Expanding the diversity of mycobacteriophages: insights into genome architecture and evolution.

Mycobacteriophages are viruses that infect mycobacterial hosts such as Mycobacterium smegmatis and Mycobacterium tuberculosis. All mycobacteriophages characterized to date are dsDNA tailed phages, and have either siphoviral or myoviral morphotypes. However, their genetic diversity is considerable, and although sixty-two genomes have been sequenced and comparatively analyzed, these likely represent only a small portion of the diversity of the mycobacteriophage population at large. Here we report the isolation, sequencing and comparative genomic analysis of 18 new mycobacteriophages isolated from geographically distinct locations within the United States. Although no clear correlation between location and genome type can be discerned, these genomes expand our knowledge of mycobacteriophage diversity and enhance our understanding of the roles of mobile elements in viral evolution. Expansion of the number of mycobacteriophages grouped within Cluster A provides insights into the basis of immune specificity in these temperate phages, and we also describe a novel example of apparent immunity theft. The isolation and genomic analysis of bacteriophages by freshman college students provides an example of an authentic research experience for novice scientists

The James Webb Space Telescope Mission

Twenty-six years ago a small committee report, building on earlier studies, expounded a compelling and poetic vision for the future of astronomy, calling for an infrared-optimized space telescope with an aperture of at least $4m$. With the support of their governments in the US, Europe, and Canada, 20,000 people realized that vision as the $6.5m$ James Webb Space Telescope. A generation of astronomers will celebrate their accomplishments for the life of the mission, potentially as long as 20 years, and beyond. This report and the scientific discoveries that follow are extended thank-you notes to the 20,000 team members. The telescope is working perfectly, with much better image quality than expected. In this and accompanying papers, we give a brief history, describe the observatory, outline its objectives and current observing program, and discuss the inventions and people who made it possible. We cite detailed reports on the design and the measured performance on orbit.Comment: Accepted by PASP for the special issue on The James Webb Space Telescope Overview, 29 pages, 4 figure

The Science Performance of JWST as Characterized in Commissioning

This paper characterizes the actual science performance of the James Webb Space Telescope (JWST), as determined from the six month commissioning period. We summarize the performance of the spacecraft, telescope, science instruments, and ground system, with an emphasis on differences from pre-launch expectations. Commissioning has made clear that JWST is fully capable of achieving the discoveries for which it was built. Moreover, almost across the board, the science performance of JWST is better than expected; in most cases, JWST will go deeper faster than expected. The telescope and instrument suite have demonstrated the sensitivity, stability, image quality, and spectral range that are necessary to transform our understanding of the cosmos through observations spanning from near-earth asteroids to the most distant galaxies.Comment: 5th version as accepted to PASP; 31 pages, 18 figures; https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1538-3873/acb29

Finishing the euchromatic sequence of the human genome

The sequence of the human genome encodes the genetic instructions for human physiology, as well as rich information about human evolution. In 2001, the International Human Genome Sequencing Consortium reported a draft sequence of the euchromatic portion of the human genome. Since then, the international collaboration has worked to convert this draft into a genome sequence with high accuracy and nearly complete coverage. Here, we report the result of this finishing process. The current genome sequence (Build 35) contains 2.85 billion nucleotides interrupted by only 341 gaps. It covers ∼99% of the euchromatic genome and is accurate to an error rate of ∼1 event per 100,000 bases. Many of the remaining euchromatic gaps are associated with segmental duplications and will require focused work with new methods. The near-complete sequence, the first for a vertebrate, greatly improves the precision of biological analyses of the human genome including studies of gene number, birth and death. Notably, the human enome seems to encode only 20,000-25,000 protein-coding genes. The genome sequence reported here should serve as a firm foundation for biomedical research in the decades ahead

Techniques of Fiscal Analysis in the Netherlands (Techniques d'analyse budgétaire aux Pays-Bas) (Técnicas de análisis fiscal en los Países Bajos)

Le présent document étudie les implications en matière de politique budgétaire de deux techniques d'analyse financière utilisées aux Pays-Bas à des fins totalement différentes: l'analyse dite de "la marge budgétaire" qui sert à diriger la croissance à long terme des dépenses publiques, et l'analyse dite de "l'impulsion budgétaire" qui joue le rôle d'un indicateur de conjoncture pour la politique budgétaire. Contrairement à la plupart des autres pays, les Pays-Bas se fondent pour planifier les dépenses sur un accroissement théorique des recettes en partant des tendances de la production et non pas de la croissance projetée des recettes elles-mêmes. La "marge budgétaire" correspond à cette augmentation théorique des recettes et peut, en principe, être utilisée soit pour financer des dépenses publiques supplémentaires, soit pour permettre un allégement discrétionnaire de la fiscalité pendant la période envisagée. Les dépenses ne peuvent dépasser cette marge que si elles sont accompagnées de mesures fiscales discrétionnaires d'un montant de recettes équivalent. Cependant, les dépenses ne sont pas toutes rapportées à la marge budgétaire. Deux exceptions notoires sont les hausses de traitements et salaires dans la fonction publique résultant de l'inflation et les dépenses ou les mesures fiscales discrétionnaires utilisées spécifiquement pour des motifs de politique budgétaire. Les hausses de traitements et salaires de la fonction publique sont examinées à part dans le cadre des problèmes que l'inflation pose à l'analyse de la marge budgétaire, tandis que l'exclusion (depuis 1968) des mesures de politique budgétaire ne laisse qu'une liberté de manoeuvre limitée, dans ce domaine. Les problèmes posés par l'inflation à l'analyse de la marge budgétaire et les conséquences financières d'une croissance soutenue des dépenses publiques indépendamment de la croissance réelle des recettes font l'objet d'une analyse relativement approfondie. La conclusion générale qu'on en tire est que la croissance soutenue des dépenses publiques est à la fois un élément de force qui contribue à éviter le "freinage budgétaire" et un élément de faiblesse en ce sens qu'elle suppose, pour la politique budgétaire des Pays-Bas, une dépendance étroite vis-à-vis de stabilisateurs automatiques. Le pouvoir accordé en 1971 au Ministre des Finances, de majorer ou d'abaisser les cinq principaux impôts dans la limite de 5 pour cent peut, cependant, laisser supposer pour l'avenir une moindre dépendance vis-à-vis de ces stabilisateurs automatiques. L'analyse de l'impulsion budgétaire a pour objet de mesurer la portée des mesures fiscales discrétionnaires du Gouvernement pendant une période donnée, mais elle adopte pour ces mesures une définition différente de la définition traditionnelle. Aux Pays-Bas, toute augmentation des recettes fiscales excédant le montant qui proviedrait d'un système fiscal d'élasticité égale à 1, est considérée comme le résultat d'une mesure discrétionnaire destinée à accroître la pression fiscale. Ainsi calculée, l'augmentation discrétionnaire des recettes fiscales et non fiscales est déduite de l'accroissement discrétionnaire des dépenses publiques puis exprimée en pourcentage des dépenses de la période précédente. Cette mesure de l'impulsion discrétionnaire communiquée à l'économie par le budget est comparée à l'accroissement survenu au cours des années antérieures ainsi qu'aux taux réels et projetés de la croissance des revenus et sert de base pour évaluer le rôle de la politique budgétaire. Le document compare l'analyse de l'impulsion budgétaire à celle de l'excédent budgétaire réel comme autre indicateur de ce rôle. /// En este artículo se examinan las consecuencias que tienen en la política fiscal dos técnicas de análisis fiscal utilizadas en los Países Bajos con fines esencialmente distintos: el análisis del margen presupuestario, que indica el crecimiento del gasto público a largo plazo, y el análisis del impulso, utilizado como indicador de la política fiscal en un contexto cíclico. A diferencia de la mayoría de los países, los Países Bajos utilizan el crecimiento hipotético de la renta pública al nivel de tendencia de la producción, en vez del aumento previsto en la renta, para orientar la planificación del gasto. El margen presupuestario es este crecimento hipotético calculado de la renta que, en principio, puede utilizarse para financiar un aumento del gasto público o una reducción discrecional de los impuestos durante el período de planificación. Sólo se permite que el gasto sea mayor que el margen si al propio tiempo se modifica discrecionalmente la tributación de modo que se obtenga un aumento equivalente de la renta. Sin embargo no todos los gastos se comparan con el margen presupuestario. Dos importantes excepciones son los aumentos de sueldos y salarios de los funcionarios públicos debidos a la inflación y los gastos o las medidas tributarias discrecionales determinados expresamente por motivos de política fiscal. Los aumentos de sueldos y salarios de los funcionarios públicos se excluyen como solución de los problemas que plantea la inflación para el análisis del margen presupuestario, mientras que la exclusión (a partir de 1968) de las medidas adoptadas con fines de política fiscal dan cierta flexibilidad a la política fiscal discrecional. Se analizan con algún detalle los problemas que supone la inflación para el análisis del margen presupuestario y las consecuencias fiscales de un crecimiento sostenido del gasto público, independientemente del aumento real de la renta. La conclusión general es que en los Países Bajos el crecimiento sostenido del gasto público es a la vez un importante factor positivo para evitar el efecto de contracción ocasionado por un aumento automático de la renta pública no gastado, y un importante factor negativo que exige el principal recurso a estabilizadores automáticos en la política fiscal. Sin embargo, las facultades otorgadas al Ministro de Hacienda en 1971 para aumentar o reducir hasta un 5 por ciento los cinco principales impuestos significan que en el futuro se recurrirá menos a los estabilizadores automáticos. El análisis del impulso tiene por objeto medir el alcance de las medidas fiscales discrecionales del Gobierno en un período dado, pero se basa en una definición distinta de la tradicional de las medidas tributarias discrecionales. En los Países Bajos, todo aumento de la renta fiscal en exceso del que se obtendría mediante un sistema tributario con elasticidad unitaria se considera resultado de una medida discrecional de política para aumentar la carga fiscal. El aumento discrecional de la renta tributaria y no tributaria así calculado se resta del aumento discrecional en el gasto público, y se expresa en porcentaje del gasto durante el período anterior. Esta medida del impulso discrecional que el presupuesto da a la economía se compara con el aumento registrado en años anteriores y con las tasas observadas y de tendencia del crecimiento del ingreso, a fin de evaluar la situación de la política fiscal. En el artículo se compara el empleo del análisis del impulso con el empleo del superávit real del presupuesto como otro indicador de la situación de la política fiscal.

The Full Employment Budget Surplus Concept as a Tool of Fiscal Analysis in the United States (L'excédent budgétaire de plein emploi, instrument de l'analyse budgétaire aux Etats-Unis) (El concepto de superávit presupuestario en pleno empleo como instrumento de análisis fiscal en los Estados Unidos)

The paper describes the concept of the full employment surplus and its method of estimation in the United States and analyzes (1) its general use as a summary measure of budget impact for purposes of policy evaluation and (2) its use in rules that govern the formulation of budgetary policy. The principal emphasis is on the first use of the concept, but the stabilization policy implications of its use to formulate budgetary policy are also described. In the analysis, wherever relevant, comparisons are made with the use of the actual budget surplus in the same context. The full employment budget surplus is an estimate of what the budget result would be with a given expenditure and taxation program if the economy were at the full employment level of output. It is clearly a hypothetical construct designed to remove the effects of fluctuations in the actual level of economic activity from the budget result and to permit the identification of changes in government discretionary policy. One conclusion of the paper is that, subject to certain limitations, the full employment surplus is superior to the actual surplus for purposes of fiscal analysis in a static context. But in a dynamic context the superiority of the full employment surplus is less apparent except in certain situations described in the paper. In general, the defects associated with using the actual budget surplus to evaluate discretionary fiscal action, such as the possible variation of the size of the surplus as the result of discretionary action, are also relevant to the use of the full employment surplus in a dynamic setting. The full employment surplus concept is presently used in the United States to determine the size of government expenditure to be included in a given budget. The stabilization policy implications of this use of the concept are favorable for achieving full employment compared with the use of the actual budget surplus in the same context. However, the use of the full employment surplus in such a way does not guarantee the achievement of the full employment objective. /// Dans ce document l'auteur examine le concept d'excédent de plein emploi et la méthode utilisée aux Etats-Unis pour l'estimer, puis il analyse 1) son utilisation générale en tant que mesure sommaire de l'incidence budgétaire aux fins de l'évaluation de la politique économique, et 2) son utilisation dans les directives qui régissent la formulation de la politique budgétaire. L'accent est mis principalement sur la première utilisation de ce concept mais l'auteur décrit également les implications pour la politique de stabilisation qui résultent de son emploi dans l'établissement de la politique budgétaire. Au cours de l'analyse, des comparaisons sont effectuées lorsqu'il y a lieu avec l'utilisation dans le même contexte de l'excédent budgétaire réel. L'excédent budgétaire de plein emploi est une estimation des résultats budgétaires qui seraient obtenus en appliquant un programme de dépenses et d'imposition donné, si l'économie se trouvait au niveau de production de plein emploi. C'est là bien entendu une conception théorique destinée à faire disparaître des résultats budgétaires les effets des fluctuations du niveau effectif de l'activité économique, et à permettre d'identifier l'incidence des modifications de la politique autonome du gouvernement. L'auteur conclut notamment que l'excédent de plein emploi donne dans certaines limites de meilleurs résultats que l'excédent réel lorsqu'on effectue une analyse budgétaire statique. Mais dans une analyse dynamique, la supériorité de l'excédent de plein emploi est moins évidente, sauf dans certaines situations décrites par l'auteur. En général, les difficultés liées à l'utilisation de l'excédent budgétaire réel pour évaluer les mesures budgétaires autonomes, par exemple les variations éventuelles du montant de l'excédent occasionnées par ces mesures, surgissent également lorsque l'on a recours, aux fins de l'analyse dynamique et dans le même contexte, à l'excédent de plein emploi. Le concept d'excédent de plein emploi est actuellement utilisé aux Etats-Unis pour déterminer le montant des dépenses publiques à inclure dans un budget donné. Les implications pour la politique de stabilisation qui résultent de l'utilisation de ce concept permettent de se rapprocher davantage du plein emploi que si l'on utilise l'excédent budgétaire réel aux mêmes fins. Toutefois, une telle utilisation de l'excédent de plein emploi ne garantit pas que l'on atteindra l'objectif du plein emploi. /// En este trabajo se describen el concepto del superávit en pleno empleo y su método de estimación en los Estados Unidos, y se analizan 1) su uso general para medir de forma concisa el impacto del presupuesto, a fin de evaluar la política y 2) su uso en las directrices por las que se rige la formulación de la política presupuestaria. Se hace hincapié en el primer uso de este concepto, pero también se describen las repercusiones en la política de estabilización que tiene su empleo en la formulación de la política presupuestaria. En el análisis, y cuando es del caso, se hacen comparaciones con el uso del superávit real del presupuesto en el mismo contexto. El superávit presupuestario en pleno empleo es una estimación de lo que sería el resultado presupuestal con un programa dado de gasto y tributación si la economía se hallara al nivel de producción de pleno empleo. Es, desde luego, una construcción hipotética destinada a eliminar del resultado presupuestal los efectos de las fluctuaciones del nivel real de actividad económica, permitiendo la identificación de variaciones en la política discrecional del gobierno. Una de las conclusiones del trabajo es que, sujeto a ciertas limitaciones, el superávit en pleno empleo es mejor que el superávit real para fines de análisis fiscal en un contexto estático. Pero en un contexto dinámico la superioridad del superávit en pleno empleo es menos evidente, salvo en ciertas situaciones que se describen en el estudio. En general, los inconvenientes que van unidos al uso del superávit real del presupuesto como forma de evaluar una medida fiscal discrecional, tales como la posible variación de la magnitud del superávit a consecuencia de las medidas discrecionales, existen también en el caso del uso del superávit en pleno empleo cuando hay una situación dinámica. El concepto de superávit en pleno empleo se usa actualmente en los Estados Unidos para determinar la magnitud del gasto del gobierno que ha de incluirse en un presupuesto dado. Desde el punto de vista de la política de estabilización, las repercusiones del uso de este concepto son favorables al logro del pleno empleo, en comparación con el uso del superávit real del presupuesto en el mismo contexto. Sin embargo, tal uso del superávit en pleno empleo no garantiza que se cumpla el objetivo del pleno empleo.

Temporally and Regionally Disparate Differences in Plasmin Activity by Tranexamic Acid

BACKGROUND: A major complication associated with cardiac surgery is excessive and prolonged bleeding in the perioperative period. Improving coagulation by inhibiting fibrinolysis, primarily through inhibition of plasmin activity (PLact) with antifibrinolytics such as tranexamic acid (TXA), has been a pharmacological mainstay in cardiac surgical patients. Despite its almost ubiquitous use, the temporal and regional modulation of PLact profiles by TXA remains unexplored. Accordingly, we developed a fluorogenic-microdialysis system to measure in vivo dynamic changes in PLact after TXA administration in a large animal model. METHODS: Pigs (25-35 kg) were randomly assigned to receive TXA (30 mg/kg, diluted into 50 mL normal saline; n ϭ 9) or vehicle (50 mL normal saline; n ϭ 7). Microdialysis probes were placed in the liver, myocardium, kidney, and quadriceps muscle compartments. The microdialysate infusion contained a validated plasmin-specific fluorogenic peptide. The fluorescence emission (standard fluorogenic units [SFU]) of the interstitial fluid collected from the microdialysis probes, which directly reflects PLact, was determined at steady-state baseline and 30, 60, 90, and 120 min after TXA/vehicle infusion. Plasma PLact was determined at the same time points using the same fluorogenic substrate approach. RESULTS: TXA reduced plasma PLact at 30 min after infusion by Ͼ110 SFU compared with vehicle values (P Ͻ 0.05). Specifically, there was a decrease in liver PLact at 90 and 120 min after TXA infusion of Ͼ150 SFU (P Ͻ 0.05) and 175 SFU (P Ͻ 0.05), respectively. The decrease in liver PLact occurred 60 min after the maximal decrease in plasma PLact. In contrast, kidney, heart, and quadriceps PLact transiently increased followed by an overall decrease at 120 min. CONCLUSIONS: Using a large animal model and in vivo microdialysis measurements of PLact, the unique findings from this study were 2-fold. First, TXA induced temporally distinct PLact profiles within the plasma and selected interstitial compartments. Second, TXA caused region-specific changes in PLact profiles. These temporal and regional differences in the effects of TXA may have important therapeutic considerations when managing fibrinolysis in the perioperative period. (Anesth Analg 2010;110:694 -701