The rumen microbial metagenome associated with high methane production in cattle

Acknowledgements The Rowett Institute of Nutrition and Health and SRUC are funded by the Rural and Environment Science and Analytical Services Division (RESAS) of the Scottish Government. The project was supported by Defra and the DA funded Agricultural Greenhouse Gas Inventory Research Platform, the Technology Strategy Board (Project No: TP 5903–40240) and the Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC; BB/J004243/1, BB/J004235/1). Our thanks are due to the excellent support staff at the SRUC Beef and Sheep Research Centre, Edinburgh, and to Silvia Ramos Garcia for help in interrogating the data. MW and RR contributed equally to the paper and should be considered as joint last authors.Peer reviewedPublisher PD

Statistieken en de beoordeling voor interlaboratorium onderzoeken

A study of the various types of statistical methods used for interlaboratory studies is presented. Where possible reference is made to current standards and guidelines in this area. From the discussions of these standards and practical experiences it became apparent that there is no ideal statistical method for interlaboratory studies in general. Choices have to be made always and should be guided by the objective of the study. Apart from this main objective, the extraction and presentation of data obtained from the results, to support the participants in assessing and improving their activities is always important. Hence, references to alternative calculation and presentation methods are included. Many aspects, particularly the evaluation of the results of interlaboratory studies, have been discussed against this background. The use of outlier tests versus robust statistics and the presentation of results received particular attention.Bij de studie naar de diverse vormen van de statistiek toegepast in interlaboratorium onderzoeken wordt zoveel mogelijk verwezen naar bestaande normen en guidelines op dit gebied. Uit de bespreking van deze normen in relatie tot ervaringen opgedaan in de praktijk bleek telkens dat de ideale statistiek voor interlaboratorium onderzoeken in algemene zin niet bestaat en dat telkens keuzes moeten worden gemaakt waarbij het doel van het onderzoek als een rode draad door de gemaakte keuzes loopt. Afgezien van dit concrete hoofddoel, wordt het extraheren en presenteren van informatie uit de resultaten, om de deelnemers zo goed mogelijk in staat te stellen om de kwaliteit van hun werk te beoordelen en te verbeteren, altijd van belang geacht. Derhalve zijn diverse verwijzingen naar alternatieve berekenings- presentatievormen opgenomen. Met deze achtergrond zijn vele aspecten van met name de evaluatie van de resultaten van interlaboratorium onderzoeken behandeld. Hierbij zijn de toepassing van uitbijtertesten versus robuuste statistiek en de presentatie van de resultaten belangrijke onderwerpen

Statistieken en de beoordeling voor interlaboratorium onderzoeken

Bij de studie naar de diverse vormen van de statistiek toegepast in interlaboratorium onderzoeken wordt zoveel mogelijk verwezen naar bestaande normen en guidelines op dit gebied. Uit de bespreking van deze normen in relatie tot ervaringen opgedaan in de praktijk bleek telkens dat de ideale statistiek voor interlaboratorium onderzoeken in algemene zin niet bestaat en dat telkens keuzes moeten worden gemaakt waarbij het doel van het onderzoek als een rode draad door de gemaakte keuzes loopt. Afgezien van dit concrete hoofddoel, wordt het extraheren en presenteren van informatie uit de resultaten, om de deelnemers zo goed mogelijk in staat te stellen om de kwaliteit van hun werk te beoordelen en te verbeteren, altijd van belang geacht. Derhalve zijn diverse verwijzingen naar alternatieve berekenings- presentatievormen opgenomen. Met deze achtergrond zijn vele aspecten van met name de evaluatie van de resultaten van interlaboratorium onderzoeken behandeld. Hierbij zijn de toepassing van uitbijtertesten versus robuuste statistiek en de presentatie van de resultaten belangrijke onderwerpen.A study of the various types of statistical methods used for interlaboratory studies is presented. Where possible reference is made to current standards and guidelines in this area. From the discussions of these standards and practical experiences it became apparent that there is no ideal statistical method for interlaboratory studies in general. Choices have to be made always and should be guided by the objective of the study. Apart from this main objective, the extraction and presentation of data obtained from the results, to support the participants in assessing and improving their activities is always important. Hence, references to alternative calculation and presentation methods are included. Many aspects, particularly the evaluation of the results of interlaboratory studies, have been discussed against this background. The use of outlier tests versus robust statistics and the presentation of results received particular attention.DGM/SV

Phylogenetic distribution of three pathways for propionate production within the human gut microbiota

Propionate is produced in the human large intestine by microbial fermentation and may help maintain human health. We have examined the distribution of three different pathways used by bacteria for propionate formation using genomic and metagenomic analysis of the human gut microbiota and by designing degenerate primer sets for the detection of diagnostic genes for these pathways. Degenerate primers for the acrylate pathway (detecting the lcdA gene, encoding lactoyl-CoA dehydratase) together with metagenomic mining revealed that this pathway is restricted to only a few human colonic species within the Lachnospiraceae and Negativicutes. The operation of this pathway for lactate utilisation in Coprococcus catus (Lachnospiraceae) was confirmed using stable isotope labelling. The propanediol pathway that processes deoxy sugars such as fucose and rhamnose was more abundant within the Lachnospiraceae (based on the pduP gene, which encodes propionaldehyde dehydrogenase), occurring in relatives of Ruminococcus obeum and in Roseburia inulinivorans. The dominant source of propionate from hexose sugars, however, was concluded to be the succinate pathway, as indicated by the widespread distribution of the mmdA gene that encodes methylmalonyl-CoA decarboxylase in the Bacteroidetes and in many Negativicutes. In general, the capacity to produce propionate or butyrate from hexose sugars resided in different species, although two species of Lachnospiraceae (C. catus and R. inulinivorans) are now known to be able to switch from butyrate to propionate production on different substrates. A better understanding of the microbial ecology of short-chain fatty acid formation may allow modulation of propionate formation by the human gut microbiota