corchorus olitorius ) à 18,68 ± 2,11% (dans la purée des pommes de terre avec poisson). Le taux de fer dialysable a été augmenté avec du jus de citron vert et significativement diminué avec les légumineuses (haricots, soja et arachides), les oufs et les jaunes d'oufs. L'étude montre que les régimes alimentaires à base de pommes de terre sont les meilleures sources de fer dialysable. Les apports en fer sont suffisants dans la plupart des régimes équilibrés et couvrent la ration quotidienne en fer recommandée à partir de l'âge de sept mois

Amélioration de la qualité d'images fortement compressées par quantification vectorielle

Nous Présentons diverses techniques simples permettant d'améliorer la qualité des images fortement comprimées La méthode de codage utilisée est une quantification vectorielle. Elle consiste en: 1-Une décomposition de l'image en blocs de 2*2 points 2-Une classification dynamique des blocs en 2**N classes pour chacune desquelles est défini un bloc représentatif 3-Un codage de chaque bloc par l'étiquette à N bits du bloc représentatif le plus proche Cette récente technique de codage répond bien aux besoins des systèmes d'archivage et de transmission d'images où une reconstruction simple et rapide est exigée, comme dans les systèmes Vidéotex- Une bonne qualité subjective est normalement obtenue avec 1,8 bit/point. Mais à des débits binaires plus faibles des défauts visuels apparaissent. Il est possible d'implémenter des techniques permettant de réduire ces défauts et n'impliquant qu'une intelligence limitée au niveau du décodeur. De bonnes reconstructions sont obtenues pour des textures codées à 0,75 bit/point, un bruit adaptatif étant juste ajouté au décodeur. Pour les images de télévision, deux types de défauts: i) des faux contours dans les plages quasi-uniformes, ii) un effet en "marche d'escalier" sur les vrais contours doivent être traités séparément Cet article conduit aux conclusions suivantes: -Les faux contours peuvent être gommés par un filtrage adaptatif efficace assurant un gain supérieur à 0,25 bit/point. -Les points de vrai contour doivent être spécifiquement traités à l'étape de la quantification

Effector candidates in the secretome of Piriformospora indica, a ubiquitous plant-associated fungus

Rafiqi M, Jelonek L, Akum NF, Zhang F, Kogel K-H. Effector candidates in the secretome of Piriformospora indica, a ubiquitous plant-associated fungus. Frontiers in Plant Science. 2013;4:228.One of the emerging systems in plant-microbe interaction is the study of proteins, referred to as effectors, secreted by microbes in order to modulate host cells function and structure and to promote microbial growth on plant tissue. Current knowledge on fungal effectors derives mainly from biotrophic and hemibiotrophic plant fungal pathogens that have a limited host range. Here, we focus on effectors of Piriformospora indica, a soil borne endophyte forming intimate associations with roots of a wide range of plant species. Complete genome sequencing provides an opportunity to investigate the role of effectors during the interaction of this mutualistic fungus with plants. We describe in silico analyses to predict effectors of P. indica and we explore effector features considered here to mine a high priority protein list for functional analysis