RNA promotes the formation of spatial compartments in the nucleus

The nucleus is a highly organized arrangement of RNA, DNA, and protein molecules that are compartmentalized within three-dimensional (3D) structures involved in shared functional and regulatory processes. Although RNA has long been proposed to play a global role in organizing nuclear structure, exploring the role of RNA in shaping nuclear structure has remained a challenge because no existing methods can simultaneously measure RNA-RNA, RNA-DNA, and DNA-DNA contacts within 3D structures. To address this, we developed RNA & DNA SPRITE (RD-SPRITE) to comprehensively map the location of all RNAs relative to DNA and other RNAs. Using this approach, we identify many RNAs that are localized near their transcriptional loci (RNA-DNA) together with other diffusible ncRNAs (RNA-RNA) within higher-order DNA structures (DNA-DNA). These RNA-chromatin compartments span three major classes of nuclear functions: RNA processing (including ribosome biogenesis, mRNA splicing, snRNA biogenesis, and histone mRNA processing), heterochromatin assembly, and gene regulation. More generally, we identify hundreds of ncRNAs that form stable nuclear compartments in spatial proximity to their transcriptional loci. We find that dozens of nuclear compartments require RNA to guide protein regulators into these 3D structures, and focusing on several ncRNAs, we show that these ncRNAs specifically regulate heterochromatin assembly and the expression of genes contained within these compartments. Together, our results demonstrate a unique mechanism by which RNA acts to shape nuclear structure by forming high concentration territories immediately upon transcription, binding to diffusible regulators, and guiding them into spatial compartments to regulate a wide range of essential nuclear functions

RNA promotes the formation of spatial compartments in the nucleus

The nucleus is a highly organized arrangement of RNA, DNA, and protein molecules that are compartmentalized within three-dimensional (3D) structures involved in shared functional and regulatory processes. Although RNA has long been proposed to play a global role in organizing nuclear structure, exploring the role of RNA in shaping nuclear structure has remained a challenge because no existing methods can simultaneously measure RNA-RNA, RNA-DNA, and DNA-DNA contacts within 3D structures. To address this, we developed RNA & DNA SPRITE (RD-SPRITE) to comprehensively map the location of all RNAs relative to DNA and other RNAs. Using this approach, we identify many RNAs that are localized near their transcriptional loci (RNA-DNA) together with other diffusible ncRNAs (RNA-RNA) within higher-order DNA structures (DNA-DNA). These RNA-chromatin compartments span three major classes of nuclear functions: RNA processing (including ribosome biogenesis, mRNA splicing, snRNA biogenesis, and histone mRNA processing), heterochromatin assembly, and gene regulation. More generally, we identify hundreds of ncRNAs that form stable nuclear compartments in spatial proximity to their transcriptional loci. We find that dozens of nuclear compartments require RNA to guide protein regulators into these 3D structures, and focusing on several ncRNAs, we show that these ncRNAs specifically regulate heterochromatin assembly and the expression of genes contained within these compartments. Together, our results demonstrate a unique mechanism by which RNA acts to shape nuclear structure by forming high concentration territories immediately upon transcription, binding to diffusible regulators, and guiding them into spatial compartments to regulate a wide range of essential nuclear functions

Transitkunst. Studien zur Literatur 1890-2010

Die Chiffre „Transit“ vereinigt mit Aspekten wie Mobilität, Flüchtigkeit und Vorläufigkeit zentrale Begriffe des Zeiterlebens zwischen 1890 und 2010. Vor dem Hintergrund mehrerer Krisen und Katastrophen sowie tiefgreifender Umwandlungsprozesse erscheint das Leben als Durchgangsstadium, in dem sich nur noch ein temporäres, fragmentarisches Netz von Orientierungspunkten entwerfen lässt. Das Transitäre durchdringt nahezu alle Facetten des Individuums und seiner Lebensbereiche: vom Wahrnehmen der Inkohärenz in der Folge gesellschaftlicher Umwälzungen, über den Verlust ‚sicherer‘ Orte bis zum Erfahren der eigenen Identität als provisorisch. Die Reaktion auf solche Übergangszustände ist oft eine Intensivierung der Suchbewegungen nach Sicherheit, Nähe und Glück, die jedoch selbst zunehmend transitive Zwischenstellungen markieren. Die Literatur zeichnet sich unter dieser Perspektive durch die Adaptation transittypischer Themen und Inhalte aus, desgleichen durch die autoreflexive Übertragung von Konzepten wie Momenthaftigkeit, Unvollständigkeit und Flexibilität in das eigene narrative Programm. Die Beiträge des Bandes nähern sich verschiedenen Formen eines solchen inhaltlichen und/oder formalen ‚Dazwischen‘ an. Die Idee des Transits erweist sich dabei für diese vielfältigen literatur- und kulturwissenschaftlichen Untersuchungen als ebenso funktionale wie inspirierende Klammer, der es gelingt, im bewussten Einlassen auf das im Durchgang Begriffene die heterogenen Facetten des 20. Jahrhunderts zu verbinden: zu einer Art Zeitbild und Ästhetik des Transits

Die Textualität der Kultur. Gegenstände, Methoden, Probleme der kultur- und literaturwissenschaftlichen Forschung

Im Zuge des sogenannten "cultural turn", der die traditionellen Geisteswissenschaften als Kulturwissenschaften neu bestimmte, sah sich auch die Literaturwissenschaft mit ganz neuen Ansprüchen konfrontiert: Statt sich wie bisher mit literarischen Werken oder Texten des täglichen Gebrauchs zu befassen, sollte sie plötzlich mittels interdisziplinärer Ansätze kulturelle Phänomene aller Art wie Rituale, politische Machtstrukturen oder gesellschaftliche Konstellationen analysieren und erklären. Eine Möglichkeit, das Verhältnis von Text und kulturellem Kontext zu denken, bildet die Vorstellung der Textualität der Kultur, die von Stephen Greenblatt, Louis Montrose und anderen Vertretern des New Historicism unter Bezugnahme auf den Kulturbegriff des Ethnologen Clifford Geertz entwickelt wurde. Geertz versteht Kultur als ein „Netzwerk von bedeutungstragenden Verknüpfungen“ (Geertz 1973), dem ein semiotischer, also ein textueller Charakter eigen ist. Dieses analytische Modell eröffnet die Möglichkeit eines bruchlosen Übergangs zwischen dem Text und dem ihn umgebenden Kontext – eines Übergangs, der in beide Richtungen funktioniert und zudem als "dynamisch" vorgestellt wird: Nicht nur wird der Text als Produkt kultureller Einflüsse angesehen und in einen bereits existierenden Kontext eingeordnet, auch dieser Kontext selbst ist als Zeichengewebe charakterisiert durch seine latenten Bedeutungspotentialen, die erst in der entsprechenden Lektüre aktualisiert und damit realisiert werden. Diese Auffassung von der Textualität der Kultur und der Kulturalität von Texten bildet die gemeinsame methodische Annahme der im vorliegenden Tagungsband versammelten Beiträge.After the "cultural turn" of the 1990s redefined the traditional humanities under the label “Cultural Studies”, literary studies were confronted with new challenges. Suddenly, instead of concentrating mainly on literary works or texts fromeveryday life, they were expected to analyse and explain cultural phenomena such as rituals, structures of power or social constellations, using interdisciplinary methods. One possibility for conceptualizing the relationship between text and context is the notion of the "textuality of culture". This idea was coined by Stephen Greenblatt, Louis Montrose, and other scholars of "the New Historicism," referring to a concept of culture first developed by the ethnologist Clifford Geertz. To Geertz, culture is a “web of significance” of a semiotic and textual nature (Geertz 1973). Assuming a dynamic rather than a static relationship, this analytical model allows for fluent interactions between text and context: No longer is a text just considered to be a product of cultural influences set within a given context. Instead, this context, being a web of signs, was understood to be itself "textual", creating unfulfilled potentials of meaning. Only by being ‘read’ and actualized, are these cultural meanings solidified andthus made real. These notions of the "culturality of texts" and the "textuality of culture" constitute the common methodological assumptions of all the articles assembled in this volume

RNA promotes the formation of spatial compartments in the nucleus

RNA, DNA, and protein molecules are highly organized within three-dimensional (3D) structures in the nucleus. Although RNA has been proposed to play a role in nuclear organization, exploring this has been challenging because existing methods cannot measure higher-order RNA and DNA contacts within 3D structures. To address this, we developed RNA & DNA SPRITE (RD-SPRITE) to comprehensively map the spatial organization of RNA and DNA. These maps reveal higher-order RNA-chromatin structures associated with three major classes of nuclear function: RNA processing, heterochromatin assembly, and gene regulation. These data demonstrate that hundreds of ncRNAs form high-concentration territories throughout the nucleus, that specific RNAs are required to recruit various regulators into these territories, and that these RNAs can shape long-range DNA contacts, heterochromatin assembly, and gene expression. These results demonstrate a mechanism where RNAs form high-concentration territories, bind to diffusible regulators, and guide them into compartments to regulate essential nuclear functions