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    Mechanical injuries and the effects on the quality of golden papaya fruits

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    O objetivo do trabalho foi identificar as injúrias mecânicas que ocorrem em mamões 'Golden' e avaliar seus efeitos na qualidade dos frutos armazenados a 22ºC e 85% UR durante 10 dias. As injúrias identificadas como abrasão, corte e amassado foram reproduzidas nos frutos. As abrasões foram provocadas com lixa grão 200, numa área de 6cm². Os cortes foram realizados com incisões de 30 mm de comprimento e 5 mm de profundidade. O amassado foi provocado pelo impacto dos frutos, que foram deixados cair de uma altura de 2 m. Cada fruto recebeu 2 injúrias em lados opostos, na região de maior diâmetro. Mamões intactos foram utilizados como controle. A região danificada pela abrasão não desenvolveu cor amarelo-alaranjada; ocorreu escurecimento da casca, comprovado pelos menores valores de luminosidade e cromaticidade. Abrasão e impacto levaram a maior redução da firmeza da polpa e perda de massa. Imagens de ressonância magnética revelaram que frutos danificados pelas injúrias perderam sua integridade, o que foi identificado por áreas claras devido à presença de água livre. A qualidade de mamões 'Golden' é prejudicada por injúrias mecânicas, principalmente pelo impacto pela abrasão.This work aimed to identify the mechanical injuries that occur in 'Golden' papaya fruits, and to evaluate the injuries effects on the quality of the fruits at early ripening stage and storage at 22ºC and 85% RH for 10 days. The mechanical injuries identified were abrasion, cuts and bruises. Abrasion was caused by 200 mesh sandpaper in a 6 cm² of peel surface area. Cut injury was obtained by cutting fruits at 30mm length and 5mm depth. Bruises were produced in the papayas by impact, which were dropped from 2 m height onto a hard surface. Each fruit were injured twice in the opposite sides at the widest diameter region. Intact fruits were considered as control. Injured areas by abrasion did not develop the typical yellow color. The luminosity and chroma values were lower in injured areas. Abrasion and impact injuries were responsible for flesh firmness decrease and higher water loss. Magnetic resonance images showed that injured papaya fruits lost their integrity. In the injured areas were visualized clear region due to free water content. The quality of 'Golden' papaya fruits is affect by mechanical injuries, mainly due to the impact and the abrasion injuries.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP

    Characterization and comparison of packaging and transport systems of Solo papaya fruits for the domestic market.

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    O objetivo do trabalho foi caracterizar sistemas de embalagem e transporte do mamão Solo destinado ao mercado nacional e compará-los entre si, avaliando suas influências no desempenho pós-colheita do mamão transportado do local de produção até o mercado atacadista. Inicialmente foi realizado um estudo de mercado na Companhia de Entrepostos e Armazéns Gerais de São Paulo - CEAGESP para entender a comercialização desse produto. Foram analisados mamões comercializados na CEAGESP acondicionados em caixas de papelão, transportados em caminhão refrigerado (sistema 1) e mamões acondicionados em caixas de madeira, transportados em caminhão coberto com lona (sistema 2) para identificar e caracterizar os principais danos abióticos e bióticos que ocorrem na cadeia de comercialização e para determinar a interferência de cada sistema no desempenho pós-colheita. Os mamões foram levados para o Laboratório de Pós-colheita do Departamento de Produção Vegetal da ESALQUSP mantidos a 23ºC e 80-90% UR, até o completo amadurecimento. O mamão do grupo Solo é o mais comercializado na CEAGESP e dentro desse grupo a cultivar Sunrise devido a suas qualidades organolépticas, mas o mamão Golden é o único comercializado em dois sistemas distintos de embalagem e transporte. As injúrias mecânicas detectadas foram abrasões, cortes e amassamentos em ordem decrescente de ocorrência. Verificou-se maior quantidade de frutos injuriados no sistema 2. A perda de firmeza no terceiro dia de armazenamento foi aproximadamente 42% para os frutos do sistema 1 e de 63% para os frutos do sistema 2. No quarto dia de armazenamento a atividade respiratória assumiu valores médios de 30,4 e 36,5 mLCO2Kg-1h-1 para os frutos dos sistemas 1 e 2, respectivamente. No final do armazenamento os frutos do sistema 1 apresentaram teores de ácido ascórbico maiores que os do sistema 2. O sistema 1 apresentou, de maneira geral, teores de sólidos solúveis superiores ao sistema 2. No teste sensorial de aparência os provadores preferiram os frutos do sistema 1. Estes frutos foram também os que apresentaram menor incidência de podridão. Para comparar os efeitos dos dois sistemas, isolando-se possíveis variações de qualidade da fruta, mamões do grupo Solo cultivar Golden foram colhidos em pomar comercial no município de Linhares (ES), no estádio 0 de maturação e submetidos aos dois sistemas de embalagem e transporte. Os frutos foram enviados para a CEAGESP, São Paulo (SP), onde foram coletados e levados para o laboratório. O número médio de injúrias por fruto foi de 3,9 no sistema 2 e apenas 1,3 no sistema 1. As lesões encontradas nos dois sistemas estavam localizadas principalmente na região mediana e foram, na maioria, de tamanho pequeno (até 1,5cm). O sistema 2 desenvolveu coloração amarela mais rapidamente, com valor médio do ângulo de cor de 89,6o, enquanto o sistema 1 apresentou valor de 92,8. No sistema 2 os frutos apresentaram firmeza inferior a 20N no terceiro dia de armazenamento e no sistema 1 no nono dia de armazenamento.The aim of this work was to characterize packaging and transport systems of Solo papaya fruits for the domestic market, and compare them each other, evaluating their consequences in postharvest performance of the papaya transportation from the local production to the wholesale market. A study was carried out in CEAGESP (Companhia de Entrepostos e Armazéns Gerais de São Paulo) to understand the marketing of the product. The papayas commercialized in CEAGESP, stored in cardboard boxes and transported on cooled trucks (system 1) as well as the papayas stored in wooden boxes transported on trucks covered with canvas (system 2) were analyzed in order to identify and characterize the main abiotics and biotics losses from the harvest to the market and to determine the results of each system according to the postharvest procedure. The papayas were taking to the Postharvest Laboratory in Plant Production Department (ESALQ-USP), storage at 23ºC and 80-90% RH, up to full ripening. Solo papaya fruit, Sunrise cultivar, is the most commercialized cultivar in CEAGESP due to its organoleptics characteristics, but it is the Golden papaya the only one which is commercialized in both different packaging and transport systems. The mechanical injuries identified were abrasion, cuts and bruises, in decreasing order of occurrence. It was observed the greatest number of injured fruit in system 2. It was noticed 42% of firmness loss on the third day of storage, for the fruits in system 1 and 63% for the fruits in system 2. On the fourth day of storage, respiratory activity showed average values of 30.4-36.5 mLCO2Kg-1h-1 for fruits in systems 1 and 2, respectively. At the end of the storage, the fruits in system 1 showed higher levels of ascorbic acid than the fruits in system 2. The system 1 showed, in general, higher levels of soluble solids than in system 2. For the appearance sensorial test, the tasters preferred the fruits of the system 1 and were also those who showed less rot incidence. In order to evaluate both systems, the Golden papaya was harvested at early ripening stage from a commercial field in Linhares/ES, and they were submitted to both packaging and transport systems 1 and 2. The fruit was sent to CEAGESP in São Paulo/SP, where they were collected and sent to the laboratory. The average number of injuries per fruit was 3.9 for system 2 and only 1.3 for system 1. The injuries detected for both systems are in the middle region of the fruit and are mostly of small size (up to 1.5 cm). System 2 developed yellow typical color faster, with hue angle 89.6o, whereas system 1 was 92.8. For system 2, the fruits showed firmness under 20N on the third day of storage and on the ninth day for system 1

    Injúrias mecânicas e seus efeitos na qualidade de mamões golden Mechanical injuries and the effects on the quality of golden papaya fruits

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    O objetivo do trabalho foi identificar as injúrias mecânicas que ocorrem em mamões 'Golden' e avaliar seus efeitos na qualidade dos frutos armazenados a 22ºC e 85% UR durante 10 dias. As injúrias identificadas como abrasão, corte e amassado foram reproduzidas nos frutos. As abrasões foram provocadas com lixa grão 200, numa área de 6cm². Os cortes foram realizados com incisões de 30 mm de comprimento e 5 mm de profundidade. O amassado foi provocado pelo impacto dos frutos, que foram deixados cair de uma altura de 2 m. Cada fruto recebeu 2 injúrias em lados opostos, na região de maior diâmetro. Mamões intactos foram utilizados como controle. A região danificada pela abrasão não desenvolveu cor amarelo-alaranjada; ocorreu escurecimento da casca, comprovado pelos menores valores de luminosidade e cromaticidade. Abrasão e impacto levaram a maior redução da firmeza da polpa e perda de massa. Imagens de ressonância magnética revelaram que frutos danificados pelas injúrias perderam sua integridade, o que foi identificado por áreas claras devido à presença de água livre. A qualidade de mamões 'Golden' é prejudicada por injúrias mecânicas, principalmente pelo impacto pela abrasão.<br>This work aimed to identify the mechanical injuries that occur in 'Golden' papaya fruits, and to evaluate the injuries effects on the quality of the fruits at early ripening stage and storage at 22ºC and 85% RH for 10 days. The mechanical injuries identified were abrasion, cuts and bruises. Abrasion was caused by 200 mesh sandpaper in a 6 cm² of peel surface area. Cut injury was obtained by cutting fruits at 30mm length and 5mm depth. Bruises were produced in the papayas by impact, which were dropped from 2 m height onto a hard surface. Each fruit were injured twice in the opposite sides at the widest diameter region. Intact fruits were considered as control. Injured areas by abrasion did not develop the typical yellow color. The luminosity and chroma values were lower in injured areas. Abrasion and impact injuries were responsible for flesh firmness decrease and higher water loss. Magnetic resonance images showed that injured papaya fruits lost their integrity. In the injured areas were visualized clear region due to free water content. The quality of 'Golden' papaya fruits is affect by mechanical injuries, mainly due to the impact and the abrasion injuries

    Análise de crescimento de diferentes genótipos de citros cultivados sob déficit hídrico

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    Visando à identificação de genótipos de citros melhor adaptados ao ecossistema de Tabuleiros Costeiros, com potencial de uso como porta-enxertos, avaliou-se seu desempenho em relação à tolerância à seca, considerando a análise de crescimento das plantas. O trabalho foi conduzido em casa de vegetação da Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, em Cruz das Almas - BA. Foram avaliados seis genótipos: limoeiros 'Cravo' e 'Volkameriano', laranjeira 'Azeda' e os híbridos trifoliados HTR - 051, TSK õ CTTR - 002 e TSK õ CTTR - 017, estes últimos obtidos pelo Programa de Melhoramento Genético de Citros da Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical. Plantas obtidas de sementes (pés-francos ou seedlings) foram cultivadas em substrato Plantmaxâ, irrigando-as até que apresentassem dois ou mais pares de folhas verdadeiras, quando foram transplantadas para recipientes com o mesmo substrato devidamente adubado, mantendo-se o suplemento hídrico até o início das avaliações. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado, em esquema fatorial 6 õ 7, sendo seis genótipos e sete tempos de avaliação. As avaliações foram realizadas sob irrigação, déficit hídrico e re-irrigação, considerando-se o acúmulo de matéria seca total (MS) e a área foliar da planta (AF) como base para a determinação dos seguintes índices fisiológicos: razão de área foliar (RAF), taxa assimilatória líquida (TAL) e taxa de crescimento relativo (TCR). Nas condições do experimento, o híbrido HTR - 051 apresentou menor sensibilidade ao déficit hídrico, o que o qualifica como porta-enxerto promissor para ambientes sujeitos a estiagem prolongada

    Resposta de porta-enxertos de citros ao déficit hídrico Response of citrus rootstocks to water deficit

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    O trabalho foi conduzido em casa de vegetação na Embrapa Mandioca e Fruticultura, em Cruz das Almas - BA, e objetivou-se à identificação de porta-enxertos de citros melhor adaptados ao ecossistema de Tabuleiros Costeiros, quanto a tolerância à seca. Foram estudados os limoeiros 'Cravo' e 'Volkameriano', laranjeira 'Azeda' e os híbridos trifoliados HTR - 051, TSK x CTTR - 002 e TSK x CTTR - 017. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado, em esquema fatorial 6 õ 9, com seis genótipos e nove tempos de avaliação. As avaliações foram realizadas na sequência: irrigação, déficit hídrico e irrigação, quando plantas possuíam de 3 a 4 pares de folhas. Foram analisadas as variáveis massas secas da raiz e da parte aérea, o potencial hídrico da planta e a transpiração da folha. Quanto à massa seca da parte aérea, os genótipos limoeiro Volkameriano e laranjeira 'Azeda' apresentaram decréscimos no período de déficit hídrico, sendo que os demais não apresentaram diferenças significativas. Na ausência de irrigação, todos os genótipos apresentaram decréscimos nos seus potenciais hídricos, enquanto apenas os híbridos apresentaram recuperação, mantendo a transpiração. Os híbridos HTR - 051 e TSK x CTTR - 017 apresentaram os melhores desempenhos para todas as variáveis estudadas, mostrando-se mais promissores como porta-enxertos de citros em condições de déficit hídrico.<br>This work was carried out under green house condition at the Embrapa Cassava and Tropical Fruit Crops, Cruz das Almas - Bahia- Brazil, aiming to identify citrus rootstocks better adapted to Coastal Table Land ecosystem as for their drought tolerance. It was studied the Rangpur lime, Volkamer lemon, Sour orange and the trifoliated hybrids HTR - 051, TSK x CTTR - 002, and TSK x CTTR - 017, the last three from the breeding program of the Embrapa Cassava and Tropical Fruits Crops. The experimental design was completely randomized under a 6 x 9 factorial, with six genotypes and nine period of evaluations. The evaluations followed the sequence: irrigation, water deficit, and irrigation when the plants had two to three leaves pairs. It was analyzed the variables root dry matter, dry matter of above ground parts, plant water potential, and leaf transpiration. For the above ground dry matter the genotypes Volkamer lemon and Sour orange showed decrease during the water deficit condition. The other genotypes showed no significant differences for this variable. Without irrigation, all genotypes decreased in their water potentials. The hybrids kept it unchanged maintaining increased transpiration rates. The hybrids HTR - 051, and TSK x CTTR - 017 presented the best performances for all variables studied being more promising as rootstocks for water deficit conditions

    Efeito do corte como dano mecânico na qualidade e na fisiologia de mamões 'golden'

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    A redução na qualidade pós-colheita do mamão deve-se em grande parte aos danos mecânicos, especialmente àqueles do tipo corte. O objetivo deste trabalho foi reproduzir este dano mecânico e avaliar os efeitos do número de cortes na qualidade e na fisiologia pós-colheita de mamões 'Golden'. Os cortes foram obtidos com o uso de uma lâmina de aço de 30 mm de comprimento e 5 mm de profundidade. Os tratamentos consistiram na reprodução de 1 a 4 cortes na região mediana dos frutos. Mamões sem cortes foram utilizados como controle. Após a reprodução dos danos, os frutos foram armazenados em câmara a 22ºC e 80-90% de UR por 10 dias. As análises de qualidade foram realizadas a cada dois dias, e as fisiológicas, diariamente. Os resultados demonstraram que a firmeza, o teor de sólidos solúveis e de ácido ascórbico, a atividade respiratória e a produção de etileno foram influenciados pelo número de cortes, de forma que a perda de qualidade dos frutos foi diretamente proporcional ao número de cortes

    Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil

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    This work was supported by Decit, SCTIE, Brazilian Ministry of Health, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico - CNPq (440685/ 2016-8, 440856/2016-7 and 421598/2018-2), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES - (88887.130716/2016-00), European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under ZIKAlliance Grant Agreement (734548), STARBIOS (709517), Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro – FAPERJ (E-26/2002.930/2016), International Development Research Centre (IDRC) Canada (108411-001), European Union’s Horizon 2020 under grant agreements ZIKACTION (734857) and ZIKAPLAN (734548).Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Mato Grosso do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado da Bahia. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Universidade Federal da Bahia. Vitória da Conquista, BA, Brazil.Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay.Fundação Oswaldo Cruz. Bio-Manguinhos. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, BrazilFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. San Lorenzo, Paraguay.Secretaria de Estado de Saúde de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brazil.Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, Ba, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Hospital das Forças Armadas. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Universidade Nova de Lisboa. Instituto de Higiene e Medicina Tropical. Lisboa, Portugal.University of Sydney. School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences. Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity. Sydney, NSW, Australia.University of KwaZulu-Natal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Estadual de Feira de Santana. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Universidade de Brasília. Brasília, DF, Brazil.Universidade Salvador. Salvador, BA, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterinária. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterinária. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná. Curitiba, PR, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio Grande do Norte. Natal, RN, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas Dr. Julio Maiztegui. Pergamino, Argentina.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Instituto de Salud Pública de Chile. Santiago, Chile.Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos Dr. Manuel Martínez Báez. Ciudad de México, México.Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Dr Carlos G Malbrán. Buenos Aires, Argentina.Ministerio de Salud Pública de Uruguay. Montevideo, Uruguay.Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza em Nutrición y Salud. Tres Ríos, Costa Rica.Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta Pérez. Guayaquil, Ecuador.Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta Pérez. Guayaquil, Ecuador.Universidade Federal de Pernambuco. Recife, PE, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte. MG, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Brazil experienced a large dengue virus (DENV) epidemic in 2019, highlighting a continuous struggle with effective control and public health preparedness. Using Oxford Nanopore sequencing, we led field and classroom initiatives for the monitoring of DENV in Brazil, generating 227 novel genome sequences of DENV1-2 from 85 municipalities (2015–2019). This equated to an over 50% increase in the number of DENV genomes from Brazil available in public databases. Using both phylogenetic and epidemiological models we retrospectively reconstructed the recent transmission history of DENV1-2. Phylogenetic analysis revealed complex patterns of transmission, with both lineage co-circulation and replacement. We identified two lineages within the DENV2 BR-4 clade, for which we estimated the effective reproduction number and pattern of seasonality. Overall, the surveillance outputs and training initiative described here serve as a proof-of-concept for the utility of real-time portable sequencing for research and local capacity building in the genomic surveillance of emerging viruses
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