Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal.

O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.bitstream/item/56715/1/ComTec109.pd

Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal.

O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.bitstream/item/32433/1/ct101-10-4.pd

Identificação de genes diferencialmente expressos em linfonodos de bovinos com diferentes níveis de resistência ao carrapato rhipicephalus (Boophilus) microplus.

O carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus é considerado um dos maiores causadores das perdas produtivas de bovinos no Brasil e no mundo. Estimativas indicam perdas anuais de dois bilhões de dólares no Brasil. A variabilidade genética para resistência de bovinos ao carrapato tem sido verificada, demonstrando que há potencial para o melhoramento dessas características nessa espécie. Dessa maneira, o objetivo deste trabalho foi verificar a existência de genes diferencialmente expressos em bovinos resistentes e sensíveis ao carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Amostras de cinco animais classificados como resistentes ao carrapato e cinco animais classificados como sensíveis, dentro de quatro grupos genéticos, Nelore (NE), ½ Angus ½ Nelore (AN), ½ Canchim ½ Nelore (CN) e ½ Simental ½ Nelore (SN), foram coletadas após infestação artificial com o carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Foi feito o isolamento e purificação em coluna de sílica do RNA total e, posteriormente, as amostras foram submetidas à análise de expressão gênica em larga escala, pela técnica de microarranjos utilizando a plataforma Affymetrix. Os resultados obtidos dos chips de microarranjos foram submetidos à análise de qualidade por meio dos pacotes affy e affyqcreport do programa R. Posteriormente, foi feita uma pré-correção dos dados pelo procedimento RMA (média multiarranjo robusta), sumarização pelo pacote R/affy e busca por interação entre tratamento e a expressão de pelo pacote R/maanova. Considerando os valores de log2 das razões de expressão maiores que 0,75 ou menores que - 0,75 obtidas, 30 transcritos foram diferencialmente expressos, sendo que desses, 18 foram super-expressos no grupo resistente e 13 foram super-expressos no grupo sensível, incluindo genes que codificam citocinas, transferases, fatores de coagulação, fosfolipases, moléculas de adesão, além daqueles que não possuem função descrita. Pode-se concluir que há diferenças no padrão de expressão gênica entre grupos de animais resistentes e sensíveis, de forma que há a necessidade de estudar cada um desses genes separadamente, com a finalidade de evidenciar o seu papel na resistência ao carrapato.http://www.macroprograma1.cnptia.embrapa.br/GenomicaAnimal/publicacoes/resumos-apresentados-no-i-wsrga/identificacao-de-genes-diferencialmente-expressos-em-linfonodos-de-bovinos-com-diferentes-niveis-de-resistencia-ao-carrapato-rhipicephalus-boophilus-microplu

Identificação de mecanismos envolvidos na resposta de bovinos ao carrapato Rhipicephalus microplus.

O objetivo desse trabalho foi identificar grupos de genes envolvidos na resposta de bovinos à infestação artificial com o carrapato Rhipicephalus microplus, por meio da construção de redes gênicas. Dados de um experimento com microarranjos, provenientes da hibridização de amostras de pele de fêmeas cruzadas Senepol x Nelore, Angus x Nelore e Nelore, obtidas antes (A) e (D) após a infestação artificial com o carrapato, foram analisados por meio de uma metodologia de construção de redes baseada em co-expressão gênica (WGCNA). Os dados foram pré-processados usando os pacotes affy e gcrma do R/Bioconductor e as redes de co-expressão identificadas separadamente para cada grupo (A e D), pelo pacote R/WGCNA. As redes foram comparadas e os módulos não conservados entre os dois grupos foram identificados a partir de um teste de correlação dos valores de conectividade. Nossa análise identificou 8 módulos de genes co-expressos, sendo um deles (6) não conservado entre os grupos. O modulo 6 (n=85 genes) mostrou-se enriquecido para o processo biológico Proteólise, sugerindo o envolvimento desse processo e dos genes identificados (ADAMTS4, CASP4, C3, CFB, PRSS22 e SPCS3) na resposta dos animais à infestação

Identificação de mecanismos envolvidos na resposta de bovinos ao carrapato Rhipicephalus microplus.

O objetivo desse trabalho foi identificar grupos de genes envolvidos na resposta de bovinos à infestação artificial com o carrapato Rhipicephalus microplus, por meio da construção de redes gênicas. Dados de um experimento com microarranjos, provenientes da hibridização de amostras de pele de fêmeas cruzadas Senepol x Nelore, Angus x Nelore e Nelore, obtidas antes (A) e (D) após a infestação artificial com o carrapato, foram analisados por meio de uma metodologia de construção de redes baseada em co-expressão gênica (WGCNA). Os dados foram pré-processados usando os pacotes affy e gcrma do R/Bioconductor e as redes de co-expressão identificadas separadamente para cada grupo (A e D), pelo pacote R/WGCNA. As redes foram comparadas e os módulos não conservados entre os dois grupos foram identificados a partir de um teste de correlação dos valores de conectividade. Nossa análise identificou 8 módulos de genes co-expressos, sendo um deles (6) não conservado entre os grupos. O modulo 6 (n=85 genes) mostrou-se enrique ido para o processo biológico Proteólise, sugerindo o envolvimento desse processo e dos genes identificados (ADAMTS4, CASP4, C3, CFB, PRSS22 e SPCS3) na resposta dos animais à infestação

Genes e vias metabólicas envolvidos nos mecanismos de resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus microplus.

Entre os principais problemas da pecuária brasileira está o parasitismo pelo carrapato bovino, Rhipicephalus microplus, acarretando prejuízos de mais de dois bilhões de dólares por ano. A compreensão dos mecanismos envolvidos na resistência genética aos carrapatos é importante porque pode auxiliar a identificação de genes ou marcadores para essa característica. O objetivo deste trabalho foi identificar genes e vias regulatórias envolvidos na discriminação de grupos de bovinos resistentes e sensíveis submetidos à infestação artificial com o carrapato Rhipicephalus microplus

Formas clínicas y diagnóstico de la enfermedad de Chagas e inmunosupresores

La enfermedad de Chagas constituye una infección severa de alta prevalencia en Argentina y otros países latinoamericanos. La administración de drogas reumáticas inmunosupresoras en estos pacientes, muchas veces es necesaria, pero no se conoce aún la implicancia que esto puede tener en la reactivación de la enfermedad de Chagas. En esta puesta al día se revisan criterios generales de diagnóstico en este grupo de pacientes y las recomendaciones realizadas al respecto

Genes e vias metabólicas envolvidos nos mecanismos de resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus microplus.

Entre os principais problemas da pecuária brasileira está o parasitismo pelo carrapato bovino, Rhipicephalus microplus, acarretando prejuízos de mais de dois bilhões de dólares por ano. A compreensão dos mecanismos envolvidos na resistência genética aos carrapatos é importante porque pode auxiliar a identificação de genes ou marcadores para essa característica. O objetivo deste trabalho foi identificar genes e vias regulatórias envolvidos na discriminação de grupos de bovinos resistentes e sensíveis submetidos à infestação artificial com o carrapato Rhipicephalus microplus