Fungal diversity in soils with different uses in the pampean region of Argentina

Los hongos son relevantes en la descomposición de la materia orgánica, ciclado de nutrientes y sudisponibilidad para las plantas. El objetivo del presente estudio fue evaluar la comunidad fúngicade suelos con diferente uso utilizando la técnica PCR-DGGE. Se tomaron muestras de suelo (0-5 y5-20 cm de profundidad) de agricultura continua bajo siembra directa (AC), monte de Acacia sp.(MA) y pastizal natural (PN), en la región pampeana Argentina. La composición de la comunidadde hongos fue analizada utilizando la técnica molecular de la reacción en cadena de la polimerasa(PCR), electroforesis en geles con gradiente desnaturalizante (DGGE). A partir de los perfiles debandas de los geles DGGE se determinaron el número de bandas (S) y el coeficiente de similitudde Jaccard. Los perfiles obtenidos de la amplificación de fragmentos de ADN permitieron detectarespecies únicas en los primeros 5 cm de suelo para los usos de MA, AC y PN, al igual que para MAy PN en los 5 a 20 cm de profundidad. Por otro lado, se observaron fragmentos compartidos entrelos tres usos de suelo. El dendrograma identificó dos grupos, con un nivel de similitud próximo a35%. Los perfiles moleculares determinaron que la comunidad del PN se diferenció de las de MA yAC, los cuales están más cercanos entre sí. En conclusión, la técnica PCR-DGGE permitió determinardiferencias en la composición de las comunidades fúngicas edáficas entre suelos con diferente usoen la región pampeana Argentina.Fungi have a key role in organic matter decomposition, nutrient cycling and nutrient availability to plants. The objective of the present study was to evaluate the fungal community of soils with different uses using the PCR-DGGE technique. Soil samples (0-5 and 5-20 cm depth) were taken from continuous agriculture under no-till (AC), Acacia sp. forest (MA) and prairie (PN) in the pampean region of Argentina. The fungal community was analyzed using the molecular technique polymerase chain reaction (PCR) – denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). The number of bands (S) and Jaccard similarity coefficient were determined from band profiles of DGGE gels. The profiles obtained from amplification of DNA fragments allowed identifying unique species in the first 5 cm of the soil for MA, AC and PN uses as well as for MA and PN from 5 to 20 cm depth. On the other hand, shared fragments were observed among the three soil uses. The dendrogram identified two groups, with similarity coefficient close to 35%. The molecular profiles determined that the PN community differed from those of MA and AC, which are closer to each other. In conclusion, the PCR-DGGE technique allowed determining differences in the composition of edaphic fungal communities between soils with different use in the pampean region of Argentina.Fil: Marcos Valle, Facundo José. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro Regional Buenos Aires Sur.; ArgentinaFil: Moreno, Maria Virginia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Cientifico Tecnolológico Mar del Plata. Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Biotecnología. Laboratorio de Biología Funcional y Biotecnología; ArgentinaFil: Silvestro, L. B.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Cientifico Tecnolológico Mar del Plata. Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Biotecnología. Laboratorio de Biología Funcional y Biotecnología; ArgentinaFil: Castellari, Claudia Carla. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Buenos Aires Sur. Estación Experimental Agropecuaria Balcarce; ArgentinaFil: Diaz Delfino, Alberto. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro Regional Buenos Aires Sur.; ArgentinaFil: Andreoli, Yolanda Elina. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro Regional Buenos Aires Sur.; ArgentinaFil: Picone, Liliana Inés. Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria. Centro Regional Buenos Aires Sur.; Argentin

RegulonDB (version 4.0): transcriptional regulation, operon organization and growth conditions in Escherichia coli K-12

<p>RegulonDB is the primary database of the major international maintained curation of original literature with experimental knowledge about the elements and interactions of the network of transcriptional regulation in Escherichia coli K-12. This includes mechanistic information about operon organization and their decomposition into transcription units (TUs), promoters and their s type, binding sites of speci®c transcriptional regulators (TRs), their organization into 'regulatory phrases', active and inactive conformations of TRs, as well as terminators and ribosome binding sites.</p