Versatile and flexible microfluidic qPCR test for high-throughput SARS-CoV-2 and cellular response detection in nasopharyngeal swab samples

The emergence and quick spread of SARS-CoV-2 has pointed at a low capacity response for testing large populations in many countries, in line of material, technical and staff limitations. The traditional RT-qPCR diagnostic test remains the reference method and is by far the most widely used test. These assays are limited to a couple of probe sets, require large sample PCR reaction volumes, along with an expensive and time-consuming RNA extraction steps. Here we describe a quantitative nanofluidic assay that overcomes some of these shortcomings, based on the Biomark instrument from Fluidigm. This system offers the possibility of performing 4608 qPCR end-points in a single run, equivalent to 192 clinical samples combined with 12 pairs of primers/probe sets in duplicate, thus allowing the monitoring in addition to SARS-CoV-2 probes of other pathogens and/or host cellular responses (virus receptors, response markers, microRNAs). Its 10 nL range volume is compatible with sensitive and reproducible reactions that can be easily and cost-effectively adapted to various RT-qPCR configurations and sets of primers/probe. Finally, we also evaluated the use of inactivating lysis buffers composed of various detergents in the presence or absence of proteinase K to assess the compatibility of these buffers with a direct reverse transcription enzymatic step and we propose several procedures, bypassing the need for RNA purification. We advocate that the combined utilization of an optimized processing buffer and a high-throughput real-time PCR device would contribute to improve the turn-around-time to deliver the test results to patients and increase the SARS-CoV-2 testing capacities

Évaluation de la lutte anti-vectorielle à La Réunion

Citation suggérée : Anses. (2023). Évaluation de la stratégie de lutte anti-vectorielle (LAV) à La Réunion. (saisine n°2023-SA-0003). Maisons-Alfort : Anses, 53 p.La Réunion est une île volcanique de 2 512 km2 située au sud-ouest de l'océan Indien qui possède une population d’environ 850 000 habitants principalement localisée en zone urbaine le long du littoral. Bien que 12 espèces de moustiques appartenant aux genres Aedes, Anopheles, Culex et Orthopodomyia aient été décrites sur l'île, Ae. albopictus et Cx. quinquefasciatus sont les espèces les plus abondantes et se rencontrent couramment dans les zones urbaines, périurbaines et rurales, parfois jusqu'à 1 200 m d’altitude. Bien qu’Ae. aegypti était historiquement présente à La Réunion, cette espèce a été fortement impactée suite à l’arrivée compétitive d’Ae. albopictus avec seulement deux populations isolées subsistant aujourd’hui dans des ravines sur les communes de Saint-Joseph et de Trois Bassins.À La Réunion, jusqu’en 2006, les traitements de LAV étaient principalement basés sur l’utilisation du téméphos en traitement anti-larvaire puis remplacés par des traitements adulticides avec la deltaméthrine lors de l’épidémie de Chikungunya en 2005-2006 (forte intensité de traitements durant cette période).À partir de 2006, la LAV a essentiellement reposé sur une surveillance des vecteurs, une sensibilisation de la population et sur l’utilisation de la deltaméthrine comme adulticide (Aqua K-Othrine en pulvérisation spatiale) et du Bti comme larvicide. Jusqu’à 2012, le service de LAV de l’ARS Océan Indien (OI) est intervenu chez les particuliers à leur demande pour des désinsectisations péridomiciliaires dites de « confort » ou suite à l’identification, dans le cadre des actions de surveillance, d’indices stégomyiens1 élevés. À partir de 2012, l’ARS a engagé une démarche de réduction de la pression insecticide par ciblage des actions de traitement insecticides LAV traitements adulticides uniquement ciblés autour des cas de transmissions et arrêt des nébulisations spatiales de nuit à partir de 2020 - 2021).À partir de 2017, une circulation active et récurrente de la dengue est constatée dans l’île de La Réunion et les actions de LAV se sont centrées sur les actions de sensibilisation, de lutte mécanique, des traitements insecticides péridomiciliaires et des pulvérisations spatiales de nuit notamment dans les zones connaissant des foyers de dengue. Cette dernière pratique a été totalement suspendue en 2021 du fait d’une évaluation, effectuée au Laboratoire d’entomologie du Service LAV, très défavorable de son efficacité.Sur le plan épidémiologique, la première épidémie de dengue décrite à La Réunion est survenue en 1977-1978 et aurait touché environ 30% de la population. Depuis 2017, l’île de La Réunion connaît une circulation active récurrente de la dengue avec, de 2018 à 2021, la survenue de quatre épisodes épidémiques importants ; en 2021, près de 30 000 cas ont été biologiquement confirmés et la période épidémique s’est étalée sur une durée de 18 semaines.Depuis fin 2021, le niveau 4 du plan ORSEC-LAV , qui avait été activé en phase épidémique, a été maintenu à ce niveau sans correspondance avec la situation épidémiologique de la dengue, pour redescendre finalement au niveau 2A (circulation virale modérée autochtone) en juillet 202