Inter and intrapatient evolution of hepatitis C virus

Hepatitis C virus (HCV) has a short replication time, high mutation rates and large population sizes, all of which make it an excellent experimental model for evolution studies, because evolution can be visualized in real-time. In this review, we discuss the implications to study HCV evolution at the interpatient and intrapatient levels of infection. The HCV interpatient dynamics is relatively slow, because the generation time is generally long. Then, at population level, the HCV diversity originated by the high mutation and replication rates is modulated by the bottleneck at transmission. Thus, when the virus is transmitted to other hosts, viral diversity is reduced as a result of the founder effect. On the other hand, during intrapatient infection, HCV evolves rapidly, resulting in quasispecies. Accumulated evidence suggests that this quasispecies composition of the HCV population within the same individual may allow the virus to evade the immune response or escape treatment, leading to chronic infection. Thus, a better understanding of the complexities underlying the molecular evolution of HCV in natural populations is needed before accurate predictions of viral evolution can be made. In summary, HCV evolves both within and among patients. Consequently, HCV evolution should be studied at both levels in order to better understand the natural history of the virus and its potential implications in epidemiology, outcome of infection and progression of liver disease.Fil: Di Lello, Federico Alejandro. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Campos, Rodolfo Hector. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

NS3 genomic sequencing and phylogenetic analysis as alternative to a commercially available assay to reliably determine hepatitis C virus subtypes 1a and 1b

Objective: To evaluate the use of hepatitis C virus (HCV) NS3 sequencing as alternative to the comercially available Versant HCV 2.0 reverse hybridization line-probe assay (LiPA 2.0) to determine HCV genotype 1 (HCV-1) subtypes. Patients and methods: A cohort of 104 patients infected by HCV-1 according to LiPA 2.0 was analyzed in a cross-sectional study conducted in patients seen from January 2012 to June 2016 at an outpatient clinic in Buenos Aires, Argentina. Results: The samples were included within well supported subtype clades: 64 with HCV-1b and 39 with HCV-1a infection. Twenty of the HCV-1a infected patientes were included in a supported sub-clade “1” and 19 individuals were among the basal sub-clade “2”. LiPA 2.0 failed to subtype HCV-1 in 20 (19.2%) individuals. Subtype classification determined by NS3 direct sequencing showed that 2/18 (11.1%) of the HCV-1a-infected patients as determined by LiPA 2.0 were in fact infected by HCV-1b. Of the HCV-1b-infected according to LiPA 2.0, 10/66 (15.2%) patients showed HCV-1a infection according to NS3 sequencing. Overall misclassification was 14.3% (κ-index for the concordance with NS3 sequencing = 0.635). One (1%) patient was erroneously genotyped as HCV-1 and was revealed as HCV genotype 4 infection. Conclusions: Genomic sequencing of the HCV NS3 region represents an adequate alternative since it provides reliable genetic information. It even distinguishes between HCV-1a clades related to resistance-associated substitutions to HCV protease inhibitors, it provides reliable genetic information for genotyping/subgenotyping and simultaneously allows to determine the presence of resistance-associated substitutions to currently recommended DAAs.Fil: Neukam, Karin. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Universidad de Sevilla; España. Hospital Universitario de Valme; EspañaFil: Martínez, Alfredo P.. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas “Norberto Quirno”; ArgentinaFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; ArgentinaFil: Ridruejo, Ezequiel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET.; ArgentinaFil: García, Gabriel. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; ArgentinaFil: Di Lello, Federico Alejandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentin

Hepatitis C Virus Diversification in Argentina: Comparative Analysis between the Large City of Buenos Aires and the Small Rural Town of O’Brien

The estimated prevalence of HCV infection in Argentina is around 2%. However, higher rates of infection have been described in population studies of small urban and rural communities. The aim of this work was to compare the origin and diversification of HCV-1b in samples from two different epidemiological scenarios: Buenos Aires, a large cosmopolitan city, and O´Brien, a small rural town with a high prevalence of HCV infection. PATIENTS AND METHODS: The E1/E2 and NS5B regions of the viral genome from 83 patients infected with HCV-1b were sequenced. Phylogenetic analysis and Bayesian Coalescent methods were used to study the origin and diversification of HCV-1b in both patient populations. RESULTS: Samples from Buenos Aires showed a polyphyletic behavior with a tMRCA around 1887-1900 and a time of spread of infection approximately 60 years ago. In contrast, samples from ÓBrien showed a monophyletic behavior with a tMRCA around 1950-1960 and a time of spread of infection more recent than in Buenos Aires, around 20-30 years ago. CONCLUSION: Phylogenetic and coalescence analysis revealed a different behavior in the epidemiological histories of Buenos Aires and ÓBrien. HCV infection in Buenos Aires shows a polyphyletic behavior and an exponential growth in two phases, whereas that in O´Brien shows a monophyletic cluster and an exponential growth in one single step with a more recent tMRCA. The polyphyletic origin and the probability of encountering susceptible individuals in a large cosmopolitan city like Buenos Aires are in agreement with a longer period of expansion. In contrast, in less populated areas such as O´Brien, the chances of HCV transmission are strongly restricted. Furthermore, the monophyletic character and the most recent time of emergence suggest that different HCV-1b ancestors (variants) that were in expansion in Buenos Aires had the opportunity to colonize and expand in O´Brien.Fil: Golemba, Marcelo Darío. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquimica. Departamento de Microbiologia,inmunologia y Biotecnolog.;Fil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquimica. Departamento de Microbiologia,inmunologia y Biotecnolog.. Cat. de Virologia;Fil: Villamil, Federico. Provincia de Buenos Aires. Ministerio de Salud. Hospital Alta Complejidad En Red El Cruce Dr. Nestor Carlos Kirchner Samic;Fil: Baré, Patricia. Consejo Nacional de Invest.cientif.y Tecnicas. Instituto de Medicina Experimental;Fil: Gadano, Adrián Carlos. Htal.italiano;Fil: Ridruejo, Ezequiel. Centro de Educaciones Medicas E Investig.clinica "norberto Quirno";Fil: Martínez, Alfredo. Centro de Educaciones Medicas E Investig.clinica "norberto Quirno";Fil: Di Lello, Federico Alejandro. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquimica. Departamento de Microbiologia,inmunologia y Biotecnolog.. Cat. de Virologia;Fil: Campos, Rodolfo Hector. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquimica. Departamento de Microbiologia,inmunologia y Biotecnolog.

Genotypes and phylogenetic analysis of adenovirus in children with respiratory infection in Buenos Aires, Argentina (2000-2018)

Human adenoviruses (HAdV) are one of the most frequent causes of respiratory infections around the world, causing mild to severe disease. In Argentina, many studies focused on the association of HAdV respiratory infection with severe disease and fatal outcomes leading to the discovery in 1984 of a genomic variant 7h associated with high fatality. Although several molecular studies reported the presence of at least 4 HAdV species (B, C, D and E) in Argentina, few sequences were available in the databases. In this study, sequences from the hexon gene region were obtained from 141 patients as a first approach to assess the genetic diversity of HAdVs circulating in Buenos Aires, Argentina. Phylogenetic analysis of these sequences and others recovered from public databases confirmed the circulation of the four above-mentioned species represented by 11 genotypes, with predominance in species B and C and shifts in their proportion in the studied period (2000 to 2018). The variants detected in Argentina, for most of the genotypes, were similar to those already described in other countries. However, uncommon lineages belonging to genotypes C2, C5 and E4 were detected, which might indicate the circulation of local variants and will deserve further studies of whole-genome sequences.Fil: Marcone, Débora Natalia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; ArgentinaFil: Reyes, Noelia Paola. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Kajon, Adriana. Lovelace Respiratory Research Institute; Estados UnidosFil: Viale, Diana. Gobierno de la Ciudad Autonoma de Buenos Aires. Hospital de Pediatria "juan P. Garrahan". Servicio de Microbiologia. Unidad de Virologia y Epidemiologia Molecular.; ArgentinaFil: Campos, Rodolfo Hector. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; ArgentinaFil: Carballal, Guadalupe. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Echavarría, Marcela Silvia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; Argentin

Una rica colección de bacterias marinas antárticas (Caleta Potter, islas Shetlands del Sur) revela diversos filotipos endémicos y previamente no descritos

La riqueza bacteriana de la Antártida marítima ha sido pobremente descripta hasta la actualidad. En este trabajo se estudió la filogenia de un grupo de colecciones bacterianas planctónicas obtenidas de agua de mar de tres localizaciones cercanas a la base científica argentina antártica Jubany (actualmente Carlini). Sesenta secuencias clonadas del ARN 16S fueron agrupadas filogenéticamente en las clases Alfaproteobacteria  (30/60 clones), Gammaproteobacteria (19/60 clones), Betaproteobacteria (2/60) y Cytophaga?Flavobacteriia?Bacteroides [CFB (3 / 60)]. Por otro lado, seis de las sesenta secuencias (6/60) no pudieron ser clasificadas en ningún grupo conocido. Tanto las Alfaproteobacteria como las Gammaproteobacteria mostraron secuencias no descriptas con anterioridad y eventualmente endémicas. También es remarcable la ausencia de Cyanobacteria en esta biblioteca. En conclusión, estamos publicando aquí una rica colección de secuencias bacterianas de origen marino compuesta por una mayoría de secuencias ampliamente divergentes entre sí y también distantes de aquellas más intimamente relacionadas dentro de las depositadas hasta el presente en los bancos de datos.Fil: Landone Vescovo, Ignacio A.. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; ArgentinaFil: Golemba, Marcelo Darío. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Di Lello, Federico Alejandro. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Levin, Gustavo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Microbiología Industrial y Biotecnología; ArgentinaFil: Ruberto, Lucas Adolfo Mauro. Ministerio de Relaciones Exteriores, Comercio Interno y Culto. Dirección Nacional del Antártico. Instituto Antártico Argentino; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Microbiología Industrial y Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Mac Cormack, Walter P.. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Microbiología Industrial y Biotecnología; Argentina. Ministerio de Relaciones Exteriores, Comercio Interno y Culto. Dirección Nacional del Antártico. Instituto Antártico Argentino; ArgentinaFil: López, José L.. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Departamento de Microbiología. Cátedra de Virología; Argentin

Epidemiología molecular y análisis filogenético de la infección por el virus del papiloma humano en mujeres con lesiones cervicales y cáncer en la región litoral del Ecuador

The aim of the present study was to gather information regarding the molecular epidemiology of Human papillomavirus (HPV) and related risk factors in a group of women with low- and high-grade cervical lesions and cancer from the coastal region of Ecuador. In addition, we studied the evolution of HPV variants from the most prevalent types and provided a temporal framework for their emergence, which may help to trace the source of dissemination within the region. We analyzed 166 samples, including 57 CIN1, 95 CIN2/3 and 14 cancer cases. HPV detection and typing was done by PCR-sequencing (MY09/MY11). HPV variants and estimation of the time to most recent common ancestor (tMRCA) was assessed through phylogeny and coalescence analysis. HPV DNA was found in 54.4% of CIN1, 74.7% of CIN2/3 and 78.6% of cancer samples. HPV16 (38.9%) and HPV58 (19.5%) were the most prevalent types. Risk factors for the development of cervical lesions/cancer were the following: three or more pregnancies (OR = 4.3), HPV infection (OR = 3.7 for high-risk types; OR = 3.5 for HPV16), among others. With regard to HPV evolution, HPV16 isolates belonged to lineages A (69%) and D (31%) whereas HPV58 isolates belonged only to lineage A. The period of emergence of HPV16 was in association with human populations (tMRCA = 91. 052 years for HPV16A and 27. 000 years for HPV16D), whereas HPV58A preceded Homo sapiens evolution (322. 257 years). This study provides novel data on HPV epidemiology and evolution in Ecuador, which will be fundamental in the vaccine era.Fil: Bedoya Pilozo, Cesar H.. Escuela Superior Politécnica del Litoral; Ecuador. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Medina Magües, Lex G.. Escuela Superior Politécnica del Litoral; EcuadorFil: Espinosa García, Maylen. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Sánchez, Martha. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Parrales Valdiviezo, Johanna V.. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Molina, Denisse. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Ibarra, María A.. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Quimis Ponce, María. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: España, Karool. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Párraga Macias, Karla E.. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Cajas Flores, Nancy V.. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Solon, Orlando A.. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; Ecuador. Universidad Agraria del Ecuador; EcuadorFil: Robalino Penaherrera, Jorge A.. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Chedraui, Peter. Hospital Gineco-Obstétrico Enrique C. Sotomayor; EcuadorFil: Escobar, Saul. Universidad Católica de Guayaquil; EcuadorFil: Loja Chango, Rita D.. Universidad Católica de Guayaquil; EcuadorFil: Ramirez Morán, Cecibel. Universidad Católica de Guayaquil; EcuadorFil: Espinoza Caicedo, Jasson. Universidad Católica de Guayaquil; EcuadorFil: Sánchez Giler, Sunny. Universidad Especialidades Espíritu Santo. Facultad de Ciencias Médicas; EcuadorFil: Limia, Celia M.. Instituto de Medicina Tropical Pedro Kouri; CubaFil: Alemán, Yoan. Instituto de Medicina Tropical Pedro Kouri; CubaFil: Soto, Yudira. Instituto de Medicina Tropical Pedro Kouri; CubaFil: Kouri, Vivian. Instituto de Medicina Tropical Pedro Kouri; CubaFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; ArgentinaFil: Badano, Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina. Secretaría de Educación Superior, Ciencia, Tecnología e Innovación; Ecuador. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; Argentin

The molecular epidemiological analysis as a tool to explain the origin and the disemination of hepatitis C virus

La posibilidad de obtener y analizar secuencias del virus de la hepatitis C (HCV) ha sido fundamental para el estudio epidemiológico y evolutivo. El análisis filogenético permitió definir a los seis genotipos del HCV y determinar un origen y diversificación asociado a una región geográfica particular. Actualmente se considera que los genotipos de HCV infectan al ser humano desde hace miles de años con un carácter endémico y baja transmisión, pero en condiciones propicias produce brotes emergentes. La factibilidad de transmisión se modificó en el último siglo como resultado del proceso de globalización mundial haciendo posible la “emergencia” de infecciones virales, entre ellas del HCV-1. En la Argentina se analizó de manera comparativa la historia epidemiológica en Buenos Aires y en dos ciudades rurales pequeñas. Se determinaron diferencias en el origen de la infección, la edad de la emergencia, el tiempo en que se expandió la infección. Estas diferencias se explican en la factibilidad de transmisión entre una gran ciudad cosmopolita y un pequeño pueblo rural. Además el carácter monofilético y el tiempo de emergencia más tardío (aprox. 30 años) sugieren que distintos ancestros del HCV-1b (variantes), que ya estaban en plena expansión en Buenos Aires, tuvieron la oportunidad de colonizar pequeñas poblaciones. Estudios similares realizados en Cruz del Eje y en la Provincia de Córdoba sugieren que el HCV-2c fue introducido por la inmigración Italiana a principios del siglo XX y que emergió en los ‘50 estabilizándose 20 años más tarde.The technical advance in acquisition and analysis of sequences of hepatitis C virus (HCV) has improved the research of the virus epidemiology and evolution. The phylogenetic analysis allowed the definition of the six HCV genotypes and the determination of the source and geographical pattern of diversification. Currently, it is thought that the HCV genotypes have infected the mankind for thousands of years in a endemic fashion with low transmission rates, but outbreaks could emerge under certain conditions. The world globalization process had made possible the emergence of viral infections, like HCV-1, according to the increased factibility of the viral transmission. The comparative analyses of the epidemiological history of this infection were carried out in Argentina, in Buenos Aires and two small rural cities. We observed differences between the infection source, the time of the emergence and the time when the infection was spread. These differences could be explained by the dissimilar opportunity of transmission within a big city as Buenos Aires and small rural towns. Furthermore, the monophyly and the older time of emergence in the small towns suggest that several HCV-1b ancestors, which were already in expansion in Buenos Aires, could colonize these towns. Similar studies on HCV-2c isolated in “Cruz del Eje” and in other cities and towns of the Province of Córdoba suggest that this subtype was introduced in the country by the Italian immigration at the begging of the XXth Century, then it emerged in the ‘50s and stopped its spreading in the ‘70s.Fil: Campos, Rodolfo Hector. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Golemba, Marcelo Darío. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentin

Evolutionary dynamics of Hepatitis C virus in a chronic HIV co-infected patient and its correlation with the immune status

The HCV evolutionary dynamics play a key role in the infection onset, maintenance of chronicity, pathogenicity, and drug resistance variants fixation, and are thought to be one of the main caveats in the development of an effective vaccine. Previous studies in HCV/HIV co-infected patients suggest that a decline in the immune status is related with increases in the HCV intra-host genetic diversity. However, these findings are based on single point sequence diversity measures or coalescence analyses in several virus-host interactions. In this work, we describe the molecular evolution of HCV-E2 region in a single HIV-co-infected patient with two clearly defined immune conditions. The phylogenetic analysis of the HCV-1a sequences from the studied patient showed that he was co-infected with three different viral lineages. These lineages were not evenly detected throughout time. The sequence diversity and coalescence analyses of these lineages suggested the action of different evolutionary patterns in different immune conditions: a slow rate, drift-like process in an immunocompromised condition (low levels of CD4+ T lymphocytes); and a fast rate, variant-switch process in an immunocompetent condition (high levels of CD4+ T lymphocytes).Fil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; ArgentinaFil: Monzani, María Cecilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Academia Nacional de Medicina de Buenos Aires; ArgentinaFil: Baré, Patricia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Academia Nacional de Medicina de Buenos Aires; ArgentinaFil: Campos, Rodolfo Hector. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentin

Genetic diversity and clinical impact of human rhinoviruses in hospitalized and outpatient children with acute respiratory infection, Argentina

BACKGROUND: Human rhinoviruses (HRV) are recognized as a cause of upper and lower acute respiratory infections (ARI). The circulating species and their clinical impact were not described in Argentina. OBJECTIVES: To describe the molecular epidemiology of HRV in children and to determine the association of HRV species with outcome and severity. STUDY DESIGN: Hospitalized and outpatients children <6 years old with ARI without comorbidities (n=620) were enrolled (2008-2010). Demographic, clinical data and outcome were analyzed. HRV were identified by RT-PCR. Phylogenetic analysis and demographic reconstruction for HRV were performed in selected samples. RESULTS: HRV were detected in 252/620 (40.6%) of children; 8.5% in viral coinfection. Bronchiolitis (55%) and pneumonia (13%) were the most frequent clinical diagnosis. Of 202 inpatients with HRV: 72% required oxygen supplementation, 11% intensive care unit and 3% mechanical ventilation. HRV were identified as a risk factor for hospitalization (OR: 2.47). All three HRV species were detected being HRV-A (55%) and HRV-C (43%) the most frequent; HRV-B was infrequent (2%). Of 44 sequenced HRV, 30 genotypes were detected. Seven of them were the most prevalent and circulated during limited periods of time. The demographic reconstruction revealed a constant population size and a high turnover rate of genotypes. Demographic and clinical outcome were similar for HRV-A and HRV-C infections. CONCLUSION: This study highlights the clinical impact of HRV in children without comorbidities as a cause of lower ARI and hospitalization. The high frequency of HRV infections may be associated with the simultaneous circulation of genotypes and their high turnover rate.Fil: Marcone, Débora Natalia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET.; Argentina. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". Dirección de Asistencia Médica. Departamento de Análisis Clínicos. Laboratorio de Virología Clínica; ArgentinaFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Carballal, Guadalupe. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". Dirección de Asistencia Médica. Departamento de Análisis Clínicos. Laboratorio de Virología Clínica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET.; ArgentinaFil: Campos, Rodolfo Hector. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Echavarría, Marcela Silvia. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". Dirección de Asistencia Médica. Departamento de Análisis Clínicos. Laboratorio de Virología Clínica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET.; Argentin