CARB-ES-19 Multicenter Study of Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli From All Spanish Provinces Reveals Interregional Spread of High-Risk Clones Such as ST307/OXA-48 and ST512/KPC-3

ObjectivesCARB-ES-19 is a comprehensive, multicenter, nationwide study integrating whole-genome sequencing (WGS) in the surveillance of carbapenemase-producing K. pneumoniae (CP-Kpn) and E. coli (CP-Eco) to determine their incidence, geographical distribution, phylogeny, and resistance mechanisms in Spain.MethodsIn total, 71 hospitals, representing all 50 Spanish provinces, collected the first 10 isolates per hospital (February to May 2019); CPE isolates were first identified according to EUCAST (meropenem MIC > 0.12 mg/L with immunochromatography, colorimetric tests, carbapenem inactivation, or carbapenem hydrolysis with MALDI-TOF). Prevalence and incidence were calculated according to population denominators. Antibiotic susceptibility testing was performed using the microdilution method (EUCAST). All 403 isolates collected were sequenced for high-resolution single-nucleotide polymorphism (SNP) typing, core genome multilocus sequence typing (cgMLST), and resistome analysis.ResultsIn total, 377 (93.5%) CP-Kpn and 26 (6.5%) CP-Eco isolates were collected from 62 (87.3%) hospitals in 46 (92%) provinces. CP-Kpn was more prevalent in the blood (5.8%, 50/853) than in the urine (1.4%, 201/14,464). The cumulative incidence for both CP-Kpn and CP-Eco was 0.05 per 100 admitted patients. The main carbapenemase genes identified in CP-Kpn were blaOXA–48 (263/377), blaKPC–3 (62/377), blaVIM–1 (28/377), and blaNDM–1 (12/377). All isolates were susceptible to at least two antibiotics. Interregional dissemination of eight high-risk CP-Kpn clones was detected, mainly ST307/OXA-48 (16.4%), ST11/OXA-48 (16.4%), and ST512-ST258/KPC (13.8%). ST512/KPC and ST15/OXA-48 were the most frequent bacteremia-causative clones. The average number of acquired resistance genes was higher in CP-Kpn (7.9) than in CP-Eco (5.5).ConclusionThis study serves as a first step toward WGS integration in the surveillance of carbapenemase-producing Enterobacterales in Spain. We detected important epidemiological changes, including increased CP-Kpn and CP-Eco prevalence and incidence compared to previous studies, wide interregional dissemination, and increased dissemination of high-risk clones, such as ST307/OXA-48 and ST512/KPC-3

Anales de Edafología y Agrobiología Tomo 47 Número 9-10

l. Suelos. La evaporación y evapotranspiración en el campo de Cartagena y vega media del Segura. Primeros resultados. Por, M. I . Sánchez-Toribio, F. López-Bermudez, F. del Amor y A . Torrecillas.-- Estudio mediante un simulador de lluvia del comportamiento de suelos de Valencia (España) frente a los procesos de erosión por escorrentía y salpicadura. Por, P. Sanroque, J. L. Rubio y L. Izquierdo.-- Química Adsorción de clorprofan (CIPC) por suelos. Por, G. Dios Cancela, J. A . Guillén Alfaro y S. González García.-- Relations betweeri B (total available) and severa! constituents of cultivated soils. Por, A. Ruiz-Nieto, E. Barahona, S. Jaime y A. Aguilar.-- Aplicación de disolución no tamponadas para la extracción de aluminio "activo" ligado a la materia orgánica en suelos ácidos de Galicia. Por, M. Urrutia Mera, E. García-Rodeja Gayoso y F. Macías Vázquez.-- Caracterización química y mineralógica de las formas de hierro en suelos sobre sustrato calizo de Galicia (NW de España). Por, M. T. Barral Silva, M. T. Taboada Castro y F. Guitián Ojea.—Biología. Estructura y variabilidad de las nematocenosis en relación con diversos factores bióticos y abióticos del medio en una vaguada adehesada del Oeste español. Por, J. J. Ibáñez, A. Blanco, A. Bello y J. L. Revuelta.-- Génesis, Clasificación y Cartografía. Suelos de la Isla de Gomera (l. Canarias). III. Meseta central. Ecología, características morfológicas, físico-químicas, mineralógicas, micromorfológicas, clasificación e interpretación. Po r, A . Rodríguez Rodríguez, M. L. Tejedor Salguero y C. Jiménez Mendoza.-- Mosaicos heterocrónicos, heterogénicos y heterolíticos en el macizo de Ayllón (Sistema Central). Repercusiones sobre la tipología de los suelos. Por, J. J. Ibáñez, A. López Lafuente, A. García Alvarez y R. García Giménez.-- Fraccionamiento y distribución de óxidos de hierro en superficies de tipo Raña y altas terrazas al sur del macizo de Ayllón y Somosierra (Sistema Central). Por, R. Jiménez Ballesta, J. J. Ibáñez, F. Monturiol, L. Alcalá y M. L. Palomar.-- Fertilidad. Dinámica de la fracción ligera de la materia orgánica en relación a la producción de nitratos a campo. Por, P. Hashimoto, J. Sierra y L. Barberis.-- II. Biología Vegetal.-Nutrición.-- Absorción del nitrógeno contenido en el agua residual depurada y su influencia en el rendimiento. Por, V. Pérez García, D. González de Chavez Rojo y E. Iglesias Gimenez.-- La nutrición N -NH4 durante el estado vegetativo de Nicotiana Rústica L.: Su efecto sobre el crecimiento. Por, M. D. Saco y M. S. Martín.-- Influencia de nutrientes y polifenoles en la descomposición de la hojarasca de especies autóctonas e introducidas en el sureste español. Por, M. T. Domínguez de Juan, E. González Esparcia y F. Penalva Rodríguez.-- Fisiología Fitotoxicidad por zinc : efectos sobre el crecimiento y contencido de pigmentos fotosintéticos en Phaseolus vulgar1s L. a Jo largo del ciclo de desarrollo . Por, A. Ruano, J. Barceló y Ch. Poschenrieder.-- Efectos del pH ácido y del aluminio sobre Pueraria phaseoloides en simbiosis con Bradyrhizobium SP. Por, C. R. Morales, M. J. Delgado y E. J. BedmarPeer reviewe

Anales de Edafología y Agrobiología Tomo 47 Número 5-6

l. Suelos-Física. Valores estimativos de la torrencialidad obtenidos por comparación de distintos métodos de valoración aplicados en la provincia de Valencia. Por V. Bordas Valls, V. Pons Marti y J. Sánchez Díaz.-- Química Metodología y valores estimados para definir el riesgo de degradación química de los suelos en la provincia de Valencia. Por V. Bordas y J. Sánchez.- Origen de materiales alofánicos en suelos volcánicos del campo de Calatrava (Ciudad Real). Por J. L. Martín de Vidales, J. Guijarro, M. A. Hoyos y J. Casas.-- Influencia de un ciclo agroforestal sobre la actividad ureásica en suelos cálcicos. Por S. González Carcedo, M. Pérez Mateos y E. Barriuso Benito.-- Génesis, Clasificación y Cartografía Suelos sobre sedimentos terciarios afectados por la terraza alta del Guadiana en Badajoz (España). Por A. García Navarro y L. Fernández Pozo.-- Génesis y clasificación de los suelos desarrollados sobre las anfibolitas de "Santiago - Ponte Ulla". Por B. M. Silva Hermo, E. García-Rodeja Gayoso, C. García Paz y F. Macías Vázquez.-- Factores ecológicos (Geología, vegetación y clima) de la comarca La Plana de Requena - Utiel (Valencia): I. Relaciones suelo-Material de origen. Por R. Boluda Hernández, V. Andréu Pérez, M. Moraleda Esteve y J. Sánchez Diaz.-- Factores ecológicos (Geología, vegetación y clima) de la comarca La Plana de Requena - Utiel (Valencia): II. Vegetación y clima. Por R. Boluda Hernández, V. Andréu Pérez, M. Moraleda Esteve y J. Sánchez Díaz. II. Biología Vegetal-Fisiología Efectos del ácido 2,4-Diclorofenoxiacético sobre el crecimiento, diferenciación y morfogénesis de un cultivo de callo de erysimum scoparium de un año de edad. Por J. F. Pérez Francés, F. Valdés, R. Martín y B. R. Rodríguez.-- Efecto del GA3 sobre el desarrollo del ápice del tallo de la cebada (Hordeum _ distichon L. cv. "Pallas"). Por M. Díaz-Miguel.-- Effect of elemental sulphur application to Brassica juncea coss. By L. L. Somani, l. J. Gulati, K. K. Vyas and P. C. Kanthalia.-- Efecto sobre la germinación de semillas del extracto hidrosoluble de hojas de especies mediterráneas: introducida: Eucalyptus globulus Labill y autóctonas: Quercus suber L., Quercus ilex L., Pinus pinea L., Cistus ladanifer L. y Halimium halimifolium Wk. Por M. T. Dominguez, E. G. Esparcia y F. Penalva.-- Agrobiologfa Calibration of critica! limits of various soil potassium parameters for wheat crop in Torri - psamment soils of western ghat (India). By S. P. Mazumdar and S. N. Sax Ena.--Factores ecológicos que determinan la distribución del olivo en la España peninsular. Por L. Ramirez-Pérez y B. Peco.-- III. Comunicaciones cortas. Relación suelo - agua en las formaciones de Raña del centro - oeste de España. Por R. Espejo Serrano, y J. Pérez Arias .-- Consideraciones sobre el estado actual y perspectivas en ecología del suelo. Por A. García Álvarez y J. J. lbáñez.-- IV. Trabajo recapitulativo. Origen, situación y características de las variedades de albaricoquero de Murcia. Por L. Eggea, T. Berenguer, J. Egea y J. E. García. NotasPeer reviewe