87 research outputs found

    Post-GWAS methodologies for localisation of functional non-coding variants: ANGPTL3

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    © 2015 The Authors. Genome-wide association studies have confirmed the involvement of non-coding angiopoietin-like 3 (ANGPTL3) gene variants with coronary artery disease, levels of low-density lipoprotein cholesterol (LDL-C), triglycerides and ANGPTL3 mRNA transcript. Extensive linkage disequilibrium at the locus, however, has hindered efforts to identify the potential functional variants. Using regulatory annotations from ENCODE, combined with functional in vivo assays such as allele-specific formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements, statistical approaches including eQTL/lipid colocalisation, and traditional in vitro methodologies including electrophoretic mobility shift assay and luciferase reporter assays, variants affecting the ANGPTL3 regulome were examined. From 253 variants associated with ANGPTL3 mRNA expression, and/or lipid traits, 46 were located within liver regulatory elements and potentially functional. One variant, rs10889352, demonstrated allele-specific effects on DNA-protein interactions, reporter gene expression and chromatin accessibility, in line with effects on LDL-C levels and expression of ANGPTL3 mRNA. The ANGPTL3 gene lies within DOCK7, although the variant is within non-coding regions outside of ANGPTL3, within DOCK7, suggesting complex long-range regulatory effects on gene expression. This study illustrates the power of combining multiple genome-wide datasets with laboratory data to localise functional non-coding variation and provides a model for analysis of regulatory variants from GWAS.British Heart Foundation [ PG2008/008 to JP and FD, FS/13/6/29977 to AS; European Commission [GA No 278397 to PH

    Caracterização da produção agroecológica do sul do Rio Grande do Sul e sua relação com a mecanização agrícola.

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    A agricultura agroecológica tem-se destacado como uma das alternativas de renda para os pequenos agricultores devido à crescente busca por parte da população por alimentação mais saudável. No Rio Grande do Sul, a Associação Regional de Produtores Agroecológicos da Região Sul (Arpasul), constituída por 48 famílias, é representativa do processo de produção e de comercialização de produtos agroecológicos, servindo como referencial para o presente estudo. O objetivo principal deste trabalho foi o levantamento das necessidades dos produtores agroecológicos em relação à mecanização agrícola. As informações obtidas foram baseadas no sistema de produção utilizado, sendo caracterizados aspectos referentes à propriedade, às operações agrícolas e às necessidades específicas de máquinas e implementos. Por meio deste estudo, foi evidenciada a carência no atendimento das demandas específicas, na área de máquinas agrícolas para esse segmento, podendo servir como referencial para o desenvolvimento de novas máquinas e/ou aperfeiçoamento das existentes. A semeadora de milho e feijão foi a máquina que a maioria dos agricultores pesquisados indicou como sua maior necessidade

    Mapeamento de pastagens por meio da classificação da fusão de imagens Landsat-8/OLI e MODIS no município de São Gabriel do Oeste - MS.

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    Resumo. O sensoriamento remoto mostra-se eficiente no mapeamento de grandes áreas geográficas, executado a partir de imagens orbitais. A alta resolução espacial presente em sensores tem permitido o mapeamento detalhado da superfície terrestre, porém a resolução temporal também se mostra importante, devido a constante mudança que ocorre nos ecossistemas. Desse modo os algoritmos de predição se mostram de grande valia, uma vez que são capazes de unir a alta resolução espacial de um sensor a alta resolução temporal de outro. O objetivo deste trabalho foi realizar o mapeamento das áreas de pastagem presentes na extensão do município de São Gabriel do Oeste - MS, bem como avaliar o desempenho de diferentes algoritmos de classificação em diferentes séries temporais, sendo uma composta apenas de imagens Landsat e outra composta de imagens geradas pelo algoritmo de predição STARFM (Spatial and Temporal Adaptive Reflectance Fusion Model). Sendo que o algoritmo Random Forest, na série temporal composta pelas imagens geradas pelo algoritmo STARFM e com a adição de métricas fenológicas apresentou as melhores acurácias, obtendo índice Kappa superior a 0,85 e exatidão global superior a 92,5%.Geopantanal 2018

    Estimativa da evapotranspiração real diária para o município de São Gabriel do Oeste-MS utilizando imagens orbitais.

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    Resumo: Estimativas de evapotranspiração real são informações importantes, pois podem fornecer aporte aos gestores agrícolas no manejo de culturas e na previsão da produtividade. Este trabalho teve como objetivo estimar a evapotranspiração real diária (ETr) para o município de São Gabriel do Oeste, que é um grande produtor agrícola do estado de Mato Grosso do Sul. Foram utilizadas imagens do satélite Landsat-8, OLI/TIRS e o algoritmo SEBAL, alimentado com dados de estações meteorológicas. O algoritmo SEBAL calcula a ETr a partir do fluxo de calor latente (LE), o qual é estimado a partir do balanço de energia da superfície. Por meio deste algoritmo foram gerados os mapas dos parâmetros estatísticos, calculados para as diferentes classes de uso e cobertura da terra em São Gabriel do Oeste. As maiores médias de valores de ETr foram encontradas em áreas de vegetação nativa, seguidos de valores próximos para água e agricultura, enquanto que as menores médias de valores foram encontradas em áreas urbanas e solo exposto. A ETr teve comportamento semelhante ao encontrado para a LE. O algoritmo SEBAL utilizando dados de superfície e imagens do Landsat-8, OLI/TIRS, apresentou-se como uma ferramenta eficiente e de baixo custo para o monitoramento da ETr
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