Fungal Communities in Sediments Along a Depth Gradient in the Eastern Tropical Pacific

Deep waters represent the largest biome on Earth and the largest ecosystem of Costa Rica. Fungi play a fundamental role in global biogeochemical cycling in marine sediments, yet, they remain little explored. We studied fungal diversity and community composition in several marine sediments from 16 locations sampled along a bathymetric gradient (from a depth of 380 to 3,474 m) in two transects of about 1,500 km length in the Eastern Tropical Pacific (ETP) of Costa Rica. Sequence analysis of the V7-V8 region of the 18S rRNA gene obtained from sediment cores revealed the presence of 787 fungal amplicon sequence variants (ASVs). On average, we detected a richness of 75 fungal ASVs per sample. Ascomycota represented the most abundant phylum with Saccharomycetes constituting the dominant class. Three ASVs accounted for ca. 63% of all fungal sequences: the yeast Metschnikowia (49.4%), Rhizophydium (6.9%), and Cladosporium (6.7%). We distinguished a cluster composed mainly by yeasts, and a second cluster by filamentous fungi, but we were unable to detect a strong effect of depth and the overlying water temperature, salinity, dissolved oxygen (DO), and pH on the composition of fungal communities. We highlight the need to understand further the ecological role of fungi in deep-sea ecosystems.UCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigación en Ciencias del Mar y Limnología (CIMAR)UCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de Biologí

New records of marine decapods and stomatopods in Área de Conservación Guanacaste (ACG): four years of marine biodiversity inventorying

The marine area of Área de Conservación Guanacaste (ACG) contains a 43,000 ha formal marine protected area, a 732 ha special management zone in Bahía Santa Elena, and 150 km of wild protected coastline. In an effort to broaden the biodiversity knowledge of all marine taxa present in the area, an inventory was started in 2015 (BioMar-ACG Project). This initiative is being funded by the Guanacaste Dry Forest Conservation Fund (GDFCF) in collaboration with government staff at ACG, and is carried out by Centro de Investigación en Ciencias del Mar y Limnología (CIMAR, Center for Research in Marine Science and Limnology) and Museo de Zoología (Zoology Museum), both from Universidad de Costa Rica (UCR). After four years of the project, 2650 specimens of marine decapod crustaceans and stomatopods have been collected, belonging to 209 species, out of which 99 are new records for ACG, four may be new species and nine (Cyrtoplax panamensis, Glyptoxanthus labyrinthicus, Pachyches marcortezensis, Petrolisthes donadio, Pylopagurus holmesi, Synalpheus pinkfloydi, Typton granulosus, Zenopontonia soror, Neogonodactylus pumilus) are new records for Costa Rica. With this contribution the total number of decapods (257 spp.) and stomatopods (14 spp.) for ACG is 271 species, more than half the species reported for Costa Rica, and more than a quarter of all crustaceans reported for the eastern tropical Pacific. The high concentration of species in ACG may be attributed to the diversity of habitats, the seasonal upwelling and to the recent sampling efforts. In only four years, the BioMar-ACG has increased the number of species in these groups of crustaceans by 37% over the past 85 years of previous studies in the ACGEl sector marino del Area de Conservación Guanacaste (ACG) posee 43,000 ha y 150 km de costa, en su mayoría poco estudiada. En un esfuerzo por conocer mejor la biodiversidad de todos los taxones marinos presentes en el área, se inicio en el 2015 un inventario (Proyecto BioMar-ACG). Esta iniciativa está siendo sustentada por la Guanacaste Dry Forest Conservation Fund (GDFCF) y desarrollada por el Centro de Investigación en Ciencias del Mar y Limnología (CIMAR) y el Museo de Zoología, ambos de la Universidad de Costa Rica (UCR). Transcurridos cuatro años del proyecto, se han recolectado 2650 especímenes de crustáceos decápodos y estomatópodos marinos pertenecientes a 209 especies, de las cuales 99 son nuevas para el ACG, cuatro podrían ser nuevas especies para la ciencia y nueve (Cyrtoplax panamensis, Glyptoxanthus labyrinthicus, Pachyches marcortezensis, Petrolisthes donadio, Pylopagurus holmesi, Synalpheus pinkfloydi, Typton granulosus, Zenopontonia soror y Neogonodactylus pumilus) son ampliaciones de ámbito y nuevos informes para el país. Con esta contribución aumenta el número de decápodos a 257 spp. y de estomatópodos a 14 spp. para un total de 271 spp. para ACG. Esto es más de la mitad las especies conocidas de estos grupos para Costa Rica y más una cuarta parte de las especies conocidas para el Pacífico Tropical Oriental. En cuatro años el proyecto BioMar-ACG ha aumentado el número de especies de decápodos y estomatópodos del ACG en 37% más que lo que se conocía a partir de estudios en los últimos 85 añosUCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de BiologíaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigación en Ciencias del Mar y Limnología (CIMAR

Seagrasses of Costa Rica: from the mighty Caribbean to the dynamic meadows of the Eastern Tropical Pacific

Seagrass meadows are declining worldwide, mostly attributed to anthropogenic disturbances. Understanding the dynamics of these meadows is urgent in order to establish adequate management and conservation strategies. Here, we analyzed the current knowledge on the seagrass meadows in the Caribbean and Pacific coasts of Costa Rica, Central America. Current knowledge was based on literature searches, herbarium collections, informal interviews, and personal observations. We report a total of five genera and seven species for Costa Rica: Thalassia testudinum, Syringodium filiforme, Halophila decipiens, Halophila baillonis, Halodule wrightii, Halodule beaudettei, and Ruppia maritima. Six species are reported for the Caribbean, and four species for the Pacific. Thalassia testudinum, S. filiforme, and H. decipiens have only been reported for the Caribbean. Halodule beaudettei has only been reported for the Pacific coast. Halophila baillonis, H. wrightii and R. maritima have been reported for both coasts. Seagrasses were found at a total of 31 locations in Costa Rica, most from the Pacific coast; 16 of which are reported here for the first time. Seagrass meadows from both coasts are vastly different. Along the Caribbean coast, meadows are often dominated by the robust T. testudinum, they are extensive and stable, persisting for decades. In contrast, the meadows along the Pacific coast are more dynamic and are dominated by pioneer and smaller ephemeral species, such as H. baillonis and H. beaudettei. The number of studies on Costa Rican seagrasses is scarce but has been increasing over time, and mostly concern taxonomic reports and basic descriptions of the dynamics of T. testudinum meadows from the Caribbean. Research, conservation and management efforts on Costa Rican seagrass meadows would benefit from continued monitoring and research on associated fauna and flora, incorporating ecosystem resilience and services.Universidad de Costa Rica/[808-B6-170]/UCR/Costa RicaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigación en Ciencias del Mar y Limnología (CIMAR)UCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de Biologí

Spatial and temporal dynamics of the hydrology at Salinas Bay, Costa Rica, Eastern Tropical Pacific.

Introduction: Salinas Bay is located in the warm pool of the Eastern Tropical Pacific (ETP), characterized by warm, shallow surface waters, a strong and shallow thermocline, and an important biological diversity. The primary productivity of the region is influenced by the coastal upwelling, which occurs during the boreal winter as a result of the strengthening of trade winds. Objective: To study the spatial and temporal dynamics of physical and chemical parameters at seven hydrographic stations in Salinas Bay, Costa Rica, through the analysis of CTD data, and relate the warm and cold events to the regional atmospheric conditions present when measuring the data. Methods: Seven hydrographic stations, sampled at Salinas Bay between August 2008 and December 2014, were selected. The variables processed for analysis are temperature, density, salinity, oxygen, chl-a and turbidity. Once the data was processed, 42 Hovmöller kind diagrams were plotted. Results: All variables, except turbidity, presented a seasonal periodicity associated with the upwelling. In general, colder and denser waters, higher salinity and chl-a concentrations and lower dissolved oxygen values were observed during the dry season, when the upwelling was active. Whereas, during the rainy season water masses were warmer and less dense, salinity and chl-a concentrations decreased and dissolved oxygen values tended to increase. Conclusions: The spatial and temporal dynamics of the hydrology in Salinas Bay was influenced by the coastal upwelling events. The region also presented an interannual variability associated with ENSO. Seasonal and interannual variability can counteract their effects on the oceanographic parameters when they coincide temporally.Universidad de Costa Rica/[808-A5-037]/UCR/Costa RicaUniversidad de Costa Rica/[805-B8-766]/UCR/Costa RicaUniversidad de Costa Rica/[805-B9-454]/UCR/Costa RicaUniversidad de Costa Rica/[EC-497]/UCR/Costa RicaUniversidad de Costa Rica/[805-C0-610]/UCR/Costa RicaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigaciones Geofísicas (CIGEFI)UCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de FísicaUCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de BiologíaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigación en Ciencias del Mar y Limnología (CIMAR

Propagación del alga verde caulerpa sertularioides en el pacífico de Costa Rica

Muestreos recientes en el Pacífico de Costa Rica han revelado la propagación del alga verde C. sertularioides en dos localidades. Desde el 2003 se ha observado permanentemente en Bahía Culebra, Pacífico Norte y desde el 2006 en la Reserva Biológica Isla del Caño, Pacífico Sur. En ambas localidades el alga ha logrado colonizar varios sitios donde los parches han llegado a ser muy densos y extensos. La causa de la permanencia de esta alga es el enriquecimiento por nutrimentos que llegan vía escorrentía de aguas, sobre todo en época lluviosa. En general, la propagación de esta alga da como resultado una alteración en la dinámica y composición del ecosistema marino. Según estudios, el alga afecta las tasas de crecimiento de los corales debido a la abrasión de las frondas, el sobrecrecimiento y la acumulación de sedimentos que ahogan los corales. Las investigaciones hechas en estas zonas muestran que estos arrecifes poseen altos valores de diversidad y/o son estructuras importantes, bien desarrolladas y son únicos en el Pacífico Tropical Este, por lo que es necesario iniciar un plan de protección de los ambientes coralinos, especialmente con respecto a las actividades de turismo y el vertimiento de aguas cargadas de nutrimentos

Las ciencias del mar en la Revista de Biología Tropical en su 50 aniversario

artículo -- Universidad de Costa Rica. Centro de Investigación en Ciencias del Mar y Limnología, 2002El primer artículo sobre cualquier tema marino fue publicado en 1963 y desde entonces ha venido aumentando el número de publicaciones marinas hasta llegar a 637. Este número representa el 27% de todos los artículos publicados en la RBT (excluyendo los Suplementos) y el 33% desde 1979. La mayoría son Artículos de Fondo principalmente sobre Ecología (135 trabajos). De los ecosistemas marinos sobre el que más se ha publicado es los arrecifes coralinos (28) y los peces es el grupo taxonónico del que hay más trabajos (165). Casi la mitad de los Suplementos o Números Especiales de la RBTson sobre temas marinos. La RBT debe realizar esfuerzos para mantenerse a la cabeza en publicaciones marinas en América Latina.The first paper published in the Revista de Biología Tropical (RBT) on anything related to marine science was in 1963. Since then the number of marine-related papers has increased to 637, which represents 27% of the total production of RBT (excluding the Supplements), and 33% since 1979. Most publications are Full Articles on Ecology (135 papers). The marine ecosystem of which there is more publications is the coral reefs (28); and fish is the most studied taxonomic group (165). Almost half of the Supplements are marine related (12). The RBT must continue its efforts to maintain itself as a leading marine science publication in Latin America .Universidad de Costa RicaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigación en Ciencias del Mar y Limnología (CIMAR

Abundancia, biomasa y floración de Thalassia testudinum (Hydrocharitaceae) en el Caribe de Costa Rica

Artículo científico -- Universidad de Costa Rica. Centro de Investigaciones en Ciencias del Mar y Limnología, 2008Three Thalassia testudinumseagrass beds were studied at Cahuita National Park, from August 2003 to August 2006. Additionally, biomass samples of this species were collected at the Gandoca-Manzanillo National Wildlife Refuge, and data obtained from both localities in 1988 were compared with this study. The total average biomass within the substrate was more than double the biomass above ground. The average biomass for rhizomes was 310.90±72.59g/m2, 187.62±97.67g/m2 for roots and 67.90±84.40g/m2 for green leaves. The density, abundance and frequency of T. testudinum, showed peaks in January, May and September. The abundance of T. testudinumwas highest in July, the rainiest month. In May, from 3000 short shoots, 95 (3.17%) had flower in 2004, 20 (0.67%) in 2005 and 7 (0.23%) in 2006. For both localities and every year of the study, the percentage of male flowers was greater than female flowers. In 2004, the flower sex ratio was two male to each female, but in 2005 and 2006 the proportion was four male to one female. Flowering was between April and June, with a peak in May, and fructification between May and August. T. testudinumflowering was correlated with the minimum tides of the year in the park.Entre agosto 2003 y agosto 2006 se estudiaron tres sitios representativos del Parque Nacional Cahuita con lechos de Thalassia testudinum. También se recolectaron muestras de biomasa de esta especie en el Refugio Nacional de Vida Silvestre Gandoca-Manzanillo. Datos obtenidos en ambas localidades en 1988 se utilizaron para complementar el estudio. La biomasa total promedio que se encontraba debajo del sustrato fue más del doble que la que se encontraba por encima. En las localidades de estudio, se presentó una mayor biomasa promedio de rizomas (310.90±72.59g/m 2), raíces (187.62±97.67g/m 2 ) y hojas verdes (67.90±84.40g/m 2 ). La densidad, abundancia y frecuencia estimadas mediante el método Braun-Blanquet para el año de muestreo, presentaron una periodicidad cuatrimestral con picos en enero, mayo y setiembre, que refleja cierta dinámica a lo largo del año. En julio que es el mes más lluvioso del año, T. testudinumpresentó la mayor abundancia. La proporción de estolones con flor de T. testudinumfue muy baja en el mes pico de floración (mayo). En este mes, de 3000 estolones, 95 (3.17%) tenían flor en el 2004, 20 (0.67%) en el 2005 y 7 (0.23%) en el 2006. En ambas localidades y en todos los años de estudio, los porcentajes de flores masculinas son mayores que los de femeninas. El porcentaje de flores masculinas supera el 55 % del total de flores. Para el 2004, la proporción sexual fue de dos flores masculinas por cada flor femenina. En el 2005 y 2006 se presentaron cuatro flores masculinas por cada flor femenina. La proporción de sexos fue diferente por localidad. El período de la floración se da entre abril y junio mientras que la fructificación entre mayo y agosto. El pico de la floración se da en mayo. Las mareas mínimas del año se correlacionaron con el mes pico de la floración (mayo) de T. testudinum en el Parque Nacional Cahuita. La buena salud de los pastos marinos del Parque Nacional Cahuita se refleja a nivel de producción de materia orgánica (biomasa), la cual pareciera no haberse visto afectada por las condiciones adversas en las que subsisten estos lechos tales como la sedimentación, la contaminación, las altas temperaturas del agua y la eutrofización, entre otros. La estabilidad de estos lechos se ve favorecida gracias a la protección del parque nacional que atenúa la influencia de ciertas actividades antropogénicas.Universidad de Costa RicaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigación en Ciencias del Mar y Limnología (CIMAR

Forzamiento atmosférico de eventos fríos en la temperatura subsuperficial del mar de Bahía Culebra, Costa Rica

Participación en el Segundo Congreso de Oceanografía Física, Meteorología y Clima del Pacífico Sudoriental. Coquimbo, Chile. 5 – 7 de octubre de 2011. Trabajo presentado: Forzamiento atmosférico de eventos fríos en la temperatura subsuperficial del mar de Bahía Culebra, Costa Rica (E.J. Alfaro & J. Cortés).Se analizaron nueve registros de la temperatura subsuperficial del mar observada en Bahía Culebra, Costa Rica. A partir de estos registros, se identificaron cinco estudios de caso asociados a enfriamientos de la temperatura del mar en la región. Los descensos de la temperatura de estos eventos fue de aproximadamente 8 - 9 °C y se asociaron al paso de empujes fríos en la región del Caribe, los cuales reforzaron la magnitud del viento del alisio sobre América Central. Se plantea que estos reforzamiento del flujo del noreste favorece el desplazamiento hacia afuera de la bahía del agua superficial, cuyo eje principal se ubica en la dirección noreste-sureste. Lo anterior provoca un enfriamiento de la temperatura del mar observada en las estaciones, ya que el agua desplazada tiende a ser remplazada por aguas más frías proveniente de profundidades mayores.Universidad de Costa Rica-IAI-Ecodesarrollo Papagayo-ICTUCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigaciones Geofísicas (CIGEFI

Atmospheric forcing of cool subsurface water events in Bahía Culebra, Gulf of Papagayo, Costa Rica

Artículo científico -- Universidad de Costa Rica. Centro de Investigaciones Geofísicas, 2012Bahía Culebra, at Gulf of Papagayo on the north Pacific coast of Costa Rica, is an area of seasonal upwelling where more intense cooling events may occur during some boreal winter weeks mainly. To study these extreme cool events, records of nine sea subsurface temperature stations from 1998 to 2010 were analyzed. Five events associated with extremely cool temperatures in this region were identified from these records and taken as study cases. Sea temperatures decreased about 8-9ºC during these events and occurred while cold fronts were present in the Caribbean, with strong trade wind conditions over Central America. These strong wind conditions may have favored the offshore displacement of the sea surface water. The axis of Bahía Culebra runs northeastsouthwest, a condition that favors and triggers cool water events, mainly because the displaced water is replaced by water from deeper levels. Rev. Biol. Trop. 60 (Suppl. 2): 173-186. Epub 2012 April 01.This work was partially supported by the following projects of the Vicerrectoría de Investigación (Vice-rectory for Research), University of Costa Rica: 808-98-013, 808-B0- 092, 805-B0-065, 805-A9-532, 808-A9-180, 808-A9-070, 805-A8-606, 805-A7-002 and 808-B2-400, and CRN2050-IAI. The support given by Ecodesarrollo Papagayo has been decisive for the monitoring work carried out throughout these years. We also thank all the assistants that have cooperated with the program since it was set in motion. The Centro de Investigación en Ciencias del Mar y Limnología (CIMAR) of the University of Costa Rica has granted invaluable logistic support. Equally important has been the support of the Instituto Costarricense de Turismo, institution that has generously allowed the use of its facilities at Playa Panamá, Bahía Culebra. To Laura Zúñiga and Natalie Mora for their support in the original data base processing.UCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigaciones Geofísicas (CIGEFI)UCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigación en Ciencias del Mar y Limnología (CIMAR)UCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigaciones Geofísicas (CIGEFI)UCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de BiologíaUCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Facultad de Ciencias::Escuela de Físic