Adenovirus

Adenoviruses (AdV) are DNA viruses that typically cause mild infections involving the upper or lower respiratory tract, gastrointestinal (GI) tract, or conjunctiva. Rare manifestations of AdV infections include hemorrhagic cystitis, hepatitis, hemorrhagic colitis, pancreatitis, nephritis, or encephalitis. Adenovirus infections are more common in young children, owing to lack of humoral immunity. Epidemics of AdV infections may occur in healthy children or adults in closed or crowded settings (particularly military recruits). The disease is more severe, and dissemination is more likely in patients with impaired immunity (eg, organ transplant recipients, human immunodeficiency virus infection, congenital immunodeficiency syndromes). Fatality rates for untreated severe AdV pneumonia or disseminated disease may exceed 50%. More than 50 serotypes of AdV have been identified. Different serotypes display different tissue trophisms and correlate with clinical manifestations of infection. The predominant serotypes differ among countries or regions and change over time. Transmission of novel strains between countries or across continents and replacement of dominant serotypes by new strains may occur. Treatment of AdV infections is controversial because prospective, randomized therapeutic trials have not been done. Cidofovir is considered the drug of choice for severe AdV infections, but not all patients require treatment. Vaccines have been shown to be highly efficacious in reducing the risk of respiratory AdV infection but are currently not available.Fil: Lynch, Joseph P.. University of California at Los Angeles. School of Medicine; Estados UnidosFil: Fishbein, Michael. University of California at Los Angeles. School of Medicine; Estados UnidosFil: Echavarría, Marcela Silvia. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Respiratory viral diagnosis by using an automated system of multiplex PCR (FilmArray) compared to conventional methods

Las infecciones respiratorias agudas producen una importante morbimortalidad y comúnmente son causadas por virus. En Argentina, los programas de vigilancia epidemiológica se basan en la detección de antígenos virales por inmunofluorescencia (IF), aunque es bien conocido que los métodos moleculares son más sensibles. El panel respiratorio (PR) FilmArray (PR-FilmArray) es un equipo comercial automatizado de PCR múltiples que detecta 17 virus respiratorios y 3 bacterias, en un sistema cerrado que requiere 5 min de procesamiento y una 1 h de instrumentación. Se evaluó un total de 315 muestras respiratorias de niños menores de 6 años con infecciones respiratorias agudas por IF para 8 virus respiratorios y por RT-PCR para rinovirus. Posteriormente, estas muestras se estudiaron con el PR-FilmArray. La frecuencia de positividad al considerar los 9 virus estudiados por IF y RT-PCR fue del 75 %; por PR-FilmArray fue del 92 %. El porcentaje de acuerdo positivo entre ambas metodologías fue del 70,5 % y el de acuerdo negativo fue del 99,6 % (intervalo de confianza 95 %: 65,5-75,1 y 99,2-99,8, respectivamente). El PR-FilmArray permitió obtener un mayor diagnóstico positivo (97 %) y detectó otros virus, como los coronavirus NL63, 229E, OC43 y HKU1 (10 %) y los bocavirus (18 %). Además, permitió identificar coinfecciones múltiples (39 %) con 2, 3, 4 y hasta 5 virus. Actualmente, la IF continúa siendo el método más utilizado en los países latinoamericanos para el diagnóstico de virus respiratorios por su bajo costo, por su capacidad para procesar un alto número de muestras simultáneamente y porque los resultados de los virus más frecuentes están disponibles en 5 h. Sin embargo, la futura incorporación de métodos moleculares aumentaría notablemente la capacidad diagnóstica.Acute respiratory infections, which are commonly caused by viruses, are an important cause of morbidity and mortality in children. In Argentina, national surveillance programs for the detection of respiratory viruses are usually performed by using immunofluorescence (IF) assays, although it is well known that molecular methods are more sensitive. An automated multiplex PCR device, the FilmArray-Respiratory Panel (FilmArray-RP), can detect 17 viral and 3 bacterial pathogens in a closed system that requires only 5 min of hands-on time and 1 h of instrumentation time. A total of 315 respiratory samples from children under 6 years of age suffering from acute respiratory infections, were studied by IF for 8 respiratory viruses and by RT-PCR for rhinoviruses. Later, these samples were tested by the FilmArray-RP. The positivity frequency obtained for the 9 viruses tested was 75% by IF/RT-PCR and 92% by the FilmArray-RP. The positive and negative percent agreement between both methods was 70.5%whereas the negative percent agreement was 99.6% (95% confidence interval:65.5-75.1 and 99.2-99.8 respectively). The FilmArray-RP allowed a higher positive diagnosis (97%) and detected other viruses such as corona virus NL63, 229E, OC43, HKU1 (10%) and bocavirus (18%). In addition, this method identified multiple coinfections (39%) with 2, 3, 4 and up to 5 different viruses. At present, IF is still the most frequently used method in most Latin American countries for respiratory viruses diagnosis due to its low cost, its capability to process a high number of samples simultaneously and the fast determination of results for the most frequent viruses, which are available within 5 h. However, the coming incorporation of molecular methods in routine procedures will significantly increase the diagnostic yield of these infections.Fil: Marcone, Débora Natalia. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas ; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Carballal, Guadalupe. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas ; ArgentinaFil: Ricarte, Joaquina Carmen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas ; ArgentinaFil: Echavarría, Marcela Silvia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas ; Argentin

Incidence of viral respiratory infections in a prospective cohort of outpatient and hospitalized children aged ≤5 years and its associated cost in Buenos Aires, Argentina

Background: Although information about the incidence of viral respiratory illnesses and their associated cost can help health officials explore the value of interventions, data are limited from middle-income countries. Methods: During 2008-2010, we conducted a prospective cohort study and followed ~1,800 Argentinian children aged ≤5years to identify those children who were hospitalized or who sought care at an emergency room with any acute respiratory infection sign or symptom (e.g., rhinorrhea, cough, wheezing, tachypnea, retractions, or cyanosis). Respiratory samples were obtained for respiratory syncytial virus, influenza, parainfluenza, adenovirus, and metapneumovirus testing by immunofluorescence and for rhinovirus by real-time reverse transcription polymerase chain reaction. Results: The incidence of respiratory syncytial virus (24/1000 children-years), human metapneumovirus (8/1000 children-years), and influenza (8/1000 children-years) illnesses was highest among hospitalized children aged <6months and decreased among older children. In contrast, the incidence of rhinovirus was highest (12/1000 children-years) among those aged 6-23 months. In the emergency room, the incidence of rhinovirus was 459; respiratory syncytial virus 352; influenza 185; parainfluenza 177; metapneumovirus 130; and adenovirus 73/1,000 children-years. The total cost of hospitalization was a median of US$529 (Interquartile range, US$362-789). Conclusions: Our findings indicate that respiratory viruses, in particular rhinovirus, respiratory syncytial virus, metapneumovirus, and influenza may be associated with severe illness causing substantial economic burden.Fil: Marcone, Débora Natalia. Centro de Educaciones Médicas e Investigación Clínica ; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Durand, Lizette O.. Centers for Disease Control and Prevention; Estados UnidosFil: Azziz Baumgartner, Eduardo. Centers for Disease Control and Prevention; Estados UnidosFil: Vidaurreta, Santiago Manuel. Centro de Educaciones Médicas e Investigación Clínica ; ArgentinaFil: Ekstrom, Jorge. Centro de Educaciones Médicas e Investigación Clínica ; ArgentinaFil: Carballal, Guadalupe. Centro de Educaciones Médicas e Investigación Clínica ; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Echavarría, Marcela Silvia. Centro de Educaciones Médicas e Investigación Clínica ; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Comparación del test directo de anticuerpos fluorescentes y el cultivo bacteriológico para detección de Brucella suis

El diagnóstico de brucelosis se apoya en el cultivo bacterioló- gico o en la detección de fragmentos de ADN de la bacteria mediante la reacción en cadena de la polimerasa. El empleo de una inmunoglobulina anti-Brucella conjugada a fluoresceína para la detección de este antígeno en tejidos constituye una técnica simple, fácil, reproducible, econó- mica y rápida. El objetivo de este trabajo fue evaluar la fracción gammaglobulínica de un suero policlonal anti-Brucella abortus marcada con isotiocianato de fluoresceína (FITC), 1) contra dis- tintas especies lisas y rugosas de Brucella sp, 2) contra bacterias de otros géneros, y 3) comparar los resultados obtenidos con la inmunofluorescencia directa y el cultivo bacteriológico para la detección de B. suis en distintos tejidos de porcinos infectados. Este conjugado detectó todas las brucelas con distinta intensidad de fluorescencia, pero no hubo fluorescencia inespecífica cuando se ensayaron las bacterias de otros géneros. La fluorescencia de fondo en muestras de los distintos tejidos infectados fue baja. La mayoría de los tejidos infectados mostraron la presencia de microorganismos verde-fluorescentes con la morfología de las brucelas. El anticuerpo conju- gado a FITC permitió un diagnóstico de brucelosis rápido, efectivo y económico.Methods available for detection of Brucella sp from different specimens include bacteriological culture or detection of specific DNA fragments by polymerase chain reaction. The use of fluorescein-labeled anti-Brucella globulin for demonstrating this antigen in animal tissues is a simple, easy, reproducible, cheap and fast technique. The aim of this work was to evaluate the gamma globulin fraction of polyclonal anti-Brucella abortus serum labeled with fluorescein iso-tio-cyanate (FITC-labeled antibody): 1) against different smooth and rough Brucella sp, 2) against bacterium of other genus, and 3) to compare direct fluorescent antibody test results with bacteriological culture for the detection of B. suis in different tissues from infected animals. This conjugate stained all Brucella sp with different intensities but it did not stain any heterologous bacterium tested. Background fluorescence associated with its use on smears from infected sources of different specimens was particularly low. Most of the infected tissues showed the presence of yellowish-green fluorescent organisms with brucella morphology. The tested FITC-labeled antibody allows a quick, effective and inexpensive diagnosis of brucellosis.Fil: Estein, Silvia Marcela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil; ArgentinaFil: Bence, Angel Ricardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil; ArgentinaFil: Cacciato, Claudio Santiago. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas; Argentina. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires; ArgentinaFil: Echavarría, Hilda María. Laboratorio Biologico de Tandil Srl.; ArgentinaFil: Soto, Pedro. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires; Argentin

Genotypes and phylogenetic analysis of adenovirus in children with respiratory infection in Buenos Aires, Argentina (2000-2018)

Human adenoviruses (HAdV) are one of the most frequent causes of respiratory infections around the world, causing mild to severe disease. In Argentina, many studies focused on the association of HAdV respiratory infection with severe disease and fatal outcomes leading to the discovery in 1984 of a genomic variant 7h associated with high fatality. Although several molecular studies reported the presence of at least 4 HAdV species (B, C, D and E) in Argentina, few sequences were available in the databases. In this study, sequences from the hexon gene region were obtained from 141 patients as a first approach to assess the genetic diversity of HAdVs circulating in Buenos Aires, Argentina. Phylogenetic analysis of these sequences and others recovered from public databases confirmed the circulation of the four above-mentioned species represented by 11 genotypes, with predominance in species B and C and shifts in their proportion in the studied period (2000 to 2018). The variants detected in Argentina, for most of the genotypes, were similar to those already described in other countries. However, uncommon lineages belonging to genotypes C2, C5 and E4 were detected, which might indicate the circulation of local variants and will deserve further studies of whole-genome sequences.Fil: Marcone, Débora Natalia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; ArgentinaFil: Reyes, Noelia Paola. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Kajon, Adriana. Lovelace Respiratory Research Institute; Estados UnidosFil: Viale, Diana. Gobierno de la Ciudad Autonoma de Buenos Aires. Hospital de Pediatria "juan P. Garrahan". Servicio de Microbiologia. Unidad de Virologia y Epidemiologia Molecular.; ArgentinaFil: Campos, Rodolfo Hector. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; ArgentinaFil: Carballal, Guadalupe. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Echavarría, Marcela Silvia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; Argentin

Patógenos respiratorios en infantes menores de dos meses internados por infección respiratoria aguda

Las infecciones respiratorias agudas (IRA) son una causa habitual de morbimortalidad en infantes y los virus respiratorios son los agentes causales más frecuentes. El objetivo de este trabajo fue determinar la frecuencia de patógenos respiratorios, sus características y la evolución clínica de infantes menores de dos meses internados por IRA. Se realizó un estudio retrospectivo que comprendió 5 anos ˜ (2008-2011, 2014-2016). Se estudiaron los virus respiratorios y las bacterias atípicas utilizando el panel respiratorio FilmArray. Se evaluaron las características demográficas y clínicas, así como la evolución durante la internación. En 137 infantes menores de dos meses internados por IRA se determinó una positividad del 94,9% en 117 lactantes con infección adquirida en la comunidad (IRA-C) y del 20,0% en 20 lactantes que adquirieron la infección durante su hospitalización en la unidad de cuidados intensivos neonatal (IRA-N) (p < 0,001). En los infantes con IRA-C los virus más frecuentes fueron sincicial respiratorio (RSV) (52,1%) y rinovirus/enterovirus (RV/EV) (41,0%). Se determinaron coinfecciones en un cuarto de los infantes, la combinación RSV-RV/EV fue la más frecuente. En los infantes con IRA-N se detectó RV/EV, RSV o parainfluenza-3 como únicos patógenos. La mayoría de los infantes con IRA-C presentaron IRA baja (81,2%), mientras que más de la mitad de los infantes en UCIN tenían IRA alta (55,0%). La mediana de la duración de la internación en infantes con IRA-C fue de 4 días (RIC: 2-6). Los infantes positivos con IRA-N tuvieron una mediana de internación más larga (71 días [RIC: 42-99]) en comparación con los infantes negativos (58 días [RIC: 49-71]) (p = 0,507). Los virus respiratorios fueron los principales agentes causales de IRA adquirida en la comunidad en infantes menores de dos meses que requirieron internación; los virus más frecuentes fueron RSV y RV/EV. Aunque se observó una baja tasa de positividad de patógenos en infantes con infección nosocomial, estos agentes podrían prolongar la duración de la internación.Lower acute respiratory infections (ARI) are a frequent cause of morbidity and mortality in infants, respiratory viruses being the major causative agents. The aim of this work was to determine the respiratory pathogen frequency, the clinical characteristics and the outcome in infants <2 months old hospitalized with ARI. A retrospective study was performed during a five-year period (2008–2011, 2014–2016). Respiratory viruses and atypical bacteria were studied using the FilmArray-Respiratory Panel. Demographic and clinical characteristics, hospitalization course and outcomes were evaluated. Of the 137 infants <2 months old hospitalized with ARI studied, a 94.9% positivity rate as determined in 117 infants with community-acquired infection and 20.0% in 20 infants who acquired the infection during their birth hospitalization in the neonatal intensive care units (NICU) (nosocomial ARI) (p < 0.001). In infants with community-acquired infection, Respiratory syncytial virus (RSV) (52.1%) and Rhinovirus/Enterovirus (RV/EV) (41.0%) were the most frequent detected pathogens. Coinfections were determined in one quarter of the infants, RSV-RV/EV being the most frequent combination. In infants with nosocomial infection, RV/EV, RSV or Parainfluenza-3 were detected as single pathogens. Most infants with community-acquired infection presented lower ARI (81.2%) while most infants in the NICU had upper ARI (55.0%). The median length of stay (LOS) in infants with community-acquired ARI was 4 days (IQR: 2–6). Positive infants with nosocomial infection had longer median LOS (71 days [IQR:42–99]) compared to negative infants (58 days [IQR: 49–71]) (p = 0.507). Respiratory viruses were detected as the major causative agents of community-acquired infection in hospitalized infants <2-months old, RSV and RV/EV being the most frequently detected. Although a low pathogen positivity rate was observed in infants with nosocomial infection, they may prolong the LOS.Fil: Marcone, Débora Natalia. Centro de Educaciones Médicas e Investigación Clínica "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Carballal, Guadalupe. Centro de Educaciones Médicas e Investigación Clínica "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Reyes, Noelia. Centro de Educaciones Médicas e Investigación Clínica "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Ellis, Alejandro. Sanatorio Mater Dei; ArgentinaFil: Rubies, Yamile. Centro de Educaciones Médicas e Investigación Clínica "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Vidaurreta, Santiago. Centro de Educaciones Médicas e Investigación Clínica "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Echavarría, Marcela Silvia. Centro de Educaciones Médicas e Investigación Clínica "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentin

Rhinoviruses: Frequency in nonhospitalized children with acute respiratory infection

Los métodos moleculares para diagnosticar rinovirus humanos (RVH) han aumentado la sensibilidad de detección. Esto ha permitido documentar la asociación entre los RVH y las infecciones respiratorias agudas (IRA) altas y bajas. La infección por RVH durante la infancia se asoció con posterior desarrollo de asma. Se estudió la frecuencia de RVH en 186 niños menores de 6 años ambulatorios con IRA (alta o baja), durante 2 años consecutivos (1/6/2008 - 31/5/2010). Se correlacionó la presencia de RVH con los antecedentes y características clínico-epidemiológicas. La detección de RVH se realizó con una RT-PCR en tiempo real que amplifica parte de la región 5' no codificante del genoma. Los virus respiratorios clásicos se estudiaron por inmunofluorescencia. En el 61% de los niños se detectó etiología viral. Las frecuencias fueron: RVH 27%, virus sincicial respiratorio (VSR) 16%, influenza A y B 9%, parainfluenza 8%, metapneumovirus 7% y adenovirus 0.5%. Se observaron coinfecciones duales en 8 casos, siendo RVH el más frecuente (en 4 de ellos). Los RVH circularon durante todo el período estudiado, con picos en invierno y primavera. No se observaron diferencias clínico-epidemiológicas significativas entre pacientes con o sin RVH, excepto un mayor porcentaje de niños afebriles con RVH. Los RVH fueron los virus más detectados en niños ambulatorios, principalmente en menores de 2 años, los segundos virus asociados a bronquiolitis, luego del VSR, y detectados tres veces más en los niños expuestos a tabaquismo pasivo (OR: 2,91; p = 0.012) que en el resto. Fueron identificados como único agente en el 28% de las bronquiolitis.Molecular methods for human rhinoviruses (HRV) have increased the sensitivity in their diagnosis. HRV may cause acute respiratory infections (ARI) of the upper and lower respiratory tract. HRV infection during childhood is a predictor of asthma development. In this study, the HRV frequency in outpatient children with ARI was determined, and their clinical features and previous conditions were evaluated. A total of 186 respiratory samples of children under 6 year old attending the CEMIC pediatric emergency room from June 1, 2008 to May 31, 2010, were studied. Classical respiratory viruses were detected by immunofluorescence. A real time RT-PCR that amplifies part of the 5' non coding genomic region was used for HRV detection. Viral detection was obtained in 61% of children. The frequency was: 27% for HRV, 16% for respiratory syncytial virus (RSV), 9% for influenza, 8% for parainfluenza, 7% for metapneumovirus and 0.5% for adenovirus. Dual coinfection was detected in 8 children and HRV were the most frequent, detected in 4 of them. HRV circulated during the two year period of the study, with peaks during winter and spring. No clinical difference was observed between patients with or without HRV, except an increase percent of children with HRV without fever. HRV were the most frequent viruses detected in this population, mainly in children under 2 year old, the second cause of bronchiolitis after RSV and more frequently detected in children exposed to passive smoking (OR = 2.91; p = 0.012), and were detected as the sole etiologic agent in 28% of bronchiolitis.Fil: Marcone, Débora Natalia. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Ricarte, Joaquina Carmen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Videla, Cristina Mónica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Ekstrom, Jorge. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Carballal, Guadalupe. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Vidaurreta, Santiago Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Echavarría, Marcela Silvia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentin

Self-collected saliva for SARS-CoV-2 detection: A prospective study in the emergency room

Current diagnostic standards involve severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) detection in nasopharyngeal swabs (NPS), but saliva is an attractive and noninvasive option for diagnosis. The objectives were to determine the performance of saliva in comparison with NPS for detecting SARS-CoV-2 and to compare the optimized home brew reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) with a commercial RT-PCR. Paired NPS and saliva specimens were prospectively collected and tested by RT-PCR from patients presenting at an emergency room with signs and symptoms compatible with coronavirus disease-2019. A total of 348 samples from 174 patients were tested by RT-PCR assays. Among 174 patients with symptoms, 63 (36%) were SARS-CoV-2 positive in NPS using the optimized home-brew PCR. Of these 63 patients, 61 (98%) were also positive in saliva. An additional positive SARS-CoV-2 saliva was detected in a patient with pneumonia. Kappa Cohen´s coefficient agreement between NPS and saliva was 0.96 (95% confidence interval [CI], 0.90?0.99). Median Ct values in NPS versus saliva were 18.88 (interquartile range [IQR], 15.60?23.58; range, 11.97?38.10) versus 26.10 (IQR, 22.75?30.06; range, 13.78?39.22), respectively (p <.0001). The optimized home-brew RT-PCR demonstrated higher analytical and clinical sensitivity compared with the commercial RT-PCR assay. A high sensitivity (98%) and agreement (kappa 0.96) in saliva samples compared to NPS was demonstrated when using an optimized home-brew PCR even when the viral load in saliva was lower than in NPS. This noninvasive sample is easy to collect, requires less consumable and avoids discomfort to patients. Importantly, self-collection of saliva can diminish exposure to healthcare personnel.Fil: Echavarría, Marcela Silvia. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Reyes, Noelia Soledad. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Rodriguez, Pamela Elizabeth. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Ypas, Martin. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Ricarte, Joaquina Carmen. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Rodriguez, María P.. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Pérez, Matías Gastón. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Seoane, Alejandro. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Martinez, Alfredo. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Videla, Cristina Mónica. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Stryjewski, Martin E.. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Carballal, Guadalupe. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Emergency response for evaluating SARS-CoV-2 immune status, seroprevalence and convalescent plasma in Argentina

We report the emergency development and application of a robust serologic test to evaluate acute and convalescent antibody responses to SARS-CoV-2 in Argentina. The assays, COVIDAR IgG and IgM, which were produced and provided for free to health authorities, private and public health institutions and nursing homes, use a combination of a trimer stabilized spike protein and the receptor binding domain (RBD) in a single enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) plate. Over half million tests have already been distributed to detect and quantify antibodies for multiple purposes, including assessment of immune responses in hospitalized patients and large seroprevalence studies in neighborhoods, slums and health care workers, which resulted in a powerful tool for asymptomatic detection and policy making in the country. Analysis of antibody levels and longitudinal studies of symptomatic and asymptomatic SARS-CoV-2 infections in over one thousand patient samples provided insightful information about IgM and IgG seroconversion time and kinetics, and IgM waning profiles. At least 35% of patients showed seroconversion within 7 days, and 95% within 45 days of symptoms onset, with simultaneous or close sequential IgM and IgG detection. Longitudinal studies of asymptomatic cases showed a wide range of antibody responses with median levels below those observed in symptomatic patients. Regarding convalescent plasma applications, a protocol was standardized for the assessment of end point IgG antibody titers with COVIDAR with more than 500 plasma donors. The protocol showed a positive correlation with neutralizing antibody titers, and was used for clinical trials and therapies across the country. Using this protocol, about 80% of convalescent donor plasmas were potentially suitable for therapies. Here, we demonstrate the importance of providing a robust and specific serologic assay for generating new information about antibody kinetics in infected individuals and mitigation policies to cope with pandemic needs.Fil: Ojeda, Diego Sebastian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: González López Ledesma, María Mora. Fundación Instituto Leloir; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Pallarés, Horacio Martín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Costa Navarro, Guadalupe Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Fundación Instituto Leloir; ArgentinaFil: Sanchez, Lautaro Nicolas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Perazzi, Beatriz Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Villordo, Sergio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Alvarez, Diego Ezequiel. Universidad Nacional de San Martín; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Echavarría, Marcela Silvia. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Oguntuyo, Kasopefoluwa Y.. Icahn School of Medicine at Mount Sinai; Estados UnidosFil: Stevens, Christian S.. Icahn School of Medicine at Mount Sinai; Estados UnidosFil: Lee, Benhur. Icahn School of Medicine at Mount Sinai; Estados UnidosFil: Carradori, Jorge. Laboratorio Lemos S.R.L; ArgentinaFil: Caramelo, Julio Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Yanovsky, Marcelo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Gamarnik, Andrea Vanesa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentin

Designation of human adenovirus types based on sequence data: an unfinished debate

Fil: Kajon, Adriana E.. Lovelace Respiratory Research Institute; Estados UnidosFil: Echavarría, Marcela Silvia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET.; ArgentinaFil: de Jong, Jan C.. Erasmus Medical Centre; Países Bajo