Benchmarking a new semantic similarity measure using fuzzy clustering and reference sets: Application to cancer expression data

International audienceClustering algorithms rely on a similarity or distance measure that directs the grouping of similar objects into the same cluster and the separation of distant objects between distinct clusters. Our recently described semantic similarity measure (IntelliGO), that applies to functional comparison of genes, is tested here for the first time in clustering experiments. The dataset is composed of genes contained in a benchmarking collection of reference sets. Heatmap visualization of hierarchical clustering illustrates the advantages of using the IntelliGO measure over three other similarity measures. Because genes often belong to more than one cluster in functional clustering, fuzzy C-means clustering is also applied to the dataset. The choice of the optimal number of clusters and clustering performance are evaluated by the F-score method using the reference sets. Overlap analysis is proposed as a method for exploiting the matching between clusters and reference sets. Finally, our method is applied to a list of genes found dysregulated in cancer samples. In this case, the reference sets are provided by expression profiles. Overlap analysis between these profiles and functional clusters obtained with fuzzy C-means clustering leads to characterize subsets of genes displaying consistent function and expression profiles.Les algorithmes de classification (Clustering) reposent sur des mesures de similarité ou de distance qui dirigent le regroupement des objets similaires dans un même groupe et la séparation des objets différents entre des groupes distincts. Notre nouvelle mesure de similarité sémantique (IntelliGO), récemment décrite, qui s'applique à la comparaison fonctionnelle des gènes, est testée ici dans un processus de clustering. L'ensemble de test est composé des gènes contenus dans une collection de classes de référence (Pathways KEGG). La visualisation du clustering hiérarchique avec des cartes de densité (heatmaps) illustre les avantages de l'utilisation de la mesure IntelliGO, par rapport à trois autres mesures de similarité. Comme les gènes peuvent souvent appartenir à plus d'un cluster fonctionnel, la méthode C-means floue est également appliquée à l'ensemble des gènes de la collection. Le choix du nombre optimal de clusters et la performance du clustering sont évalués par la méthode F-score en utilisant les classes de référence. Une analyse de recouvrement entre clusters et classes de référence est proposée pour faciliter des analyses ultérieures. Enfin, notre méthode est appliquée à une liste de gènes dérégulés, concernant le cancer colorectal. Dans ce cas, les classes de référence sont les profils d'expression de ces gènes. L'analyse de recouvrement entre ces profils et les clusters fonctionnels obtenus avec la méthode C-means floue conduit à caractériser des sousensembles de gènes partageant à la fois des fonctions biologiques communes et un comportement transcriptionel identique

Identification d'altérations génomiques impliquées dans l'initiation et la progression tumorale des cancers du côlon de phénotype "chromosome instable" chez l'Homme

Les cancers coliques ayant des instabilités chromosomiques (CIN) sont les plus fréquents des cancers digestifs. A l heure actuelle, une succession d altérations génomiques sont décrites dans la progression tumorale mais aucun consensus n a permis de valider des marqueurs pronostiques. Une des raisons serait l hétérogénéité inter-tumorale: une analyse par allélotypage d adénomes et de carcinomes de différents stades a identifié trois groupes en fonction du nombre des altérations génomiques indépendant du stade clinique, suggérant l existence de plusieurs voies de carcinogenèse. Mes travaux de thèse sur des adénomes et des carcinomes ont validé les modèles de progression décrits dans la littérature mais en redéfinissant la chronologie d apparition des altérations (APC, TP53, K-Ras, méthylation) en tenant compte de la localisation anatomique des échantillons. En complément, l étude du statut génomique du chromosome 20q par allélotypage et FISH a montré un gain complet du bras qui se fait par aneusomie (gain d un nombre impair de chromosomes) ou tétrasomie (gain d un nombre pair de chromosomes), ces événements n intervenant pas simultanément dans la séquence de progression. En parallèle, des puces CGH ont permis d identifier une microdélétion en 1p36.11-12 ciblant entre autre le facteur de transcription E2F2. Des expériences de QPCR ont validé la délétion du gène E2F2, qui serait de bon pronostic pour la survie sans événement de patients ayant un carcinome distal. Ces travaux ont permis de redéfinir la séquence d apparition des anomalies décrites en tenant compte de la localisation (proximale-distale) et caractériser de nouvelles altérations ayant une valeur pronostique.Colon cancer with chromosomal instability (CIN) is the most common gastrointestinal cancer. At present, a series of genomic alterations are described as involved in tumor progression, but no consensus has helped to validate prognostic markers. One reason could be the inter-tumor heterogeneity, because allelotyping on adenomas and and carcinomas of different stages, identified three groups according to the number of genomic alterations independently of clinical stage, suggesting the existence of several pathways of carcinogenesis. My work has confirmed the heterogeneity of alterations and validated the model of progression described in the literature but by redefining more accurately the chronology of the alteration appearance (i.e. APC, TP53, K-Ras, methylation) by taking into account the anatomical location. In addition, studying the chromosome 20q genomic status by allelotyping and FISH showed that the gain of the arm is complete, homogenous and proceeds through aneusomy (odd number of chromosomes) or tetrasomy (even number of chromosomes). In parallel, CGH arrays identified a restraint micro-deletion in 1p36.11-12, a region including several genes whose transcription factor E2F2. QPCR experiments validated the genomic deletion of the E2F2 gene, deletion which would be of good prognosis for event-free survival of patients with distal carcinoma. This work confirms the involvement of some genomic abnormalities already described in the tumoral initiation and the progression; however, we could redefine the sequence of appearance of these anomalies by taking into account the localization (proximal-distal) and characterized new changes with a prognostic value.STRASBOURG-Sc. et Techniques (674822102) / SudocSudocFranceF

Développement de modèles tumoraux pour l'étude de la carcinogenèse colique humaine (caractérisation de différents éléments de la voie WNT/APC/[B]-caténine et des homogènes Cdx)

STRASBOURG ILLKIRCH-Pharmacie (672182101) / SudocSudocFranceF

Colorectal Cancer: The Contribution of CXCL12 and Its Receptors CXCR4 and CXCR7

Colorectal cancer is one of the most common cancers, and diagnosis at late metastatic stages is the main cause of death related to this cancer. This progression to metastasis is complex and involves different molecules such as the chemokine CXCL12 and its two receptors CXCR4 and CXCR7. The high expression of receptors in CRC is often associated with a poor prognosis and aggressiveness of the tumor. The interaction of CXCL12 and its receptors activates signaling pathways that induce chemotaxis, proliferation, migration, and cell invasion. To this end, receptor inhibitors were developed, and their use in preclinical and clinical studies is ongoing. This review provides an overview of studies involving CXCR4 and CXCR7 in CRC with an update on their targeting in anti-cancer therapies

MRI-based definition of a stereotactic two-dimensional template of the human insula

International audienceThese data create a two-dimensional template of the human insula, with regard to the classical AC-PC stereotactic reference system. They furthermore allow us to quantify the probability that a given element of this structure is located at a predefined position. This should be useful in functional neuroimaging studies and in insular surgery for diagnostic and therapeutic goals

Les fluides de coupes : état des connaissances sur les usages, les expositions et les pratiques de gestion en France : rapport d'étude

Les fluides de coupe sont principalement utilisés pour leurs propriétés lubrifiantes et/ou pour leur qualité de refroidissement des pièces en métallurgie. Ils sont utilisés pour faciliter l'opération d'usinage et contribue à améliorer la durée de vie de l'outil utilisé. Ils permettent d'éloigner les copeaux de la zone de coupe, ce qui contribue à l'obtention d'un état de surface de qualité, et de refroidir le copeau et la pièce usinée afin de contribuer à la précision dimensionnelle de la pièce finie. Les usages des fluides de coupe sont en évolution depuis les années 2000. Il y a environ 15-30 ans, seules les huiles entières étaient utilisées. Aujourd'hui, l'utilisation des huiles varie selon le type d'application mais il est à noter toutefois que l'usage des huiles entières est en pleine décroissance depuis 2001, contrairement à celui des fluides aqueux (émulsions) en pleine expansion. Les fluides de coupe exposeraient selon l'étude SUMER plus de 1 million de travailleurs. Il existe deux grands secteurs principaux utilisateurs de ces fluides : le travail des métaux (qui expose selon l'INRS le plus grand nombre de salariés) et l'automobile (plus grand secteur utilisateur selon la CSNIL, Chambre Syndical Nationale de l'Industrie des Lubrifiants). De nombreux éléments existent autour de la prévention des risques liés à l'utilisation des fluides de coupe mais comme le rappelait l'INRS dans son rapport publié en 2002, la plupart des méthodes de prévention, collectives ou individuelles, bien que déjà connues, ne sont pas toujours appliquées, et notamment dans les petites entreprises. De plus les moyens de surveillance, bien que largement détaillés dans de nombreux guides, sont rarement mis en oeuvre. Néanmoins, des substances dangereuses peuvent se retrouver soit au sein de la formulation des fluides de coupe (comme certains additifs, biocides..), soit se former au cours du stockage (comme c'est le cas de pour la NDELA, N-nitroso diéthanolamine). Certaines substances ont déjà vu leur usage en tant que biocide être interdit en France, tel que le formaldéhyde ou encore l'acide borique. Des solutions de substitution existent déjà, telles que la micro-lubrification ou l'usinage à sec. Mais la mise en place ou la recherche de substituts s'accompagne souvent de difficultés en ce qui concerne l'adaptation du processus industriel. La mise en oeuvre des collaborations avec les fournisseurs doit donc être fortement encouragée. Enfin, il existe des zones d'ombre concernant les risques associés au développement microbiologique intervenant lors du vieillissement des fluides. L'utilisation grandissante de ces fluides de type aqueux est en lien avec ces problèmes de contamination microbienne des fluides ainsi que les pathologies respiratoires qui semblent y être associées. Cependant l'absence de référentiel exclut toute interprétation des résultats relatifs à ces agents microbiologiques retrouvés à la fois dans les fluides et les aérosols. Conclusions : En raison de la complexité de la formulation des fluides de coupe, il n'existe pas aujourd'hui de méthode de mesure fiable pour évaluer l'exposition à ces produits. Ainsi la mise en place d'une évaluation quantitative des risques sanitaires complète semble prématurée voire impossible. Il apparaît cependant nécessaire d'aller plus loin en matière de prévention : - une valeur limite pourrait être imposée concernant les quantités en amines secondaires précurseurs de nitrosamines, telle que développée dans le modèle allemand, le respect de cette réglementation allemande est déjà un argument mis en place par certains fournisseurs français ; - La micro-lubrification et la recherche de substitution doivent être encouragées ; - L'élaboration d'un référentiel microbiologique qui puisse tenir compte de la qualité des fluides et de la protection des travailleurs devrait être soutenue. [Auteurs]]]> Mineral Oil ; Metallurgy ; Occupational Exposure/prevention &amp; control ; Risk Assessment ; fre oai:serval.unil.ch:BIB_C3F07DB0BE77 2022-02-19T02:30:16Z <oai_dc:dc xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/" xsi:schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc.xsd"> https://serval.unil.ch/notice/serval:BIB_C3F07DB0BE77 A multicenter qualitative study assessing implementation of an Enhanced Recovery After Surgery program Martin, David Roulin, Didier Demartines, Nicolas Addor, Valérie Ljungqvist, Olle Hübner, Martin info:eu-repo/semantics/conferenceObject inproceedings 2017-05-01 5th ERAS Society World Congress eng oai:serval.unil.ch:BIB_C3F1DA1E7D89 2022-02-19T02:30:16Z <oai_dc:dc xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/" xsi:schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc.xsd"> https://serval.unil.ch/notice/serval:BIB_C3F1DA1E7D89 Geophagia secondary to anaemia in a rich country? Cheseaux, M. Bodenmann, P. Yersin, S. Favrat, B. info:eu-repo/semantics/conferenceObject inproceedings 2011 79e Assemblée Annuelle de la Société Suisse de Médecine Interne Générale, vol. 11, pp. 75S-76S info:eu-repo/semantics/altIdentifier/isbn/1424-4985 urn:issn:1424-4977 <![CDATA[Case Report: A 19 year old female, originally from Cameroon, residentin Switzerland for 10 years, consults for chronic fatigue, constipationand menorrhagia. Clinical examination reveals pain in the iliac fossa,laboratory tests show an iron deficiency anaemia with a hemoglobinof 74 g/l (N: 117-157) and a ferritin less than 3 μg/l (N: 30-300).Gynecological aetiology is strongly suspected.Findings: The dietary history reveals a high intake of African chalkcalled "Mabel" in Lingala, for which she has a craving with criteria forsubstance dependence according to the Diagnostic and StatisticalManual IV. Eating non-food products is called "PICA" and the eatingof earth "geophagia". It is often assumed by the patient that geophagiaoffers nutritional virtues of the earth, and that the land would act asantitoxic, anti-emetic, immune-stimulant, strengthen the intestinalbarrier and be rich in calcium, iron and many nutrients. But insteadgeophagia causes anemia, iron chelation, heavy metal poisoningand significant constipation or obstruction.Management: The patient, following our advice, stopped ingestingchalk. Parenteral iron substitution of ferric carboxymaltose 1000 mgstopped the craving, and resolved her subjective state of fatigue andher haemoglobin normalized to 140 g/l. The menorrhagia resolved withhormone replacement and the constipation subsequently disappeared.Discussion: Our patient was suffering from iron deficiency resulting ina craving for non-food products in this case the earth. We advisepractitioners to systematically ask the question in patients of Africanand South American origin by using synonyms for the word "Mabel"(African chalk, kaolin, Kalaba, calabash chalk, calabash Stone, Kaolin,hurdle, or clay Nzu). A simple question can sometimes avoid costlyinvestigations. The ferrous replacement intravenously can probably stopthe practice of geophagy faster. Finally, we must remember that thispractice is underestimated and rarely expressed by patients as it isoften felt to be a shameful practice

Fourier-transform infrared imaging and clustering: toward an automated histology of normal colon

Congrès sous l’égide de la Société Française de Génie Biologique et Médical (SFGBM).National audienceFourier-transform infrared (FTIR) imaging is currently used as a non-destructive and label free method for analyzing biological specimens. Combined with unsupervised clustering method, this biophotonic approach allows to perform a spectral histopathology of human tissues. However, this method requires the subjective choice of the number of clusters. To overcome this problem, we developed a hierarchical double application of 9 cluster validity indices (CVIs) using K-Means clustering. Applying this approach to FTIR images of normal human colon tissue samples, PBM and SI reveal to be the most efficient indices in retreving the main structures of colon histology. These results suggest that the hierarchical double CVI application is thus a promising method for an automated spectral histology

Cdx2 Controls Expression of the Protocadherin Mucdhl, an Inhibitor of Growth and beta-Catenin Activity in Colon Cancer Cells

BACKGROUND & AIMS: The intestine-specific homeobox transcription factor Cdx2 is an important determinant of intestinal identity in the embryonic endoderm and regulates the balance between proliferation and differentiation in the adult intestinal epithelium. Human colon tumors often lose Cdx2 expression, and heterozygous inactivation of Cdx2 in mice increases colon tumorigenesis. We sought to identify Cdx2 target genes to determine how it contributes to intestinal homeostasis. METHODS: We used expression profiling analysis to identify genes that are regulated by Cdx2 in colon cancer cells lines. Regulation and function of a potential target gene were further investigated using various cell assays. RESULTS: In colon cancer cell lines, Cdx2 directly regulated the transcription of the gene that encodes the protocadherin Mucdhl. Mucdhl localized to the apex of differentiated cells in the intestinal epithelium, and its expression was reduced in most human colon tumors. Overexpression of Mucdhl inhibited low-density proliferation of colon cancer cells and reduced tumor formation in nude mice. One isoform of Mucdhl interacted with beta-catenin and inhibited its transcriptional activity. CONCLUSIONS: The transcription factor Cdx2 activates expression of the protocadherin Mucdhl, which interacts with beta-catenin and regulates activities of intestinal cells. Loss of Cdx2 expression in colon cancer cells might reduce expression of Mucdhl and thereby lead to tumor formation