Evaluation of nine microsatellite loci and misidentification paternity frequency in a population of Gyr breed bovines

Paternity misidentification is harmful due to the reduction in annual genetic earnings of the population and because it endangers an efficient genetic improvement program. The objectives of the present study was to evaluate nine microsatellites in Paternity Testing and to investigate misidentification paternity frequency in families of Gyr breed bovines population. In the present experiment blood samples from forty Gir breed families ( bull / cow / calf ), registered pure breed in the Zebu Breeders Brazilian Association (ABCZ) were used. The most part of the microsatellites used in this work were recommended by the International Society of Animal Genetics (ISAG). The genomic DNA extraction was performed from whole blood samples. The microsatellites TGLA122, TGLA126, BM1824, BMS2533, SPS115, ETH3, ETH10, ETH225 and POTCHA were amplified by PCR. The amplification products were separated by electrophoresis in denaturing polyacrylamide gel. from the obtained data, allele frequencies, Gene Diversity, Polymorphism Informative Content and Probability of Exclusion for each microsatellite marker were calculated. the genotype frequencies, Heterozygosity, Combined Probability of Exclusion and Probability of Paternity have also been calculated in the considered families. The Combined Exclusion Probability for all microsatellites was around 0.9789. The Paternity Testing results showed misidentification in eleven of the 40 studied families, that means, 27.5% of the sample. The Paternity Probability ranged from 0.8691 to 0.9999, and the mean was 0.9512.Erros de identificação de paternidade são prejudiciais por reduzir o ganho genético anual e comprometer um programa eficiente de melhoramento genético. O objetivo principal deste trabalho foi avaliar o potencial de uso de nove microssatélites em testes de paternidade e investigar a freqüência de erro de identificação de famílias de um rebanho de animais da raça Gir. No experimento foram utilizadas amostras de sangue de quarenta famílias (touro/ vaca/ bezerro) de animais da raça Gir, Puros de Origem e registrados na Associação Brasileira dos Criadores de Zebu (ABCZ). A maior parte dos microssatélites avaliados neste trabalho são recomendados, para Testes de Paternidade em bovinos, pela Sociedade Internacional de Genética Animal (ISAG). As regiões microssatélites TGLA122, TGLA126, BM1824, BMS2533, SPS115, ETH3, ETH10, ETH225 e POTCHA foram amplificadas por meio da técnica de PCR. Os produtos da amplificação foram separados por eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante. A partir dos dados obtidos foram calculadas as freqüências alélicas, diversidade gênica, conteúdo de polimorfismo informativo e probabilidade de exclusão para cada microssatélite. Também foram calculadas as freqüências genotípicas, heterozigosidade, probabilidade de exclusão combinada e probabilidade de Paternidade nas famílias consideradas. A probabilidade de exclusão combinada para todos os microssatélites estudados foi de 0,9789. Os resultados dos testes de paternidade acusaram erro de identificação em onze das 40 famílias estudadas, ou seja, 27,5% da amostra. A probabilidade de paternidade variou entre 0,8691 e 0,9999, com valor médio de 0,9512

Sexagem de carcaça bovina pelo método de PCR

Objetivou-se, nesta pesquisa, o desenvolvimento de uma metodologia que permitisse a sexagem de carne bovina pronta para comercialização. Para tanto, utilizou-se primers seqüência macho-específica e posterior análise do produto amplificado. O método proposto mostrou-se eficiente para verificar o sexo, bem como sua utilização prática, a fim de evitar fraudes na comercialização de carne bovina.The objective of the present study was to develop a methodology that would permit sexing bovine meat ready for commercialization. A male-specific primer sequence was used, followed by analysis of the amplified product. The method proved to be efficient for sex verification and is of practical utility in the prevention of fraud in beef sale

Mitochondrial DNA of Nellore and European x Nellore crossing cattle of high performance

O objetivo deste trabalho foi avaliar, por meio de um polimorfismo no gene ND5 do DNA mitocondrial de bovinos, a porcentagem de indivíduos portadores de mtDNA Bos taurus indicus em animais Nelore PO (n = 69) e em animais provenientes do cruzamento entre machos europeus e fêmeas Nelore PO (n = 275). Apenas 2,26% (8/354) dos animais apresentaram mtDNA Bos taurus indicus. A alta freqüência de mtDNA Bos taurus taurus nesses animais pode ser reflexo de seleção, uma vez que os animais estudados se originam de linhagens selecionadas para alto desempenho de produção de carne.The objective of this work was to evaluate, through a polymorphism in the ND5 gene of the bovine mitochondrial DNA, the frequency of Bos taurus indicus mtDNA individuals in a sample of Nellore purebred origin animals (n = 69) and crossbred animals originated from crosses of European sires and Nellore purebred origin females (n = 275). Only 2.26% (8/354) of the animals presented Bos taurus indicus mtDNA. The high frequency of Bos taurus taurus mtDNA in these animals can be a consequence of selection, once the animals studied are originated from selected lineages of high performance for meat production

Genetic analysis of growth traits and scrotal circumference in Brangus cattle

O objetivo deste trabalho foi estimar os parâmetros genéticos e a tendência genética de características de crescimento e perímetro escrotal em animais da raça Brangus. Dados de 6.340 animais, criados em cinco propriedades nas regiões Sul, Sudeste e Centro‑Oeste do Brasil, foram utilizados para avaliação de: perímetro escrotal (PE) ao sobreano e pesos ao nascer (PN), à desmama (P205), ao ano (P365) e ao sobreano (P550). Os componentes de covariância foram estimados por inferência bayesiana, sob modelo animal, com efeitos fixos de grupos de contemporâneos e de classe de idade da vaca ao parto, e efeitos aleatórios genético aditivo direto e residual. Os efeitos aleatórios genético materno e de ambiente permanente materno foram incluídos somente para PN e P205. O efeito linear da covariável idade do animal na mensuração foi considerado para todas as características analisadas, exceto PN. As médias observadas foram 33,6, 184,6, 235,9, 344,9 e 33,8 cm para PN, P205, P365, P550 e PE, respectivamente, e as tendências genéticas foram de ‑0,001, 0,107, 0,177, 0,217 kg por ano e 0,001 cm por ano. As estimativas das herdabilidades direta e materna variaram de 0,16 (PN) a 0,61 (PE) e de 0,08 (PN) a 0,09 (P205), indicativas de que as características avaliadas são passíveis de seleção para o melhoramento genético da raça Brangus.The objective of this work was to estimate the genetic parameters and genetic trends for growth traits and scrotal circumference of Brangus cattle. Data on 6,340 animals, raised in five farms in the South, Southern, and Midwestern regions of Brazil, were used for the evaluation of: yearling scrotal circumference (SC) and the weights at birth (PN), weaning (P205), yearling (P365), and post‑yearling (P550). The covariance components were estimated by Bayesian inference using the animal model with fixed effects of contemporary groups and cow age class at calving, and direct additive genetic and residual random effects. The maternal genetic and maternal permanent environmental random effects were included only in PN and P205. The linear effect of the covariable animal age at measurement was considered for all evaluated traits, except for PN. The averages observed were 33.6, 184.6, 235.9, 344.9 kg, and 33.8 cm for PN, P205, P365, P550, and SC, respectively, and the genetic trends were ‑0.001, 0.107, 0.177, 0.217 kg per year, and 0.001 cm per year. Estimates for direct and maternal heritabilities ranged from 0.16 (PN) to 0.61 (SC), and from 0.08 (PN) to 0.09 (P205), respectively, indicating that the evaluated traits are liable to selection for Brangus genetic breeding

Frequências de genes candidatos e associações com características de carcaça e da carne em bovinos da raça Nelore e cruzados

The objective of this work was to estimate allelic frequencies of the polymorphisms IGF2/MboII (G > T) of the insulin‑like growth factor 2 (IGF2) gene, DQ499531.1:g.134A > T of the pro‑melanin‑concentrating hormone (PMCH) gene, and DQ667048.1:g.3290G > T of the RAR‑related orphan receptor C (RORC) gene in beef cattle of different genetic groups, and to evaluate the associations between these polymorphisms and traits related to carcass composition and meat quality. Data on carcass and meat quality of 499 animals was used: of 313 Nellore (Bos indicus) and of 186 Nellore crossed with different taurine (Bos taurus) breeds. For the IGF2/MboII polymorphism, the frequencies found for the G allele were 0.231 and 0.631 for Nellore and crossed breeds, respectively. For the DQ499531.1:g.134A > T polymorphism, the allelic frequencies of A were 0.850 for Nellore and 0.905 for crossed breeds. For the DQ667048.1:g.3290G > T polymorphism, the allelic frequencies of G were 0.797 and 0.460 for Nellore and crossed breeds, respectively. The evaluated single nucleotide polymorphisms (SNPs) are not significantly associated with carcass and meat traits (rib eye area, back fat thickness, shear force, total lipids, and myofibrillar fragmentation index), suggesting little utility of the analyzed polymorphisms of the IGF2, PMHC, and RORC  genes as selection markers in the studied cattle populations.O objetivo deste trabalho foi estimar as frequências alélicas dos polimorfismos IGF2/MboII (G > T) do gene “insulin‑like growth fator 2” (IGF2), DQ499531.1:g.134 A> T do gene “pro‑melanin‑concentrating hormone” (PMCH) e DQ667048.1:g.3290G> T do gene “RAR‑related orphan receptor C” (RORC) em bovinos de corte de diferentes grupos genéticos, e avaliar a ocorrência de associações entre esses polimorfismos e características relacionadas à composição da carcaça e à qualidade de carne. Foram utilizados dados de carcaça e qualidade de carne de 499 animais: 313 da raça Nelore (Bos indicus) e 186 provenientes de seus cruzamentos com raças taurinas (Bos taurus). Para o polimorfismo IGF2/MboII, as frequências encontradas para o alelo G foram 0,231 e 0,631 para Nelore e cruzados, respectivamente. Para o polimorfismo DQ499531.1:g.‑134A > T, as frequências alélicas de A foram 0,850 para Nelore e 0,905 para cruzados. Para o polimorfismo DQ667048.1:g.3290G > T, as frequências alélicas de G foram 0,797 e 0,460 para Nelore e cruzados, respectivamente. Os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) avaliados não se relacionam significativamente com as características de carcaça e carne (área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, força de cisalhamento, lipídeos totais e índice de fragmentação miofibrilar), o que sugere pouca utilidade dos polimorfismos analisados dos genes IGF2,PMHC e RORC como marcadores de seleção nas populações bovinas estudadas

Polimorfismos em genes‑candidatos e suas associações com características de carcaça e qualidade da carne em bovinos Nelore

The objective of this work was to estimate the allele polymorphism frequencies of genes in Nellore cattle and associate them with meat quality and carcass traits. Six hundred males were genotyped for the following polymorphisms: DGAT1 (VNTR with 18 nucleotides at the promoter region); ANK1, a new polymorphism, identified and mapped here at the gene regulatory region NW_001494427.3; TCAP (AY428575.1:g.346G>A); and MYOG (NW_001501985:g.511G>C). In the association study, phenotype data of hot carcass weight, ribeye area, backfat thickness, percentage of intramuscular fat, shear force, myofibrillar fragmentation index, meat color (L*, a*, b*), and cooking losses were used. Allele B from the ANK1 gene was associated with greater redness (a*). Alleles 5R, 6R, and 7R from the DGAT1 VNTR gene were associated with increased intramuscular fat, reduced cooking losses and increased ribeye area, respectively. The single nucleotide polymorphism (SNP) of the TCAP gene was not polymorphic, and MYOG alleles were not associated with any of the evaluated characteristics. These results indicate that ANK1 and DGAT1 genes can be used in the selection of Nellore cattle for carcass and meat quality.O objetivo deste trabalho foi estimar as frequências de polimorfismos alélicos em genes de bovinos Nelore e associá‑los às características de carcaça e qualidade da carne. Seiscentos machos foram genotipados quanto aos seguintes polimorfismos: DGAT1 (VNTR com 18 nucleotídeos na região promotora); ANK1, novo polimorfismo, identificado no presente estudo e mapeado na região gênica regulatória NW_001494427.3; TCAP (AY428575.1:g.346G>A); e MYOG (NW_001501985:g.511G>C). No estudo de associação, foram utilizados os dados fenotípicos de massa da carcaça quente, área de olho do lombo, espessura de gordura subcutânea, percentagem de gordura intramuscular, força de cisalhamento, índice de fragmentação miofibrilar, coloração da carne (L*, a*, b*) e perdas por cocção. O alelo B do gene ANK1 foi associado ao aumento da coloração vermelha (a*) da carne. No gene DGAT1, os alelos 5R, 6R e 7R foram associados ao aumento de gordura intramuscular, à redução das perdas por cocção e ao aumento da área de olho de lombo, respectivamente. O SNP (polimorfismo de nucleotídeo único) do gene TCAP não apresentou polimorfismo, e os alelos do gene MYOG não foram associados a nenhuma das características avaliadas. Os resultados indicam que os genes ANK1 e DGAT1 podem ser utilizados na seleção de animais Nelore quanto à qualidade de carne e carcaça

Evaluation of nine microsatellite loci and misidentification paternity frequency in a population of Gyr breed bovines

Erros de identificação de paternidade são prejudiciais por reduzir o ganho genético anual e comprometer um programa eficiente de melhoramento genético. O objetivo principal deste trabalho foi avaliar o potencial de uso de nove microssatélites em testes de paternidade e investigar a freqüência de erro de identificação de famílias de um rebanho de animais da raça Gir. No experimento foram utilizadas amostras de sangue de quarenta famílias (touro/ vaca/ bezerro) de animais da raça Gir, Puros de Origem e registrados na Associação Brasileira dos Criadores de Zebu (ABCZ). A maior parte dos microssatélites avaliados neste trabalho são recomendados, para Testes de Paternidade em bovinos, pela Sociedade Internacional de Genética Animal (ISAG). As regiões microssatélites TGLA122, TGLA126, BM1824, BMS2533, SPS115, ETH3, ETH10, ETH225 e POTCHA foram amplificadas por meio da técnica de PCR. Os produtos da amplificação foram separados por eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante. A partir dos dados obtidos foram calculadas as freqüências alélicas, diversidade gênica, conteúdo de polimorfismo informativo e probabilidade de exclusão para cada microssatélite. Também foram calculadas as freqüências genotípicas, heterozigosidade, probabilidade de exclusão combinada e probabilidade de Paternidade nas famílias consideradas. A probabilidade de exclusão combinada para todos os microssatélites estudados foi de 0,9789. Os resultados dos testes de paternidade acusaram erro de identificação em onze das 40 famílias estudadas, ou seja, 27,5% da amostra. A probabilidade de paternidade variou entre 0,8691 e 0,9999, com valor médio de 0,9512