Estudo molecular de genótipos não usuais de rotavírus A em crianças com gastrenterite aguda da Região Metropolitana de Belém, Pará-Brasil (2008 a 2011)

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Virologia. Ananindeua, PA, Brasil.A epidemiologia da infecção por rotavírus A (RVA) é um fenômeno implexo e sujeito a variação em virtude da sua ampla diversidade genética. Apesar das particularidades genotípicas, os genótipos mais prevalentes globalmente são: G1P[8], G2P[4], G3P[8], G4P[8], G9P[8] e G12P[8]. No Brasil, os genótipos não usuais são representados por genótipos que diferem dos seis tipos mais prevalentes encontrados globalmente. O estudo objetivou analisar os genes dos genótipos não usuais de rotavírus A circulantes em crianças com gastrenterite aguda na região metropolitana de Bélem, Pará, no período de 2008 a 2011. As amostras foram submetidas a amplificação genômica e ao sequenciamento de nucleotídeos. As amostras que foram classificadas como não usuais foram selecionadas para a determinação da constelação genotípica, assim como para análises filogenéticas e evolutivas. Das 122 amostras previamente não tipadas, foi possível obter a combinação genotípica em 106 (86,9%), sendo que foram classificadas como usuais: G1P[8] (n=18), G2P[4] (n=11), G3P[8] (n=1) e G12P[8] (n=6) e como não usuais: G3P[9] (n=1), G12P[6] (n=58) e G12P[9] (n=4). Infecções por múltiplos genótipos também foram detectadas. O genótipo G3P[9] apresentou a constelação G3P[9]-I18-R3-C3-Mx-A19-N3-T3-E3-H6. A filogenia mostrou uma estreita relação entre os genes VP7, VP1, NSP3, NSP4 e NSP5 com genes de origem animal, tais como quiróptero, alpaca, equino e símio. Além disso, os genes de VP6 e NSP1 pertencem aos novos genótipos I18 e A19, respectivamente. De um total de trinta amostras G12P[6] analisadas, 16 exibiram a constelação genotípica Wa-like (G12P[6]/Wa), 13 exibiram DS-1-like (G12P[6]/DS-1) e uma Wa x DS-1-like (G12P[6]/Wa x DS-1). Os resultados sugerem que as amostras G12P[6]/Wa e G12P [6]/DS-1 do Brasil foram distintas evolutivamente em seus genes VP7 e VP4. A análise bayesiana do gene VP6 indicou que as cepas G12P[6]/Wa foram relacionados ao genótipo G1P[8], enquanto que as cepas G12P[6]/DS-1 foram relacionadas com G2P[4]. As quatro amostras G12P[9] foram classificadas na constelação AU-1-like (G12-P[9]-I3-R3-C3-M3-A3-N3-T3-E3-H6). Os genes dessas amostras foram relacionados com a amostra 18974/Brasil, sendo o gene NSP1 relacionado à origem bovina. O ancestral comum mais recente do gene VP7 do genótipo mais prevalente (G12) foi datado em 1998, com taxas de evolução estimada em 2,5 × 10-3 substituições por sítio, por ano. O estudo reforça a importância dos genótipos não usuais e o papel dos animais na ecologia e evolução do RVA, além de fornecer dados evolutivos do genótipo G12. A emergência destas cepas não usuais pode, eventualmente, interferir com a eficácia da vacina de RVA, o que destaca a importância do monitoramento contínuo e prolongado, bem como a necessidade de estudos adicionais para melhor determinar a origem e evolução deste agente

Ocorrência de rotavírus do grupo D em aves criadas em granjas na mesorregião metropolitana de Belém, Pará

Rotaviruses infect human beings and various species of animals. They are composed of non-enveloped icosahedral particles formed by a genome of 11 segments of dsRNA. They are classified into seven groups designated from A-G. The rotaviruses of group D (RVs-D) have been documented in birds; however there are few studies available especially the RT-PCR detection data with obtainment of nucleotide sequence. The aim of this study is to investigate the occurrence of RVs-D among the birds raised in farms situated in the metropolitan mesoregion of Belem, Para-Brazil during the period between 2008 and 2011. 85 pools of faecal samples were collected from 37 farms in eight counties of the metropolitan mesoregion of Belem. The viral dsRNA were extracted from faecal suspensions and submitted to polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) followed by RT-PCR conducted using the specific primers for VP6 and VP7 genes of the RVs-D, one positive sample was collected from each county for nucleotide sequencing of VP6 and VP7 genes, with five samples being cloned. The PAGE showed positivity in 14/85 (16.5%) of the samples and the RT-PCR in 30/85(35%) of the samples. Among the eight counties studied, seven presented samples positive for RVs-D and the viral infection was observed in 17(45.9%) of the 37 farms in these counties. The age interval where the RVs-D was detected at higher rate was among birds aged between 16 and 30 days (23/37-62%) of the total at this age. the nucleotide sequences of the seven samples were classified as RVs-D with bootstrap of 100 corroborating with this grouping. the sequences of VP6 gene presented 90. 8-91.3% of similarity with the prototypes of RVs-D (05V0049) and when compared among themselves. The VP7 genes presented 87-96.1% similarity with the prototype of this group (94.1-100% similarity) when compared among themselves. This analysis is a pioneer of its kind in Brazil and in the world, and it seeks to expand the knowledge about RVs-D.Os rotavírus infectam seres humanos e várias espécies de animais e são constituídos por partículas icosaédricas, não envelopadas, formadas por um genoma de 11 segmentos de dsRNA. São classificados em sete grupos designados de A-G. O rotavírus do grupo D (RVs-D) tem sido documentado em aves, porém existem poucos estudos disponíveis, principalmente com dados de detecção por RT-PCR e obtenção de sequências nucleotídicas. Este estudo objetivou investigar a ocorrência de RVs-D em aves criadas em granjas situadas na Mesorregião Metropolitana de Belém- Pará, no período compreendido entre 2008 a 2011. Foram colhidos 85 pools de amostras fecais provenientes de 37 granjas pertencentes a oito municípios da Mesorregião Metropolitana de Belém. O dsRNA viral foi extraído a partir das suspensões fecais e submetido à eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA) seguido da RT-PCR realizada a partir da construção de iniciadores específicos para os genes VP6 e VP7 do RVs-D. Foi selecionada uma amostra positiva de cada município para o sequenciamento de nucleotídeos dos genes VP6 e VP7, sendo cinco amostras clonadas. A EGPA demonstrou positividade em 14/85 (16,5%) amostras e a RT-PCR em 30/85 (35,3%) amostras. Dos oito municípios estudados, sete apresentaram amostras positivas para RVs-D. Dentre as 37 granjas pertencentes a esses municípios foi observado a presença dessa infecção viral em 17 (45,9%) das granjas estudadas. O intervalo de idade em que o RVs-D foi detectado com maior frequência foi o de aves entre 16 a 30 dias (23/37 – 62%) do total de amostras nesta faixa etária. As sequências nucleotídicas das sete amostras foram classificadas como pertencentes ao RVs-D com bootstrap de 100 corroborando com esse agrupamento. As sequências do gene VP6 apresentaram 90,8-91,3% de similaridade com o protótipo de RVs-D (05V0049) e 98,5-99,9% de similaridade quando comparadas entre si. Para o gene VP7 apresentaram 87-96,1% de similaridade com o protótipo deste grupo e foram 94,1-100% similares quando comparados entre si. A presente análise assume um caráter pioneiro no Brasil e no mundo, permitindo ampliar os conhecimentos acerca do RVs-D

Detección de virus corona-like en un caso de paraparesia flácida en Belém, Estado de Pará, Brasil

Universidade Federal do Pará. Mestranda do Curso de Farmácia. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Unidade de Microscopia Eletrônica. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.In this study, we analyzed a fecal sample of a female infant with paralysis and other clinical symptoms that resembled poliomyelitis. Negative staining electron microscopy showed viral particles with a diameter of approximately 120 nm and displaying a crown-like appearance with surface projections. Ultrathin sections showed particles budding from the membranes of the Golgi apparatus. Based on these results, we propose the association of this virus with the neurological disorder and tentatively assign it to the Coronaviridae family. Further studies are required on this proposed relationship.Neste estudo, analisamos uma amostra fecal de criança do sexo feminino com paralisia e outros sintomas clínicos que se assemelharam à poliomielite. A microscopia eletrônica (contrastação negativa) mostrou partículas com 120 nm de diâmetro, exibindo projeções na superfície semelhantes a uma coroa. Cortes ultrafinos mostraram partículas brotando do complexo de Golgi. Com base nesses resultados, propomos a associação deste vírus com o distúrbio neurológico e o associamos provisoriamente à família Coronaviridae. Estudos adicionais são necessários para esclarecer a relação proposta

Detection, epidemiology and characterization of VP6 and VP7 genes of group D rotavirus in broiler chickens

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Agricultura. Laboratório Nacional Agropecuário. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Rotaviruses infect humans and animals and are classified into eight groups (A to H). Group D rotavirus (RVD) has been described in birds, although relatively few reports are available. The present study focused on RVD, including epidemiological and molecular aspects of samples collected from broiler chickens in the state of Pará, Brazil. A total of 85 faecal samples were collected between 2008 and 2011 from 37 chicken farms located in eight different municipalities. The viral double-stranded RNA was extracted from faecal suspensions and analysed using polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE), followed by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RTPCR) and nucleotide sequencing of the VP6 and VP7 genes. Comparing the positive results, 16.5 per cent (14/85) were obtained by PAGE and 35.3 per cent (30/85) by RT-PCR. Samples from seven of eight municipalities were positive for RVD and infections were recorded in 17 (45.9 per cent) of 37 chicken farms. The RVD infection rate was significantly higher in the 16-day to 30-day age group (62.2 per cent; 23/37) compared with other ages. No consistent relationship was found between the infection rate and either the population density in poultry houses or the climatic conditions. The nucleotide sequences of the VP6 gene were 89.9 to 90.9 per cent similar to the prototype strain 05V0049 and were 88.3 to 100 per cent similar among themselves; VP7 gene nucleotide sequences were 84.3 to 85.4 per cent similar to the prototype strain 05V0049 and 93.8 to 100 per cent similar among themselves. Overall, this study provides new insights into the epidemiology and genome characterization of group D rotaviruse

Detection of avian group D rotavirus using the polymerase chain reaction for VP6 gene

This study was partially supported by a grant from Pará State Secretary of Science and Technology, contract no. 067/2008 (SEDECT/FAPESPA/PA).Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Agricultura. Laboratório Nacional Agropecuário. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Group D rotaviruses (RVs-D) have been documented in birds and, while they may be common in these animals, few molecular studies are available for this specific group. In this study, specific primers for the gene that encodes for the RVs-D VP6 protein were designed and used in a reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Thirty pools of samples were tested by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) yielding a 30% (9/30) positivity. These pools were subjected subsequently to RT-PCR, with a 53% (16/30) positivity rate. The sensitivity of the PCR assay was demonstrated up to a dilution of 5 × 10−4 ng/L (0.5 pg/L) of the cloned VP6 gene. The four samples were sequenced and showed 90.8–91.1% similarity with regards to the RVs-D VP6 gene. To assess for specificity our RT-PCR was applied to nine samples known to contain enteric viral agents other than group D rotaviruses including picobirnavirus, rotavirus group A, and reovirus with negative results. Overall, the data confirm the specificity of the primers used for detecting the RVs-D by RT-PCR, suggesting that this assay can be used for diagnostic purposes

Detecção de um novo rotavírus G3 de tipo equino associado à gastroenterite aguda no Brasil

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Genotype G3P[8] of rotavirus A (RVA) is detected worldwide, usually associated with Wa-like constellation and exhibiting a long RNA migration pattern. More recently, a novel inter-genogroup, G3P[8] reassortant variant with a short electropherotype, has emerged in Asia, Oceania and Europe, denoting an overall potential of unusual rotavirus strains. During a RVA surveillance in Brazil, G3P[8] strains were found displaying a short electropherotype pattern, which had not been detected before in this region. This study aims to characterize the complete genome of 10 G3P[8] strains detected in the northern region of Brazil. All G3P[8] samples were subjected to partial sequencing, and the whole-genome phylogenetic analysis demonstrated that all strains possessed I2-R2-C2-M2-A2-N1-T2-E2-H2 genotype background, representing reassortants with an equine-like G3 VP7 and amino acid changes in VP4 and VP7 antigenic regions as compared to vaccine strains. Phylogenetic analysis demonstrated high nucleotide identity in almost all RNA segments of G3P[8] DS-1 samples detected in Asia, Oceania and Europe as well as G3P[4] strains in Japan. This study reports a novel, equine-like G3P[8] strain circulating in Brazil and isolated from children hospitalized for severe gastroenteritis, and highlights the complex dynamics of RVA molecular epidemiology. Our findings point to a novel RVA strain emerging in this region, and studies should be done to detect whether this may represent a challenge to current vaccine strategies

Molecular epidemiology of human bocavirus in children with acute gastroenteritis from North Region of Brazil

National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.PURPOSE: Human bocavirus (HBoV) is a DNA virus that is mostly associated with respiratory infections. However, because it has been found in stool samples, it has been suggested that it may be a causative agent for human enteric conditions. This underpins the continuous search for HBoVs, especially after the introduction of the rotavirus vaccine due to acute gastroenteritis cases related to emergent viruses, as HBoVs are more likely to be found in this post-vaccine scenario. Therefore, the aim of this study is to demonstrate the prevalence of HBoV in children aged less than 10 years with acute gastroenteritis in Brazil from November 2011 to November 2012. METHODOLOGY: Stool samples from hospitalized children ≤10 years old who presented symptoms of acute gastroenteritis were analysed for the presence of rotavirus A (RVA) by an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), and for HBoV DNA by nested PCR. RESULTS: HBoV positivity was detected in 24.0 % (54/225) of samples. Two peaks of HBoV detection were observed in November 2011 and from July to September 2012. Co-infections between HBoV and rotavirus A were identified in 50.0 % (27/54) of specimens. Phylogenetic analysis identified the presence of HBoV-1 (94.8 %), HBoV-2 (2.6 %) and HBoV-3 (2.6 %) species, with only minor variations among them. CONCLUSION: Our findings provide evidence for the circulation of most HBoV genotypes (except HBoV-4) in the North Region of Brazil at a considerable rate and further investigations are necessary to improve our knowledge in the context of HBoV infections and their role in gastrointestinal diseases

A proposed new strain of avian picornavirus in broiler chicken from Brazil.

This research was financially supported by Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel (CAPES) and Evandro Chagas Institute, Ministry of Health, Ananindeua, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Federal University of Pará. Institute of Biological Sciences. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.A new strain of avian picornavirus was identified in fecal samples from broiler chickens in a commercial farm in the municipality of Benevides, Pará, Brazil. Genomic analysis showed it to have a nucleotide identity of 78.4% with the family Picornaviridae, genus Avisivirus, and species Avisivirus A, suggesting that this is a possible new strain within this species

First whole-genome characterization of avian nephritis virus 2 of broiler chicken from Pará, Brazil

This research was financially supported by the Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel (CAPES) (grant 2303800717/2013-52), the Brazilian Institutes National Council for Scientific and Technological Development (CNPq), and the Evandro Chagas Institute, Ministry of Health, Ananindeua, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Federal University of Pará. Institute of Biological Sciences. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Our results show the first full-genome characterization of avian nephritis virus 2 recovered from stools of broiler chickens at a commercial farm located in Benevides, Pará, Brazil. Nucleotide analyses of whole-genome sequences showed the isolate to be a strain of Avastrovirus 2 in the family Astroviridae