Evaluación abiótica y biótica de ambientes acuáticos de un parque nacional entrerriano

Mirande, V.; B. C. Tracanna; S. E. Haleblian; G. A. Barreto. 2012. “Evaluación abiótica y biótica de ambientes acuáticos de un parque nacional entrerriano”. Lilloa 49 (2). El objetivo del presente trabajo fue caracterizar ambientes leníticos y lóticos del Parque Nacional Pre-Delta (Argentina). Se estudiaron siete zonas (tres lagunas, un arroyo y dos riachos). Se consideraron variables abióticas (conductividad, iones mayoritarios, oxígeno disuelto, compuestos nitrogenados, otras) y bióticas (bacterias y fitoplancton), las cuales fueron determinadas mediante protocolos convencionales. Se empleó el análisis de componentes principales (ACP) para la ordenación de los sitios. Los resultados obtenidos evidenciaron una elevada carga bacteriana en los sistemas lóticos, mientras que en las lagunas fue baja o no detectada. Los mayores registros algales de abundancia, biomasa y diversidad se obtuvieron en los ambientes leníticos, opuesto a lo manifestado por las bacterias. Los tres primeros componentes del ACP permitieron explicar el 95% de la varianza total. Los ejes uno y dos separaron las aguas fluyentes de las estancadas, en lo cual contribuyeron tanto variables abióticas como bióticas. Entre las conclusiones se puede destacar que, en orden decreciente, en la separación de los ambientes seleccionados influyeron factores como la carga bacteriana, nitrato, iones mayoritarios, abundancia total y diversidad del fitoplancton, entre otros

Biodiversidad del Parque Nacional Pre-Delta (Entre Ríos, Argentina). I) Riqueza del fitoplancton

Mirande, V., S. E. Haleblian, G. A. Barreto & B. C. Tracanna. 2009. Biodiversidad del Parque Nacional Pre-Delta (Entre Ríos, Argentina). I) Riqueza del fitoplancton. Lilloa 46 (1-2). El objetivo del presente trabajo fue contribuir al conocimiento de la riqueza del fitoplancton del Parque Nacional Pre-Delta. Hasta el presente se carece de un relevamiento ambiental y ficoflorístico de los cuerpos de agua de este parque, aunque sí se dispone de datos geomorfológicos, faunísticos y florísticos. Se seleccionaron siete sitios de muestreo correspondientes a ambientes lóticos y leníticos. Para la extracción de las muestras cualitativas se filtraron 32 litros de agua a través de una red de 20 µm de poro, las cuales fueron fijadas “in situ” con formaldehido al 4%. La comunidad estuvo compuesta por 102 especies pertenecientes a Cyanophyceae, Chlorophyceae, Charophyceae, Dinophyceae, Bacillariophyceae, Chrysophyceae, Xanthophyceae and Euglenophyceae, destacándose una mayor riqueza específica en las lagunas. Los resultados obtenidos evidenciaron a las diatomeas como el grupo que en líneas generales más contribuyó en especímenes. Se citan 26 especies y 3 variedades nuevas para el Noreste Argentino y, además de las mencionadas anteriormente, se aportan otras 18 especies y 6 variedades para la provincia de Entre Ríos. Todas las entidades comentadas son nuevos taxa para el área de estudio

Implications of the three-dimensional chromatin organization for genome evolution in a fungal plant pathogen

The spatial organization of eukaryotic genomes is linked to their biological functions, although it is not clear how this impacts the overall evolution of a genome. Here, we uncover the three-dimensional (3D) genome organization of the phytopathogen Verticillium dahliae, known to possess distinct genomic regions, designated adaptive genomic regions (AGRs), enriched in transposable elements and genes that mediate host infection. Short-range DNA interactions form clear topologically associating domains (TADs) with gene-rich boundaries that show reduced levels of gene expression and reduced genomic variation. Intriguingly, TADs are less clearly insulated in AGRs than in the core genome. At a global scale, the genome contains bipartite long-range interactions, particularly enriched for AGRs and more generally containing segmental duplications. Notably, the patterns observed for V. dahliae are also present in other Verticillium species. Thus, our analysis links 3D genome organization to evolutionary features conserved throughout the Verticillium genus

Dissecting Disease-Suppressive Rhizosphere Microbiomes by Functional Amplicon Sequencing and 10x Metagenomics

Disease-suppressive soils protect plants against soilborne fungal pathogens that would otherwise cause root infections. Soil suppressiveness is, in most cases, mediated by the antagonistic activity of the microbial community associated with the plant roots. Considering the enormous taxonomic and functional diversity of the root-associated microbiome, identification of the microbial genera and mechanisms underlying this phenotype is challenging. One approach to unravel the underlying mechanisms is to identify metabolic pathways enriched in the disease-suppressive microbial community, in particular, pathways that harbor natural products with antifungal properties. An important class of these natural products includes peptides produced by nonribosomal peptide synthetases (NRPSs). Here, we applied functional amplicon sequencing of NRPS-associated adenylation domains (A domains) to a collection of eight soils that are suppressive or nonsuppressive (i.e., conducive) to Fusarium culmorum, a fungal root pathogen of wheat. To identify functional elements in the root-associated bacterial community, we developed an open-source pipeline, referred to as dom2BGC, for amplicon annotation and putative gene cluster reconstruction through analyzing A domain co-occurrence across samples. We applied this pipeline to rhizosphere communities from four disease-suppressive and four conducive soils and found significant similarities in NRPS repertoires between suppressive soils. Specifically, several siderophore biosynthetic gene clusters were consistently associated with suppressive soils, hinting at competition for iron as a potential mechanism of suppression. Finally, to validate dom2BGC and to allow more unbiased functional metagenomics, we performed 10× metagenomic sequencing of one suppressive soil, leading to the identification of multiple gene clusters potentially associated with the disease-suppressive phenotyp

Biodiversidad del Parque Nacional Pre-Delta (Entre Ríos, Argentina): II. Estudio cuantitativo del fitoplancton Biodiversity of Pre-Delta National Park (Entre Ríos, Argentina): II. Phytoplankton quantitative study

La falta de antecedentes ficológicos vinculados al Parque Nacional Pre-Delta nos condujo a realizar este estudio. El objetivo fue conocer la abundancia del fitoplancton en ambientes leníticos y lóticos de dicha área protegida, la cual está situada en la ciudad de Diamante (Entre Ríos). Se estudiaron siete zonas (tres lagunas, un arroyo y dos riachos) y las variables abundancia absoluta algal, biomasa y diversidad, empleándose para la ordenación de los sitios el análisis de componentes principales (ACP). Los resultados obtenidos evidenciaron a las diatomeas como el grupo dominante a través de las pennadas. Si se consideran a nivel de individuos aportados por las especies, Aulacoseira granulata fue dominante en líneas generales en los sistemas lóticos estudiados, no así en los sistemas lénticos. El empleo de variables específicamente vinculadas al fitoplancton como densidad absoluta, biomasa y diversidad posibilitó la separación de los sitios a través del ACP.This paper was realized because of lack of phycologic dates from Pre-Delta National Park. The aim of this paper was to know abundance phytoplankton in lentic and lotic environments from this area, which is located in Diamante City (Entre Ríos). Seven sampling sites (three lakes, one stream and two rivers) and absolute algal abundance, biomass and diversity of phytoplankton were studied, employing the Principal Component Analyse (PCA) in the ordination of the sites. Our results have showed to diatoms as dominant across pennate group. The PCA separated the lotic and lentic water bodies in base of considered variables. If we consider to individual level given by species, Aulacoseira granulata was generally dominant in lotic systems but not in lentic systems. The absolute algal abundance, biomass and diversity variables permitted to separate the lentic and lotic sampling sites by means of the PCA utilization

Biodiversity of pre-Delta National Park (Entre Ríos, Argentina). II. Phytoplankton quantitative study

La falta de antecedentes ficológicos vinculados al Parque Nacional Pre-Delta nos condujo a realizar este estudio. El objetivo fue conocer la abundancia del fitoplancton en ambientes leníticos y lóticos de dicha área protegida, la cual está situada en la ciudad de Diamante (Entre Ríos). Se estudiaron siete zonas (tres lagunas, un arroyo y dos riachos) y las variables abundancia absoluta algal, biomasa y diversidad, empleándose para la ordenación de los sitios el análisis de componentes principales (ACP). Los resultados obtenidos evidenciaron a las diatomeas como el grupo dominante a través de las pennadas. Si se consideran a nivel de individuos aportados por las especies, Aulacoseira granulata fue dominante en líneas generales en los sistemas lóticos estudiados, no así en los sistemas lénticos. El empleo de variables específicamente vinculadas al fitoplancton como densidad absoluta, biomasa y diversidad posibilitó la separación de los sitios a través del ACP.This paper was realized because of lack of phycologic dates from Pre-Delta National Park. The aim of this paper was to know abundance phytoplankton in lentic and lotic environments from this area, which is located in Diamante City (Entre Ríos). Seven sampling sites (three lakes, one stream and two rivers) and absolute algal abundance, biomass and diversity of phytoplankton were studied, employing the Principal Component Analyse (PCA) in the ordination of the sites. Our results have showed to diatoms as dominant across pennate group. The PCA separated the lotic and lentic water bodies in base of considered variables. If we consider to individual level given by species, Aulacoseira granulata was generally dominant in lotic systems but not in lentic systems. The absolute algal abundance, biomass and diversity variables permitted to separate the lentic and lotic sampling sites by means of the PCA utilizationFil: Mirande, V.. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; Argentina. Universidad Autónoma de Entre Ríos; ArgentinaFil: Barreto, G. A.. Universidad Autónoma de Entre Ríos; ArgentinaFil: Haleblian, S. E.. Universidad Autónoma de Entre Ríos; ArgentinaFil: Tracanna, Beatriz Concepcion. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo; Argentina. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Tucumán. Unidad Ejecutora Lillo; Argentin

Características fisicoquímicas y bacteriológicas de los ambientes acuáticos del Parque Nacional Pre-Delta (Entre Ríos, Argentina) posteriores a un período de aguas altas

El objetivo del presente trabajo fue estudiar las características fisicoquímicas y bacteriológicas de cuerpos de agua leníticos y lóticos del Parque Nacional Pre-Delta luego de un período de aguas altas. Para ello se coleccionaron siete muestras de agua provenientes de tres lagunas, dos riachos y un arroyo que fueron analizadas por personal de la Secretaría de Medio Ambiente (Área Laboratorio) del Gobierno de la provincia de Entre Ríos. En base a los resultados se destacó la influencia antrópica en la Laguna Irupé, con enriquecimiento nitrogenado, y en riacho Vapor Viejo por desechos cloacales, entre otros factores.Fil: Mirande, V.. Universidad Autónoma de Entre Ríos; Argentina. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; ArgentinaFil: Tracanna, Beatriz Concepcion. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Instituto de Limnología del Noroeste Argentino; Argentina. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Tucumán. Unidad Ejecutora Lillo; ArgentinaFil: Haleblian, S. E.. Universidad Autónoma de Entre Ríos; ArgentinaFil: Barreto, G. A.. Universidad Autónoma de Entre Ríos; Argentin

No biotic and biotic evaluation of aquatic environments from an entrerrian national park

El objetivo del presente trabajo fue caracterizar ambientes leníticos y lóticos del Parque Nacional Pre-Delta (Argentina). Se estudiaron siete zonas (tres lagunas, un arroyo y dos riachos). Se consideraron variables abióticas (conductividad, iones mayoritarios, oxígeno disuelto, compuestos nitrogenados, otras) y bióticas (bacterias y fitoplancton), las cuales fueron determinadas mediante protocolos convencionales. Se empleó el análisis de componentes principales (ACP) para la ordenación de los sitios. Los resultados obtenidos evidenciaron una elevada carga bacteriana en los sistemas lóticos, mientras que en las lagunas fue baja o no detectada. Los mayores registros algales de abundancia, biomasa y diversidad se obtuvieron en los ambientes leníticos, opuesto a lo manifestado por las bacterias. Los tres primeros componentes del ACP permitieron explicar el 95% de la varianza total. Los ejes uno y dos separaron las aguas fluyentes de las estancadas, en lo cual contribuyeron tanto variables abióticas como bióticas. Entre las conclusiones se puede destacar que, en orden decreciente, en la separación de los ambientes seleccionados influyeron factores como la carga bacteriana, nitrato, iones mayoritarios, abundancia total y diversidad del fitoplancton, entre otros.The aim of this paper was to characterize lentic and lotic environments from Pre- Delta National Park. Seven samples were collected from three lakes, two rivers and one stream. No biotic and biotic variables studied were conductivity, ions, dissolved oxygen, nitrogen compounds, among others, and bacteria and phytoplankton, respectively, that there were analysed in relation to conventional methods. The Principal Component Analyse (PCA) was employed in the ordination of the sites relative to considered variables. The results showed an elevated bacterial charge in lotic systems and it was no detective or lower in lentic systems. The highest algal values of abundance, biomass and diversity were obtained in lacustrine environments, opposite to observed in the bacteria. The three principal components of PCA explained 95% of total variance. The one and two axis separated the lentic and lotic water bodies in different positions, which both no abiotic and biotic variables were important. Among conclusions were possible to obser ve the impor tance, in decreasing order, of factors as bacteria, nitrate, ions, phytoplankton total abundance and diversity in the sites ordination.Fil: Mirande, Virginia. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Instituto de Limnología del Noroeste Argentino; Argentina. Universidad Autónoma de Entre Ríos; Argentina. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; ArgentinaFil: Tracanna, Beatriz Concepcion. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Instituto de Limnología del Noroeste Argentino; Argentina. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Tucumán. Unidad Ejecutora Lillo; ArgentinaFil: Haleblian, Silvana E.. Universidad Autónoma de Entre Ríos; ArgentinaFil: Barreto, Graciela A.. Universidad Autónoma de Entre Ríos; Argentin